| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
|
Data corrente: |
10/11/2017 |
|
Data da última atualização: |
17/04/2018 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
SALGADO, L. R.; LIMA, R.; SANTOS, B. F. dos; SHIRAKAWA, K. T.; VILELA, M. de M.; ALMEIDA, N. F.; PEREIRA, R. M.; NEPOMUCENO, A. L.; CHIARI, L. |
|
Afiliação: |
LEONARDO RIPPEL SALGADO, Embrapa Beef Cattle, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil; RODOLPHO LIMA, Federal University of Grande Dourados, Dourados, Mato Grosso do Sul, Brazil; BRUNO FERREIRA DOS SANTOS, Federal University of Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil; KARINA TAMIE SHIRAKAWA, Federal University of Grande Dourados, Dourados, Mato Grosso do Sul, Brazil; MARIANE DE MENDONCA VILELA, CNPGC; NALVO FRANCO ALMEIDA, Federal University of Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil; RODRIGO MATHEUS PEREIRA, Federal University of Grande Dourados, Dourados, Mato Grosso do Sul, Brazil; ALEXANDRE LIMA NEPOMUCENO, CNPSO; LUCIMARA CHIARI, CNPGC. |
|
Título: |
De novo RNA sequencing and analysis of the transcriptome of signalgrass (Urochloa decumbens) roots exposed to aluminum. |
|
Ano de publicação: |
2017 |
|
Fonte/Imprenta: |
Plant Growth Regulation, v. 83, n. 1, p. 157-170, 2017. |
|
DOI: |
10.1007/s10725-017-0291-2 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Acidic soils occupy a vast area in the world, and the aluminum (Al) in these soils can directly interact with plant cells and tissues to inhibit their growth and reduce yields. The signalgrass Urochloa decumbens cv. Basilisk (syn. Brachiaria decumbens cv. Basilisk), a widely sown tropical forage grass, is recognized for its high productivity under intensive use, vigorous growth, ease of establishment, and good forage value throughout the year, as well as its exceptional adaptation to infertile acid soils. We sequenced the transcriptome from roots of U. decumbens cv. Basilisk under two conditions, with and without Al, using Illumina paired-end sequencing technology and performed de novo assembly of those reads, which yielded 164,920 transcripts. Of these transcripts, 113,918 were assigned a putative protein function through comparisons with different gene set databases. Additionally, 13,375 simple sequence repeat (SSR) markers were identified. Digital gene expression analyses were conducted to identify 6698 differentially expressed genes between treatments, revealing a great differences in the root transcriptional landscape when exposed to aluminum. An extensive annotation of the differentially expressed genes (DEGs), made possible to identify several transcripts with putative functions correlated to aluminum exposure, most belonging to vesicle transportation, cell wall modifications and metal handling ontologies. In this work, abundant, high-quality transcripts were obtained, providing a reference platform for future biotechnological studies and breeding programs for this species and its close relatives. MenosAcidic soils occupy a vast area in the world, and the aluminum (Al) in these soils can directly interact with plant cells and tissues to inhibit their growth and reduce yields. The signalgrass Urochloa decumbens cv. Basilisk (syn. Brachiaria decumbens cv. Basilisk), a widely sown tropical forage grass, is recognized for its high productivity under intensive use, vigorous growth, ease of establishment, and good forage value throughout the year, as well as its exceptional adaptation to infertile acid soils. We sequenced the transcriptome from roots of U. decumbens cv. Basilisk under two conditions, with and without Al, using Illumina paired-end sequencing technology and performed de novo assembly of those reads, which yielded 164,920 transcripts. Of these transcripts, 113,918 were assigned a putative protein function through comparisons with different gene set databases. Additionally, 13,375 simple sequence repeat (SSR) markers were identified. Digital gene expression analyses were conducted to identify 6698 differentially expressed genes between treatments, revealing a great differences in the root transcriptional landscape when exposed to aluminum. An extensive annotation of the differentially expressed genes (DEGs), made possible to identify several transcripts with putative functions correlated to aluminum exposure, most belonging to vesicle transportation, cell wall modifications and metal handling ontologies. In this work, abundant, high-quality transcripts were obtained... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Molecular markers; RNA sequencing; Urochloa genus. |
|
Thesagro: |
Brachiaria Decumbens. |
|
Thesaurus Nal: |
Aluminum. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/166583/1/De-novo-RNA-sequencing-and-analysis.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02506naa a2200289 a 4500
001 2079489
005 2018-04-17
008 2017 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1007/s10725-017-0291-2$2DOI
100 1 $aSALGADO, L. R.
