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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agroenergia. |
Data corrente: |
23/03/2020 |
Data da última atualização: |
27/04/2020 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
SILVA, C. de O. G.; TEIXEIRA, S. T.; RODRIGUES, K. B.; SOUZA, A. A.; MONCLARO, A. V.; MENDES, T. D.; RIBEIRO, J. A. de A.; SIQUEIRA, F. G. de; FAVARO, L. C. de L.; ABDELNUR, P. V. |
Afiliação: |
Caio de Oliveira Gorgulho Silva; Tallyta Santos Teixeira, Universidade Federal de Tocantins; Kelly Barreto Rodrigues; Amanda Araujo Souza; Antonielle Vieira Monclaro; THAIS DEMARCHI MENDES, CNPAE; JOSE ANTONIO DE AQUINO RIBEIRO, CNPAE; FELIX GONCALVES DE SIQUEIRA, CNPAE; LEIA CECILIA DE LIMA FAVARO, CNPAE; PATRICIA VERARDI ABDELNUR, CNPAE. |
Título: |
Combination of MALDI-TOF MS and UHPLC-ESI-MS for the characterization of lytic polysaccharide monooxygenase activity. |
Ano de publicação: |
2020 |
Fonte/Imprenta: |
Analytical Methods, n. 2, 2020. |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Lytic polysaccharide monooxygenases (LPMOs) are redox enzymes of high biotechnological interest due to their capacity to degrade recalcitrant polysaccharides, such as cellulose, by an oxidative mechanism. The characterization of LPMOs is challenging since they generate a variety of catalytic products which include native oligosaccharides (non-oxidized) and oligosaccharides oxidized at the reducing end (C1 position), the non-reducing end (C4 position), or both ends, with different degrees of polymerization. Moreover, oxidized products exist in equilibrium with their hydrated forms, which further complicates their identification. The lack of commercial analytical standards for all these possible forms of oxidized oligosaccharides and the low concentration of these products make LPMO functional characterization dependent on advanced mass spectrometry techniques capable of identifying the profile of oxidized products. Here, a new approach for the characterization of cellulose-active LPMOs based on the combination of MALDI-TOF MS and hydrophilic interaction UHPLC-ESI-MS was proposed and optimized. The LPMO TrAA9A from Trichoderma reesei was used as a model enzyme to develop and test the MS methods. MALDI-TOF MS and UHPLC-ESI-MS methods were both capable of identifying putative C1, C4 and C1/C4 oxidized cello-oligosaccharides as well as their native counterparts generated after cellulose treatment with LPMO, which allows their utilization to characterize type I (C1-oxidizer), type II (C4-oxidizer) and type III (C1- and C4-oxidizer) LPMOs. Moreover, both methods were complementary since MALDI-TOF MS was capable of detecting oligosaccharides with higher degrees of polymerization (DP3?DP10), while UHPLC-ESI-MS allowed the evaluation of smaller oligosaccharides (DP1?DP5). The combined use of both methods offers a comprehensive description of LPMO catalytic products. MenosLytic polysaccharide monooxygenases (LPMOs) are redox enzymes of high biotechnological interest due to their capacity to degrade recalcitrant polysaccharides, such as cellulose, by an oxidative mechanism. The characterization of LPMOs is challenging since they generate a variety of catalytic products which include native oligosaccharides (non-oxidized) and oligosaccharides oxidized at the reducing end (C1 position), the non-reducing end (C4 position), or both ends, with different degrees of polymerization. Moreover, oxidized products exist in equilibrium with their hydrated forms, which further complicates their identification. The lack of commercial analytical standards for all these possible forms of oxidized oligosaccharides and the low concentration of these products make LPMO functional characterization dependent on advanced mass spectrometry techniques capable of identifying the profile of oxidized products. Here, a new approach for the characterization of cellulose-active LPMOs based on the combination of MALDI-TOF MS and hydrophilic interaction UHPLC-ESI-MS was proposed and optimized. The LPMO TrAA9A from Trichoderma reesei was used as a model enzyme to develop and test the MS methods. MALDI-TOF MS and UHPLC-ESI-MS methods were both capable of identifying putative C1, C4 and C1/C4 oxidized cello-oligosaccharides as well as their native counterparts generated after cellulose treatment with LPMO, which allows their utilization to characterize type I (C1-oxidizer), type... