Data/hora: 25/06/2024 01:10:32

Biblioteca(s): | Embrapa Agrobiologia; Embrapa Agroindústria Tropical; Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Amapá; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Hortaliças; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Pantanal; Embrapa Roraima; Embrapa Trigo; Embrapa Unidades Centrais.
Data corrente: | 20/02/2001
Data da última atualização: | 02/09/2010
Autoria: | BUSO, G. S. C.; BRONDANI, R. V.; AMARAL, Z. P. de S.; REIS, A. M. M.; FERREIRA, M. E.
Título: | Desenvolvimento de Primers SSR para análise genética de pimentas e pimentões (Capsicum spp.) utilizando biblioteca genômica enriquecida.
Ano de publicação: | 2000
Fonte/Imprenta: | Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2000.
Páginas: | 27 p.
Série: | (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Boletim de pesquisa, n. 15).
Idioma: | Português
Conteúdo: | Capsicum é um dos condimentos mais utilizados no mundo. Uma grande porção da diversidade genética deste gênero está no Brasil, particularmente nas Florestas Atlântica e Amazônica. O conhecimento e utilização deste geermoplasma é ainda incipiente e estudos são necessários para que ele seja explorado, preservado e utilizado em programas de melhoramento. A Embrapa Hortaliças tem mantido uma coleção de cultivares de pimentas e pimentões e seus parentes silvestres, com aproximadamente 700 acessos de Capsicum, com informações limitadas. Existe a necessidade de se desenvolver métodos que acelerem a capacidade analítica dos estudos genéticos de Capsicum que lidam com estimativas de Diversidade genética, genética de populações e mapeamento genético. Seqüências Simples Repetidas (SSR), ou microssatélites, são marcadores genéticos poderosos para uma análise genômica detalhada. Eles são baseados em PCR, têm herança codominante, são altamente multialélicos e podem ser semiautomatizados em ensaios com multiplexes para alta produção de dados. Um conjunto de marcadores SSR tem sido desenvolvido recentemente como parte de um programa de análise genômica de Capsicum. O DNA genômico de um único acesso de Capsicum annum foi digerido com a enzima de restrição Tsp 509l. Os fragmentos entre 300 e 800 pb foram recuperados em membrana de nylon. Um procedimento de enriquecimento foi aplicado e os fragmentos que continham SSRs foram selecionados por hibridização à oligonucleotídeos biotinilizados ligados a contas magnéticas. Esta fração foi usada para construção de uma biblioteca genômica enriquecida para dinucleotídeos de seqüência AG. Esta biblioteca tem sido continuamente selecionada para clones que contêm SSR, através de hibridização de placas de colônias com a sonda AG (13). Os clones positivos foram adicionalmente selecionados por PCR-ancorado e aqueles selecionados foram seqüênciados em seqüenciador automático ABI Prism 377. As seqüências flanqueadoras das repetições estão sendo utilizadas para o desenho de primers que serão utilizados na análise genômica. Para a biblioteca clonada em fago, de 302 colônias positivas para SSR recentemente selecionadas, em 141 confirmou-se a presença de seqüências repetitivas por PCR-ancorado. Uma sub-amostra correspondente a 56% dos clones selecionados foi seqüêciada. Destas, 22 seqüências apresentaram SSRs com região flanqueadora de tamanho suficiente para o desenho de primers. Para a biblioteca clonada em plasmídeo, de 900 colônias recombinantes repicadas, 848 clones foram selecionados após hibridização. Todos estes foram submetidos a PCR-ancorado e 475 foram positivos. Destes, 444 clones foram seqüenciados, resultando em 259 SSRs apropriados para o desenho de primers. Os novos primers de SSR estão sendo caracterizados utilizando acessos cultivados e silvestres de Capsicum.
Palavras-Chave: | Analise genetica; Ancorado; Brondani; Capiscum; Genetic analysis; II; Marcador SSR; Microsatélite; Microsatélites; Microsatellite; Microsatellites; Microssatélite; Microssatelites; Molecular marker; PCR; PCR-ancorado 4; Pimento; R; SSR; SSR-biblioteca enriquecida I; V.
Thesagro: | Capsicum Annuum; Marcador Molecular; Pimenta; Pimentão.
Thesaurus Nal: | Capsicum; paprika; peppers; sweet peppers.

Categoria do assunto:

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F Plantas e Produtos de Origem Vegetal

Registro original: | Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF)

Exemplares:

CPAMN - (11231-1) - EMB - FL - PP - FOL 29/01 -  - 2001.00029 - DIS
AI-SEDE - (39578-1) - EMB - FL - -- - 11145 - CENARGEN - 11145 - DIS
AI-SEDE - (39578-2) - EMB - FL - -- - 11145 - CENARGEN - 11145a - DIS
CNPAF - (25574-1) - EMB - FL - PP - FOL 4958 -  - 2000.4958 - DIS
CPAO - (20758-1) - EMB - FL - -- - FOL 13149 -  - FOL 13149 - DIS
CPAF-AP - (5969-1) - EMB - FL - PP - 05996 -  - 05996 - DIS
CPATU - (35968-1) - EMB - FL - PP - 10156 -  - 10156 - DIS
CNPAT - (5553-1) - ADD - FL - -- - FL 02469 -  - 2001.02469 - DIS
CNPAB - (30880-1) - EMB - FL - -- - 641.338.3 -  - 0003194 - DIS
CPAF-RR - (12100-1) - EMB - FL - -- - OLER-Pimenta - 005 - CENARGEN - OLPM - 005 - DIS
CNPH - (20650-1) - ADD - FL - -- - 04139 -  - 4139 - DIS
CPAP - (53313-1) - EMB - FL - -- - FL2003.00060 - o-4560 - 2003.00060 - DIS
CNPT - (39113-1) - EMB - FL - -- - FL-08000 -  - 08000 - DIS