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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
19/02/2021 |
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Data da última atualização: |
07/02/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ARRAES, F. B. M.; MARTINS-DE-SA, D; VASQUEZ, D. D. N.; MELO, B. P.; FAHEEM, M.; MACEDO, L. L. P. de; MORGANTE, C. V.; BARBOSA, J. A. R. G.; TOGAWA, R. C.; MOREIRA, V. J. V.; DANCHIN, E. G. J.; SA, M. F. G. de. |
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Afiliação: |
FABRICIO BARBOSA MONTEIRO ARRAES; DIOGO MARTINS-DE-SA; DANIEL D. NORIEGA VASQUEZ; BRUNO PAES MELO; MUHAMMAD FAHEEM; LEONARDO LIMA PEPINO DE MACEDO; CAROLINA VIANNA MORGANTE, CPATSA; JOÃO ALEXANDRE R. G. BARBOSA; ROBERTO COITI TOGAWA; VALDEIR JUNIO VAZ MOREIRA; ETIENNE G. J. DANCHIN; MARIA FATIMA GROSSI DE SA. |
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Título: |
Dissecting protein domain variability in the core rna interference machinery of five insect orders. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
RNA Biology, v. 18, n. 11, p. 1653-1681, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1080/15476286.2020.1861816 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
RNA interference (RNAi)-mediated gene silencing can be used to control specific insect pest populations. Unfortunately, the variable efficiency in the knockdown levels of target genes has narrowed the applicability of this technology to a few species. Here, we examine the current state of knowledge regarding the miRNA (micro RNA) and siRNA (small interfering RNA) pathways in insects and investigate the structural variability at key protein domains of the RNAi machinery. Our goal was to correlate domain variability with mechanisms affecting the gene silencing efficiency. To this end, the protein domains of 168 insect species, encompassing the orders Coleoptera, Diptera, Hemiptera, Hymenoptera, and Lepidoptera, were analysed using our pipeline, which takes advantage of meticulous structure-based sequence alignments. We used phylogenetic inference and the evolutionary rate coefficient (K) to outline the variability across domain regions and surfaces. Our results show that four domains, namely dsrm, Helicase, PAZ and Ribonuclease III, are the main contributors of protein variability in the RNAi machinery across different insect orders. We discuss the potential roles of these domains in regulating RNAi-mediated gene silencing and the role of loop regions in fine-tuning RNAi efficiency. Additionally, we identified several order-specific singularities which indicate that lepidopterans have evolved differently from other insect orders, possibly due to constant coevolution with plants and viruses. In conclusion, our results highlight several variability hotspots that deserve further investigation in order to improve the application of RNAi technology in the control of insect pests. MenosRNA interference (RNAi)-mediated gene silencing can be used to control specific insect pest populations. Unfortunately, the variable efficiency in the knockdown levels of target genes has narrowed the applicability of this technology to a few species. Here, we examine the current state of knowledge regarding the miRNA (micro RNA) and siRNA (small interfering RNA) pathways in insects and investigate the structural variability at key protein domains of the RNAi machinery. Our goal was to correlate domain variability with mechanisms affecting the gene silencing efficiency. To this end, the protein domains of 168 insect species, encompassing the orders Coleoptera, Diptera, Hemiptera, Hymenoptera, and Lepidoptera, were analysed using our pipeline, which takes advantage of meticulous structure-based sequence alignments. We used phylogenetic inference and the evolutionary rate