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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
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Data corrente: |
04/10/2019 |
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Data da última atualização: |
04/10/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MOREIRA, G. C. M.; SALVIAN, M.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; REECY, J. M.; GODOY, T. F.; LEDUR, M. C.; GARRICK, D.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L. |
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Afiliação: |
GABRIEL COSTA MONTEIRO MOREIRA, ESALQ; MAYARA SALVIAN, ESALQ; CLARISSA BOSCHIERO, ESALQ; ALINE SILVA MELLO CESAR, ESALQ; JAMES M. REECY, Iowa State University/Department of Animal Science; THAIS FERNANDA GODOY, ESALQ; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA; DORIAN J. GARRICK, Massey University/ School of Agriculture; GERSON BARRETO MOURÃO, ESALQ; LUIZ LEHMMAN COUTINHO, ESALQ. |
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Título: |
Genome-wide association scan for QTL and their positional candidate genes associated with internal organ traits in chickens. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 20, n. 669, 2019. |
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DOI: |
10.1186/s12864-019-6040-3 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract Background: Poultry breeding programs have been focused on improvement of growth and carcass traits, however, this has resulted in correlated changes in internal organ weights and increased incidence of metabolic disorders. These disorders can affect feed efficiency or even cause death. We used a high density SNP array (600 K, Affymetrix) to estimate genomic heritability, perform genome-wide association analysis, and identify genomic regions and positional candidate genes (PCGs) associated with internal organ traits in an F2 chicken population. We integrated knowledge of haplotype blocks, selection signature regions and sequencing data to refine the list of PCGs. Results: Estimated genomic heritability for internal organ traits in chickens ranged from low (LUNGWT, 0.06) to high (GIZZWT, 0.45). A total of 20 unique 1 Mb windows identified on GGA1, 2, 4, 7, 12, 15, 18, 19, 21, 27 and 28 were significantly associated with intestine length, and weights or percentages of liver, gizzard or lungs. Within these windows, 14 PCGs were identified based on their biological functions: TNFSF11, GTF2F2, SPERT, KCTD4, HTR2A, RB1, PCDH7, LCORL, LDB2, NR4A2, GPD2, PTPN11, ITGB4 and SLC6A4. From those genes, two were located within haplotype blocks and three overlapped with selection signature regions. A total of 13,748 annotated sequence SNPs were in the 14 PCGs, including 156 SNPs in coding regions (124 synonymous, 26 non-synonymous, and 6 splice variants). Seven deleterious SNPs were identified in TNFSF11, NR4A2 or ITGB4 genes. Conclusions: The results from this study provide novel insights to understand the genetic architecture of internal organ traits in chickens. The QTL detection performed using a high density SNP array covered the whole genome allowing the discovery of novel QTL associated with organ traits. We identified PCGs within the QTL involved in biological processes that may regulate internal organ growth and development. Potential functional genetic variations were identified generating crucial information that, after validation, might be used in poultry breeding programs to reduce the occurrence of metabolic disorders. MenosAbstract Background: Poultry breeding programs have been focused on improvement of growth and carcass traits, however, this has resulted in correlated changes in internal organ weights and increased incidence of metabolic disorders. These disorders can affect feed efficiency or even cause death. We used a high density SNP array (600 K, Affymetrix) to estimate genomic heritability, perform genome-wide association analysis, and identify genomic regions and positional candidate genes (PCGs) associated with internal organ traits in an F2 chicken population. We integrated knowledge of haplotype blocks, selection signature regions and sequencing data to refine the list of PCGs. Results: Estimated genomic