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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
28/01/2021 |
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Data da última atualização: |
10/06/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ARAÚJO, F. C. B. das; CUNHA, E. F. M.; RODRIGUES, S. de M.; BONFIM, K.; TAVARES, E. J. M.; MOURA, M. F.; SILVA, G. F. da. |
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Afiliação: |
Francisca Chagas Bezerra das Araújo, UFRA; ELISA FERREIRA MOURA CUNHA, CPATU; SIMONE DE MIRANDA RODRIGUES, CPATU; KENNY BONFIM DE ARRUDA CARVALHO, Cenargen; ERALDO JOSE MADUREIRA TAVARES, CPATSA; Mônika Fecury Moura, CPATU; GILVAN FERREIRA DA SILVA, CPAA. |
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Título: |
Identification and validation of SNPs in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with yellow color of the root in cassava (Manihot esculenta Crantz) accessions of the Brazilian Amazon. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetic Resources and Crop Evolution, v. 68, p. 1809-1824, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s10722-020-01097-x |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The biofortification of cassava (Manihot esculenta Crantz) roots is one of the actual goals of genetic breeding, with the development of roots richer in carotenoids. In order to evaluate the natural genetic variation of cassava, this study analyzed 78 accessions from the Brazilian Amazon to verify the presence of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with root color. From the sequencing of 294 bp containing part of the intron 2 and the exon 3 of the psy2 gene, three SNPs located in the coding region and the existence of eight haplotypes were identified. The c.1434G > C (SNP1) and c.1485C > A (SNP3) variations were found in yellow and cream root accessions and nucleotide polymorphism resulted in amino acid substitution. SNP2 (c.1462T > C) was identified in accessions with white roots and its allelic variation did not result in amino acid substitution. Four haplotypes that presented SNP3 were widely distributed in the states of Pará, Amapá, Rondônia and Amazonas. All accessions of yellow or cream root that presented the SNP3 were in heterozygosity, confirming the dominance of the SNP, except for one accession, that could be used in genetic breeding. The effect of mutations on the structure and function of PSY2 was in silico evaluated by molecular dynamics and it was indicated that the aminoacid substitutions affected the active site of the protein depending on the distance. The results were compatible with the phenotype detected experimentally. MenosThe biofortification of cassava (Manihot esculenta Crantz) roots is one of the actual goals of genetic breeding, with the development of roots richer in carotenoids. In order to evaluate the natural genetic variation of cassava, this study analyzed 78 accessions from the Brazilian Amazon to verify the presence of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with root color. From the sequencing of 294 bp containing part of the intron 2 and the exon 3 of the psy2 gene, three SNPs located in the coding region and the existence of eight haplotypes were identified. The c.1434G > C (SNP1) and c.1485C > A (SNP3) variations were found in yellow and cream root accessions and nucleotide polymorphism resulted in amino acid substitution. SNP2 (c.1462T > C) was identified in accessions with white roots and its allelic variation did not result in amino acid substitution. Four haplotypes that presented SNP3 were widely distributed in the states of Pará, Amapá, Rondônia and Amazonas. All accessions of yellow or cream root that presented the SNP3 were in heterozygosity, confirming the dominance of the SNP, except for one accession, that could be used in genetic breeding. The effect of mutations on the structure and function of PSY2 was in silico evaluated by molecular dynamics and it was indicated that the aminoacid substitutions affected the active site of the protein depending on the distance. T... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Biofortificação; Raíz rica em carotenoide. |
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Thesagro: |
Carotenóide; Mandioca; Manihot Esculenta; Polimorfismo; Proteína; Raiz Alimentícia; Variação Genética. |
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Thesaurus Nal: |
Carotenoids; Cassava; Haplotypes; Polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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520 $aThe biofortification of cassava (Manihot esculenta Crantz) roots is one of the actual goals of genetic breeding, with the development of roots richer in carotenoids. In order to evaluate the natural genetic variation of cassava, this study analyzed 78 accessions from the Brazilian Amazon to verify the presence of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with root color. From the sequencing of 294 bp containing part of the intron 2 and the exon 3 of the psy2 gene, three SNPs located in the coding region and the existence of eight haplotypes were identified. The c.1434G > C (SNP1) and c.1485C > A (SNP3) variations were found in yellow and cream root accessions and nucleotide polymorphism resulted in amino acid substitution. SNP2 (c.1462T > C) was identified in accessions with white roots and its allelic variation did not result in amino acid substitution. Four haplotypes that presented SNP3 were widely distributed in the states of Pará, Amapá, Rondônia and Amazonas. All accessions of yellow or cream root that presented the SNP3 were in heterozygosity, confirming the dominance of the SNP, except for one accession, that could be used in genetic breeding. The effect of mutations on the structure and function of PSY2 was in silico evaluated by molecular dynamics and it was indicated that the aminoacid substitutions affected the active site of the protein depending on the distance. The results were compatible with the phenotype detected experimentally.
