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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
15/04/2010 |
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Data da última atualização: |
29/09/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GOMIDE, J.; MELO-MINARDI, R.; SANTOS, M. A. dos; NESHICH, G.; MEIRA JUNIOR, W.; LOPES, J. C.; SANTORO, M. |
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Afiliação: |
JANAÍNA GOMIDE, UFMG; RAQUEL MELO-MINARDI, UFMG; MARCOS AUGUSTO DOS SANTOS, UFMG; GORAN NESHICH, CNPTIA; WAGNER MEIRA JUNIOR, UFMG; JÚLIO CÉSAR LOPES, UFMG; MARCELO SANTORO, UFMG. |
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Título: |
Using linear algebra for protein structural comparison and classification. |
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Ano de publicação: |
2009 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Biology, v. 32, n. 3, p. 645-651, 2009. |
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DOI: |
http://dx.doi.org/10.1590/S1415-47572009000300032 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
In this article, we describe a novel methodology to extract semantic characteristics from protein structures using linear algebra in order to compose structural signature vectors which may be used efficiently to compare and classify protein structures into fold families. These signatures are built from the pattern of hydrophobic intrachain interactions using Singular Value Decomposition (SVD) and Latent Semantic Indexing (LSI) techniques. Considering proteins as documents and contacts as terms, we have built a retrieval system which is able to find conserved contacts in samples of myoglobin fold family and to retrieve these proteins among proteins of varied folds with precision of up to 80%. The classifier is a web tool available at our laboratory website. Users can search for similar chains from a specific PDB, view and compare their contact maps and browse their structures using a JMol plug-in. |
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Palavras-Chave: |
Contact maps; Latent semantic indexing; Linear algebra; Protein classification; Singular value decomposition. |
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Thesagro: |
Biologia molecular. |
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Thesaurus Nal: |
Molecular biology. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/147910/1/AP-UsingLinearAlgebra-Gomide-2009.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Mandioca e Fruticultura. Para informações adicionais entre em contato com cnpmf.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
24/02/2006 |
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Data da última atualização: |
24/02/2006 |
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Autoria: |
FUKUDA, W. M. G.; CALDAS, R. C.; MAGALHÃES, J. A.; CAVALCANTI, J.; TAVARES, J. A.; IGLESIAS, C.; ROMERO, L. A. H. |
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Afiliação: |
EMBRAPA CNPMF. |
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Título: |
Análise de estabilidade de variedades de mandioca selecionadas em provas participativas com produtores do Semi-Árido no Nordeste do Brasil. |
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Ano de publicação: |
2005 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Mandioca, Cruz das Almas, v.18, n. 1, p. 13-18, out. 2005. |
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ISSN: |
0101-563X |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
As interações genótipo x ambiente apresentam uma importância relevante no cultivo da mandioca. Quando se compara locais e anos essas interações são extremamente altas principalmente quando se insere o componente produtor. Observa-se que mesmo dentro de um único ecossistema, a performance dos clones muda sensivelmente entre as lavouras, o que dificulta a seleção de clones de mandioca com bom comportamento em todos os locais. Esse trabalho teve por objetivos estudar a estabilidade de cinco variedades de mandioca em 27 ambientes do semi-árido dos estados da Bahia (Itaberaba), Pernambuco (Araripina) e Ceará (Quixadá), nos anos de 1994, 95 e 96. Os ambientes foram constituídos por locais (agricultores) e anos e as variedades goram as BGM 0549 (Amansa Burro), BGM 0538 (Macaxeira Preta), BGM 0537 (Do Céu), BGM 0076 (Platina) e BGM 0491 (VEADA). Utilizou-se a metodologia de pesquisa participativa, sendo os experimentos instalados nas propriedades de cada agricultor, em parcelas de 50 plantas por variedade, utilizando-se o sistema tradicional de manejo de cada produtor. Foi realizada uma análise de estabilidade modificada, onde obteve-se uma curva de regressão para cada variedade, utilizando-se um índice ambiental calculado a partir da média de produção de todas as variedades em cada ambiente e a produção de cada variedade em cada ambiente. Foram analisados dados de rendimento de raízes, parte aérea e os teores de matéria seca e farinha nas raízes. Considerando-se os coeficientes de regressão linear e a média de rendimento de raízes de cada variedade em todos os ambientes, a variedade Amansa Burro sobressaiu-se com uma média de rendimento de raízes superior a média geral e o coeficiente de regressão próximo a 1. MenosAs interações genótipo x ambiente apresentam uma importância relevante no cultivo da mandioca. Quando se compara locais e anos essas interações são extremamente altas principalmente quando se insere o componente produtor. Observa-se que mesmo dentro de um único ecossistema, a performance dos clones muda sensivelmente entre as lavouras, o que dificulta a seleção de clones de mandioca com bom comportamento em todos os locais. Esse trabalho teve por objetivos estudar a estabilidade de cinco variedades de mandioca em 27 ambientes do semi-árido dos estados da Bahia (Itaberaba), Pernambuco (Araripina) e Ceará (Quixadá), nos anos de 1994, 95 e 96. Os ambientes foram constituídos por locais (agricultores) e anos e as variedades goram as BGM 0549 (Amansa Burro), BGM 0538 (Macaxeira Preta), BGM 0537 (Do Céu), BGM 0076 (Platina) e BGM 0491 (VEADA). Utilizou-se a metodologia de pesquisa participativa, sendo os experimentos instalados nas propriedades de cada agricultor, em parcelas de 50 plantas por variedade, utilizando-se o sistema tradicional de manejo de cada produtor. Foi realizada uma análise de estabilidade modificada, onde obteve-se uma curva de regressão para cada variedade, utilizando-se um índice ambiental calculado a partir da média de produção de todas as variedades em cada ambiente e a produção de cada variedade em cada ambiente. Foram analisados dados de rendimento de raízes, parte aérea e os teores de matéria seca e farinha nas raízes. Considerando-se os coeficientes de... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Interações; melhoramento participativo. |
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Thesagro: |
Rendimento. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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