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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
27/02/2014 |
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Data da última atualização: |
21/02/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, G. T.; SILVA, C. B. C.; JANK, L.; SOUZA, A. P. |
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Afiliação: |
GUILHERME TOLEDO-SILVA, Molecular Biology Center and Genetic Engineering (CBMEG), University of Campinas (UNICAMP), Campinas, São Paulo, Brazil.; CLAUDIO BENICIO CARDOSO-SILVA, Molecular Biology Center and Genetic Engineering (CBMEG), University of Campinas (UNICAMP), Campinas, São Paulo, Brazil; LIANA JANK, CNPGC; ANETE PEREIRA SOUZA, Molecular Biology Center and Genetic Engineering (CBMEG), University of Campinas (UNICAMP), Campinas, São Paulo, Brazil; Department of Plant Biology, Biology Institute, University of Campinas (UNICAMP), Campinas, São Paulo, BraziL. |
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Título: |
De novo transcriptome assembly for the tropical grass Panicum maximum Jacq. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
PLOS ONE, v. 8, n. 7, p. 1-10, july 2013 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Guinea grass (Panicum maximum Jacq.) is a tropical African grass often used to feed beef cattle, which is an important economic activity in Brazil. Brazil is the leader in global meat exportation because of its exclusively pasture-raised bovine herds. Guinea grass also has potential uses in bioenergy production due to its elevated biomass generation through the C4 photosynthesis pathway. We generated approximately 13 Gb of data from Illumina sequencing of P. maximum leaves. Four different genotypes were sequenced, and the combined reads were assembled de novo into 38,192 unigenes and annotated; approximately 63% of the unigenes had homology to other proteins in the NCBI non-redundant protein database. Functional classification through COG (Clusters of Orthologous Groups), GO (Gene Ontology) and KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) analyses showed that the unigenes from Guinea grass leaves are involved in a wide range of biological processes and metabolic pathways, including C4 photosynthesis and lignocellulose generation, which are important for cattle grazing and bioenergy production. The most abundant transcripts were involved in carbon fixation, photosynthesis, RNA translation and heavy metal cellular homeostasis. Finally, we identified a number of potential molecular markers, including 5,035 microsatellites (SSRs) and 346,456 single nucleotide polymorphisms (SNPs). To the best of our knowledge, this is the first study to characterize the complete leaf transcriptome of P. maximum using highthroughput sequencing. The biological information provided here will aid in gene expression studies and marker-assisted selection-based breeding research in tropical grasses. MenosGuinea grass (Panicum maximum Jacq.) is a tropical African grass often used to feed beef cattle, which is an important economic activity in Brazil. Brazil is the leader in global meat exportation because of its exclusively pasture-raised bovine herds. Guinea grass also has potential uses in bioenergy production due to its elevated biomass generation through the C4 photosynthesis pathway. We generated approximately 13 Gb of data from Illumina sequencing of P. maximum leaves. Four different genotypes were sequenced, and the combined reads were assembled de novo into 38,192 unigenes and annotated; approximately 63% of the unigenes had homology to other proteins in the NCBI non-redundant protein database. Functional classification through COG (Clusters of Orthologous Groups), GO (Gene Ontology) and KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) analyses showed that the unigenes from Guinea grass leaves are involved in a wide range of biological processes and metabolic pathways, including C4 photosynthesis and lignocellulose generation, which are important for cattle grazing and bioenergy production. The most abundant transcripts were involved in carbon fixation, photosynthesis, RNA translation and heavy metal cellular homeostasis. Finally, we identified a number of potential molecular markers, including 5,035 microsatellites (SSRs) and 346,456 single nucleotide polymorphisms (SNPs). To the best of our knowledge, this is the first study to characterize the complete leaf transcrip... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Alimento animal; Carne; Graminea tropical; Panicum maximum. |
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Thesaurus Nal: |
