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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agroenergia. |
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Data corrente: |
23/03/2020 |
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Data da última atualização: |
27/04/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, C. de O. G.; TEIXEIRA, S. T.; RODRIGUES, K. B.; SOUZA, A. A.; MONCLARO, A. V.; MENDES, T. D.; RIBEIRO, J. A. de A.; SIQUEIRA, F. G. de; FAVARO, L. C. de L.; ABDELNUR, P. V. |
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Afiliação: |
Caio de Oliveira Gorgulho Silva; Tallyta Santos Teixeira, Universidade Federal de Tocantins; Kelly Barreto Rodrigues; Amanda Araujo Souza; Antonielle Vieira Monclaro; THAIS DEMARCHI MENDES, CNPAE; JOSE ANTONIO DE AQUINO RIBEIRO, CNPAE; FELIX GONCALVES DE SIQUEIRA, CNPAE; LEIA CECILIA DE LIMA FAVARO, CNPAE; PATRICIA VERARDI ABDELNUR, CNPAE. |
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Título: |
Combination of MALDI-TOF MS and UHPLC-ESI-MS for the characterization of lytic polysaccharide monooxygenase activity. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Analytical Methods, n. 2, 2020. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Lytic polysaccharide monooxygenases (LPMOs) are redox enzymes of high biotechnological interest due to their capacity to degrade recalcitrant polysaccharides, such as cellulose, by an oxidative mechanism. The characterization of LPMOs is challenging since they generate a variety of catalytic products which include native oligosaccharides (non-oxidized) and oligosaccharides oxidized at the reducing end (C1 position), the non-reducing end (C4 position), or both ends, with different degrees of polymerization. Moreover, oxidized products exist in equilibrium with their hydrated forms, which further complicates their identification. The lack of commercial analytical standards for all these possible forms of oxidized oligosaccharides and the low concentration of these products make LPMO functional characterization dependent on advanced mass spectrometry techniques capable of identifying the profile of oxidized products. Here, a new approach for the characterization of cellulose-active LPMOs based on the combination of MALDI-TOF MS and hydrophilic interaction UHPLC-ESI-MS was proposed and optimized. The LPMO TrAA9A from Trichoderma reesei was used as a model enzyme to develop and test the MS methods. MALDI-TOF MS and UHPLC-ESI-MS methods were both capable of identifying putative C1, C4 and C1/C4 oxidized cello-oligosaccharides as well as their native counterparts generated after cellulose treatment with LPMO, which allows their utilization to characterize type I (C1-oxidizer), type II (C4-oxidizer) and type III (C1- and C4-oxidizer) LPMOs. Moreover, both methods were complementary since MALDI-TOF MS was capable of detecting oligosaccharides with higher degrees of polymerization (DP3?DP10), while UHPLC-ESI-MS allowed the evaluation of smaller oligosaccharides (DP1?DP5). The combined use of both methods offers a comprehensive description of LPMO catalytic products. MenosLytic polysaccharide monooxygenases (LPMOs) are redox enzymes of high biotechnological interest due to their capacity to degrade recalcitrant polysaccharides, such as cellulose, by an oxidative mechanism. The characterization of LPMOs is challenging since they generate a variety of catalytic products which include native oligosaccharides (non-oxidized) and oligosaccharides oxidized at the reducing end (C1 position), the non-reducing end (C4 position), or both ends, with different degrees of polymerization. Moreover, oxidized products exist in equilibrium with their hydrated forms, which further complicates their identification. The lack of commercial analytical standards for all these possible forms of oxidized oligosaccharides and the low concentration of these products make LPMO functional characterization dependent on advanced mass spectrometry techniques capable of identifying the profile of oxidized products. Here, a new approach for the characterization of cellulose-active LPMOs based on the combination of MALDI-TOF MS and hydrophilic interaction UHPLC-ESI-MS was proposed and optimized. The LPMO TrAA9A from Trichoderma reesei was used as a model enzyme to develop and test the MS methods. MALDI-TOF MS and UHPLC-ESI-MS methods were both capable of identifying putative C1, C4 and C1/C4 oxidized cello-oligosaccharides as well as their native counterparts generated after cellulose treatment with LPMO, which allows their utilization to characterize type I (C1-oxidizer), type... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Caracterização de LPMOs. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agroenergia (CNPAE) |