coefficient (K) to outline the variability across domain regions and surfaces. Our results show that four domains, namely dsrm, Helicase, PAZ and Ribonuclease III, are the main contributors of protein variability in the RNAi machinery across different insect orders. We discuss the potential roles of these domains in regulating RNAi-mediated gene silencing and the role of loop regions in fine-tuning RNAi efficiency. Additionally, we identified several order-specific singularities which indicate that lepidopterans have evolved differently from other insect orders, possibly due to constant coevolution with plant... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Argonaute; DCR1; Dicer; Drosha; DsRBDs; Evolução da proteína; In silico analysis; Loquacious; Pasha; Protein evolution; R2D2; RIIID II; Sequência de proteínas inteira; Structure-function relationship. |
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Thesagro: |
Controle Genético; Genoma; Inseto; Praga; Proteína. |
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Thesaurus Nal: |
Insect control; Pest control; Protein structure; Proteins. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230917/1/Dissecting-protein-domain-variability-2021.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Semiárido (CPATSA) |
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| Registros recuperados : 249 | |
| 221. |  | MOREIRA-PINTO, C. E.; COELHO, R. R.; LEITE, A. G. B.; SILVEIRA, D. A.; SOUZA, D. A.; LOPES, R. B.; MACEDO, L. L. P. de; SILVA, M. C. M. da; RIBEIRO, T. P.; MORGANTE, C. V.; ANTONINO, J. D.; SA, M. F. G. de. Increasing Anthonomus grandis susceptibility to Metarhizium anisopliae through RNAi-induced AgraRelish knockdown: a perspective to combine biocontrol and biotechnology. Pest Management Science, v. 77, n. 9, p. 4054-4063, 2021. Na publicação: Leonardo L P Macedo; Maria C M Silva; Maria F Grossi-de-Sa.,| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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| 222. | | RIBEIRO, T. P.; LOURENCO, I. T.; MELO, B. P. de; MORGANTE, C. V.; SALLES FILHO, A.; LINS, C. B. J.; FERREIRA, G. F.; MELLO, G. N.; MACEDO, L. L. P. de; LUCENA, W. A.; SILVA, M. C. M. da; OLIVEIRA‑NETO, O. B.; SA, M. F. G. de. Improved cotton transformation protocol mediated by Agrobacterium and biolistic combined-methods. Planta, v. 254, 20, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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| 223. | | FRAGOSO, R. da R.; LOURENÇO, I. T.; VIANA, A. A. B.; SOUZA, D. dos S. de L.; ANDRADE, R. V. de; MEHTA, A.; BRASILEIRO, A. C. M.; PINTO, E. R. de C.; LIMA, L. M. de; ROCHA, T L.; SA, M. F. G. de. Interação molecular planta-nematóide. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2007. 56 p. (Embrapa Cerrados. Documentos, 198).| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 224. | | LOURENCO, I. T.; SOUZA JÚNIOR, J. D. A.; MARTINS-DE-SA, D.; VIANA, A. A. B.; CARNEIRO, R. M. D. G.; TOGAWA, R. C.; ALMEIDA-ENGLER, J. de; BATISTA, J. A. N.; SILVA, M. C. M. da; FRAGOSO, R. da R.; SA, M. F. G. de. Knock-down of heat-shock protein 90 and isocitrate lyase gene expression reduced root-knot nematode reproduction. Phytopathology, v. 105, n. 5, p. 628-637, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 225. | | BARBOSA, A. E. A. de D.; FRAGOSO, R. da R.; SOUZA, D. dos S. de L.; FREIRE, E.; OLIVEIRA NETO, O. B. de; VIANA, A. A. B.; TOGAWA, R. C.; GUIMARÃES, L. M.; MARTINS, N. F.; CIA, E.; FERNANDEZ, D.; LIMA, L. M. de; SILVA, M. C. M. da; ROCHA, T. L.; SA, M. F. G. de. Differentially expressed genes in cotton plant genotypes infected with Meloidogyne incognita. Plant Science, v. 177, p. 492-497, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 226. | | BARBOSA, A. E. A. de D.; FRAGOSO, R. da R.; SOUZA, D. dos S. de