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Caracterização de LPMOs. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 02626naa a2200241 a 4500 001 2121326 005 2020-04-27 008 2020 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aSILVA, C. de O. G. 245 $aCombination of MALDI-TOF MS and UHPLC-ESI-MS for the characterization of lytic polysaccharide monooxygenase activity.$h[electronic resource] 260 $c2020 520 $aLytic polysaccharide monooxygenases (LPMOs) are redox enzymes of high biotechnological interest due to their capacity to degrade recalcitrant polysaccharides, such as cellulose, by an oxidative mechanism. The characterization of LPMOs is challenging since they generate a variety of catalytic products which include native oligosaccharides (non-oxidized) and oligosaccharides oxidized at the reducing end (C1 position), the non-reducing end (C4 position), or both ends, with different degrees of polymerization. Moreover, oxidized products exist in equilibrium with their hydrated forms, which further complicates their identification. The lack of commercial analytical standards for all these possible forms of oxidized oligosaccharides and the low concentration of these products make LPMO functional characterization dependent on advanced mass spectrometry techniques capable of identifying the profile of oxidized products. Here, a new approach for the characterization of cellulose-active LPMOs based on the combination of MALDI-TOF MS and hydrophilic interaction UHPLC-ESI-MS was proposed and optimized. The LPMO TrAA9A from Trichoderma reesei was used as a model enzyme to develop and test the MS methods. MALDI-TOF MS and UHPLC-ESI-MS methods were both capable of identifying putative C1, C4 and C1/C4 oxidized cello-oligosaccharides as well as their native counterparts generated after cellulose treatment with LPMO, which allows their utilization to characterize type I (C1-oxidizer), type II (C4-oxidizer) and type III (C1- and C4-oxidizer) LPMOs. Moreover, both methods were complementary since MALDI-TOF MS was capable of detecting oligosaccharides with higher degrees of polymerization (DP3?DP10), while UHPLC-ESI-MS allowed the evaluation of smaller oligosaccharides (DP1?DP5). The combined use of both methods offers a comprehensive description of LPMO catalytic products. 653 $aCaracterização de LPMOs 700 1 $aTEIXEIRA, S. T. 700 1 $aRODRIGUES, K. B. 700 1 $aSOUZA, A. A. 700 1 $aMONCLARO, A. V. 700 1 $aMENDES, T. D. 700 1 $aRIBEIRO, J. A. de A. 700 1 $aSIQUEIRA, F. G. de 700 1 $aFAVARO, L. C. de L. 700 1 $aABDELNUR, P. V. 773 $tAnalytical Methods$gn. 2, 2020.
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Registro original: |
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61. | | SOUZA, M. A.; GUIMARÃES, M. B.; RIBEIRO, J. A. de A.; RODRIGUES NETO, J. C.; MENDONCA, S.; SIQUEIRA, F. G. de; ABDELNUR, P. V. Metabolômica untargeted por UHPLC-MS em processos pré-tratamento biológico de torta de pinhão manso por macrobasidiomicetos. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 5., 2018, Brasília, DF. Anais ... Brasília, DF: Embrapa Agroenergia, 2018. p. 15Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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62. | | CAMPOS, C.; RIBEIRO, J. A. de A.; COSTA, P. P. K. G.; VERAS, H.; ALMEIDA, J. R. M. de; RODRIGUES, C. M.; ABDELNUR, P. V. Metabolomics analysis of xylose-fermenting yeasts, Spathaspora arborariae and Candida tenuis, using UHPLC-MS/MS. In: IBERO-AMERICAN, 1.; BrMASS CONFERENCE ON MASS SPECTROMETRY, 6., 2016, Rio de Janeiro. Resumos Eletrônicos... São Paulo: Sociedade Brasileira de Espectrometria de Massas, 2016. p. 237-238.