245 $aDe novo RNA sequencing and analysis of the transcriptome of signalgrass (Urochloa decumbens) roots exposed to aluminum.$h[electronic resource]
260 $c2017
520 $aAcidic soils occupy a vast area in the world, and the aluminum (Al) in these soils can directly interact with plant cells and tissues to inhibit their growth and reduce yields. The signalgrass Urochloa decumbens cv. Basilisk (syn. Brachiaria decumbens cv. Basilisk), a widely sown tropical forage grass, is recognized for its high productivity under intensive use, vigorous growth, ease of establishment, and good forage value throughout the year, as well as its exceptional adaptation to infertile acid soils. We sequenced the transcriptome from roots of U. decumbens cv. Basilisk under two conditions, with and without Al, using Illumina paired-end sequencing technology and performed de novo assembly of those reads, which yielded 164,920 transcripts. Of these transcripts, 113,918 were assigned a putative protein function through comparisons with different gene set databases. Additionally, 13,375 simple sequence repeat (SSR) markers were identified. Digital gene expression analyses were conducted to identify 6698 differentially expressed genes between treatments, revealing a great differences in the root transcriptional landscape when exposed to aluminum. An extensive annotation of the differentially expressed genes (DEGs), made possible to identify several transcripts with putative functions correlated to aluminum exposure, most belonging to vesicle transportation, cell wall modifications and metal handling ontologies. In this work, abundant, high-quality transcripts were obtained, providing a reference platform for future biotechnological studies and breeding programs for this species and its close relatives.
650 $aAluminum
650 $aBrachiaria Decumbens
653 $aMolecular markers
653 $aRNA sequencing
653 $aUrochloa genus
700 1 $aLIMA, R.
700 1 $aSANTOS, B. F. dos
700 1 $aSHIRAKAWA, K. T.
700 1 $aVILELA, M. de M.
700 1 $aALMEIDA, N. F.
700 1 $aPEREIRA, R. M.
700 1 $aNEPOMUCENO, A. L.
700 1 $aCHIARI, L.
773 $tPlant Growth Regulation$gv. 83, n. 1, p. 157-170, 2017.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 207 | |
| 141. |  | OLIVEIRA, R. G. de; VOLTOLINI, T. V.; MISTURA, C.; MORAES, S. A. de; SOUZA, R. A.; SANTOS, B. R. C. dos. Desempenho produtivo e características de carcaça de ovinos mantidos em pastos de duas cultivares de capim-bufel manejados em três ofertas de forragem. Revista Brasileira de Saúde e Produção Animal, v. 17, n. 3, p. 374-384,jul./set., 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
|    |
| 142. | | SANTOS, B. R. C. dos; VOLTOLINI, T. V.; NOGUEIRA, D. M.; SANTOS, E. F. dos; SILVA, M. R. C. da; DAMASCENO, M. G.; OLIVEIRA, R. G. de. Desempenho produtivo de ovinos mantidos em pastagem de capim-buffel no Semiárido Pernambucano. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 6.; SIMPÓSIO NORDESTINO DE ALIMENTAÇÃO DE RUMINANTES, 7.; FÓRUM DE COORDENADORES DE PÓS GRADUAÇÃO EM PRODUÇÃO ANIMAL DO NORDESTE, 1.; FÓRUM DE AGROECOLOGIA RO RIO GRANDE DO NORTE, 1., 2010, Mossoró. Anais... Mossoró: Sociedade Nordestina de Producao Animal; UFERSA, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
