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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
13/12/2018 |
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Data da última atualização: |
23/06/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SILVA JUNIOR, O. B. da; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SA, M. E. L.; DEAL, R.; RAGOUSSIS, I.; GRATTAPAGLIA, D.; RECH FILHO, E. L. |
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Afiliação: |
ORZENIL BONFIM DA SILVA JUNIOR, Cenargen; MARCO AURELIO CALDAS DE PINHO PESSO, CPAC; Cenargen; EMORY UNIVERSITY; MCGILL UNIVERSITY; DARIO GRATTAPAGLIA, Cenargen; ELIBIO LEOPOLDO RECH FILHO, Cenargen. |
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Título: |
Coupling in-depth genome annotations with genome editing technology for harnessing genomic variation to promote precision breeding in tropical soybean. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
In: BRAZILIAN BIOTECHNOLOGY CONGRESS, 7.; BIOTECHNOLOGY IBERO-AMERICAN CONGRESS, 2., 2018, Brasília, DF. Proceedings... Brasília, DF: SBBiotec, 2018. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
ABSTRACT: Directional selection during crop domestication and advanced breeding has resulted in significant changes in plant genomes. The extent of intraspecific variation in a crop documents domestication and highlights variants underlying complex traits. Studies demonstrate that most naturally occurring variants in crops are low frequency, and only a small fraction of those might have important functions to trait variation. To understand the inheritance of quantitative traits, diversity panels have become available by crossing inbred lines to produce genomic maps that relate phenotypic variation to recombination and ultimately to genome structure. Using these resources, genomics studies have suggested that selection performs poorly in pericentromeric regions because of reduced recombination frequency (RF). Thus, manipulating RF and meiotic crossover location is an appealing issue to advance crop breeding. In our study, we are using genomic analysis to characterize intragenomic diversity of tropical elite soybean lines in terms of heterozygosity, RF, chromatin structure and accessibility. Our results to date include the generation of draft genome assemblies for two soybean advanced lines using PACBIO long-read sequencing, Chromium Linked-Reads sequencing and an approach rooted in polymer physics that determines the most likely genome structure using chromosomal contact data. In-depth genome-wide characterization is ongoing using ATAC-Seq and Parent-Progeny resequencing. We also present our efforts to apply DNA-free editing tools in implementing genetic alterations that are expected to engineer desirable traits in soybeans by modifying meiotic specific expression. These changes are expected to increase genetic and epigenetic variations with favorable outcomes in seed oil and protein pathway regulation. Financial support: Embrapa-Monsanto Fund/Project:03.17.03.002.00.00 MenosABSTRACT: Directional selection during crop domestication and advanced breeding has resulted in significant changes in plant genomes. The extent of intraspecific variation in a crop documents domestication and highlights variants underlying complex traits. Studies demonstrate that most naturally occurring variants in crops are low frequency, and only a small fraction of those might have important functions to trait variation. To understand the inheritance of quantitative traits, diversity panels have become available by crossing inbred lines to produce genomic maps that relate phenotypic variation to recombination and ultimately to genome structure. Using these resources, genomics studies have suggested that selection performs poorly in pericentromeric regions because of reduced recombination frequency (RF). Thus, manipulating RF and meiotic crossover location is an appealing issue to advance crop breeding. In our study, we are using genomic analysis to characterize intragenomic diversity of tropical elite soybean lines in terms of heterozygosity, RF, chromatin structure and accessibility. Our results to date include the generation of draft genome assemblies for two soybean advanced lines using PACBIO long-read sequencing, Chromium Linked-Reads sequencing and an approach rooted in polymer physics that determines the most likely genome structure using chromosomal contact data. In-depth genome-wide characterization is ongoing using ATAC-Seq and Parent-Progeny resequencing. We ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Análise genômica; Seqüenciamento de longa duração. |
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Thesagro: |
Genoma; Melhoramento Genético Vegetal; Soja. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/187384/1/Coupling-in-depth-genome-annotations-with-genome-editing-technology-for-harnessing-genomic-variation-to-promote-precision-breeding-in-tropical-soybean-APAGAR.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 75 | |
