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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agroenergia; Embrapa Meio-Norte. |
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Data corrente: |
26/01/2022 |
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Data da última atualização: |
21/02/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, T. L. C. da; SILVA, V. N. B.; BRAGA, I. de O.; RODRIGUES NETO, J. C.; LEAO, A. P.; RIBEIRO, J. A. de A.; VALADARES, L. F.; ABDELNUR, P. V.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. |
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Afiliação: |
THALLITON LUIZ CARVALHO DA SILVA, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia Vegetal, Universidade Federal de Lavras, MG, Brasil.; VIVIANNY NAYSE BELO SILVA, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia Vegetal, Universidade Federal de Lavras, MG, Brasil.; ÍTALO DE OLIVEIRA BRAGA, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia Vegetal, Universidade Federal de Lavras, MG, Brasil.; JORGE CANDIDO RODRIGUES NETO, Instituto de Química, Universidade Federal de Goiás, Goiânia, GO, Brasil.; ANDRE PEREIRA LEAO, CNPAE; JOSE ANTONIO DE AQUINO RIBEIRO, CNPAE; LEONARDO FONSECA VALADARES, CNPAE; PATRICIA VERARDI ABDELNUR, CNPAE; CARLOS ANTONIO FERREIRA DE SOUSA, CPAMN; MANOEL TEIXEIRA SOUZA JUNIOR, CNPAE. |
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Título: |
Integration of metabolomics and transcriptomics data to further characterize Gliricidia sepium (Jacq.) Kunth under high salinity stress. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Genome, e20182, 2021. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Soil salinity is one abiotic stress that threatens agriculture in more than 100 countries. Gliricidia [Gliricidia sepium (Jacq.) Kunth] is a multipurpose tree known for its ability to adapt to a wide range of soils; however, its tolerance limits and responses to salt stress are not yet well understood. In this study, after characterizing the morphophysiological responses of young gliricidia plants to salinity stress, leaf metabolic and transcription profiles were generated and submitted to single and integrated analyses. RNA from leaf samples were subjected to RNA sequencing using an Illumina HiSeq platform and the paired-end strategy. Polar and lipidic fractions from leaf samples were extracted and analyzed on an ultra-high-performance liquid chromatography (UHPLC) coupled with electrospray ionization quadrupole time-offlight high-resolution mass spectrometry (MS) system. Acquired data were analyzed using the OmicsBox, XCMS Online, MetaboAnalyst, and Omics Fusion platforms. The substrate salinization protocol used allowed the identification of two distinct responses to salt stress: tolerance and adaptation. Single analysis on transcriptome and metabolome data sets led to a group of 5,672 transcripts and 107 metabolites differentially expressed in gliricidia leaves under salt stress. The phenylpropanoid biosynthesis was the most affected pathway, with 15 metabolites and three genes differentially expressed. Results showed that the differentially expressed metabolites and genes from this pathway affect mainly short-term salt stress (STS). The single analysis of the transcriptome identified 12 genes coding for proteins that might play a role in gliricidia response at both STS and long-termsalt stress (LTS). Further studies are needed to reveal the mechanisms behind the adaptation response. MenosSoil salinity is one abiotic stress that threatens agriculture in more than 100 countries. Gliricidia [Gliricidia sepium (Jacq.) Kunth] is a multipurpose tree known for its ability to adapt to a wide range of soils; however, its tolerance limits and responses to salt stress are not yet well understood. In this study, after characterizing the morphophysiological responses of young gliricidia plants to salinity stress, leaf metabolic and transcription profiles were generated and submitted to single and integrated analyses. RNA from leaf samples were subjected to RNA sequencing using an Illumina HiSeq platform and the paired-end strategy. Polar and lipidic fractions from leaf samples were extracted and analyzed on an ultra-high-performance liquid chromatography (UHPLC) coupled with electrospray ionization quadrupole time-offlight high-resolution mass spectrometry (MS) system. Acquired data were analyzed using the OmicsBox, XCMS Online, MetaboAnalyst, and Omics Fusion platforms. The substrate salinization protocol used allowed the identification of two distinct responses to salt stress: tolerance and adaptation. Single analysis on transcriptome and metabolome data sets led to a group of 5,672 transcripts and 107 metabolites differentially expressed in gliricidia leaves under salt stress. The phenylpropanoid biosynthesis was the most affected pathway, with 15 metabolites and three genes differentially expressed. Results showed that the differentially expressed metabolites and gen... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Adaptation; Salinization protocol. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230514/1/The-Plant-Genome-2022-Integration.pdf
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Marc: |
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520 $aSoil salinity is one abiotic stress that threatens agriculture in more than 100 countries. Gliricidia [Gliricidia sepium (Jacq.) Kunth] is a multipurpose tree known for its ability to adapt to a wide range of soils; however, its tolerance limits and responses to salt stress are not yet well understood. In this study, after characterizing the morphophysiological responses of young gliricidia plants to salinity stress, leaf metabolic and transcription profiles were generated and submitted to single and integrated analyses. RNA from leaf samples were subjected to RNA sequencing using an Illumina HiSeq platform and the paired-end strategy. Polar and lipidic fractions from leaf samples were extracted and analyzed on an ultra-high-performance liquid chromatography (UHPLC) coupled with electrospray ionization quadrupole time-offlight high-resolution mass spectrometry (MS) system. Acquired data were analyzed using the OmicsBox, XCMS Online, MetaboAnalyst, and Omics Fusion platforms. The substrate salinization protocol used allowed the identification of two distinct responses to salt stress: tolerance and adaptation. Single analysis on transcriptome and metabolome data sets led to a group of 5,672 transcripts and 107 metabolites differentially expressed in gliricidia leaves under salt stress. The phenylpropanoid biosynthesis was the most affected pathway, with 15 metabolites and three genes differentially expressed. Results showed that the differentially expressed metabolites and genes from this pathway affect mainly short-term salt stress (STS). The single analysis of the transcriptome identified 12 genes coding for proteins that might play a role in gliricidia response at both STS and long-termsalt stress (LTS). Further studies are needed to reveal the mechanisms behind the adaptation response.
