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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
Data corrente: |
16/02/2016 |
Data da última atualização: |
19/06/2017 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
SANTOS, J. V. M. dos; VALLIYODAN, B.; JOSHI, T.; KHAN, S. M.; LIU, YANG.; WANG, J.; VUONG, T. D.; OLIVEIRA, M. F. de; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; XU, D.; NGUYEN, H. T.; ABDELNOOR, R. V. |
Afiliação: |
JOÃO VITOR MALDONADO DOS SANTOS, UEL; BABU VALLIYODAN, UNIVERSITY OF MISSOURI; TRUPTI JOSHI, UNIVERSITY OF MISSOURI; SAAD M. KHAN, UNIVERSITY OF MISSOURI; LIU, Y., UNIVERSITY OF MISSOURI; JUEXIN WANG, UNIVERSITY OF MISSOURI; TRI D. VUONG, UNIVERSITY OF MISSOURI; MARCELO FERNANDES DE OLIVEIRA, CNPSO; FRANCISMAR CORREA MARCELINO GUIMARA, CNPSO; DONG XU., UNIVERSITY OF MISSOURI; HENRY T. NGUYEN., UNIVERSITY OF MISSOURI; RICARDO VILELA ABDELNOOR, CNPSO. |
Título: |
Evaluation of genetic variation among Brazilian soybean cultivars through genome resequencing. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 17, n. 110, 18 p., Feb. 2016. |
ISSN: |
1471-2164 |
DOI: |
10.1186/s12864-016-2431-x |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Soybean [Glycine max (L.) Merrill] is one of the most important legumes cultivated worldwide, and Brazil is one of the main producers of this crop. Since the sequencing of its reference genome, interest in structural and allelic variations of cultivated and wild soybean germplasm has grown. To investigate the genetics of the Brazilian soybean germplasm, we selected soybean cultivars based on the year of commercialization, geographical region and maturity group and resequenced their genomes. We resequenced the genomes of 28 Brazilian soybean cultivars with an average genome coverage of 14.8X. A total of 5,835,185 single nucleotide polymorphisms (SNPs) and 1,329,844 InDels were identified across the 20 soybean chromosomes, with 541,762 SNPs, 98,922 InDels and 1,093 CNVs that were exclusive to the 28 Brazilian cultivars. In addition, 668 allelic variations of 327 genes were shared among all of the Brazilian cultivars, including genes related to DNA-dependent transcription-elongation, photosynthesis, ATP synthesis-coupled electron transport, cellular respiration, and precursors of metabolite generation and energy. A very homogeneous structure was also observed for the Brazilian soybean germplasm, and we observed 41 regions putatively influenced by positive selection. Finally, we detected 3,880 regions with copy-number variations (CNVs) that could help to explain the divergence among the accessions evaluated. The large number of allelic and structural variations identified in this study can be used in marker-assisted selection programs to detect unique SNPs for cultivar fingerprinting. The results presented here suggest that despite the diversification of modern Brazilian cultivars, the soybean germplasm remains very narrow because of the large number of genome regions that exhibit low diversity. These results emphasize the need to introduce new alleles to increase the genetic diversity of the Brazilian germplasm. MenosSoybean [Glycine max (L.) Merrill] is one of the most important legumes cultivated worldwide, and Brazil is one of the main producers of this crop. Since the sequencing of its reference genome, interest in structural and allelic variations of cultivated and wild soybean germplasm has grown. To investigate the genetics of the Brazilian soybean germplasm, we selected soybean cultivars based on the year of commercialization, geographical region and maturity group and resequenced their genomes. We resequenced the genomes of 28 Brazilian soybean cultivars with an average genome coverage of 14.8X. A total of 5,835,185 single nucleotide polymorphisms (SNPs) and 1,329,844 InDels were identified across the 20 soybean chromosomes, with 541,762 SNPs, 98,922 InDels and 1,093 CNVs that were exclusive to the 28 Brazilian cultivars. In addition, 668 allelic variations of 327 genes were shared among all of the Brazilian cultivars, including genes related to DNA-dependent transcription-elongation, photosynthesis, ATP synthesis-coupled electron transport, cellular respiration, and precursors of metabolite generation and energy. A very homogeneous structure was also observed for the Brazilian soybean germplasm, and we observed 41 regions putatively influenced by positive selection. Finally, we detected 3,880 regions with copy-number variations (CNVs) that could help to explain the divergence among the accessions evaluated. The large number of allelic and structural variations identified in thi... Mostrar Tudo |