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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63. | | VARGAS. L. H. G.; RIBEIRO, J. A. de A.; SIFUENTES, D. N.; OLIVEIRA, A. E.; SOUZA JUNIOR, M. T.; RODRIGUES, C. M.; ABDELNUR, P. V. Metabolomics of elaeis guineensis leaves: from optimization of the sample preparation steps to untarged metabolite profiling alidis. In: ASMS CONFERENCE ON MASS SPECTROMETRY AND ALLIED TOPICS, 61., 2013, Minneapolis. [Proceedings...]. Santa Fe: American Society for Mass Spectrometry, 2013.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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65. | | RODRIGUES NETO, J. C.; CORREIA, M. V.; SOUTO, A. L.; RIBEIRO, J. A. de A.; RODRIGUES, C. M.; ABDELNUR, P. V. Validation of a PLS-DA Model for biomarker discovery in Elaeis guineensis leaves related to fatal yellowing using UHPLC-MS/MS analysis. In: WORLD CHEMISTRY CONGRESS, 46.,; REUNIÃO ANNUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE QUÍMICA, 40., 2017, São Paulo, SP. [Resumos ...]. São Paulo: SBQ, 2017. Não paginado.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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66. | | CONCEIÇÃO, A. A.; ARAÚJO, A. P. F.; SANTANA, T. D. D.; RIBEIRO, J. A. de A.; MENDONCA, S.; SIQUEIRA, F. G. de. Validation of a RP-UPLC-PDA method for gossypol determination in cottonseed meal during biodetoxification process by fungi. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 2., 2015, Brasília, DF. Anais ... Brasília, DF: Embrapa Agroenergia, 2015. p. 13-14Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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67. | | GUIMARÃES, M. B.; PORTO, B. L. S.; RIBEIRO, J. A. de A.; CARMONA, P. A. O.; CUNHA, R. N. V. da; MENDONCA, S. Variação dos parâmetros associados ao rendimento e qualidade de óleo no período pós-colheita do dendê híbrido. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 3., 2016, Brasília, DF. Anais ... Brasília, DF: Embrapa, 2016. p. 229-236.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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68. | | GUIMARÃES, M. B.; PORTO, B. L. S.; RIBEIRO, J. A. de A.; CARMONA, P. A. O.; CUNHA, R. N. V. da; MENDONCA, S. Variação dos parâmetros associados ao rendimento e qualidade de óleo no período pós-colheita do dendê híbrido. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 3., 2016, Brasília, DF. Anais ... Brasília, DF: Embrapa, 2016. p. 229-236.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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69. | | SILVA, C. de O. G.; TEIXEIRA, T. S.; RIBEIRO, J. A. de A.; RODRIGUES, K. B.; ANASTÁCIO, G. S.; SOUZA, A. A.; MENDES, T. D.; SALUM, T. F. C.; FAVARO, L. C. de L.; ABDELNUR, P. V. avaliação da atividade da LPMO Cel61A de trichoderma reesei sobre celulose por espectrometria de massas. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 5., 2018, Brasília, DF. Anais ... Brasília, DF: Embrapa Agroenergia, 2018. p. 25.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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71. | | CAMPOS, C. G.; RIBEIRO, J. A. de A.; COSTA, P. P. K. G.; PEREIRA, K. A.; VERAS, H. C.; ALMEIDA, J. R. M. de; RODRIGUES, C. M.; ABDELNUR, P. V. Análise quantitativa dos metabólitos produzidos por levedura na via de fermentação da xilose utilizando UHPLC-MS/MS. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE QUÍMICA, 39., 2016, Goiânia, GO. Criar e empreender: anais ... São Paulo: SBQ, 2016. Não paginado.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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72. | | BRAGA, I. de O.; SILVA, T. L. C. da; SILVA, T. L. C. da; RODRIGUES NETO, J. C.; RIBEIRO, J. A. de A.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Characterization of the response of Gliricidia Sepium (JACQ.) Steud. To saline stress through the use of proteomic and metabolomic. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal, RN. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Genética, 2022. p. 281 e-bookTipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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73. | | BRAGA, I. de O.; SILVA, T. L. C. da; SILVA, T. L. C. da; RODRIGUES NETO, J. C.; RIBEIRO, J. A. de A.; SOUSA, C. A. F. de; SOUZA JUNIOR, M. T. Characterization of the response of Gliricidia Sepium (JACQ.) Steud. To saline stress through the use of proteomic and metabolomic. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal, RN. p. 281 e-bookTipo: Resumo em Anais de Congresso |