| |
| 143. | | SOUZA, R. A; VOLTOLINI, T. V.; MANERA, D. B.; SANTOS, B. R. C. dos; PEREIRA, L. G. R, CABRAL, S. G.; NOGUEIRA, D. M. Desempenho produtivo de ovinos mantidos em pastagens de capim Tifton 85 recebendo doses crescentes de concentrado. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 5.; SIMPÓSIO NORDESTINO DE ALIMENTAÇÃO DE RUMINANTES, 11.; SIMPÓSIO SERGIPANO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 1., 2008, Aracaju. Anais... Aracaju: Sociedade Nordestina de Produção Animal; Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
| |
| 145. | | OLIVEIRA, N. A. de; REIS, R. C.; VIANA, E. de S.; SANTOS, B. de J. R. dos; JESUS, J. L. de. Determinação dos teores de amilose e amilopectina do amido de bananas e plátanos. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA, 10., 2016: Cruz das Almas, BA. Traduzindo ciência para o mundo : resumos. Brasília, DF : Embrapa, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
| |
| 146. | | SANTOS, B. A. dos; LIMA, B. M.; EMERIQUE, C. B. de L.; SAKREZENSKI, D. A.; EL-HUSNY, J. C.; SILVA, A. G. da. Resistência de cultivares de soja a mosca-branca Bemisia tabaci (Genn., 1889) (Hemiptera: Aleyrodidae), em condições de campo, no polo Paragominas de grãos. In: SEMINÁRIO ANUAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRA, 15., 2017, Belém, PA. Anais... Belém, PA: UFRA, 2018. p. 395. Organizadoras: Paula Fernanda Viegas Pinheiro e Tatianne Feitosa Soares.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 147. | | DEUS, T. R. V. de; SANTOS, B. L. S.; WALKER, A.; SOUZA, M. A. de; CABRAL, L. H. B.; SIMOES, W. L.; OLIVEIRA, A. R. de. Fitossociologia de plantas daninhas em área de produção de cana-de-açúcar cultivada sob diferentes quantidades de palhada. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA SEMIÁRIDO, 7.; JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA FACEPE/UNIVASF, 1., 2012, Petrolina. Anais... Petrolina: Embrapa Semiárido, 2012. p. 241-247. 1 CD-ROM. (Embrapa Semiárido. Documentos, 248).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
| |
| 148. | | VOLTOLINI, T. V.; MISTURA, C.; SANTOS, B. R. C. dos; BEZERRA, A. P. A.; SIMÕES, W. L.; SOUZA, R. A.; PEREIRA, L. G. R. Produção de ruminantes em pastagens irrigadas. In: SIMPÓSIO DE PRODUÇÃO ANIMAL DO VALE DO SÃO FRANCISCO, 2., 2009, Petrolina. Anais... Petrolina: Univasf: Embrapa Semi-Árido, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
| |
| 150. | | GUIMARÃES, F. P.; AGUIAR, R.; KARAM, D.; OLIVEIRA, J. A.; SILVA, J. A. A.; SANTOS, C. L.; SANTANNA-SANTOS, B. F.; LIZIERI-SANTOS, C. Potential of macrophytes for removing atrazine from aqueous solution. Planta Daninha, Viçosa, MG, v. 29, p. 1137-1147, 2011. Número especial.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
| |
| 151. | | SUARES, F. S.; SANTOS, B. S.; OTA, E. do C.; SILVA, T. S. de C.; INOUE, L. A. K. A.; ZANON, R. B. Qualidade de rações para tilápia-do-nilo (Oreochromis niloticus). In: JORNADA DE INICIAÇÃO À PESQUISA DA EMBRAPA, 2020, Dourados. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2020. JIPE 2020.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
| |
