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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
19/08/2021 |
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Data da última atualização: |
29/12/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
VERARDO, L. L.; SILVA, F. F. e; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; REIS, D. R. de L.; OTTO, P. I.; REGITANO, L. C. de A.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; ZANELLA, R.; SILVA, M. V. G. B. |
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Afiliação: |
LUCAS LIMA VERARDO, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri; FABYANO FONSECA E SILVA, Universidade Federal de Viçosa; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; JOAO CLAUDIO DO CARMO PANETTO, CNPGL; DANIELE RIBEIRO DE LIMA REIS FAZA, CNPGL; PAMELA ITAJARA OTTO, Universidade Federal de Santa Maria; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; LUIZ OTAVIO CAMPOS DA SILVA, CNPGC; ANDREA ALVES DO EGITO, CNPGC; MARIA DO SOCORRO MAUÉS ALBUQUERQUE; RICARDO ZANELLA, Universidade de Passo Fundo; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
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Título: |
Genome-wide analyses reveal the genetic architecture and candidate genes of indicine, taurine, synthetic crossbreds, and locally adapted cattle in Brazil. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Genetics, v. 12, article 702822, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3389/fgene.2021.702822 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Cattle population history, breeding systems, and geographic subdivision may be reflected in runs of homozygosity (ROH), effective population size (Ne), and linkage disequilibrium (LD) patterns. Thus, the assessment of this information has become essential to the implementation of genomic selection on purebred and crossbred cattle breeding programs. In this way, we assessed the genotype of 19 cattle breeds raised in Brazil belonging to taurine, indicine, synthetic crossbreds, and Iberian-derived locally adapted ancestries to evaluate the overall LD decay patterns, Ne, ROH, and breed composition. We were able to obtain a general overview of the genomic architecture of cattle breeds currently raised in Brazil and other tropical countries. We found that, among the evaluated breeds, different marker densities should be used to improve the genomic prediction accuracy and power of genome-wide association studies. Breeds showing low Ne values indicate a recent inbreeding, also reflected by the occurrence of longer ROH, which demand special attention in the matting schemes to avoid extensive inbreeding. Candidate genes (e.g., ABCA7, PENK, SPP1, IFNAR1, IFNAR2, SPEF2, PRLR, LRRTM1, and LRRTM4) located in the identified ROH islands were evaluated, highlighting biological processes involved with milk production, behavior, rusticity, and fertility. Furthermore, we were successful in obtaining the breed composition regarding the taurine and indicine composition using single-nucleotide polymorphism (SNP) data. MenosCattle population history, breeding systems, and geographic subdivision may be reflected in runs of homozygosity (ROH), effective population size (Ne), and linkage disequilibrium (LD) patterns. Thus, the assessment of this information has become essential to the implementation of genomic selection on purebred and crossbred cattle breeding programs. In this way, we assessed the genotype of 19 cattle breeds raised in Brazil belonging to taurine, indicine, synthetic crossbreds, and Iberian-derived locally adapted ancestries to evaluate the overall LD decay patterns, Ne, ROH, and breed composition. We were able to obtain a general overview of the genomic architecture of cattle breeds currently raised in Brazil and other tropical countries. We found that, among the evaluated breeds, different marker densities should be used to improve the genomic prediction accuracy and power of genome-wide association studies. Breeds showing low Ne values indicate a recent inbreeding, also reflected by the occurrence of longer ROH, which demand special attention in the matting schemes to avoid extensive inbreeding. Candidate genes (e.g., ABCA7, PENK, SPP1, IFNAR1, IFNAR2, SPEF2, PRLR, LRRTM1, and LRRTM4) located in the identified ROH islands were evaluated, highlighting biological processes involved with milk production, behavior, rusticity, and fertility. Furthermore, we were successful in obtaining the breed composition regarding the taurine and indicine composition using single-nucleotide pol... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Rusticidade; Rusticity. |
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Thesagro: |
Bovino; Comportamento Animal; Fertilidade Animal; Gado; Genética Animal; Genoma; Produção Leiteira. |
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Thesaurus Nal: |
