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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
13/06/2016 |
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Data da última atualização: |
19/06/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ARDISSON-ARAÚJO, D. M. P.; LIMA, R. N.; MELO, F. L.; CLEM, R. J.; HUANG, N.; BÁO, S. N.; SOSA-GÓMEZ, D. R.; RIBEIRO, B. M. |
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Afiliação: |
DANIEL M. P. ARDISSON-ARAÚJO, UNB; RAYANE NUNES LIMA, UNB; FERNANDO L. MELO, UNB; ROLLIE J. CLEM, KANSAS STATE UNIVERSITY; NING HUANG, Kansas State University; SÔNIA NAIR BÁO, UNB; DANIEL RICARDO SOSA GOMEZ, CNPSO; BERGMANN M. RIBEIRO, UNB. |
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Título: |
Genome sequence of Perigonia lusca single nucleopolyhedrovirus: insights into the evolution of a nucleotide metabolism enzyme in the family Baculoviridae. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 6, n. 24612, jun. 2016. |
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ISSN: |
2045-2322 |
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DOI: |
10.1038/srep24612 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The genome of a novel group II alphabaculovirus, Perigonia lusca single nucleopolyhedrovirus (PeluSNPV), was sequenced and shown to contain 132,831bp with 145 putative ORFs (open reading frames) of at least 50 amino acids. An interesting feature of this novel genome was the presence of a putative nucleotide metabolism enzyme-encoding gene (pelu112). The pelu112 gene was predicted to encode a fusion of thymidylate kinase (tmk) and dUTP diphosphatase (dut). Phylogenetic analysis indicated that baculoviruses have independently acquired tmk and dut several times during their evolution. Two homologs of the tmk-dut fusion gene were separately introduced into the Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) genome, which lacks tmk and dut. The recombinant baculoviruses produced viral DNA, virus progeny, and some viral proteins earlier during in vitro infection and the yields of viral occlusion bodies were increased 2.5-fold when compared to the parental virus. Interestingly, both enzymes appear to retain their active sites, based on separate modeling using previously solved crystal structures. We suggest that the retention of these tmk-dut fusion genes by certain baculoviruses could be related to accelerating virus replication and to protecting the virus genome from deleterious mutation. |
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Thesagro: |
Baculovirus; Genoma; Virus. |
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Thesaurus Nal: |
Baculoviridae; Genome assembly. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/144282/1/Genome-sequence-of-Perigonia-lusca-2016.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
27/01/2011 |
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Data da última atualização: |
13/04/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Software |
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Autoria: |
MOURA, M. F.; MERCANTI, E.; PEIXOTO, B. M.; MARCACINI, R. M. |
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Afiliação: |
MARIA FERNANDA MOURA, CNPTIA; ENZO MERCANTI, IC/UNICAMP, Estagiário/CNPTIA; BRUNO MALVEIRA PEIXOTO, IC/UNICAMP, Estagiário/CNPTIA; RICARDO MARCONDES MARCACINI, ICMC/USP. |
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Título: |
TaxEdit - Taxonomy Editor. Versão 1.0. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O TaxEdit é um software para auxílio à organização da informação. Ela tem base em um processo de mineração de textos para a geração de taxonomias de tópicos hierárquicos, que pode ser aplicado a uma coleção qualquer de documentos no formato texto plano ou com marcadores XML, preferencialmente textos de um único domínio de conhecimento. Para gerar a hierarquia de tópicos pode-se utilizar vocabulário controlado a partir de um thesaurus, ou encontrar um vocabulário por meio de uma ferramenta de pré-processamento integrada à interface da TaxEdit. Funcionalmente ela permite obter o agrupamento hierárquico de uma coleção de textos e visualizá-lo, bem como aplicar cortes aos grupos e identificar descritores para cada grupo ? por meio de dois diferentes métodos. Uma vez identificados os descritores, o usuário pode analisá-los e decidir se eles são de fato pertinentes e, também, se devem ser considerados como palavras-chaves, categorias ou tópicos gerais. Consideram-se palavras-chaves aquelas que possuem correspondência em um thesaurus