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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
24/08/2018 |
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Data da última atualização: |
20/11/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOUZA, L. M. de; SANTOS, L. H. B. dos; ROSA, J. R. B. F.; SILVA, C. C. da; MANTELLO, C. C.; CONSON, A. R. O.; SCALOPPI JUNIOR, E. J.; FIALHO, J. de F.; MORAES, M. L. T. de; GONÇALVES, P. de S.; MARGARIDO, G. R. A.; GARCIA, A. A. F.; LE GUEN, V.; SOUZA, A. P. de. |
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Afiliação: |
LIVIA M. DE SOUZA, UNICAMP; LUCIANO H. B. DOS SANTOS, UNICAMP; JOÃO R. B. F. ROSA, USP/ESALQ; CARLA C. DA SILVA, UNICAMP; CAMILA C. MANTELLO, UNICAMP; ANDRE R. O. CONSON, UNICAMP; ERIVALDO J. SCALOPPI JUNIOR, IAC; JOSEFINO DE FREITAS FIALHO, CPAC; MARIO LUIZ T. DE MORAES, UNESP; PAULO DE S. GONÇALVES, IAC; GABRIEL R. A. MARGARIDO, USP/ESALQ; ANTONIO A. F. GARCIA, USP/ESALQ; VINCENT LE GUEN, CIRAD; ANETE P. DE SOUZA, UNICAMP. |
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Título: |
Linkage disequilibrium and population structure in wild and cultivated populations of rubber tree (Hevea brasiliensis). |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Plant Science, v. 9, article 815, 03 July 2018. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3389/fpls.2018.00815 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: Among rubber tree species, which belong to the Hevea genus of the Euphorbiaceae family, Hevea brasiliensis (Willd. ex Adr.de Juss.) Muell. Arg. is the main commercial source of natural rubber production worldwide. Knowledge of the population structure and linkage disequilibrium (LD) of this species is essential for the efficient organization and exploitation of genetic resources. Here, we obtained single-nucleotide polymorphisms (SNPs) using a genotyping-by-sequencing (GBS) approach and then employed the SNPs for the following objectives: (i) to identify the positions of SNPs on a genetic map of a segregating mapping population, (ii) to evaluate the population structure of a germplasm collection, and (iii) to detect patterns of LD decay among chromosomes for future genetic association studies in rubber tree. A total of 626 genotypes, including both germplasm accessions (368) and individuals from a genetic mapping population (254), were genotyped. A total of 77,660 and 21,283 SNPs were detected by GBS in the germplasm and mapping populations, respectively. The mapping population, which was previously mapped, was constructed with 1,062 markers, among which only 576 SNPs came from GBS, reducing the average interval between two adjacent markers to 4.4 cM. SNPs from GBS genotyping were used for the analysis of genetic structure and LD estimation in the germplasm accessions. Two groups, which largely corresponded to the cultivated and wild populations, were detected using STRUCTURE and via principal coordinate analysis. LD analysis, also using the mapped SNPs, revealed that non-random associations varied along chromosomes, with regions of high LD interspersed with regions of low LD. Considering the length of the genetic map (4,693 cM) and the mean LD (0.49 for cultivated and 0.02 for wild populations), a large number of evenly spaced SNPs would be needed to perform genome-wide association studies in rubber tree, and the wilder the genotypes used, the more difficult the mapping saturation. MenosAbstract: Among rubber tree species, which belong to the Hevea genus of the Euphorbiaceae family, Hevea brasiliensis (Willd. ex Adr.de Juss.) Muell. Arg. is the main commercial source of natural rubber production worldwide. Knowledge of the population structure and linkage disequilibrium (LD) of this species is essential for the efficient organization and exploitation of genetic resources. Here, we obtained single-nucleotide polymorphisms (SNPs) using a genotyping-by-sequencing (GBS) approach and then employed the SNPs for the following objectives: (i) to identify the positions of SNPs on a genetic map of a segregating mapping population, (ii) to evaluate the population structure of a germplasm collection, and (iii) to detect patterns of LD decay among chromosomes for future genetic association studies in rubber tree. A total of 626 genotypes, including both germplasm accessions (368) and individuals from a genetic mapping population (254), were genotyped. A total of 77,660 and 21,283 SNPs were detected by GBS in the germplasm and mapping populations, respectively. The mapping population, which was previously mapped, was constructed with 1,062 markers, among which only 576 SNPs came from GBS, reducing the average interval between two adjacent markers to 4.4 cM. SNPs from GBS genotyping were used for the analysis of genetic structure and LD estimation in the germplasm accessions. Two groups, which largely corresponded to the cultivated and wild populations, were detected usin... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Comportamento de Variedade; Hevea Brasiliensis; População de Planta; Seringueira; Variação Genética. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/181926/1/DL-Hevea-brasiliensis-Livia-public-Frontiers-3.07.2018apagar.pdf