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Registro original: |
Embrapa Agroenergia (CNPAE) |
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| Registros recuperados : 15 | |
| 2. |  | BATISTA, A. P. B.; SANTOS, G. R.; MELLO, J. M.; SILVA, K. E. da; KALEITA, A. Geoestatística no R: um estudo comparativo entre dois scripts. In: SIMPÓSIO DE GEOESTATÍSTICA APLICADA EM CIÊNCIAS AGRÁRIAS, 4., 2015, Botucatu. Anais... Botucatu, SP: UNESP, 2015. 5 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 3. | | BATISTA, A. P. B.; MELLO, J. M. de; GUEDES, M. C.; REIS, A. A. Distribuição espacial do teor de carbono em solo sob floresta nativa com presença da castanha-da-amazônia (Bertholletia excelsa Bonpl.) no Amapá, Brasil. In: ENCONTRO BRASILEIRO DE MENSURAÇÃO FLORESTAL, 3., 2016, Piracicaba. Anais. Piracicaba: ESALQ, LCF, 2016.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amapá. |
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| 5. | | BATISTA, A. P. B.; SOUZA, R. L. F. de; GUEDES, M. C.; SILVA, K. E. da; MELLO, J. M. de. Distribuição espacial do teor de magnésio (Mg) em solo sob floresta nativa com presença da castanha-da-amazônia (Bertholletia excelsa Bonpl.) na Amazônia Oriental. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 36., 2017, Belém, PA. Amazônia e seus solos: peculiaridades e potencialidades. Belém, PA: SBCS, 2017. Resumo 2831.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 6. | | BATISTA, A. P. B.; SOUZA, R. L. F. de; GUEDES, M. C.; SILVA, K. E. da; MELLO, J. M. de. Distribuição espacial do teor de magnésio (Mg) em solo sob floresta nativa com presença da castanha-da-amazônia (Bertholletia excelsa Bonpl.) na Amazônia Oriental. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 36., 2017, Belém, PA. Amazônia e seus solos: peculiaridades e potencialidades. Belém, PA: SBCS, 2017. Resumo 2831.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amapá. |
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| 8. | | BATISTA, A. P. B.; APARÍCIO, W. C. da S.; APARÍCIO, P. da S.; SANTOS, V. S. dos; LIMA, R. B. de; MELLO. J. M. Caracterização estrutural em uma floresta de terra firme no estado do Amapá, Brasil. Pesquisa Florestal Brasileira, Colombo, v. 35, n. 81, p. 21-33, jan./mar. 2015.| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 9. | | BATISTA, A. P. B.; MELLO, J. M. de; RAIMUNDO, M. R.; SCOLFORO, H. F.; REIS, A. A. dos; SCOLFORO, J. R. S. Species richness and diversity in shrub savanna using ordinary kriging. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 51, n. 8, p. 958-966, ago. 2016. Título em português: Riqueza e diversidade de espécies em um fragmento de campo cerrado por meio de krigagem ordinária.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 10. | | SANTOS, V. S. dos; BATISTA, A. P. B.; APARÍCIO, P. da S.; APARÍCIO, W. C. da S.; GUEDES, A. C. L. Dinâmica florestal de espécies arbóreas em uma floresta de várzea na cidade de Macapá, AP, Brasil. Revista Verde de Agroecologia e Desenvolvimento Sustentável, Mossoró, v.7, n. 4, p. 207-213, out./dez. 2012| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amapá. |
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| 11. | | BATISTA, A. P. B.; SCOLFORO, H. F.; MELLO, J. M.; GUEDES, M. C.; TERRA, M. C. N. S.; SCALON, J. D.; GOMIDE, L. R.; SCOLFORO, P. G. V.; COOK, R. L. Spatial association of fruit yield of Bertholletia excelsa Bonpl. trees in eastern Amazon. Forest Ecology and Management, v. 441, p. 99-105, June, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amapá. |