ou que, assim julgadas por especialista em informação para aquele domínio de conhecimento, deveriam ser consideradas como um novo termo nesse thesaurus. Categorias podem ser definidas de acordo com alguma categorização aceita para o domínio de conhecimento ou definidas pelo usuário da ferramenta. Tópicos gerais podem abranger tanto categorias como palavras-chaves, isoladamente ou e conjunto, contanto que se refiram ao grupo de documentos que eles descrevem. Classificados os descritores, o processo é retro-alimentado e re-executado até que o usuário o considere satisfatório. Os resultados são gravados junto aos textos originais utilizando-se marcadores XML. MenosO TaxEdit é um software para auxílio à organização da informação. Ela tem base em um processo de mineração de textos para a geração de taxonomias de tópicos hierárquicos, que pode ser aplicado a uma coleção qualquer de documentos no formato texto plano ou com marcadores XML, preferencialmente textos de um único domínio de conhecimento. Para gerar a hierarquia de tópicos pode-se utilizar vocabulário controlado a partir de um thesaurus, ou encontrar um vocabulário por meio de uma ferramenta de pré-processamento integrada à interface da TaxEdit. Funcionalmente ela permite obter o agrupamento hierárquico de uma coleção de textos e visualizá-lo, bem como aplicar cortes aos grupos e identificar descritores para cada grupo ? por meio de dois diferentes métodos. Uma vez identificados os descritores, o usuário pode analisá-los e decidir se eles são de fato pertinentes e, também, se devem ser considerados como palavras-chaves, categorias ou tópicos gerais. Consideram-se palavras-chaves aquelas que possuem correspondência em um thesaurus ou que, assim julgadas por especialista em informação para aquele domínio de conhecimento, deveriam ser consideradas como um novo termo nesse thesaurus. Categorias podem ser definidas de acordo com alguma categorização aceita para o domínio de conhecimento ou definidas pelo usuário da ferramenta. Tópicos gerais podem abranger tanto categorias como palavras-chaves, isoladamente ou e conjunto, contanto que se refiram ao grupo de documentos que ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Geração de taxonomias; Mineração de textos; Organização da informação; Software; Taxonomia de tópicos hierárquicos. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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260 $aCampinas: Embrapa Informática Agropecuária$c2010
300 $c1 CD-ROM.
520 $aO TaxEdit é um software para auxílio à organização da informação. Ela tem base em um processo de mineração de textos para a geração de taxonomias de tópicos hierárquicos, que pode ser aplicado a uma coleção qualquer de documentos no formato texto plano ou com marcadores XML, preferencialmente textos de um único domínio de conhecimento. Para gerar a hierarquia de tópicos pode-se utilizar vocabulário controlado a partir de um thesaurus, ou encontrar um vocabulário por meio de uma ferramenta de pré-processamento integrada à interface da TaxEdit. Funcionalmente ela permite obter o agrupamento hierárquico de uma coleção de textos e visualizá-lo, bem como aplicar cortes aos grupos e identificar descritores para cada grupo ? por meio de dois diferentes métodos. Uma vez identificados os descritores, o usuário pode analisá-los e decidir se eles são de fato pertinentes e, também, se devem ser considerados como palavras-chaves, categorias ou tópicos gerais. Consideram-se palavras-chaves aquelas que possuem correspondência em um thesaurus ou que, assim julgadas por especialista em informação para aquele domínio de conhecimento, deveriam ser consideradas como um novo termo nesse thesaurus. Categorias podem ser definidas de acordo com alguma categorização aceita para o domínio de conhecimento ou definidas pelo usuário da ferramenta. Tópicos gerais podem abranger tanto categorias como palavras-chaves, isoladamente ou e conjunto, contanto que se refiram ao grupo de documentos que eles descrevem. Classificados os descritores, o processo é retro-alimentado e re-executado até que o usuário o considere satisfatório. Os resultados são gravados junto aos textos originais utilizando-se marcadores XML.
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653 $aMineração de textos
653 $aOrganização da informação
653 $aSoftware
653 $aTaxonomia de tópicos hierárquicos
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700 1 $aPEIXOTO, B. M.
700 1 $aMARCACINI, R. M.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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