| 41. |  | SILVA JUNIOR, O. B. da; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SA, M. E. L.; DEAL, R.; RAGOUSSIS, I.; GRATTAPAGLIA, D.; RECH FILHO, E. L. Coupling in-depth genome annotations with genome editing technology for harnessing genomic variation to promote precision breeding in tropical soybean. In: BRAZILIAN BIOTECHNOLOGY CONGRESS, 7.; BIOTECHNOLOGY IBERO-AMERICAN CONGRESS, 2., 2018, Brasília, DF. Proceedings... Brasília, DF: SBBiotec, 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 42. | | LACERDA, V. A. M. L.; SOUSA, G. P. de; ROSINHA, G. M. S.; RECH FILHO, E. L.; ALMEIDA, J. R. M. de; BITTENCOURT, D. M. de C. Comparativo metodológico na produção de espidroínas sintéticas de aranhas da biodiversidade brasileira em bactérias. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 7., 2023, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2023. p. 88-92.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 43. | | LACERDA, V. A. M. L.; SOUSA, G. P. de; ROSINHA, G. M. S.; RECH FILHO, E. L.; ALMEIDA, J. R. M. de; BITTENCOURT, D. M. de C. Comparativo metodológico na produção de espidroínas sintéticas de aranhas da biodiversidade brasileira em bactérias. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 7., 2023, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2023. p. 88-92.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 44. | | MADEIRA, L. M.; CUNHA FILHO, N. B. da; RAMOS, G. L.; ARAUJO, A. C. G. de; ARAGÃO, F. J. L.; LACORTE, C.; RECH FILHO, E. L. Immunolocalization of the HIV microbicide cyanovirin-n expressed in transgenic soybean seeds. In: SIMPÓSIO DE MICROSCOPIA NO CERRADO, 2008, Pirenópolis, GO. [Anais...] Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. 321 p. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 265) Organizadoras: Ana Claudia Guerra de Araújo e Sônia Nair Báo. p. 214-217.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 45. | | MURAD, A. M.; VIANNA, G. R.; MACHADO, A. M.; CUNHA, N. B. da; COELHO, C. M.; LACERDA, V. A. M.; COELHO, M. C.; RECH FILHO, E. L. Mass spectrometry characterisation of fatty acids from metabolically engineered soybean seeds. Analytical and Bioanalytical Chemistry, v. 406, n. 12, p. 2873-2883, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 46. | | MICHALCZECHEN-LACERDA, V. A.; TOKAREVA, O.; BASTOS, A. de R.; SILVA, M. S. da; VIANNA, G. R.; MURAD, A. M.; KAPLAN, D. L.; RECH FILHO, E. L. Synthetic biology increases efficiency of Escherichia coli to produce Parawixia bistriata spider silk protein. BMC Proceedings, v.8, suppl, P.231, 2014. (Open access) Edição do Congress of the Brazilian Biotechnology Society, Florianópolis, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 47. | | MACEDO, C. R.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; MARCOLINO-GOMES, J.; MOLINARI, M. D. C.; BARBOSA, D. de A.; ROSA, J. da; MARIN, S. R. R.; MERTZ-HENNING, L. M.; RECH FILHO, E. L.; NEPOMUCENO, A. L. Análise de RNASeq de genes responsivos ao déficit hídrico na fase reprodutiva da soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 10., 2019, Águas de Lindóia. Tema: Pesquisa e Inovação para o Desenvolvimento da Sociedade: resumos dos trabalhos. [S.l.]: Sociedade Brasileira de Melhoramento de Plantas, 2019. p. 43| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Soja. |
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| 48. | | MOLINARI, M. D. C.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; YU, Y.; FLORENTINO, L. H.; MERTZ-HENNING, L. M.; LIMA, R. N.; BITTENCOURT, D. M. de C.; FREIRE, M. O.; RECH FILHO, E. L. Exploring the proteomic profile of soybean bran: unlocking the potential for improving protein quality and quantity. Plants, v. 12, n. 14, 2023. 2704. Na publicação: Liliane Marcia Mertz-Henning; Elibio Rech.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Soja. |
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| 49. | | CUNHA, N. B.; MURAD, A. M.; CIPRIANO, T. M.; ARAUJO, A. C. G. de; ARAGAO, F. J. L.; LEITE, A.; VIANNA, G. R.; MCPHEE, T. R.; SOUZA, G. H. M. F.; WATERS, M. J.; RECH FILHO, E. L. Expression of functional recombinant human growth hormone in transgenic soybean seeds. Transgenic Research, v. 20, p. 811-826, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 50. | | MOLINARI, M. D. C.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; BARBOSA, D. de A.; MARIN, S. R. R.; MARIN, D. R.; RECH FILHO, E. L.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L. Flowering process in soybean under water deficit conditions: a review on genetic aspects. Genetics and Molecular Biology, v. 45, n. 1, e20210016, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 51. | | MOLINARI, M. D. C.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; MARCOLINO-GOMES, J.; BARBOSA, D. de A.; MARIN, S. R. R.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L.; RECH FILHO, E. L. Flower and pod genes involved in soybean sensitivity to drought. Journal of Plant Interactions, v. 16, n. 1, p. 187-200, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Soja. |