Beef cattle; Megathyrsus maximus. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/98451/1/deb-pone.0070781-1..10-fetchObject.action.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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| Registros recuperados : 94 | |
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| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 24. | | CERQUEIRA-SILVA, C. B. M.; CONCEIÇÃO, L. D. H. C. S. da; CARDOSO-SILVA, C. B.; PEREIRA, A. S.; SANTOS, E. S. L. DOS; OLIVEIRA, A. C. DE; CORRÊA, R. X. Genetic diversity in yellow passion fruit (Passiflora edulis Sims) based on RAPD. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 10, p. 154-159, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 25. | | OLIVEIRA, M. de; SILVA, C. B. da; HELM, C. V.; ZANONI, P. R. S.; AUER, C. G.; MIGUEL, M. D. Al2(SO4)3 alters the antioxidant mitochondrial metabolism of Botritys cinerea and optimizes the production of cellulose and oxidative degrading enzymes. Research, Society and Development, v. 12, n. 8, e14412842996, 12 p., 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 27. | | OLIVEIRA, L. C.; ISHIDA, A. K. N.; MARINHO, A. M. R.; LACERDA, L.; SILVA, C. B. T. Extratos de Morinda citrifolia e Piper nigrum no controle da mancha bacteriana do maracujazeiro. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 37, ago. 2012. Suplemento, ref. 886. Edição dos Resumos do 45º Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Manaus, 2012. CBFito 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 28. | | FERREIRA, S. da C.; ISHIDA, A. K. N.; CARVALHO, E. de A.; SILVA, C. B. T. da. Fungicidas no controle 'in vitro' de Lasiodiplodia spp. In: CONFERÊNCIA NACIONAL DE DEFESA AGROPECUÁRIA, 4., 2013, Belém, PA. Defesa agropecuária e sustentabilidade. Belém, PA: SBDA, 2014. p. 138.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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Título em inglês: Identifi cation of cacao genetic resistance to black pod disease.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 32. | | SILVA, C. B. da; COELHO, A. A. F.; PETRERE, V. G.; MENDES, A. M. S.; CUNHA, T. J. F. Decomposição de adubos verdes em condições de casa de vegetação. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA SEMI-ÁRIDO, 4., 2009, Petrolina. Anais... Petrolina: Embrapa Semi-Árido, 2009. p. 42-48. (Embrapa Semi-Árido. Documentos, 221)| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 34. | | TEIXEIRA, W. G.; PINTO, W. H.; SILVA, C. B. S. da; LIMA, H. N.; MACEDO, R. S. O solo de várzea nas margens do rio Negro - Amazonas - Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 32., 2009, Fortaleza. O solo e a produção de bioenergia: perspectivas e desafios. [Viçosa, MG]: SBCS; Fortaleza: UFC, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 37. | | VILELA, J. A. R.; PIRES, M. S.; SILVA, C. B. da; ALVARINHO NETO, J. A.; SANAVRIA, A.; BARROS, A. T. M. de. Avaliação da eficácia de duas formulações do óleo de Nim (Azadirachta indica) em infestações experimentias de Dermatobia Hominis (Diptera: Cuterebridae) em bovinos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PARASITOLOGIA VETERINÁRIA, 15.; SEMINÁRIO DE PARASITOLOGIA VETERINÁRIA DOS PAÍSES DO MERCUSUL, 2., 2008, Curitiba. Programa e resumos... Curitiba: UFPR: Universidade Estadual de Londrina, 2008.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 38. | | VILELA, J. A. R.; PIRES, M. S.; SILVA, C. B. da; ALVARINHO NETO, J. A.; SANAVRIA, A.; BARROS, A. T. M. de. Avaliação da eficácia da Moxidectina 10% em infestações experimentais de Dermatobia hominis (Diptera: Cuterebridae) em bovinos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PARASITOLOGIA VETERINÁRIA, 15.; SEMINÁRIO DE PARASITOLOGIA VETERINÁRIA DOS PAÍSES DO MERCUSUL, 2., 2008, Curitiba. Programa e resumos... Curitiba: UFPR: Universidade Estadual de Londrina, 2008. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 39. | | ISHIDA, A. K. N.; SILVA, C. B. T.; SOUZA FILHO, A. P. S.; FERREIRA, F. C.; DUARTE, P. R. M.; MONTEIRO, L. L. S. Atividade antifúgica do ácido ferúlico sobre Rhizoctonia solani. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 37, ago. 2012. Suplemento, ref. 464. Edição dos Resumos do 45º Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Manaus, 2012. CBFito 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 40. | | FERREIRA, S. C.; ISHIDA, A. K. N.; SOUZA FILHO, A. P. da S.; SILVA, C. B. T. da; MONTEIRO, L. S.; DUARTE, P. M. Atividade antimicrobiana de escopoletina sobre Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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