Animal behavior; Animal fertility; Homozygosity; Linkage disequilibrium; Milk production; Population size. |
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Categoria do assunto: |
K Ciência Florestal e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/225349/1/Genome-wide.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 117 | |
| 2. |  | RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e. Análise estatística da interação genótipo x ambientes e normas de reação. In: RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Estatística matemática, biométrica e computacional: modelos mistos, multivariados, categóricos e generalizados (REML/BLUP), inferência bayesiana, regressão, aleatória, seleção genômica, QTL, GWAS, estatística espacial e temporal, competição, sobrevivência. Viçosa, MG: UFV, 2014. p. 369-394.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 3. | | RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e. Modelos lineares generalizados e dados categóricos. In: RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Estatística matemática, biométrica e computacional: modelos mistos, multivariados, categóricos e generalizados (REML/BLUP), inferência bayesiana, regressão, aleatória, seleção genômica, QTL, GWAS, estatística espacial e temporal, competição, sobrevivência. Viçosa, MG: UFV, 2014. p. 559-594.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 4. | | SILVA, F. F. e; MUNIZ, J. A.; AQUINO, L. H. de; SÁFADI, T. Abordagem Bayesiana da curva de lactação de cabras Saanen de primeira e segunda ordem de parto. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 40, n. 1, p. 27-33, jan. 2005 Título em inglês: Bayesian approach in the lactation curve of Saanen goats from first and second calving orders.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 6. | | RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e. Análise estatística de dados longitudinais. In: RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Estatística matemática, biométrica e computacional: modelos mistos, multivariados, categóricos e generalizados (REML/BLUP), inferência bayesiana, regressão, aleatória, seleção genômica, QTL, GWAS, estatística espacial e temporal, competição, sobrevivência. Viçosa, MG: UFV, 2014. p. 312-368.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 7. | | RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Análise de sobrevivência e dados censurados. In: RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Estatística matemática, biométrica e computacional: modelos mistos, multivariados, categóricos e generalizados (REML/BLUP), inferência bayesiana, regressão, aleatória, seleção genômica, QTL, GWAS, estatística espacial e temporal, competição, sobrevivência. Viçosa, MG: UFV, 2014. p. 595-626.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 8. | | ROSSI, R. M.; MARTINS, E. N.; LOPES, P. S.; SILVA, F. F. e. Análise bayesiana univariada e bivariada para a conversão alimentar de suínos da raça Piau. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 49, n. 10, p. 754-761, out. 2014. Título em inglês: Univariate and bivariate Bayesian analysis for feed conversion of the Piau swine breed.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 10. | | SILVA, F. F. e; SÁFADI, T.; MUNIZ, J. A.; AQUINO, L. H. de; MOURÃO, G. B. Comparação bayesiana de modelos de previsão de diferenças esperadas nas progênies no melhoramento genético de gado Nelore. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 1, p. 37-45, jan. 2008| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 14. | | RESENDE, M. D. V. de; AZEVEDO, C. F.; SILVA, F. F. e. Inferência bayesiana. In: RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e; AZEVEDO, C. F. Estatística matemática, biométrica e computacional: modelos mistos, multivariados, categóricos e generalizados (REML/BLUP), inferência bayesiana, regressão, aleatória, seleção genômica, QTL, GWAS, estatística espacial e temporal, competição, sobrevivência. Viçosa, MG: UFV, 2014. p. 449-503.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 16. | | SILVA, H. T.; COSTA, C. N.; LOPES, P. S.; VERONEZE, R.; SILVA, F. F. e. Parâmetros genéticos para Stayabilityem bovinos da raça holandesa no Brasil. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 14., 2021, Santa Catarina. Passado, presente e futuro: anais. Santa Catarina: Sociedade Brasileira de Melhoramento Animal, 2021.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 17. | | RENHE, I. R. T.; STRINCHETA, P. C.; SILVA, F. F. e; OLIVEIRA, T. V. de. Obtenção de corante natural azul extraído de frutos de jenipapo. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 44, n. 6, p. 649-652, jun. 2009. Notas científicas.
Título em inglês: Obtention of blue colorant from jenipapo fruit.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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