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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
27/02/2014 |
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Data da última atualização: |
21/02/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, G. T.; SILVA, C. B. C.; JANK, L.; SOUZA, A. P. |
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Afiliação: |
GUILHERME TOLEDO-SILVA, Molecular Biology Center and Genetic Engineering (CBMEG), University of Campinas (UNICAMP), Campinas, São Paulo, Brazil.; CLAUDIO BENICIO CARDOSO-SILVA, Molecular Biology Center and Genetic Engineering (CBMEG), University of Campinas (UNICAMP), Campinas, São Paulo, Brazil; LIANA JANK, CNPGC; ANETE PEREIRA SOUZA, Molecular Biology Center and Genetic Engineering (CBMEG), University of Campinas (UNICAMP), Campinas, São Paulo, Brazil; Department of Plant Biology, Biology Institute, University of Campinas (UNICAMP), Campinas, São Paulo, BraziL. |
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Título: |
De novo transcriptome assembly for the tropical grass Panicum maximum Jacq. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
PLOS ONE, v. 8, n. 7, p. 1-10, july 2013 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Guinea grass (Panicum maximum Jacq.) is a tropical African grass often used to feed beef cattle, which is an important economic activity in Brazil. Brazil is the leader in global meat exportation because of its exclusively pasture-raised bovine herds. Guinea grass also has potential uses in bioenergy production due to its elevated biomass generation through the C4 photosynthesis pathway. We generated approximately 13 Gb of data from Illumina sequencing of P. maximum leaves. Four different genotypes were sequenced, and the combined reads were assembled de novo into 38,192 unigenes and annotated; approximately 63% of the unigenes had homology to other proteins in the NCBI non-redundant protein database. Functional classification through COG (Clusters of Orthologous Groups), GO (Gene Ontology) and KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) analyses showed that the unigenes from Guinea grass leaves are involved in a wide range of biological processes and metabolic pathways, including C4 photosynthesis and lignocellulose generation, which are important for cattle grazing and bioenergy production. The most abundant transcripts were involved in carbon fixation, photosynthesis, RNA translation and heavy metal cellular homeostasis. Finally, we identified a number of potential molecular markers, including 5,035 microsatellites (SSRs) and 346,456 single nucleotide polymorphisms (SNPs). To the best of our knowledge, this is the first study to characterize the complete leaf transcriptome of P. maximum using highthroughput sequencing. The biological information provided here will aid in gene expression studies and marker-assisted selection-based breeding research in tropical grasses. MenosGuinea grass (Panicum maximum Jacq.) is a tropical African grass often used to feed beef cattle, which is an important economic activity in Brazil. Brazil is the leader in global meat exportation because of its exclusively pasture-raised bovine herds. Guinea grass also has potential uses in bioenergy production due to its elevated biomass generation through the C4 photosynthesis pathway. We generated approximately 13 Gb of data from Illumina sequencing of P. maximum leaves. Four different genotypes were sequenced, and the combined reads were assembled de novo into 38,192 unigenes and annotated; approximately 63% of the unigenes had homology to other proteins in the NCBI non-redundant protein database. Functional classification through COG (Clusters of Orthologous Groups), GO (Gene Ontology) and KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) analyses showed that the unigenes from Guinea grass leaves are involved in a wide range of biological processes and metabolic pathways, including C4 photosynthesis and lignocellulose generation, which are important for cattle grazing and bioenergy production. The most abundant transcripts were involved in carbon fixation, photosynthesis, RNA translation and heavy metal cellular homeostasis. Finally, we identified a number of potential molecular markers, including 5,035 microsatellites (SSRs) and 346,456 single nucleotide polymorphisms (SNPs). To the best of our knowledge, this is the first study to characterize the complete leaf transcrip... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Alimento animal; Carne; Graminea tropical; Panicum maximum. |
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Thesaurus Nal: |
Beef cattle; Megathyrsus maximus. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/98451/1/deb-pone.0070781-1..10-fetchObject.action.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Cerrados. |
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| 184. | | VILELA, M. de F.; FONTES, J. R. A.; SHIRATSUCHI, L. S.; RESENDE, A. V. de; OLIVEIRA, C. M. de; HURTADO, S. M. C.; CORAZZA, E. J. Fotografias aéreas não convencionais para mapeamento de fatores que afetam a produtividade de grãos no cerrado brasileiro. In: CONGRESO INTERNACIONAL DE INGENIERÍA AGRÍCOLA, 6., 2010, Chillán, Chile. Presentación de trabajos: orales, posteres, conferecias. Chillán: Universidad de Concepción, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 185. | | BRIGHENTI, A. M.; FONTES, J. R. A.; MARTINS, C. E.; SOUZA SOBRINHO, F. de; ROCHA, W. S. D. da; STROPPA, G. M. Controle de vassourinha-de-botão na cultura da seringueira. In: CONGRESSO BRASILEIRO DA CIÊNCIA DAS PLANTAS DANINHAS, 26.; CONGRESO DE LA ASOCIACIÓN LATINOAMERICANA DE MALEZAS, 18., 2008, Ouro Preto. A ciência das plantas daninhas na sustentabilidade dos sistemas agrícolas: palestras. Sete Lagoas: SBCPD: Embrapa Milho e Sorgo, 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Gado de Leite. |