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Marc: |
LEADER 03139naa a2200349 a 4500
001 2094508
005 2018-11-20
008 2018 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.3389/fpls.2018.00815$2DOI
100 1 $aSOUZA, L. M. de
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260 $c2018
520 $aAbstract: Among rubber tree species, which belong to the Hevea genus of the Euphorbiaceae family, Hevea brasiliensis (Willd. ex Adr.de Juss.) Muell. Arg. is the main commercial source of natural rubber production worldwide. Knowledge of the population structure and linkage disequilibrium (LD) of this species is essential for the efficient organization and exploitation of genetic resources. Here, we obtained single-nucleotide polymorphisms (SNPs) using a genotyping-by-sequencing (GBS) approach and then employed the SNPs for the following objectives: (i) to identify the positions of SNPs on a genetic map of a segregating mapping population, (ii) to evaluate the population structure of a germplasm collection, and (iii) to detect patterns of LD decay among chromosomes for future genetic association studies in rubber tree. A total of 626 genotypes, including both germplasm accessions (368) and individuals from a genetic mapping population (254), were genotyped. A total of 77,660 and 21,283 SNPs were detected by GBS in the germplasm and mapping populations, respectively. The mapping population, which was previously mapped, was constructed with 1,062 markers, among which only 576 SNPs came from GBS, reducing the average interval between two adjacent markers to 4.4 cM. SNPs from GBS genotyping were used for the analysis of genetic structure and LD estimation in the germplasm accessions. Two groups, which largely corresponded to the cultivated and wild populations, were detected using STRUCTURE and via principal coordinate analysis. LD analysis, also using the mapped SNPs, revealed that non-random associations varied along chromosomes, with regions of high LD interspersed with regions of low LD. Considering the length of the genetic map (4,693 cM) and the mean LD (0.49 for cultivated and 0.02 for wild populations), a large number of evenly spaced SNPs would be needed to perform genome-wide association studies in rubber tree, and the wilder the genotypes used, the more difficult the mapping saturation.
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Embrapa Cerrados (CPAC) |
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| Registros recuperados : 17 | |
| 2. |  | ROSA, J. R.; SOUZA, S. P.; FERREIRA, E. P. B.; DIDONET, A. D. Determinação de atividades enzimáticas do solo sob transição para cultivo orgânico de feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.). In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina. FertBio 2008: desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental: resumos. Londrina: Embrapa Soja: SBCS: IAPAR, UEL, 2008. Resumo 55.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 4. | | CHRISÓSTOMO, I. G.; LANNA, A. C.; GODOY, S. G.; ROSA, J. R.; DIDONET, A. D. N total e C orgânico do solo em transição para produção orgânica de arroz de terras altas (Oryza sativa L.) no cerrado. In: CONGRESSO BRASILEIRO DA CADEIA PRODUTIVA DE ARROZ, 2.; REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE ARROZ, 8., 2006, Brasília, DF. Anais... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2006. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 196).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 5. | | CHRISÓSTOMO, I. G.; LANNA, A. C.; GODOY, S. G.; ROSA, J. R.; FERRARESI, T. M.; DIDONET, A. D. Propriedades bioquímicas do solo em transição para cultivo orgânico de arroz de terras altas (Oryza sativa L.) em sistema plantio direto e convencional. In: CONGRESSO BRASILEIRO DA CADEIA PRODUTIVA DE ARROZ, 2.; REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE ARROZ, 8., 2006, Brasília, DF. Anais... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2006. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 196).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 6. | | ROSA, J. R. B. F.; GUIMARÃES, C. T.; MAGALHAES, J. V. de; DIAS, K. O. das G.; SILVA, L. da C. e; PASTINA, M. M. Aplicação da associação genômica no melhoramento de plantas. In: PEIXOTO, L. de A.; BHERING, L. L.; CRUZ, C. D. (ed.). Seleção genômica aplicada ao melhoramento genético. Viçosa, MG: Universidade Federal de Viçosa, 2022. p. 47-71.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 7. | | GODOY, S. G. de; LANNA, A. C.; ROSA, J. R.; RAMOS, M. L. G.; MOREIRA, J. A. A.; DIDONET, A. D. Carbono da biomassa microbiana e carbono orgânico total no solo sob cultivo orgânico de arroz de terras altas na região de cerrado. In: CONGRESSO BRASILEIRO DA CADEIA PRODUTIVA DE ARROZ, 2.; REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE ARROZ, 8., 2006, Brasília, DF. Anais... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2006. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 196).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 8. | | CHRISÓSTOMO, I. G.; LANNA, A. C.; GODOY, S. G. de; ROSA, J. R.; RAMOS, M. L. G.; HEINEMANN, A. B.; MOREIRA, J. A. A.; DIDONET, A. D. Propriedades bioquímicas do solo sob cultivo orgânico do feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.) em sistema plantio direto e convencional. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 8., 2005, Goiânia. Anais... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2005. v. 2. p. 1066-1069. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 182).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 9. | | ROSA, J. R. B. F.; SILVA, R. R.; PASTINA, M. M.; BARRETO, F. Z.; BALSALOBRE, T. W. A.; SOUZA, A. P.; CARNEIRO, M. S.; GARCIA, A. A. F. Estimation of linkage disequilibrium on a Brazilian collection of sugarcane (Saccharum spp.) genotypes from AFLP, SSR and EST-SSR data. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 59., 2013, Águas de Lindóia. Resumos... Ribeirão Preto: SBG, 2013. p. 54.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 10. | | ROSA, J. R.; LANNA, A. C.; GODOY, S. G. de; RAMOS, M. L. G.; MOREIRA, J. A. A.; DIDONET, A. D. Nitrogênio da biomassa microbiana e nitrogênio total no solo sob cultivo orgânico de arroz de terras altas (Oryza sativa L.). In: CONGRESSO BRASILEIRO DA CADEIA PRODUTIVA DE ARROZ, 2.; REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE ARROZ, 8., 2006, Brasília, DF. Anais... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2006. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 196).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 12. | | PERSEGUINI, J. M. K. C.; OBLESSUC, P. R.; ROSA, J. R. B. F.; GOMES, K. A.; CHIORATO, A. F.; CARBONELL, S. A. M.; GARCIA, A. A. F.; VIANELLO, R. P.; BENCHIMOL-REIS, L. L. Genome-wide association studies of anthracnose and angular leaf spot resistance in common bean (Phaseolus vulgaris L.). Plos One, v. 11, n. 3, e0150506, Mar. 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 13. | | BARRETO, F. Z.; ROSA, J. R. B. F.; BALSALOBRE, T. W. A.; PASTINA, M. M.; SILVA, R. R.; HOFFMANN, H. P.; SOUZA, A. P. de; GARCIA, A. A. F.; CARNEIRO, M. S. A genome-wide association study identified loci for yield component traits in sugarcane (Saccharum spp.). Plos ONE, v. 14, n. 7, e0219843, July 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 14. | | GODOY, S. G. de; LANNA, A. C.; FERRAZ, D. M. M.; ROSA, J. R.; RABELO, V. C.; MOURÃO, V. C.; PALMA, F. R.; GUARDIOLA, M. F.; RAMOS, M. L. G.; HEINEMANN, A. B. MOREIRA, J. A. A.; DIDONET, A. D. Quantidade e atividade da biomassa microbiana no solo sob cultivo orgânico do feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.). In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 8., 2005, Goiânia. Anais... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2005. v. 2. p. 1070-1073. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 182).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 15. | | ROSA, J. R.; LANNA, A. C.; FERRAZ, D. M. M.; GODOY, S. G. de; RABELO, V. C.; MOURÃO, V. C.; PALMA, F. R.; GUARDIOLA, M. F.; RAMOS, M. L. G.; HEINEMANN, A. B.; MOREIRA, J. A. A.; DIDONET, A. D. Nitrogênio da biomassa microbiana em solo sob cultivo orgânico de feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.). In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 8., 2005, Goiânia. Anais... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2005. v. 2. p. 1030-1033. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 182).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 16. | | SOUZA, L. M. de; SANTOS, L. H. B. dos; ROSA, J. R. B. F.; SILVA, C. C. da; MANTELLO, C. C.; CONSON, A. R. O.; SCALOPPI JUNIOR, E. J.; FIALHO, J. de F.; MORAES, M. L. T. de; GONÇALVES, P. de S.; MARGARIDO, G. R. A.; GARCIA, A. A. F.; LE GUEN, V.; SOUZA, A. P. de. Linkage disequilibrium and population structure in wild and cultivated populations of rubber tree (Hevea brasiliensis). Frontiers in Plant Science, v. 9, article 815, 03 July 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 17. | | MAGALHAES, J. V. de; PASTINA, M. M.; GAZAFFI, R.; MENEZES, C. B. de; ROSA, J. R. B. F.; GUIMARAES, C. T.; TARDIN, F. D.; SCHAFFERT, R. E.; GOMIDE, R. L.; ANDRADE, C. de L. T. de; ALBUQUERQUE, P. E. P. de; BASTOS, E. A.; CARDOSO, M. J. Escaneamento genômico para tolerância à seca em sorgo. Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2016. 22 p. (Embrapa Milho e Sorgo. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 152).| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
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