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| 81. |  | SILVA, C. de O. G.; TEIXEIRA, S. T.; RODRIGUES, K. B.; SOUZA, A. A.; MONCLARO, A. V.; MENDES, T. D.; RIBEIRO, J. A. de A.; SIQUEIRA, F. G. de; FAVARO, L. C. de L.; ABDELNUR, P. V. Combination of MALDI-TOF MS and UHPLC-ESI-MS for the characterization of lytic polysaccharide monooxygenase activity. Analytical Methods, n. 2, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 82. | | SOARES NETO, C. B.; CONCEIÇÃO, A. A.; GOMES, T. G.; RIBEIRO, J. A. de A.; CAMPANHA, R. B.; BARROSO, P. A. V.; MACHADO, A. E. V.; MENDONCA, S.; SIQUEIRA, F. G. de; MILLER, R. N. G. A Comparison of Physical, Chemical, Biological and Combined Treatments for Detoxifcation of Free Gossypol in Crushed Whole Cottonseed. Waste and Biomass Valorization, v. 12, p. 3965-3975, 2021. PDF: il. color.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Territorial. |
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| 83. | | SOARES NETO, C. B.; CONCEIÇÃO, A. A.; GOMES, T. G.; RIBEIRO, J. A. de A.; CAMPANHA, R. B.; BARROSO, P. A. V.; MACHADO, A. E. V.; MENDONCA, S.; SIQUEIRA, F. G. de; MILLER, R. N. G. A Comparison of Physical, Chemical, Biological and Combined Treatments for Detoxification of Free Gossypol in Crushed Whole Cottonseed. Waste and Biomass Valorization, nov. 2020. On-line first. Data Availability: Sequences enabling molecular identification were deposited in GenBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov) under accession numbers MK603977, MK603978, MK603976, MK603979 and MK603975.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 84. | | BRAGA, I. de O.; SILVA, T. L. C. da; SILVA, T. L. C. da; RODRIGUES NETO, J. C.; RIBEIRO, J. A. de A.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Characterization of the response of Gliricidia Sepium (JACQ.) Steud. To saline stress through the use of proteomic and metabolomic. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal, RN. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Genética, 2022. p. 281 e-book| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 85. | | BRAGA, I. de O.; SILVA, T. L. C. da; SILVA, T. L. C. da; RODRIGUES NETO, J. C.; RIBEIRO, J. A. de A.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Characterization of the response of Gliricidia Sepium (JACQ.) Steud. To saline stress through the use of proteomic and metabolomic. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal, RN. p. 281 e-book| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 86. | | GOMES, T. G.; MACHADO, A. E. V.; ARAÚJO, A. P.; LAVIOLA, B. G.; RIBEIRO, J. A. de A.; CAMPANHA, R. B.; HELM, C. V.; MENDONCA, S.; SIQUEIRA, F. G. de. Degradação de ésteres de forbol da torta de pinhão-manso por macrofungos e potencial como substrato para produção de cogumelos comestíveis. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 2., 2015, Brasília, DF. Anais ... Brasília, DF: Embrapa Agroenergia, 2015. p. 95-97.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 87. | | GOMES, T. G.; MACHADO, A. E. V.; ARAÚJO, A. P.; LAVIOLA, B. G.; RIBEIRO, J. A. de A.; CAMPANHA, R. B.; HELM, C. V.; MENDONCA, S.; SIQUEIRA, F. G. de. Degradação de ésteres de forbol da torta de pinhão-manso por macrofungos e potencial como substrato para produção de cogumelos comestíveis. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 2., 2015, Brasília, DF. Anais ... Brasília, DF: Embrapa Agroenergia, 2015. 95 - 97| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 88. | | FERREIRA, O. R.; BRITO, S. S.; LIMA, F. G.; MARIANO SOUZA, D. P.; MENDONCA, S.; RIBEIRO, J. A. de A.; MAIORKA, P. C.; ARAÚJO, V. L.; NEIVA, J. N. M.; FIORAVANTE, M. C. S.; RAMOS, A. T.; MARUO, V. M. Toxicidade do pericarpo da Jatropha curcas em ovinos. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinaria e Zootecnia, Belo Horizonte, v. 64, n. 3, p. 559-567, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 89. | | SILVA, C. de O. G.; RIBEIRO, J. A. de A.; SOUTO, A. L.; ABDELNUR, P. V.; BATISTA, L. B.; RODRIGUES, K. A.; PARACHIN, N. S.; FERREIRA FILHO, E. X. Sugarcane bagasse hydrothermal pretreatment liquors as suitable carbon sources for hemicellulase production by Aspergillus niger. BioEnergy Research, v. 11, n. 2, p. 316-329, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 90. | | ARAUJO, A. P. F.; GOMES, T. G.; MACHADO, A. E. V.; CONCEIÇÃO, A. A.; RIBEIRO, J. A. de A.; CAMPANHA, R. B.; URBEN, A. F.; MENDONCA, S.; SIQUEIRA, F. G. de. Fungos como agentes destoxificadores de torta de caroço de algodão (Gossipol). In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 2., 2015, Brasília, DF. Anais ... Brasília, DF: Embrapa Agroenergia, 2015. p. 98-100| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 91. | | BRAGA, Í. de O.; SILVA, T. L. C. da; SILVA, V. N. B.; RODRIGUES NETO, J. C.; RIBEIRO, J. A. de A.; ABDELNUR, P. V.