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74. | | SOARES NETO, C. B.; CONCEIÇÃO, A. A.; GOMES, T. G.; RIBEIRO, J. A. de A.; CAMPANHA, R. B.; BARROSO, P. A. V.; MACHADO, A. E. V.; MENDONCA, S.; SIQUEIRA, F. G. de; MILLER, R. N. G. A Comparison of Physical, Chemical, Biological and Combined Treatments for Detoxifcation of Free Gossypol in Crushed Whole Cottonseed. Waste and Biomass Valorization, v. 12, p. 3965-3975, 2021. PDF: il. color.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Territorial. |
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75. | | SOARES NETO, C. B.; CONCEIÇÃO, A. A.; GOMES, T. G.; RIBEIRO, J. A. de A.; CAMPANHA, R. B.; BARROSO, P. A. V.; MACHADO, A. E. V.; MENDONCA, S.; SIQUEIRA, F. G. de; MILLER, R. N. G. A Comparison of Physical, Chemical, Biological and Combined Treatments for Detoxification of Free Gossypol in Crushed Whole Cottonseed. Waste and Biomass Valorization, nov. 2020. On-line first. Data Availability: Sequences enabling molecular identification were deposited in GenBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov) under accession numbers MK603977, MK603978, MK603976, MK603979 and MK603975.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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76. | | SILVA, C. de O. G.; TEIXEIRA, S. T.; RODRIGUES, K. B.; SOUZA, A. A.; MONCLARO, A. V.; MENDES, T. D.; RIBEIRO, J. A. de A.; SIQUEIRA, F. G. de; FAVARO, L. C. de L.; ABDELNUR, P. V. Combination of MALDI-TOF MS and UHPLC-ESI-MS for the characterization of lytic polysaccharide monooxygenase activity. Analytical Methods, n. 2, 2020.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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77. | | PEREIRA. C. B.; SILVA, R. M. C.; POLETTO, C. M.; ARAÚJO, K. P.; RIBEIRO, J. A. de A.; RODRIGUES, C. M.; ABDELNUR, P. V.; ALMEIDA, J. R. M. de; DAMASO, M. C. T. Seleção de fungos filamentosos para produção de polióis a partir da bioconversão de glicerina bruta. In: SIMPÓSIO NACIONAL DE BIOPROCESSOS, 20.; SIMPÓSIO DE HIDRÓLISE ENZIMÁTICA DE BIOMASSA, 11., 2015, Fortaleza, CE. [Anais ...]. São Paulo: Associação Brasileira de Engenharia Química, 2015.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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78. | | RODRIGUES NETO, J. C.; VARGAS, L. H. G.; RIBEIRO, J. A. de A.; SILVA, M. E. R. da; SOUZA JUNIOR, M. T.; RODRIGUES, C. M.; OLIVEIRA, A. E. de; ABDELNUR, P. V. Impressão digital metabólica de folhas de Elaeis guineensis em diferentes condições de preparo de amostra utilizando UHPLC-MS. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 3., 2016, Brasília, DF. Anais ... Brasília, DF: Embrapa, 2016. p. 237-245.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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79. | | ARAUJO, A. P. F.; GOMES, T. G.; MACHADO, A. E. V.; CONCEIÇÃO, A. A.; RIBEIRO, J. A. de A.; CAMPANHA, R. B.; URBEN, A. F.; MENDONCA, S.; SIQUEIRA, F. G. de. Fungos como agentes destoxificadores de torta de caroço de algodão (Gossipol). In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 2., 2015, Brasília, DF. Anais ... Brasília, DF: Embrapa Agroenergia, 2015. p. 98-100Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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80. | | MOURA, L. T. S.; SOUZA, D. P. M.; MENDONCA, S.; RIBEIRO, J. A. de A.; SOUSA, L. F.; RAMOS, A. T.; MAIORKA, P. C.; ARAÚJO, V. L.; MARUO, V. M. Histopathological and Reproductive Evaluation in Male Rats Fed Jatropha curcas Seed Cake with or without Alkaline Hydrolysis and Subjected to Heat Treatment. BioMed Research International, v. 2017, artigo 6123408 , 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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