| 153. | | MORAIS, D. de L. B.; JUHÁSZ, A. C. P.; SANTOS, B. O.; PIMENTA, S.; RABELLO, H. de O.; RESENDE, M. D. V. de. Estimativas de parâmetros em progênies de meios irmãos de Jatropha curcas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PESQUISA EM PINHÃO MANSO, 1., 2009, Brasília, DF. Pesquisa, desenvolvimento e inovação: tecnologia para biocombústiveis: anais. São Paulo: ABPPM; Brasília, DF: Embrapa Agroenergia, 2009.| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
| |
| 155. | | SANTOS, B. L. dos; DAME, M. C. F.; COELHO, A. C. B.; OLIVEIRA, P. A.; MARCOLONGO-PEREIRA, C.; SCHILD, A. L. Lissencephaly-pachygyria and cerebellar hypoplasia in a calf. Ciência Rural, Santa Maria, v. 46, n. 9, p. 1622-1628, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
| |
| 156. | | ESTIMA-SILVA, P.; MARCOLONGO-PEREIRA, C.; SANTOS, B. L. dos; COELHO, A. C. B.; AMARAL, L. A.; LIM, A.; BOLIN, S. R.; SCHILD, A. L. Equine multinodular pulmonary fibrosis in southern Brazil: pathology and differential diagnosis. Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 37, n. 11, p. 1247-1252, novembro 2017. Título em português: Fibrose pulmonar multinodular em equinos no Sul do Rio Grande do Sul: patologia e diagnóstico diferencial.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 157. | | TONON, R. V.; SANTOS, B. A. DOS; COUTO, C. DE C.; STEPHAN, M. P.; SILVA, C. M.; AZEVEDO, T. de L.; CABRAL, L. M. C. Enzymatic hydrolysis of shrimp wastewater concentrated by ultrafiltration. In: TOTAL FOOD, 2014, Norwich. Science and technology for the economic and sustainable exploitation of agri-food chain wastes and co-products: abstracts. Norwich: [IFR], 2014. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
|  |
| 158. | | FERREIRA, P. R. S.; FORNAROLLI, D. A.; SANTOS, B. C.; GAZZIERO, D. L. P.; RODRIGUES, B. N.; ALVES, A. P. F. Eficácia agronômica do uso de herbicidas no controle de Conyza bonariensis. In: CONGRESSO BRASILEIRO DA CIÊNCIA DAS PLANTAS DANINHAS, 27., 2010, Ribeirão Preto. Responsabilidade social e ambiental no manejo de plantas daninhas. Ribeirão Preto: SBCPD, 2010. p. 296-300. Trab. 65. 1 CD-ROM. CBCPD.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 159. | | PONTES, L. da S.; BALDISSERA, T. C.; BARRO, R. S.; GIOSTRI, A. F.; STAFIN, G.; SANTOS, B. R. C.; PORFIRIO-DA-SILVA, V.; CARVALHO, P. C. de F. Interactive N supply and cutting intensity effect on canopy height at 95% light interception. In: GENERAL MEETING OF THE EUROPEAN GRASSLAND FEDERATION, 25., 2014, Aberystwyth, Wales. EGF at 50: the future of European grasslands: proceedings. Zurich: EGF, 2014. p. 353-355. Disponível online. (Grassland science in Europe, v. 19).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| |
| 160. | | SILVA, A. G.; LIMA, B. M.; SANTOS, B. A.; LIMA, T. O.; BAIA, K. S.; MARTINS, C. L.; EL-HUSNY, J. C. Infestação de Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae) em cultivares de soja no polo Paragominas de grãos, Estado do Pará. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 27.; CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE ENTOMOLOGIA, 10., 2018, Gramado. Saúde, ambiente e agricultura: anais. Gramado: SEB, 2018. p. 1437.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| Registros recuperados : 207 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