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| 12. | | PASTANA, D. N. B.; MODENA, E. de S.; WADT, L. H. de O.; NEVES, E. de S.; MARTORANO, L. G.; LIRA-GUEDES, A. C.; SOUZA, R. L. F. de; COSTA, F. F.; BATISTA, A. P. B.; GUEDES, M. C. Strong El Niño reduces fruit production of Brazil-nut trees in the eastern Amazon. Acta Amazonica, v. 51, n. 3, p. 270-279, Jul-Sep. 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amapá; Embrapa Rondônia. |
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| 13. | | LIMA, R. B. de; APARÍCIO, P. da S.; FERREIRA, R. L. C.; SILVA, W. C. da; GUEDES, M. C.; OLIVEIRA, C. P. de; SILVA, D. A. S. da; BATISTA, A. P. B. Volumetria e classificação da capacidade produtiva para Mora paraensis (Ducke) no estuário Amapaense. Scientia Forestalis, Piracicaba, v. 42, n. 101, p. 141-154, mar. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amapá. |
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| 14. | | BATISTA, A. P. B.; GUEDES, M. C.; SILVA, C. S. da; SANTOS, G. R. do; BATISTA, K. D.; SILVA, K. E. da; WADT, L. H. de O.; SILVA, L. M. da; PEREIRA, M. G.; OLIVEIRA JUNIOR, R. C. de; COSTA, P. da; CASTILHO, C. V. de. Modelagem das relações bióticas e abióticas que influenciam a produção de frutos. In: WADT, L. H. de O.; MAROCCOLO, J. F.; GUEDES, M. C.; SILVA, K. E. da (ed.). Castanha-da-amazônia: estudos sobre a espécie e sua cadeia de valor. Brasília, DF: Embrapa, 2023. v. 3, cap. 8, p. 219-238. ODS 2, ODS 3, ODS 8, ODS 11, ODS 12, ODS 13, ODS 17.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Meio Ambiente; Embrapa Rondônia; Embrapa Roraima; Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 15. | | LIMA, R. B. de; GÖRGENS, E. B.; SILVA, D. A. S. da; OLIVEIRA, C. P. de; BATISTA, A. P. B.; FERREIRA, R. L. C.; COSTA, F. R. C.; LIMA, R. A. F. de; APARÍCIO, P. da S.; ABREU, J. C. de; SILVA, J. A. A. da; GUIMARAES, A. F.; FEARNSIDE, P. M.; SOUSA, T. R.; PERDIZ, R.; HIGUCHI, N.; BERENGUER, E.; RESENDE, A. F.; ELIAS, F.; CASTILHO, C. V. de; MEDEIROS, M. B. de; MATOS FILHO, J. R. de; SARDINHA, M. A.; FREITAS, M. A. F.; SILVA, J. J. da; CUNHA, A. P. da; SANTOS, R. M.; MUELBERT, A. E.; GUEDES, M. C.; IMBRÓZIO, R.; SOUSA, C. S. C. de; APARÍCIO, W. C. da S.; SILVA, B. M. da S. e; SILVA, C. A.; MARIMON, B. S.; MARIMON JUNIOR, B. H.; MORANDI, P. S.; STORCK-TONON, D.; VIEIRA, I. C. G.; SCHIETTI, J.; COELHO, F.; ALMEIDA, D. R. A. de; CASTRO, W.; CARVALHO, S. P. C.; SILVA, R. dos S. A. da; SILVEIRA, J.; CAMARGO, J. L.; MELGAÇO, K.; FREITAS, L. J. M. de; VEDOVATO, L.; BENCHIMOL, M.; ALMEIDA, G. de O. de; PRANCE, G.; SILVEIRA, A. B. da; SIMON, M. F.; GARCIA, M. L.; SILVEIRA, M.; VITAL, M.; ANDRADE, M. B. T.; SILVA, N.; ARAÚJO, R. O. de; CAVALHEIRO, L.; CARPANEDO, R.; FERNANDES, L.; MANZATTO, A. G.; ANDRADE, R. T. G. de; MAGNUSSON, W. E.; LAURANCE, B.; NELSON, B. W.; PERES, C.; DALY, D. C.; RODRIGUES, D.; ZOPELETTO, A. P.; OLIVEIRA, E. A. de; DUGACHARD, E.; BARBOSA, F. R.; SANTANA, F.; AMARAL, I. L. do; FERREIRA, L. V.; CHARÃO, L. S.; FERREIRA, J. N.; BARLOW, J.; BLANC, L.; ARAGÃO, L.; SIST, P.; SALOMÃO, R. de P.; SILVA, A. S. L. da; LAURANCE, S.; FELDPAUSCH, T. R.; GARDNER, T.; SANTIAGO, W.; BALEE, W.; LAURANCE, W. F.; MALHI, Y.; PHILLIPS, O. L. Giants of the Amazon: How does environmental variation drive the diversity patterns of large trees? Global Change Biology, 2023, v. 29, n. 17, p. 4861-4879, 2023. Na publicação: Joice Ferreira.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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