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 89 | |
| 61. |  | LEMOS, O. F. de; SANTOS, L. R. R. dos; POLTRONIERI, M. C.; RODRIGUES, S. de M.; GAMA, T. do S. S. Germinação ex situ de sementes de pimenteira-do-reino. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. p. 398. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 304). Editora técnica Clara Oliveira Goedert.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 62. | | ARAÚJO, F. C. B. das; CUNHA, E. F. M.; RODRIGUES, S. de M.; BONFIM, K.; TAVARES, E. J. M.; MOURA, M. F.; SILVA, G. F. da. Identification and validation of SNPs in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with yellow color of the root in cassava (Manihot esculenta Crantz) accessions of the Brazilian Amazon. Genetic Resources and Crop Evolution, v. 68, p. 1809-1824, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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| 63. | | LEMOS, O. F. de; MENDONÇA, D. P.; RODRIGUES, S. de M.; POLTRONIERI, M. C.; SOUSA, G. K. R. de; SILVA, F. B. B. da; MENEZES, I. C. de. Enraizamento in vitro de pimenteira-do-reino (Piper nigrum L.). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 64. | | PARAENSE, L. C. R.; PENA, D. N.; DARNET, S. H.; RODRIGUES, S. de M.; MENEZES, I. C. de; CUNHA, E. F. M. First genomic microsatellite markers developed for Platonia insignis (Clusiaceae), a Brazilian fruit tree. Molecular Biology Reports, v. 47, n. 4, p. 2985-2989, fev. 2020. Short Comunication.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 66. | | RAMOS, G. K. de S.; RODRIGUES, S. de M.; SANTOS, L. R. R. dos; ALVES, R. M.; LEMOS, O. F. de; FERREIRA, R. L. da C. Indução de calos em explantes florais de cupuaçu (Theobroma grandiflorum). In: REUNIÃO ANUAL DA SBPC, 64., São Luis, 2012. Ciência, cultura e saberes tradicionais para enfrentar a pobreza. São Luís: SBPC: UFMA, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 67. | | PENA, D. N.; CUNHA, E. F. M.; RODRIGUES, S. de M.; OLIVEIRA, M. do S. P. de; SANCHES, J. P.; MOURA, M. F. Molecular characterization of a germplasm bank of Platonia insignis Mart.: a fruit tree. Genetic Resources and Crop Evolution, v. 67, n. 2, p. 411-420, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 68. | | PONTES, L. C. G.; CUNHA, E. F. M.; MOURA, M. F.; RODRIGUES, S. de M.; OLIVEIRA, M. do S. P. de; CARVALHO, J. E. U. de; THERRIER, J. Molecular characterization of progenies of bacurizeiro (Platonia insignis) from Marajó Island, northeastern Amazon. Acta Amazonica, Manaus, v. 47, n. 4, p. 293-300, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 69. | | LEMOS, O. F. de; RAMOS, G. K. S.; RODRIGUES, S. de M.; POLTRONIERI, M. C.; MENDONÇA, D. P.; SILVA, F. B. B. da; MENEZES, I. C. de. Multiplicação in vitro de dois genótipos de pimenteira-do-reino por meio de ápices caulinares. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 70. | | MENDONÇA, D. P.; LEMOS, O. F. de; RAMOS, G. K. S.; SILVA, F. B. B. da; RODRIGUES JUNIOR, O. M.; RODRIGUES, S. de M. Mercaptoetanol no controle da oxidação de meristema de pimenteira-do-reino (Piper nigrum L.) em cultivo in vitro. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 20.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 4., 2016, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2016. p. 328-331.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 71. | | LEMOS, O. F. de; SANTOS, L. R. R. dos; MORAES, F. K. C.; CAMPELO, M. F.; RODRIGUES, S. de M.; MENEZES, I. C. de. Ontogênese in vitro de culvares de pimenteira-do-reino submetidas a diferentes concentrações de NaH2PO4. