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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café; Embrapa Rondônia; Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
20/02/2014 |
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Data da última atualização: |
29/09/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; CRUZ, C. D.; SOUZA, F. de F.; FERRAO, M. A. G.; ZAMBOLIM, Z.; SAKIYAMA, N. S. |
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Afiliação: |
L. F. V. Ferrão, Universidade Federal de Viçosa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA MOURA, CNPCa; C. D. Cruz, Universidade Federal de Viçosa; FLAVIO DE FRANCA SOUZA, CPATSA; MARIA AMELIA GAVA FERRAO, SAPC; L. Zambolim, Universidade Federal de Viçosa; N. S. Sakiyama, Universidade Federal de Viçosa. |
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Título: |
The effects of encoding data in diversity studies and the applicability of the weighting index approach for data analysis from different molecular markers. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Systematics and Evolution, v. 300, n. 7, p. 1649-1661, 2014. |
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DOI: |
10.1007/s00606-014-09903 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the studies that involved different types of markers, an alternative to the combined analysis is discussed, where the informativeness, coverage and quality of markers are weighted in the genetic diversity studies. MenosThe use of molecular markers to study genetic diversity represents a breakthrough in this area, because of the increase in polymorphism levels and phenotypic neutrality. Codominant markers, such as microsatellites (SSR), are sensitive enough to distinguish the heterozygotes in genetic studies. Despite this advantage, there are some studies that ignore this feature and work with encoded data because of the simplicity of the evaluation, existence of polyploids and need for the combined analysis of different types of molecular markers. Thus, our study aims to investigate the consequences of these encodings on simulated and real data. In addition, we suggest an alternative analysis for genetic evaluations using different molecular markers. For the simulated data, we proposed the following two scenarios: the first uses SNP markers, and the second SSR markers. For real data, we used the SSR genotyping data from Coffea canephora accessions maintained in the Embrapa Germplasm Collection. The genetic diversity was studied using cluster analysis, the dissimilarity index, and the Bayesian approach implemented in the STRUCTURE software. For the simulated data, we observed a loss of genetic information to the encoded data in both scenarios. The same result was observed in the coffee studies. This loss of information was discussed in the context of a plantbreeding program, and the consequences were weighted to germplasm evaluations and the selection of parents for hybridization. In the st... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Café canéfora; Café conilon; Codominant markers; Coffee; Diversidade genética; Dominant markers Germplasm; Marcadores dominantes; SSR STRUCTURE. |
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Thesagro: |
Café; Coffea Canephora; Marcador molecular. |
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Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/216289/1/Ferrao-et-al.-2014-1.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/121101/1/Flavio.cpatsa.2014.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agrobiologia. Para informações adicionais entre em contato com cnpab.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agrobiologia. |
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Data corrente: |
27/06/1997 |
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Data da última atualização: |
27/06/1997 |
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Autoria: |
ARAUJO, A. P.; TEIXEIRA, M. G.; ALMEIDA, D. L. de. |
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Título: |
Crescimento produção de genotipos de feijoeiro em dois niveis de fosforo no solo sob fixação biologica de nitrogênio. |
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Ano de publicação: |
1996 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO LATINO AMERICANO DE CIENCIA DO SOLO, 13.; REUNIAO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 1.; SIMPOSIO BRASILEIRO SOBRE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 4., ago. 1996, Aguas de Lindoia-SP. Resumos... Aguas de Lindoia, SP: USP / SLCS / SBCS, 1996. Comissao 4. Trabalho n.93. 