Thesagro: |
Genoma; Soja; Variação genética; Variedade. |
Thesaurus Nal: |
Cultivars; Genetic variation; High-throughput nucleotide sequencing; Soybeans. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/139105/1/Evaluation-of-genetic-variation-among-Brazilian-soybean-cultivars-through-genome-resequencing.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Registros recuperados : 25 | |
6. | | PASSIANOTTO, A. L. de L.; SILVA, D. C. G. da; NOGUEIRA, L. M.; SANTOS, J. V. M. dos; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; YAMANAKA, N. Caracterização de dois genes de resistência à ferrugem asiática da soja, Rpp2 e Rpp4, utilizando marcadores moleculares. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 32, p. S209, ago. 2007. Suplemento, resumo 0497. Edição dos Resumos do XL Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Maringá, PR, ago. 2007.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - A |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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7. | | SANTOS, J. V. M. dos; YAMANAKA, N.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; TOLEDO, J. F. F. de; ARIAS, C. A. A.; ABDELNOOR, R. V. Molecular mapping of quantitative trait loci for agronomical traits in soybean under Asian soybean rust infection. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 18, n. 4, p. 390-398, 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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8. | | NOGUEIRA, L. M.; PASSIANOTTO, A. L. L.; SILVA, D. C. G. da; SANTOS, J. V. M.; ARIAS, C. A. A.; ABDELNOOR, R. V.; YAMANAKA, N. Os genes de resistência à ferrugem asiática da soja, Rpp2 e Rpp4, apresentam efeitos não-aditivos quando acumulados em uma variedade. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 33, p. S 204, ago. 2008. Suplemento. Edição dos Resumos apresentado no XLI Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Belo Horizonte, ago., 2008.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
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9. | | SOUZA, L. G. de; SILVA, D. C. G. da; SILVEIRA, C. A. da; MARIN, S. R.; SANTOS, J. V. M. dos; YAMANAKA, N.; ABDELNOOR, R. V. Saturação de regiões genômicas da soja associadas a genes de resistência à ferrugem asiática. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 3., 2008, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2008. p. 22-25 (Embrapa Soja. Documentos, 297).Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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10. | | SANTOS, J. V. M. dos; FERREIRA, E. G. C.; PASSIANOTTO, A. L. L.; BRUMER, B. B.; SANTOS, A. B. dos; SOARES, R. M.; TORKAMANEH, D.; ARIAS, C. A. A.; BELZILE, F.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C. Association mapping of a locus that confers southern stem canker resistance in soybean and SNP marker development. BMC Genomics, v. 20, n. 798, 2019. 13 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado |
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11. | | SANTOS, J. V. M.; JOSHI, T.; KHAN, S. M.; LIU, Y.; WANG, J.; VUONG, T. D.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; OLIVEIRA, M. F. de; VALLIYODAN, B.; XU, D.; NGUYEN, H. T.; ABDELNOOR, R. V. Copy-number variations reveal divergence among brazilian soybean cultivars. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 7.; MERCOSOJA, 2015, Florianópolis. Tecnologia e mercado global: perspectivas para soja: anais. Londrina: Embrapa Soja, 2015. 3 p. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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12. | | SANTOS, J. V. M. dos; JOSHI, T.; KHAN, S. M.; LIU, Y.; WANG, J.; VUONG, T. D.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; OLIVEIRA, M. F. de; VALLIYODAN, B.; XU, D.; NGUYEN, H. T.; ABDELNOOR, R. V. Genomic analysis of soybean accessions for allelic variations identification in brazilian germplasm. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 7.; MERCOSOJA, 2015, Florianópolis. Tecnologia e mercado global: perspectivas para soja: anais. Londrina: Embrapa Soja, 2015. 3 p. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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13. | | YAMANAKA, N.; SILVA, D. C. G.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; NOGUEIRA, L. M.; POLIZEL, A.; PEREIRA, S. S.; SANTOS, J. V. M.; BROGIN, R. L.; ARIAS, C. A. A.; HOFFMANN-CAMPO, C. B.