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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
16/12/2008 |
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Data da última atualização: |
15/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
KUSER, P.; CUPRI, F.; BLEICHER, L.; POLIKARPOV, I. |
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Afiliação: |
PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; FÁBIO CUPRI, Laboratório Nacional de Luz Síncrotron; LUCAS BLEICHER, USP; IGOR POLIKARPOV, USP. |
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Título: |
Crystal structure of yeast hexokinase PI in complex with glucose: a classical "induced fit" example revised. |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
Proteins, v. 72, n. 2, p. 731-740, 2008. |
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DOI: |
10.1002/prot.21956 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Hexokinase is the first enzyme in the glycolytic pathway that catalyzes the transfer of a phosphoryl group from ATP to glucose to form glucose-6-phosphate and ADP. Two yeast hexokinase isozymes are known, namely PI and PII. Here we redetermined the crystal structure of yeast hexokinase PI from Saccharomyces cerevisiae as a complex with its substrate, glucose, and refined it at 2.95 A resolution. Comparison of the holo-PI yeast hexokinase and apo-hexokinase structures shows in detail the rigid body domain closure and specific loop movements as glucose binds and sheds more light on structural basis of the "induced fit" mechanism of reaction in the HK enzymatic action. We also performed statistical coupling analysis of the hexokinase family, which reveals two co-evolved continuous clusters of amino acid residues and shows that the evolutionary coupled amino acid residues are mostly confined to the active site and the hinge region, further supporting the importance of these parts of the protein for the enzymatic catalysis. |
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Palavras-Chave: |
Estrutura cristalina; Estrutura de raio-X de hexoquinase; Hexokinase X-ray structure; Statistical coupling analysis. |
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Thesagro: |
Análise estatística; Glicose; Saccharomyces Cerevisiae. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
LEADER 01831naa a2200253 a 4500
001 1009610
005 2020-01-15
008 2008 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1002/prot.21956$2DOI
100 1 $aKUSER, P.
245 $aCrystal structure of yeast hexokinase PI in complex with glucose$ba classical "induced fit" example revised.$h[electronic resource]
260 $c2008
520 $aHexokinase is the first enzyme in the glycolytic pathway that catalyzes the transfer of a phosphoryl group from ATP to glucose to form glucose-6-phosphate and ADP. Two yeast hexokinase isozymes are known, namely PI and PII. Here we redetermined the crystal structure of yeast hexokinase PI from Saccharomyces cerevisiae as a complex with its substrate, glucose, and refined it at 2.95 A resolution. Comparison of the holo-PI yeast hexokinase and apo-hexokinase structures shows in detail the rigid body domain closure and specific loop movements as glucose binds and sheds more light on structural basis of the "induced fit" mechanism of reaction in the HK enzymatic action. We also performed statistical coupling analysis of the hexokinase family, which reveals two co-evolved continuous clusters of amino acid residues and shows that the evolutionary coupled amino acid residues are mostly confined to the active site and the hinge region, further supporting the importance of these parts of the protein for the enzymatic catalysis.
650 $aAnálise estatística
650 $aGlicose
650 $aSaccharomyces Cerevisiae
653 $aEstrutura cristalina
653 $aEstrutura de raio-X de hexoquinase
653 $aHexokinase X-ray structure
653 $aStatistical coupling analysis
700 1 $aCUPRI, F.
700 1 $aBLEICHER, L.
700 1 $aPOLIKARPOV, I.