1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A producao de feijao (Phaseolus vulgaris L.) nos tropicos e frequentemente limitada pela baixa disponibilidade de fosforo no solo. Apesar da variacao nutricional existente em genotipos de feijoeiro, a pouca informacao disponivel sobre os mecanismos envolvidos e seu controle genetico dificultam o aproveitamento dessa variabilidade no melhoramento. A identificacao de caracteristicas morfologicas e de um periodo especifico de desenvolvimento da cultura, considerados como criticos ao estabelecimento de cultivares sob baixo P, poderia incrementar a manipulacao de germolasma. A eficiencia de utilizacao de P, apos sua absorcao pelas raizes, pode contribuir para as diferencas no crescimento vegetal em condicoes de limitacao de P. O feijoeiro tem sido considerado uma planta com baixa capacidade de fixacao simbiotica de N2, quando comparado a outras leguminosas de grao. Alem disto, limitacoes nutricionais associadas ao baixo suprimento de P podem influenciar a fixacao biologica de N2. Os estudos sobre eficiencia de uso de P podem contribuir com a otimizacao da fixacao biologica de N2 e com o aumento da produtividade da cultura em solos de menor fertilidade. Foi instalado um experimento em condicoes de campo, com arranjo fatorial 8x2, num delineamento experimental em blocos ao acaso, com quatro repeticoes, tendo sido realizadas quatro amostragens por parcela. Foram cultivados 8 genotipos de feijoeiro (BAT 76, Carioca, Goiano, Precoce, ICA Pijao, Ouro Negro, Puebla 152, Rico 23 e Rio Tibagi), em duas doses de P aplicado... MenosA producao de feijao (Phaseolus vulgaris L.) nos tropicos e frequentemente limitada pela baixa disponibilidade de fosforo no solo. Apesar da variacao nutricional existente em genotipos de feijoeiro, a pouca informacao disponivel sobre os mecanismos envolvidos e seu controle genetico dificultam o aproveitamento dessa variabilidade no melhoramento. A identificacao de caracteristicas morfologicas e de um periodo especifico de desenvolvimento da cultura, considerados como criticos ao estabelecimento de cultivares sob baixo P, poderia incrementar a manipulacao de germolasma. A eficiencia de utilizacao de P, apos sua absorcao pelas raizes, pode contribuir para as diferencas no crescimento vegetal em condicoes de limitacao de P. O feijoeiro tem sido considerado uma planta com baixa capacidade de fixacao simbiotica de N2, quando comparado a outras leguminosas de grao. Alem disto, limitacoes nutricionais associadas ao baixo suprimento de P podem influenciar a fixacao biologica de N2. Os estudos sobre eficiencia de uso de P podem contribuir com a otimizacao da fixacao biologica de N2 e com o aumento da produtividade da cultura em solos de menor fertilidade. Foi instalado um experimento em condicoes de campo, com arranjo fatorial 8x2, num delineamento experimental em blocos ao acaso, com quatro repeticoes, tendo sido realizadas quatro amostragens por parcela. Foram cultivados 8 genotipos de feijoeiro (BAT 76, Carioca, Goiano, Precoce, ICA Pijao, Ouro Negro, Puebla 152, Rico 23 e Rio Ti... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Componente; Root nodulation. |
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Thesagro: |
Feijão; Nodulação; Phaseolus Vulgaris; Planta; Produção; Raiz. |
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Thesaurus NAL: |
kidney beans; yield components. |
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Categoria do assunto: |
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Marc: |
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520 $aA producao de feijao (Phaseolus vulgaris L.) nos tropicos e frequentemente limitada pela baixa disponibilidade de fosforo no solo. Apesar da variacao nutricional existente em genotipos de feijoeiro, a pouca informacao disponivel sobre os mecanismos envolvidos e seu controle genetico dificultam o aproveitamento dessa variabilidade no melhoramento. A identificacao de caracteristicas morfologicas e de um periodo especifico de desenvolvimento da cultura, considerados como criticos ao estabelecimento de cultivares sob baixo P, poderia incrementar a manipulacao de germolasma. A eficiencia de utilizacao de P, apos sua absorcao pelas raizes, pode contribuir para as diferencas no crescimento vegetal em condicoes de limitacao de P. O feijoeiro tem sido considerado uma planta com baixa capacidade de fixacao simbiotica de N2, quando comparado a outras leguminosas de grao. Alem disto, limitacoes nutricionais associadas ao baixo suprimento de P podem influenciar a fixacao biologica de N2. Os estudos sobre eficiencia de uso de P podem contribuir com a otimizacao da fixacao biologica de N2 e com o aumento da produtividade da cultura em solos de menor fertilidade. Foi instalado um experimento em condicoes de campo, com arranjo fatorial 8x2, num delineamento experimental em blocos ao acaso, com quatro repeticoes, tendo sido realizadas quatro amostragens por parcela. Foram cultivados 8 genotipos de feijoeiro (BAT 76, Carioca, Goiano, Precoce, ICA Pijao, Ouro Negro, Puebla 152, Rico 23 e Rio Tibagi), em duas doses de P aplicado...
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773 $tIn: CONGRESSO LATINO AMERICANO DE CIENCIA DO SOLO, 13.; REUNIAO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 1.; SIMPOSIO BRASILEIRO SOBRE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 4., ago. 1996, Aguas de Lindoia-SP. Resumos... Aguas de Lindoia, SP: USP / SLCS / SBCS, 1996. Comissao 4. Trabalho$gn.93. 1 CD-ROM.
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Registro original: |
Embrapa Agrobiologia (CNPAB) |
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