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| 186. | | TAVARES, A. M.; MARTINS, G. C.; GONÇALVES, J. R. P.; FONTES, J. R. A.; GARCIA, M. V. B.; TEIXEIRA, P. C.; TEIXEIRA, W. G. Influência de condicionantes bióticos e abióticos na cultura do guaranazeiro (Paullinia cupana). In: REUNIÃO TÉCNICA DE PESQUISA E DESENVOLVIMENTO DA EMBRAPA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 4., 2009, Manaus. Anais... Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 2009. p. 51-54. (Embrapa Amazônia Ocidental. Documentos, 73).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 187. | | PERIN, R.; SOUSA, J. N.; TONATO, F.; ROCHA, R. N. C. da; FONTES, J. R. A.; MARTINS, G. C.; MORAIS, R. R. de. Produção do milho e pastagem em sistemas de integração lavoura-pecuária-floresta no Estado do Amazonas. In: SEMINÁRIO PRODUTIVIDADE AGROPECUÁRIA E BENEFÍCIOS SOCIOAMBIENTAIS DAS PESQUISAS DA EMBRAPA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 1., 2011, Manaus. Anais... Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 2011. p. 76-79. (Embrapa Amazônia Ocidental. Documentos, 88).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 188. | | PERIN, R.; SOUZA, J. N.; MARTINS, G. C.; GONCALVES, J. R. P.; FONTES, J. R. A.; LIMA, R. M. B. de; MORAIS, R. R. de. Monitoramento de sistema agrossilvipastoril para a criação intensiva de ovinos. In: REUNIÃO TÉCNICA DE PESQUISA E DESENVOLVIMENTO DA EMBRAPA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 4., 2009, Manaus. Anais... Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 2009. p. 84-86. (Embrapa Amazônia Ocidental. Documentos, 73).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 189. | | PERIN, R.; SOUZA, J. N.; MARTINS, G. C.; GONCALVES, J. R. P.; FONTES, J. R. A.; LIMA, R. M. B. de. Monitoramento de sistema pecuário intensivo em pastagens arborizadas. In: REUNIÃO TÉCNICA DE PESQUISA E DESENVOLVIMENTO DA EMBRAPA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 4., 2009, Manaus. Anais... Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 2009. p. 87-88. (Embrapa Amazônia Ocidental. Documentos, 73).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 190. | | FONTES, J. R. A.; MAGALHÃES, P. M. de; CHAVES, F. C. M.; MORAIS, R. R.; GONÇALVES, J. R. P.; HIDALGO, A. de F.; POHLIT, A. M. Períodos de interferência de plantas daninhas na cultura da Artemisia annua L. cultivada em várzea do Rio Solimões. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE OLERICULTURA, 49., 2009, Águas de Lindóia. Água na horticultura: novas atitudes e uso sustentável. Horticultura Brasileira, v. 27, n. 2, p. S2570-S2576, ago. 2009. Suplemento.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 191. | | FONTES, J. R. A.; OLIVEIRA, I. J. de; PEDROZO, C. A.; ROCHA, R. N. C. da; MORAIS, R. R. de; MUNIZ, A. W. Períodos de interferência de plantas daninhas na cultura da macaxeira, variedade Aipim-Manteiga, em terra firme do Amazonas. Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 2014. 7 p. (Embrapa Amazônia Ocidental. Circular técnica, 46).| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Roraima. |
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| 192. | | RESENDE, A. V. de; FONTES, J. R. A.; SHIRATSUCHI, L. S.; KRAHL, L. L.; FACCIONI, G. de C.; OLIVEIRA, J. V. F.; CORRÊA, R. F. Fertilidade do solo, infestação por braquiária e arranjo de plantas na cultura do milho. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE AGRICULTURA DE PRECISÃO, 3., 2005, Sete Lagoas. [Anais]. Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2005. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 193. | | BRAGA, I. G.; ALMEIDA, H. S. de; CORRÊA, R. B.; OLIVEIRA, I. J. de; FONTES, J. R. A.; MUNIZ, A. W. Fixação biológica de nitrogênio em feijão-caupi. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 11., 2014, Manaus. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2015. p. 49-50.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 194. | | NASCIMENTO, H. L. B. do; ANDRADE, C. M. S. de; FONTES, J. R. A.; LIMA, A. A. de; ZANINETTI, R. A.; SALES, M. F. L. Seleção de herbicidas para estabelecimento de áreas de produção de sementes de amendoim forrageiro. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 48., 2011, Belém, PA. O desenvolvimento da produção animal e a responsabilidade frente a novos desafios: anais. Belém, PA: SBZ, 2011. 3 p. 1 CD-ROM. Projeto 02.10.07.006.00.04.01| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 195. | | GONCALVES, J. R. P.; FONTES, J. R. A.; MORAIS, R. R. de; DIÓGENES, H. C.; SANTOS, P. A.; SILVA, A. C.; ROCHA, M. M.; SILVA, K. J. D.; FREIRE FILHO, F. R. Comportamento de genótipos semi-eretos e eretos de feijão-caupi em ecossistema de várzea amazônica. In: CONGRESSO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 2., 2009. Belém, PA. Da agricultura de subsistência ao agronegócio: anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2009. p. 384-388. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Meio-Norte. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 197. | | GONCALVES, J. R. P.; FONTES, J. R. A.; MORAIS, R. R. de; DIÓGENES, H. C.; SANTOS, P. A.; SILVA, A. C.; ROCHA, M. M.; SILVA, K. J. D.; FREIRE FILHO, F. R. Comportamento de genótipos semi-prostrados e prostrados de feijão-caupi em ecossistema de várzea amazônica. In: CONGRESSO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 2., 2009, Belém, PA. Da agricultura de subsistência ao agronegócio: anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2009. p. 389-393. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Cerrados. |
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