heritability for internal organ traits in chickens ranged from low (LUNGWT, 0.06) to high (GIZZWT, 0.45). A total of 20 unique 1 Mb windows identified on GGA1, 2, 4, 7, 12, 15, 18, 19, 21, 27 and 28 were significantly associated with intestine length, and weights or percentages of liver, gizzard or lungs. Within these windows, 14 PCGs were identified based on their biological functions: TNFSF11, GTF2F2, SPERT, KCTD4, HTR2A, RB1, PCDH7, LCORL, LDB2, NR4A2, GPD2, PTPN11, ITGB4 and SLC6A4. From those genes, two were located within haplotype blocks and three overlapped with selection signature regions. A total of 13,748 annotated sequence SNPs were in the 14 PCGs, including 156 SNPs in coding regions (124 synonymous, 26 non-synonymous, and 6 splice variants). Seven deleterious SNPs we... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Deleterious mutations; Genomic heritability; GWAS; Metabolic disorders. |
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Thesagro: |
Avicultura; Genética Animal; Genoma; Melhoramento Genético Animal. |
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Thesaurus Nal: |
Genomics; Gizzard; Heart; Intestines; Liver; Lungs; Metabolic diseases. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aAbstract Background: Poultry breeding programs have been focused on improvement of growth and carcass traits, however, this has resulted in correlated changes in internal organ weights and increased incidence of metabolic disorders. These disorders can affect feed efficiency or even cause death. We used a high density SNP array (600 K, Affymetrix) to estimate genomic heritability, perform genome-wide association analysis, and identify genomic regions and positional candidate genes (PCGs) associated with internal organ traits in an F2 chicken population. We integrated knowledge of haplotype blocks, selection signature regions and sequencing data to refine the list of PCGs. Results: Estimated genomic heritability for internal organ traits in chickens ranged from low (LUNGWT, 0.06) to high (GIZZWT, 0.45). A total of 20 unique 1 Mb windows identified on GGA1, 2, 4, 7, 12, 15, 18, 19, 21, 27 and 28 were significantly associated with intestine length, and weights or percentages of liver, gizzard or lungs. Within these windows, 14 PCGs were identified based on their biological functions: TNFSF11, GTF2F2, SPERT, KCTD4, HTR2A, RB1, PCDH7, LCORL, LDB2, NR4A2, GPD2, PTPN11, ITGB4 and SLC6A4. From those genes, two were located within haplotype blocks and three overlapped with selection signature regions. A total of 13,748 annotated sequence SNPs were in the 14 PCGs, including 156 SNPs in coding regions (124 synonymous, 26 non-synonymous, and 6 splice variants). Seven deleterious SNPs were identified in TNFSF11, NR4A2 or ITGB4 genes. Conclusions: The results from this study provide novel insights to understand the genetic architecture of internal organ traits in chickens. The QTL detection performed using a high density SNP array covered the whole genome allowing the discovery of novel QTL associated with organ traits. We identified PCGs within the QTL involved in biological processes that may regulate internal organ growth and development. Potential functional genetic variations were identified generating crucial information that, after validation, might be used in poultry breeding programs to reduce the occurrence of metabolic disorders.
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Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
28/11/2019 |
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Data da última atualização: |
17/06/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SIMOES, W. L.; MOUCO, M. A. do C.; LEITE, E. W. S.; SILVA, D. J.; SILVA, J. S. da; TORRES JÚNIOR, V. G. |
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Afiliação: |
WELSON LIMA SIMOES, CPATSA; MARIA APARECIDA DO CARMO MOUCO, CPATSA; EMERSON WILBERTO SILVA LEITE, UNIVERSIDADE FEDERAL DO VALE DO SÃO FRANCISCO; DAVI JOSE SILVA, CPATSA; JUCICLÉIA SOARES DA SILVA; VINICIUS GONÇALVES TORRES JUNIOR, UNIVERSIDADE DE PERNAMBUCO. |
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Título: |