L.; FREIRE, E.; OLIVEIRA NETO, O. B. de; VIANA, A. A. B.; TOGAWA, R. C.; GUIMARÃES, L. M.; MARTINS, N. F.; CIA, E.; FERNANDEZ, D.; LIMA, L. M. de; SILVA, M. C. M. da; ROCHA, T. L.; SA, M. F. G. de. Differentially expressed genes in cotton plant genotypes infected with Meloidogyne incognita. Plant Science, v. 177, p. 492-497, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 227. | | COSTA, L. S. de L.; ALVES, N. S. de F.; PINTO, C. E. M.; FLORENTINO, L. H.; MELO, B. P. de; MOREIRA, V. J. V.; SÁ, M. E. L. de; ARRAES, F. B. M.; RECH FILHO, E. L.; MORGANTE, C. V.; SA, M. F. G. de. Depleção do quadro de leitura upstream como nova estratégia para manipular a tradução de gmpr10 usando crispr/cas9 para aumentar a tolerância da soja a fitonematoides. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 8, 2023, Florianópolis, SC. Anais... Florianópolis: SBG, 2023. p. 131.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 228. | | COSTA, L. S. de L.; ALVES, N. S. de F.; PINTO, C. E. M.; FLORENTINO, L. H.; MELO, B. P. de; MOREIRA, V. J. V.; SÁ, M. E. L. de; ARRAES, F. B. M.; RECH FILHO, E. L.; MORGANTE, C. V.; SA, M. F. G. de. Depleção do quadro de leitura upstream como nova estratégia para manipular a tradução de gmpr10 usando crispr/cas9 para aumentar a tolerância da soja a fitonematoides. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 8, 2023, Florianópolis, SC. Anais... Florianópolis: SBG, 2023. p. 131.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 229. | | RIBEIRO, T. P.; MARTINS-DE-SA, D.; MACEDO, L. L. P. de; LOURENCO, I. T.; RUFFO, G. C.; SOUSA, J. P. A.; SANTANA, J. M. do R.; OLIVEIRA-NETO, O. B.; MOURA, S. M.; SILVA, M. C. M. da; MORGANTE, C. V.; OLIVEIRA, N. G. de; BASSO, M. F.; SA, M. F. G. de. Cotton plants overexpressing the Bacillus thuringiensis Cry23Aa and Cry37Aa binary-like toxins exhibit high resistance to the cotton boll weevil (Anthonomus grandis). Plant Science, v. 344, 112079, 2024. Na publicação: Leonardo Lima Pepino Macedo; Isabela Tristan Lourenço-Tessutti; Maria Cristina Mattar Silva; Maria Fatima Grossi-de-Sa.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 230. | | ARRAES, F. B. M.; MARTINS-DE-SA, D; VASQUEZ, D. D. N.; MELO, B. P.; FAHEEM, M.; MACEDO, L. L. P. de; MORGANTE, C. V.; BARBOSA, J. A. R. G.; TOGAWA, R. C.; MOREIRA, V. J. V.; DANCHIN, E. G. J.; SA, M. F. G. de. Dissecting protein domain variability in the core rna interference machinery of five insect orders. RNA Biology, v. 18, n. 11, p. 1653-1681, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 232. | | FIRMINO, A. A. P; SILVA, T. S.; EVARISTO, R. G. S.; FRANCO, O. L.; CARNEIRO, R. M. D. G.; SILVEIRA, E. R.; ALMEIDA, F. F.; DEL SARTO, R. P.; SOUZA, D. S. L.; SILVA, M. C. M. da; SA, M. F. G. de; ROCHA, T. L. Secondary metabolites from the seeds of Canavalia ensiformis: perspectives for the use of metabolic engineering to control nematodes. In: INTERNATIONAL CONGRESS OF TROPICAL NEMATOLOGY, 2., 2009, Maceió. Abstracts... Maceió: ONTA: SBN, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 233. | | FONSECA, F. C. de A.; FIRMINO, A. A. P.; MACEDO. L. L. P. de; COELHO, R. R.; SOUSA JÚNIOR, J. D. A. de; SILVA JUNIOR, O. B.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; GÓIS, L. A. B. de; SILVA, M. C. M. da; SA, M. F. G. de. Sugarcane giant borer transcriptome analysis and identification of genes related to digestion. Plos One, fev., 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 234. | | OLIVEIRA, R. S. de; OLIVEIRA NETO, O. B.; MOURA, H. F. N.; MACEDO, L. L. P. de; ARRAES, F. B M.; LUCENA, W. A.; LOURENCO, I. T.; BARBOSA, A. de D.; SILVA, M. C. M. da; SA, M. F. G. de. Transgenic cotton plants expressing Cry1la12 toxin confer resistance to fall armyworm (Spodoptera frugiperda) and cotton boll weevil (Anthonomus grandis). Frontiers in Plant Science, v. 7, Article 165, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 235. | | RIBEIRO, T. P.; VASQUEZ, D. D. N.; MACEDO, L. L. P. de; LOURENCO, I. T.; VALENÇA, D. C.; OLIVEIRA-NETO, O. B.; PAES-DE-MELO, B.; RODRIGUES-SILVA, P. L.; FIRMINO, A. A. P.; BASSO, M. F.; LINS, C. B. J.; NEVES, M. R.; MOURA, S. M.; TRIPODE, B. M. D.; MIRANDA, J. E.; SILVA, M. C. M. da; SA, M. F. G. de. Stabilized double-stranded RNA strategy improves cotton resistance to CBW (Anthonomus grandis). International Journal of Molecular Sciences, v. 23, 2022. 