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| 52. | | SILVA, S. A. da; SOUZA, P. I. de M. de; VIANNA, G. R.; LEONARDECZ, E.; MOREIRA, C. T.; FALEIRO, F. G.; NUNES JÚNIOR, J.; MONTEIRO, P. M. F. O.; RECH FILHO, E. L.; ARAGÃO, F. J. L. Gene flow from transgenic to nontransgenic soybean plants in the Cerrado region of Brazil. Genetics and Molecular Research, v. 6, n. 2, p. 345-352, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 53. | | SOUTO, B. M.; VERZA, N. C.; OLIVEIRA, P. E. F.; BITTENCOURT, D. M. de C.; MADEIRA, L. M.; ANDRADE, A. C.; SILVA, F. R. da; LEWIS, R. V.; RECH FILHO, E. L. Produção e purificação de seda recombinante da aranha brasileira Nephilengys cruentata. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia. Anais... Águas de Lindóia: SBG, 2007. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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| 54. | | OLIVEIRA, P. E. F.; VERZA, N. C.; BITTENCOURT, D.; SOUTO, B. M.; MADEIRA, L. M.; ANDRADE, A. C.; SILVA, F. R. da; LEWIS, R. V.; RECH FILHO, E. L. Producing artificial silk fibers from brazilian spider genes in bacteria and plant systems. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia. Anais... Águas de Lindóia: SBG, 2007. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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| 55. | | MOLINARI, M. D. C.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; BARBOSA, D. de A.; KAFER, J. M.; MARIN, D. C.; MARIN, S. R. R.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L.; RECH FILHO, E. L. Screening de proteínas bioativas com potencial antioxidante em proteoma de soja cv. BRS 537. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 9., 2022, Foz do iguaçu, PR. Desafios para a produtividade sustentável no Mercosul: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2022. Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Adeney de Freitas Bueno, editores técnicos. resumo 154. p. 174.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 56. | | MOLINARI, M. D. C.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; BARBOSA, D. de A.; KAFER, J. M.; MARIN, D. C.; MARIN, S. R. R.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L.; RECH FILHO, E. L. Screening de proteínas bioativas com potencial antioxidante em proteoma de soja cv. BRS 537. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 9., 2022, Foz do iguaçu, PR. Desafios para a produtividade sustentável no Mercosul: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2022. Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Adeney de Freitas Bueno, editores técnicos. resumo 154. p. 174.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 57. | | RECH FILHO, E. L.; VIANNA, G. R.; MURAD, A. M.; CUNHA, N.; LACORTE, C. C.; ARAUJO, A. C. G. de; BRIGIDO, M.; MICHAEL, W.; FONTES, A.; BARRY, O.; ANDREW, S.; OTAVIA, C. Recombinant proteins in plants. BMC Proceedings, v.8, suppl, P.01, 2014. (Open access) Edição do Congress of the Brazilian Biotechnology Society, Florianópolis, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 58. | | SILVA, S. A. da; SOUZA, P. I. M. de; MOREIRA, C. T.; ANDRADE, S. R. M. de; ULBRICH, A. V.; VIANNA, G. R.; RECH FILHO, E. L.; ARAGÃO, F. J. L. Dispersão de pólen em soja transgênica na região do Cerrado. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 38, n. 10, p. 1229-1235, out. 2003 Notas Científicas.
Título em inglês: Gene flow in transgenic soybean in the Cerrado region, Brazil.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 59. | | MOLINARI, M. D. C.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; BARBOSA, D. de A.; KAFER, J. M.; MARIN, D. C.; MARIN, S. R. R.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L.; RECH FILHO, E. L. Identificação de proteínas alergênicas em sementes e farelo de soja cv. BRS 537. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 9., 2022, Foz do iguaçu, PR. Desafios para a produtividade sustentável no Mercosul: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2022. Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Adeney de Freitas Bueno, editores técnicos. resumo 155. p. 175.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 60. | | MOLINARI, M. D. C.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; BARBOSA, D. de A.; KAFER, J. M.; MARIN, D. C.; MARIN, S. R. R.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L.; RECH FILHO, E. L. Identificação de proteínas alergênicas em sementes e farelo de soja cv. BRS 537. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 9., 2022, Foz do iguaçu, PR. Desafios para a produtividade sustentável no Mercosul: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2022. Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite, Adeney de Freitas Bueno, editores técnicos. resumo 155. p. 175.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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