Produção da manga Palmer submetida a aplicação de cálcio marinho. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INOVAGRI INTERNATIONAL MEETING, 5.; CONGRESSO NACIONAL DE IRRIGAÇÃO E DRENAGEM, 28.; SIMPÓSIO LATINO AMERICANO DE SALINIDADE, 1., 2019, Fortaleza. Anais... Fortaleza: Instituto de Pesquisa e Inovação na Agricultura Irrigada: UFC: ABID, 2019. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A cultura da manga tem ganhado seu espaço no mercado internacional, sendo a fruta tropical que mais contribui com as exportações brasileiras de frutas frescas. Considerando-se que a adubação com o cálcio proveniente de algas marinhas, como o lithothaminium, tendem a deixar o elemento mais disponível para as plantas que as fontes convencionais utilizadas, objetivou-se com o presente trabalho determinar o efeito de doses de cálcio proveniente das algas marinhas lithothaminium, na produção de frutos da mangueira Palmer. O experimento foi conduzido na fazenda Saúde, localizada no Projeto Senador Nilo Coelho nº 09, na cidade de Petrolina-PE. O delineamento experimental foi em blocos casualizados, com cinco doses de lithothaminium via fertirrigação (0; 5; 10; 15; e 20 L ha-1), com adubação convencional da fazenda e um tratamento adicional, sem a aplicação desta última. Foram avaliados o número de frutos, o peso médio dos frutos e a produção por planta. O cálcio lithothaminium provocou diferença significativa ao nível de 5% de probabilidade, apresentando um aumento de 48,72% no número de frutos e de 42,26% na produção por planta, quando comparado com a adubação convencional realizada na propriedade. |
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Palavras-Chave: |
Calcio Lithothaminium; Cálcio proveniente de algas marinhas; Cultivar Palmer. |
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Thesagro: |
Adubação; Fertirrigação; Fruta Tropical; Manga; Mangifera Indica. |
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Thesaurus NAL: |
Mangoes; Tropical and subtropical fruits. |
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Categoria do assunto: |
A Sistemas de Cultivo |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/205769/1/PRODUCAO-DA-MANGA-PALMERSUBMETIDA-2019.pdf
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Marc: |
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260 $aIn: INOVAGRI INTERNATIONAL MEETING, 5.; CONGRESSO NACIONAL DE IRRIGAÇÃO E DRENAGEM, 28.; SIMPÓSIO LATINO AMERICANO DE SALINIDADE, 1., 2019, Fortaleza. Anais... Fortaleza: Instituto de Pesquisa e Inovação na Agricultura Irrigada: UFC: ABID$c2019
520 $aA cultura da manga tem ganhado seu espaço no mercado internacional, sendo a fruta tropical que mais contribui com as exportações brasileiras de frutas frescas. Considerando-se que a adubação com o cálcio proveniente de algas marinhas, como o lithothaminium, tendem a deixar o elemento mais disponível para as plantas que as fontes convencionais utilizadas, objetivou-se com o presente trabalho determinar o efeito de doses de cálcio proveniente das algas marinhas lithothaminium, na produção de frutos da mangueira Palmer. O experimento foi conduzido na fazenda Saúde, localizada no Projeto Senador Nilo Coelho nº 09, na cidade de Petrolina-PE. O delineamento experimental foi em blocos casualizados, com cinco doses de lithothaminium via fertirrigação (0; 5; 10; 15; e 20 L ha-1), com adubação convencional da fazenda e um tratamento adicional, sem a aplicação desta última. Foram avaliados o número de frutos, o peso médio dos frutos e a produção por planta. O cálcio lithothaminium provocou diferença significativa ao nível de 5% de probabilidade, apresentando um aumento de 48,72% no número de frutos e de 42,26% na produção por planta, quando comparado com a adubação convencional realizada na propriedade.
650 $aMangoes
650 $aTropical and subtropical fruits
650 $aAdubação
650 $aFertirrigação
650 $aFruta Tropical
650 $aManga
650 $aMangifera Indica
653 $aCalcio Lithothaminium
653 $aCálcio proveniente de algas marinhas
653 $aCultivar Palmer
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700 1 $aLEITE, E. W. S.
700 1 $aSILVA, D. J.
700 1 $aSILVA, J. S. da
700 1 $aTORRES JÚNIOR, V. G.
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Registro original: |
Embrapa Semiárido (CPATSA) |
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