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Deep untargeted metabolomics analysis to further characterize the adaptation response of Gliricidia sepium (Jacq.) Walp. to very high salinity stress. Frontiers in Plant Science, v. 13, Art. 869105, May, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 92. | | BARROS, T. de F. S.; MEDEIROS, E. P. de; ALMEIDA, P. B. A. de; SOUSA, G. R. M. de; ARRIEL, N. H. C.; QUEIROZ, M. F. de; MENDONCA, S.; RIBEIRO, J. A. de A.; FERNANDES, P. D. Determinação do perfil lipídico das espécies: pinhão manso, pinhão bravo e pinhão roxo. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 401| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Algodão. |
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| 93. | | NETO, J. C. R.; RICCI-SILVA, M. E.; SANTOS, C. F. dos; COSTA, P. P. K. G.; RIBEIRO, J. A. de A.; SIQUEIRA, F. G. de; ABDELNUR, P. V. Desenvolvimento de protocolo analítico para identificação de proteínas em frutos de dendê utilizando MALDI(+)-TOF-MS In: CONGRESSO BRASILEIRO DE QUÍMICA, 55., 2015, Goiânia. Recursos renováveis: inovação e tecnologia. Rio de Janeiro: ABQ, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 94. | | FONTES, P. R.; RIBEIRO, J. A. de A.; COSTA, P. P. K. G.; DAMASO, M. C. T.; GONZALEZ, W. de A.; SANTOS, C. M. C. dos; ABDELNUR, P. V.; RODRIGUES, C. M. Development and validation of a HILIC-UPLC-ELSD method based on optimized chromatographic and detection parameters for the quantification of polyols from bioconversion processes. Analytical Methods, v. 8, p. 2048-2057, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 95. | | BITTENCOURT, C. B.; SILVA, T. L. C. da; RODRIGUES NETO, J. C.; LEAO, A. P.; RIBEIRO, J. A. de A.; MAIA, A. de H. N.; SOUSA, C. A. F. de; QUIRINO, B. F.; SOUZA JÚNIOR, M. T. Molecular interplay between non-host resistance, pathogens and basal immunity as a background for fatal yellowing in oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) plants. International Journal of Molecular Sciences, v. 24, n. 16, article 12918, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Meio Ambiente; Embrapa Meio-Norte. |
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| 96. | | SILVA, M. R. da; BRAGAGNOLO, F. S.; CARNEIRO. R. L.; PEREIRA, I. de O. C.; RIBEIRO, J. A. de A.; RODRIGUES, C. M.; JELLEY, R. E.; FEDRIZZI, B.; FUNARI, C. S. Metabolite characterization of fifteen by-products of the coffee production chain: From farm to factory. Food Chemistry, v. 369, 130753, Feb. 2022. 17 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 97. | | VARGAS, L. H. G.; RODRIGUES NETO, J. C.; RIBEIRO, J. A. de A.; RICCI-SILVA, M. E.; SOUZA JUNIOR, M. T.; RODRIGUES, C. M.; OLIVEIRA, A. E. DE; ABDELNUR, P. V. Metabolomics analysis of oil palm (Elaeis guineensis) leaf: evaluation of sample preparation steps using UHPLC?MS/MS. Metabolomics, v. 12, n. 10, artigo número 153, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 98. | | CAMPOS, C. G.; VERAS, H. C. T.; RIBEIRO, J. A. de A.; COSTA, P. P. K. G.; ARAÚJO, K. P.; RODRIGUES, C. M.; ALMEIDA, J. R. M. de; ABDELNUR, P. V. New protocol based on UHPLC-MS/MS for quantitation of metabolites in xylose-fermenting yeasts. Journal of the American Society for Mass Spectrometry, v. 28, n. 12, p. 2646-2657, 2017. p. 2646-2657| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 99. | | SILVA, V. N. B.; SILVA, T. L. C. da; FERREIRA, T. M. M.; RODRIGUES NETO, J. C.; LEAO, A. P.; RIBEIRO, J. A. de A.; ABDELNUR, P. V.; VALADARES, L. F.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Multi-omics analysis of young Portulaca Oleracea L. plants' responses to High NaCl doses reveals insights into pathways and genes responsive to salinity stress in this halophyte species. Phenomics, 2022. Published online: 15 June 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
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| 100. | | GOMES, T. G.; HADI, S. I. I. A.; RIBEIRO, J. A. de A.; SEGATTO, R.; MENDES, T. D.; HELM, C. V.; CHAGAS JÚNIOR, A. F.; MILLER, R. N. G.; MENDONCA, S.; SIQUEIRA, F. G. de. Phorbol ester biodegradation in Jatropha curcas cake and potential as a substrate for enzyme and Pleurotus pulmonarius edible mushroom production. Biocatalysis and Agricultural Biotechnology, v. 45, 102498, Oct., 2022. 13 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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