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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Territorial. |
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Data corrente: |
17/02/2016 |
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Data da última atualização: |
30/11/2020 |
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Autoria: |
SALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. |
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Afiliação: |
JOSÉ AUGUSTO SALIM, Computational Biology Research Group; LUIZ BORRO, Computational Biology Research Group; IVAN MAZONI, CNPTIA; JOSÉ GILBERTO JARDINE, CNPM; GORAN NESIC, CNPTIA. |
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Título: |
Multiple Structures Single Parameter (MSSP): analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Bioinformatics Advance, v. 32, n. 12, p. 1885-1887, June 2016. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw082 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Motivation: A graphical representation of physicochemical and structural descriptors attributed to amino acid residues occupying the same topological position in different, structurally aligned proteins can provide a more intuitive way to associate possible functional implications to identified variations in structural characteristics. This could be achieved by observing selected characteristics of amino acids and of their corresponding nano environments, described by the numerical value of matching descriptor. For this purpose, a webbased tool called Multiple Structures Single Parameter (MSSP) was developed and here presented. Results: MSSP produces a 2D plot of a single protein descriptor for a number of structurally aligned protein chains. From a total of 150 protein descriptors available in MSSP, selected out of more than 1500 parameters stored in the STING database, it is possible to create easily readable and highly informative XY-plots, where X-axis contains the amino acid position in the multiple structural alignment, and Yaxis contains the descriptor?s numerical values for each aligned structure. To illustrate one of possible MSSP contributions to the investigation of changes in physicochemical and structural properties of mutants, comparing them to the cognate wild type structure, the oncogenic mutation of M918T in RET Kinase is presented. The comparative analysis of wild type and mutant structures shows great changes in their electrostatic potential. These variations are easily depicted at the MSSP generated XY plot. MenosMotivation: A graphical representation of physicochemical and structural descriptors attributed to amino acid residues occupying the same topological position in different, structurally aligned proteins can provide a more intuitive way to associate possible functional implications to identified variations in structural characteristics. This could be achieved by observing selected characteristics of amino acids and of their corresponding nano environments, described by the numerical value of matching descriptor. For this purpose, a webbased tool called Multiple Structures Single Parameter (MSSP) was developed and here presented. Results: MSSP produces a 2D plot of a single protein descriptor for a number of structurally aligned protein chains. From a total of 150 protein descriptors available in MSSP, selected out of more than 1500 parameters stored in the STING database, it is possible to create easily readable and highly informative XY-plots, where X-axis contains the amino acid position in the multiple structural alignment, and Yaxis contains the descriptor?s numerical values for each aligned structure. To illustrate one of possible MSSP contributions to the investigation of changes in physicochemical and structural properties of mutants, comparing them to the cognate wild type structure, the oncogenic mutation of M918T in RET Kinase is presented. The comparative analysis of wild type and mutant structures shows great changes in their electrostatic potential. These variati... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Amino acid residues; Bioinformática. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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100 1 $aSALIM, J. A.
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700 1 $aMAZONI, I.
700 1 $aJARDINE, J. G.
700 1 $aNESHICH, G.
773 $tBioinformatics Advance$gv. 32, n. 12, p. 1885-1887, June 2016.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 381 | |
| 201. |  | SOUSA, T. V.; CAIXETA, E. T.; ALKIMIM, E. R.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Caracterização molecular de cultivares de café resistentes à ferrugem. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 202. | | SETOTAW, T. A.; CRUZ, C. D.; CAIXETA, E. T.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Coefficient of parentage of brazilian arabica coffee cultivars. In.: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEA SCIENCE, 23., 2010, Bali, Indonesia. p. 188| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 203. | | SETOTAW, T. A.; CAIXETA, E. T.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de; CRUZ, C. D.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Coefficient of parentage in Coffea arabica L. cultivars grown in Brazil. Crop Science, v. 53, n. 4 , p. 1237-1247, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 204. | | MEDEIROS, A. C.; CAIXETA, E. T.; OLIVEIRA, A. C. B. de; SOUSA, T. V.; STOCK, V. de M.; CRUZ, C. D.; ZAMBOLIM, L.; PEREIRA, A. P. Combining ability and molecular marker approach identified genetic resources to improve agronomic performance in coffea arabica breeding. Frontiers in Sustainable Food Systems, v. 5, 705278, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 206. | | LAZZAROTTO, J. J.; ROESSING, A. C.; MELLO, H. C.; OLIVEIRA, A. C. B. de; MIRANDA, F. T. S. de; GODOY, C. V. Ferrugem da soja na Bahia: avaliação das eficiências técnica e econômica de fungicidas. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 25., 2003, Uberaba. Resumos... Londrina: Embrapa Soja: EPAMIG: Fundação Triângulo, 2003. p. 281-282. (Embrapa Soja. Documentos, 209). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Boas de Campos Leite.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 207. | | SETOTAW, T. A.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; SOUSA, T. V.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de; CRUZ, C. D.; ZAMBOLIM, L.; SAKYAMA, N. S. Genome introgression of Híbrido de Timor and its potential to develop high cup quality C. arabica cultivars. Journal of Agricultural Science, v. 12, n. 4, p. 64-76, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 208. | | SUELA, M. M.; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, A. C. C.; MOMEN, M.; OLIVEIRA, A. C. B. de; CAIXETA, E. T.; MOROTA, G.; NASCIMENTO, M. Genome-wide association study for morphological, physiological, and productive traits in Coffea arabica using structural equation models. Tree Genetics & Genomes, v. 19, n. 3, 2023. 17 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 209. | | MÁRQUEZ, L. A. Y.; BRUM, D. de; GOMES, C. B.; OLIVEIRA, A. C. B. de; HELLER, E.; NEUSCHRANK, E. L.; ARAÚJO FILHO, J. V. de. Host status of soybean genotypes to Meloidogyne species. Ciência Rural, Santa Maria, v. 50, n. 9, e20190637, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 210. | | OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; BOTELHO, C. E.; SILVA, F. L. da; REZENDE, J. C. de; CARVALHO, G. R. Ganhos genéticos esperados com a seleção de progênies de cafeeiros sarchimor, cachimor e cavimor. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Vitória.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 211. | | OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; SILVA, F. L. da; REZENDE, J. C. de; BOTELHO, C. E.; CARVALHO, G. R. Ganhos pela seleção de progênies oriundas de combinações genéticas visando a produção de cafés especiais. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 212. | | BUENO, A, de F.; BUENO, R. C. O. de F.; PEREIRA, L. C. G.; BOTTCHOR, A. P. C.; PACHECO, V. M.; OLIVEIRA, A. C. B. de. Controle de pragas do girassol através de tratamento de sementes. In: REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE GIRASSOL, 17.; SIMPÓSIO NACIONAL SOBRE A CULTURA DO GIRASSOL, 5., 2007, Uberaba. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 2007. p. 140-144. (Embrapa Soja. Documentos, 292). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Simone Ery Grosskopf.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 213. | | BUENO, A. de F.; BUENO, R. C. O. de F.; PEREIRA, L. C. G.; BOTTCHOR, A. P. C.; PACHECO, V. M.; OLIVEIRA, A. C. B. de. Controle de pragas do girassol através de tratamento de sementes. In: REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE GIRASSOL, 17.; SIMPÓSIO NACIONAL SOBRE A CULTURA DO GIRASSOL, 5., 2007, Uberaba. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 2007. (Embrapa Soja. Documentos, 292). p. 140-144. Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Simone Ery Grosskopf.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 215. | | CARLI, R. de; ROSA, F. K. da; HAMMES, J.; OLIVEIRA, A. C. B. de; ROSA, A. P. S. A. da; EMYGDIO, B. M. Desempenho de genótipos de soja em área de rotação com a cultura do arroz irrigado no RS. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 845-847.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 216. | | SILVA, J. T. da; WINKLER, A. S.; TIMM, P. A.; PFEIFER, T.; PARFITT, J. M. B.; OLIVEIRA, A. C. B. de. Desempenho da soja cultivada sob sistema de sulco/camalhão em área de arroz irrigado na Região da Campanha/RS. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO SUL, 41., 2016, Passo Fundo. Atas e resumos... Passo Fundo: Universidade de Passo Fundo, 2016.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 217. | | AGUILA, L. S. H. D.; VERNETTI JUNIOR, F. de J.; OLIVEIRA, A. C. B. de; GEHLING, R. K.; SCHEEREN, R. H.; DURLACHER, K. S. Desenvolvimento de Cultivares de soja de hábitos de Crescimento Determinado e Indeterminado sob Diferentes Arranjos Espaciais. In: REUNIÃO DE PESQUISA DA SOJA DA REGIÃO SUL, 40., Pelotas, 2014. Atas e Resumos. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2014. 473 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 218. | | MOREIRA, S. de S.; SOBREIRA, F. M.; LIMA, T. L. B. de; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; MALTA, M. R. Correlação entre características químicas e sensoriais do Café rábica. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 219. | | ROSA, F. K.; OLIVEIRA, A. C. B. de; HÖHN, D.; FACCHINELLO, P. H.; OLIVEIRA, L. N.; DOROSZ, W. M.; EMYGDIO, B. M.; ROSA, A. P. S. A. da. Desempenho agronômico de genótipos de soja semeados em capão do leão. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 21.; MOSTRA CIENTÍFICA, 4., 2012, Pelotas. Anais... Pelotas: UFPelotas, 2012. 1 CD-ROM. CIC UFPelotas.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 220. | | OLIVEIRA, C. dos S.; AGUIAR, G. A.; ROSA, F. K. da; DALCIN, M.; RAUBER, M. A. K.; OLIVEIRA, A. C. B. de; EMYGDIO, B. M. Desempenho agronômico de genótipos de soja semeados em Pelotas. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 3., 2010, Pelotas. resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Anais: Carreira, ética e inovação: o que você está fazendo? Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Editado por Ivan Rodrigues de Almeida, Leonardo Ferreira Dutra e Jamir Luis Silva da Silva. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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