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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
28/01/2021 |
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Data da última atualização: |
10/06/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ARAÚJO, F. C. B. das; CUNHA, E. F. M.; RODRIGUES, S. de M.; BONFIM, K.; TAVARES, E. J. M.; MOURA, M. F.; SILVA, G. F. da. |
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Afiliação: |
Francisca Chagas Bezerra das Araújo, UFRA; ELISA FERREIRA MOURA CUNHA, CPATU; SIMONE DE MIRANDA RODRIGUES, CPATU; KENNY BONFIM DE ARRUDA CARVALHO, Cenargen; ERALDO JOSE MADUREIRA TAVARES, CPATSA; Mônika Fecury Moura, CPATU; GILVAN FERREIRA DA SILVA, CPAA. |
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Título: |
Identification and validation of SNPs in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with yellow color of the root in cassava (Manihot esculenta Crantz) accessions of the Brazilian Amazon. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetic Resources and Crop Evolution, v. 68, p. 1809-1824, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s10722-020-01097-x |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The biofortification of cassava (Manihot esculenta Crantz) roots is one of the actual goals of genetic breeding, with the development of roots richer in carotenoids. In order to evaluate the natural genetic variation of cassava, this study analyzed 78 accessions from the Brazilian Amazon to verify the presence of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with root color. From the sequencing of 294 bp containing part of the intron 2 and the exon 3 of the psy2 gene, three SNPs located in the coding region and the existence of eight haplotypes were identified. The c.1434G > C (SNP1) and c.1485C > A (SNP3) variations were found in yellow and cream root accessions and nucleotide polymorphism resulted in amino acid substitution. SNP2 (c.1462T > C) was identified in accessions with white roots and its allelic variation did not result in amino acid substitution. Four haplotypes that presented SNP3 were widely distributed in the states of Pará, Amapá, Rondônia and Amazonas. All accessions of yellow or cream root that presented the SNP3 were in heterozygosity, confirming the dominance of the SNP, except for one accession, that could be used in genetic breeding. The effect of mutations on the structure and function of PSY2 was in silico evaluated by molecular dynamics and it was indicated that the aminoacid substitutions affected the active site of the protein depending on the distance. The results were compatible with the phenotype detected experimentally. MenosThe biofortification of cassava (Manihot esculenta Crantz) roots is one of the actual goals of genetic breeding, with the development of roots richer in carotenoids. In order to evaluate the natural genetic variation of cassava, this study analyzed 78 accessions from the Brazilian Amazon to verify the presence of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers in the phytoene synthase 2 (psy2) gene associated with root color. From the sequencing of 294 bp containing part of the intron 2 and the exon 3 of the psy2 gene, three SNPs located in the coding region and the existence of eight haplotypes were identified. The c.1434G > C (SNP1) and c.1485C > A (SNP3) variations were found in yellow and cream root accessions and nucleotide polymorphism resulted in amino acid substitution. SNP2 (c.1462T > C) was identified in accessions with white roots and its allelic variation did not result in amino acid substitution. Four haplotypes that presented SNP3 were widely distributed in the states of Pará, Amapá, Rondônia and Amazonas. All accessions of yellow or cream root that presented the SNP3 were in heterozygosity, confirming the dominance of the SNP, except for one accession, that could be used in genetic breeding. The effect of mutations on the structure and function of PSY2 was in silico evaluated by molecular dynamics and it was indicated that the aminoacid substitutions affected the active site of the protein depending on the distance. T... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Biofortificação; Raíz rica em carotenoide. |
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Thesagro: |
Carotenóide; Mandioca; Manihot Esculenta; Polimorfismo; Proteína; Raiz Alimentícia; Variação Genética. |
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Thesaurus Nal: |
Carotenoids; Cassava; Haplotypes; Polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 90 | |
| 41. |  | SOUZA, N. C. de; RODRIGUES, S. de M.; RAMOS, G. K. de S.; RODRIGUES JUNIOR, O. M. Cultivo in vitro de explantes de pimenta-do-reino em meio contendo higromicina. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 20.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 4., 2016, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2016. p. 248-252.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 42. | | LEMOS, O. F. de; POLTRONIERI, M. C.; RODRIGUES, S. de M.; MENEZES, I. C. de; MONDIN, M. Conservação e melhoramento genético da pimenteira-do-reino. In: WORKSHOP DA PIMENTA DO REINO DO ESTADO DO PARÁ, 1., 2009, Belém, PA. Situação atual e alternativa para a produção sustentável. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 45. | | COSTA, L. de C. da; LEMOS, O. F. de; SILVA, A. S. da; RODRIGUES, S. de M. Estabelecimento e indução de brotos a partir do cultivo de meristemas in vitro de cultivares de pimenteira-do-reino. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 15., 2011, Belém, PA. A ciência de fazer ciência: anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2011. 1 CD-ROM. PIBIC-2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 46. | | SILVA, A. S. da; LEMOS, O. F. de; COSTA, L. de C. da; RODRIGUES, S. de M. Estabelecimento in vitro de cultura de Meristema de cultivares de pimenta-do-reino. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 15., 2011, Belém, PA. A ciência de fazer ciência: anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2011. 1 CD-ROM. PIBIC-2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 47. | | LAMEIRA, O. A.; MOREIRA, R. K. V. P. P.; CAMPELO, M. F.; RODRIGUES, S. de M.; RAMIRES, A. C. S. Relação entre a fenologia da espécie Phyla betulifolia (kunth) Greene e elementos climáticos. Research, Society and Development, v.10, n.5, e50910515159, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 48. | | RAMOS, G. K. de S.; RODRIGUES, S. de M.; OLIVEIRA, M. do S. P. de; NASCIMENTO, W. M. O. do. Otimização de PCR-ISSR para amplificação de DNA genômico de Byrsonima crassifolia. In: SEMINÁRIO ANUAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRA, 11., 2013, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Universidade Federal Rural da Amazônia, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 49. | | RODRIGUES, S. de M.; RAMOS, G. K. de S.; LEMOS, O. F. de; ALVES, R. M.; MENEZES, I. C. de. Obtenção de calos em cógulas de Theobroma grandiflorum. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 50. | | SANTOS, L. R. R. dos; LEMOS, O. F. de; MONDIN, M.; MENEZES, I. C. de; RODRIGUES, S. de M. Preparações citológicas de cultivares de pimenteira-do-reino para análise cromossômica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 51. | | LEMOS, O. F. de; RODRIGUES JUNIOR, O. M.; RAMOS, G. K. de S.; MENDONÇA, D. P.; RODRIGUES, S. de M. Tucumã-do-pará (Astrocaryum vulgare): do processamento alternativo de frutos à germinação in vitro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 52. | | RAMOS, G. K. de S.; RODRIGUES, S. de M.; CUNHA, E. F. M.; CARVALHO, J. E. U. de. Seleção de primers ISSR para genotipagem de murici. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 17.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 1., 2013, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2013. 1 CD-ROM. PIBIC 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 53. | | SILVA, M. R. da; OLIVEIRA, M. do S. P. de; MOURA, E. F.; RODRIGUES, S. de M. Seleção de primers ISSR para uso em genomas de camucamuzeiro. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 17.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 1., 2013, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2013. 1 CD-ROM. PIBIC 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 54. | | OLIVEIRA, C. V. S. de; GASPAROTTO, L.; SILVA, G. F. da; SOUSA, N. R.; RODRIGUES, S. de M. O uso de higromicina B, geneticina (G418) e nourseotricina como agentes seletivos visando transformação genética de Fusarium solani f. sp. piperis. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 9., 2012, Manaus. Anais... Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 2012. p. 249-258. (Embrapa Amazônia Ocidental. Documentos, 100).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 55. | | LAMEIRA, O. A.; CAMPELO, M. F.; MOREIRA, R. K. V. P. P.; RODRIGUES, S. de M.; RAMIRES, A. C. S. Substratos alternativos para propagação vegetativa de Psychotria ipecacuanha (Brotero) Stokes. Research, Society and Development, v. 10, n. 5, e49210515158, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 56. | | RITO, D. S.; VIEIRA, E. F. T.; MENEZES, I. C. de; LAMEIRA, O. A.; POLTRONIERI, M. C.; LEMOS, O. F. de; RODRIGUES, S. de M. Caracterização morfológica de piperáceas nativas conservadas em casa de vegetação. Research, Society and Development, v. 10, n. 6, e33410615686, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 57. | | SANCHES, J. P.; CUNHA, E. F. M.; RODRIGUES, S. de M.; OLIVEIRA, M. do S. P. de; NAHON, A. E.; PENA, D. N. Caracterização genética de uma população natural de bacurizeiro (Platonia insignis Mart.) por meio de marcadores ISSR. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 20.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 4., 2016, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2016. p. 253-257.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 58. | | BOTH, J. P. C. L.; RODRIGUES, S. de M.; LEMOS, O. F. de; ARAUJO, S. M. B.; LIMA JUNIOR, J. A. de. Caracteres morfológicos e de produção dos clones Alencar e Equador de pimenteira-do-reino cultivados em tutor vivo de gliricídia em Tomé Açú, Estado do Pará. Research, Society and Development, v. 11, n. 14, e420111436583, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 59. | | RAMOS, G. K. de S.; RODRIGUES, S. de M.; LEMOS, O. F. de; ALVES, R. M.; SANTOS, L. R. R. dos. Calogênese em diferentes explantes de Theobroma grandiflorum. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FLORICULTURA E PLANTAS ORNAMENTAIS, 19.; CONGRESSO BRASILEIRO DE CULTURA DE TECIDOS DE PLANTAS, 6., 2013, Recife. Anais dos trabalhos. Recife: UFRPE, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 60. | | LEMOS, O. F. de; MENDONÇA, D. P.; RODRIGUES, S. de M.; POLTRONIERI, M. C.; SOUSA, G. K. R. de; SILVA, F. B. B. da; MENEZES, I. C. de. Enraizamento in vitro de pimenteira-do-reino (Piper nigrum L.). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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