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V. Genetic studies on resistance against soybean rust. In: SOUTH AMERICAN WORKSHOP ON SOYBEAN RUST, 2006, Londrina. Abstracts and program... Londrina: JIRCAS, 2006. p. 18Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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14. | | SANTOS, J. V. M. dos; VALLIYODAN, B.; JOSHI, T.; KHAN, S. M.; LIU, YANG.; WANG, J.; VUONG, T. D.; OLIVEIRA, M. F. de; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; XU, D.; NGUYEN, H. T.; ABDELNOOR, R. V. Evaluation of genetic variation among Brazilian soybean cultivars through genome resequencing. BMC Genomics, v. 17, n. 110, 18 p., Feb. 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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15. | | PEREIRA, S. dos S.; SILVA, D. C. G. da; YAMANAKA, N.; NOGUEIRA, L. M.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; SANTOS, J. V. M. dos; ARIAS, C. A. A.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V. Saturação com marcadores de microssatélites dos grupos J e G nas regiões de ligação dos genes de resistência à ferrugem asiática da soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 2., 2006, Londrina. Resumos expandidos. Londrina: Embrapa Soja, 2006. p. 175-179. (Embrapa Soja. Documentos, 276).Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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16. | | SANTOS, J. V. M. dos; YAMANAKA, N.; SILVA, D. C. G. da; PASSIANOTTO, A. L. de L.; NOGUEIRA, L. M.; TOBITA, S.; ARIAS, C. A. A.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V. Desenvolvimento de linhagens endogâmicas recombinantes para a análise genética da tolerância à ferrugem asiática da soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 4., 2007, São Lourenço. Anais... São Lourenço: Sociedade Brasileira de Melhoramento de Plantas, 2007. 1 CD-ROM. Pdf. 279.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
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17. | | SANTOS, J. V. M. dos; YAMANAKA, N.; SILVA, D. C. G. da; PASSIANOTTO, A. L. L.; NOGUEIRA, L. M.; TOBITA, S.; ARIAS, C. A. A.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V. Desenvolvimento de linhagens endogâmicas recombinantes para a análise genética da tolerância à ferrugem asiática da soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 3., 2008, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2008. p. 82-86 (Embrapa Soja. Documentos, 297).Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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18. | | CHICOWSKI, A. S.; SILVA, D. C. G. da; SANTOS, A. B. dos; SANTOS, J. V. M. dos; LOPES, I. de O. N.; ABDELNOOR, R. V.; ARIAS, C. A. A.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C. Desenvolvimento de ensaios KASP para seleção genotípica da resistência a Phakopsora pachyrhizi em soja. In: JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 11., 2016, Londrina. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2016. p. 111-121. (Embrapa Soja. Documentos, 373).Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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19. | | YAMANAKA, N.; YAMAOKA, Y.; KATO, M.; MORI, T.; KUDO, H.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; SANTOS, J. V. M. dos; BENITEZ, E. R.; ABDELNOOR, R. V.; SOARES, R. M.; SUENAGA, K. Differences between Japanese and Brazilian isolates of Asian soybean rust in the pathogenicity to resistant varieties and resistance genes. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 33, p. S 200, ago. 2008. Suplemento. Edição dos Resumos apresentado no XLI Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Belo Horizonte, ago., 2008.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
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20. | | YAMANAKA, N.; YAMAOKA, Y.; KATO, M.; LEMOS, N. G.; PASSIANOTTO, A. L. de L.; SANTOS, J. V. M. dos; BENITEZ, E. R.; ABDELNOOR, R. V.; SOARES, R. M.; SUENAGA, K. Difference in virulence among japanese and brazilian isolates of asian soybean rust. In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 8., 2009, Beijing. Developing a global soy blueprint for a safe secure and sustainable supply: abstracts. Beijing: Chinese Academy of Agricultural Sciences: Institute of Crop Science, 2009. p. 94, ref. P211. WSRC 2009. Editado por Lijuan Qiu, Rongxia Guan, Jian Jin, Qijan Song, Shuntang Guo, Wenbin Li, Yuanchao Wang, Tianfu Han, Xiaobing Liu, Deyue Yu, Lianzhou Jiang, Deliang Peng.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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