13713. Na publicação: Leonardo L. P. Macedo; Isabela T. Lourenço-Tessutti; Maria F. Grossi-de-Sa.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 236. | | CRAVEIRO, K. I. C.; GOMES JÚNIOR, J. E.; SILVA, M. C. M. da; MACEDO, L. L. P.; LUCENA, W. A.; SILVA, M. S.; SOUZA JÚNIOR, J. D. A. de; OLIVEIRA, G. R.; MAGALHÃES, M. T. Q. de; SANTIAGO, A. D.; SA, M. F. G. de. Variant cry1Ia toxins generated by DNA shuffling are active against sugarcane giant borer. Journal of Biotechnology, n. 145, p. 215-221, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 237. | | FONSECA, F. C. de A.; ANTONINO, J. D.; MOURA, S. M. de; RODRIGUES-SILVA, P. L.; MACEDO, L. L. P. de; GOMES JÚNIOR, J. E.; LOURENCO, I. T.; LUCENA, W. A.; MORGANTE, C. V.; RIBEIRO, T. P.; MONNERAT, R. G.; RODRIGUES, M. A.; CUCCOVIA, I. M.; SILVA, M. C. M. da; SA, M. F. G. de. In vivo and in silico comparison analyses of Cry toxin activities toward the sugarcane giant borer. Bulletin of Entomological Research, v. 113, n. 3, p. 335-346, 2023. Na publicação: Leonardo Lima Pepino Macedo; Isabela Tristan Lourenço-Tessuti; Carolina Viana Morgante; Maria Cristina Mattar Silva; Maria Fatima Grossi-de-Sa.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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| 238. | | LISEI-DE-SÁ, M. e; RODRIGUES‑SILVA, P. L.; MORGANTE, C. V.; MELO, B. P. de; LOURENCO, I. T.; ARRAES, F. B. M.; SOUSA, J. P. A.; GALBIERI, R.; AMORIM, R. M. S.; LINS, C. B. J. de; MACEDO, L. L. P. de; MOREIRA, V. J.; FERREIRA, G. F.; RIBEIRO, T. P.; FRAGOSO, R. da R.; SILVA, M. C. M. da; ALMEIDA-ENGLER, J. de; SA, M. F. G. de. Pyramiding dsRNAs increases phytonematode tolerance in cotton plants. Planta, v. 254, 2021. Na publicação: Isabela T. Lourenço-Tessutti; Leonardo L. P. Macedo; Rodrigo R. Fragoso; Maria C. M. Silva; Maria F. Grossi-de-Sa.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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| 239. | | FREITAS‑ALVES, N. S.; MOREIRA‑PINTO, C. E.; ARRAES, F. B. M.; COSTA, L. S. de L.; ABREU, R. A. de; MOREIRA, V. J. V.; LOURENCO, I. T.; PINHEIRO, D. H.; LISEI‑DE‑SA, M. E.; PAES‑DE‑MELO, B.; PEREIRA, B. M.; GUIMARAES, P. M.; BRASILEIRO, A. C. M.; ALMEIDA‑ENGLER, J. de; SOCCOL, C. R.; MORGANTE, C. V.; BASSO, M. F.; SA, M. F. G. de. An ex vitro hairy root system from petioles of detached soybean leaves for in planta screening of target genes and CRISPR strategies associated with nematode bioassays. Planta, v. 259, 23, 2024. Na publicação: Isabela T. Lourenço‑Tessutti; Maria F. Grossi‑de‑Sa.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 240. | | FRAGOSO, R. da R.; ARRAES, F. B. M.; LOURENCO, I. T.; MIRANDA, V. J.; BASSO, M. F.; FERREIRA, A. V. J.; VIANA, A. A. B.; LINS, C. B. J.; LINS, P. C.; MOURA, S. M.; BATISTA, J. A. N.; SILVA, M. C. M. da; ENGLER, G.; MORGANTE, C. V.; LISEI-DE-SA, M. E.; VASQUES, R. M.; ALMEIDA-ENGLER, J. de; SA, M. F. G. de. Functional characterization of the pUceS8.3 promoter and its potential use for ectopic gene overexpression. Planta, v. 256, n. 4, 2022. Na publicação: Rodrigo Rocha Fragoso; Isabela Tristan Lourenço-Tessutti; Maria Cristina Mattar Silva; Maria Fatima Grossi-de-Sa.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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