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 72. | | LEMOS, O. F. de; SANTOS, L. R. R. dos; POLTRONIERI, M. C.; RODRIGUES, S. de M.; PINHO, J. V. da S. Ontogenia in vitro de quatro cultivares de pimenteira-do-reino. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. p. 467. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 304). Editora técnica Clara Oliveira Goedert.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 73. | | RAMOS, G. K. de S.; RODRIGUES, S. de M.; SANTOS, L. R. R. dos; LEMOS, O. F. de; ALVES, R. M. Obtenção de calos in vitro de ovários de cupuaçuzeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FLORICULTURA E PLANTAS ORNAMENTAIS, 19.; CONGRESSO BRASILEIRO DE CULTURA DE TECIDOS DE PLANTAS, 6., 2013, Recife. Anais dos trabalhos. Recife: UFRPE, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 74. | | COSTA, M. R. T. da R.; BOARI, A. de J.; SILVA, C. S.; FORTES, A. C. R.; OLIVEIRA, M. do S. P. de; RODRIGUES, S. de M. Seleção de primers para análise genética do dendezeiro por marcadores moleculares. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. p. 510-511. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 304). Editora técnica Clara Oliveira Goedert.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 75. | | LEMOS, O. F. de; CONCEIÇÃO, F. V. P. da; SANTOS, L. R. R. dos; CASTRO, G. L. S. de; RAMOS, G. K. de S.; RODRIGUES, S. de M. Substratos promovem a rizogênese ex situ de pimenteira-do-reino. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 76. | | RODRIGUES, S. de M.; LEMOS, O. F. de; BOTH, J. P. C. L.; ARAUJO, S. M. B.; POLTRONIERI, M. C.; MENEZES, I. C. de. O tipo de tutor influência nos caracteres de crescimento e produção de cultivares de pimenteira-do-reino no nordeste do Pará-Brasil. Research, Society and Development, v. 11, n. 12, e441111234547, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 77. | | OLIVEIRA, E. C. P. de; LAMEIRA, O. A.; CORDEIRO, I. M. C. C.; FERREIRA, T. A. A.; RODRIGUES, S. de M.; LEÃO, F. M.; SANTOS, J. P. dos; NEVES, P. L. P. Análises fenológicas do melhoral - Evolvulus glomeratus nees & C. Mart. (Convolvulaceae). Revista Foco, Curitiba, v. 16, n. 2, e991, p. 01-06, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 78. | | RAMOS, G. K. de S.; LEMOS, O. F. de; CUNHA, E. F. M.; BOARI, A. de J.; MENDONÇA, D. P.; SANTOS, L. R. R. dos; RODRIGUES, S. de M.; MENEZES, I. C. de. Identification and micropropagation of virus-free black pepper genotypes (Piper nigrum L.). Ciência Agrícola, Rio Largo, v. 18, n. 1, p. 57-64, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 79. | | CAMPELO, M. F.; LAMEIRA, O. A.; RODRIGUES, S. de M.; SILVA, A. C. B. da; SANTOS, M. C. A. dos; MOREIRA, R. K. V. P. P.; MONTEIRO, A. N.; RAMIRES, A. C. S. Efeitos de diferentes concentrações de nitrato de amônio e nitrato de potássio na micropropagação de duas espécies de Hypericum l. Brazilian Journal of Development, v. 6, n. 11 , p. 85050-85056, nov. 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 80. | | LAMEIRA, O. A.; RODRIGUES, S. de M.; SOUZA, I. N. G.; CAMPELO, M. F.; MOREIRA, R. K. V. P. P.; SILVA, A. C. B. da; SANTOS, M. C. A. dos; RAMIRES, A. C. S. Efeitos de diferentes concentrações de nitrato de Amônio e nitrato de potássio na micropropagação de Physalis angulata L. Brazilian Journal of Development, v. 6, n. 11 , p. 85090-85097, nov. 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
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