773 $tProteins$gv. 72, n. 2, p. 731-740, 2008.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 16 | |
| 3. |  | PIROTA, R. D. P. B.; TONELOTTO, M.; DELABONA, P. da S.; POLIKARPOV, I.; FARINAS, C. S. Comparison of fpase and xylanase production between fungi isolated from amazon region and aspergillus niger (F12). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Fortaleza. Programas e resumos... [Brasília, DF]: Sociedade Brasileira de Biotecnologia, 2010. p. 327. res. 411.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 4. | | PIROTA, R. D. P. B.; DELABONA, P. da S.; POLIKARPOV, I.; FARINAS, C. S. Produção de carboximetilcelulase e poligalacturonase sólido pelo fungo Trichoderma polysporum por fermentação em estado sólido, utilizando bagaço de laranja com substrato. In: JORNADA CIENTÍFICA-EMBRAPA SÃO CARLOS, 2009, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Pecuária Sudeste: Embrapa Instrumentação Agropecuária, 2009. p. 11 (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 90)| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 5. | | PIROTA, R. D. P. B.; TONELOTTO, M.; DELABONA, P. da S.; POLIKARPOV, I.; FARINAS, C. S. Produção enzimática por fungos isolados da Região Amazônica, visando aplicação na produção de etanol celulósico. In: SEMINÁRIO BRASILEIRO DE TECNOLOGIA ENZIMÁTICA - ENZITEC, 9., 2010, Rio de Janeiro. Versatilidade e eficiência na inovação sustentável: resumos. Rio de Janeiro: UFRJ, 2010. p. 106.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 6. | | LEITE, F. L.; OLIVEIRA NETO, M.; BALLESTERO, M. R. M.; POLIKARPOV, I.; MASCARENHAS, Y. P.; HERRMANN, P. S. P.; MATTOSO, L. H. C.; OLIVEIRA JUNIOR, O. N. Determination of conformation and fractal behavior on poly(0-ethoxyaniline) by atomic force microscopy and small-angle X-Ray scattering. In: MACRO 2006; WORLD POLYMER CONGRESS, Rio de Janeiro, Brazil; INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON MACROMOLECULES, 41ST., 2006, Rio de Janeiro. Proceedings... [S. l.]: ABPol, 2006. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 7. | | LEITE, F. L.; ALVES, W. F.; OLIVEIRA NETO, M.; POLIKARPOV, I.; HERRMANN, P. S. P.; MATTOSO, L. H. C.; OLIVEIRA, JUNIOR, O. N. Doping in poly (o-ethoxyaniline) nanostructured films studied with atomic force spectroscopy (AFS). Micron, New York, v. 39, p. 1119-1125, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 8. | | TONELOTTO, M. PIROTA, R. D. P. B. DELABONA, P. S. BARROS, G. O. F.; GOLUBEV, A. M. POLIKARPOV, I.; FARINAS, C. S. Isolation and characterization of a ß-galactosidase from a now Amazon forest strain of Aspergillus niger as a potential accessory enzyme for biomass conversion. Biocatalysis and Biotransformation, [S. l.], v. 32, n. 1, p. 13-22, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 9. | | LIMA, M. A.; GOMEZ, L. D.; STEELI-KING, C. G.; SIMISTER, R.; BERNARDINELLI, O. D.; CARVALHO, M. A.; REZENDE, C. A.; LABATE, C. A.; AZEVEDO, E. R.; McQUEEN-MASON, S.; POLIKARPOV, I.; CARVALHO, M. A. Evaluating the composition and processing potential of novel sources of Brazilian biomass for sustainable biorenewables production. Biotechnology for Biofuels, v. 7, n. 10, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 10. | | ALESSI, A. M.; BIRD, S. M.; OATES, N. C.; LI, Y.; DOWLE, A. A.; NOVOTNY, E. H.; AZEVEDO, E. R. de; BENNETT, J. P.; POLIKARPOV, I.; YOUNG, J. P. W.; MCQUEEN-MASON, S. J.; BRUCE, N. C. Defining functional diversity for lignocellulose degradation in a microbial community using multi-omics studies. Biotechnology for Biofuels, v. 11, article 166, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 11. | | LEITE, F. de L.; SIMÕES, M. L.; OLIVEIRA NETO, M. de; SAVEDRA, R. M. L.; HERRMANN JUNIOR, P. S. de P.; POLIKARPOV, I.; MARTIN NETO, L.; TRSIC, M.; MATTOSO, L. H. C.; OLIVEIRA JUNIOR, O. N. de. A Nanocarrier charge model for the transport in poly(o-alkoxyanilines) [PTu19]. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON SCIENCE AND TECHNOLOGY OF SYNTHETIC METALS, ICSM, 2008, Porto de Galinhas. Book of Abstracts... [S. l.: s. n.], 2008. p. 61.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 12. | | HERRMANN, P. S. de P.; MASCARENHAS, Y. P.; POLIKARPOV, I.; BALLESTERO, M. R. M.; OLIVEIRA NETO, M. de; LEITE, F. de L.; MATTOSO, L. H. C.; OLIVEIRA, O. N. de. Nanoscale conformational ordering on poly(alkoxyanilines): fractal behavior and thin films formation mechanism. In: ENCONTRO DA SBPMAT, 5.; BRAZILIAN MRS MEETING, 5TH., 2006, Florianópolis. Final program... Florianópolis: [s. n.], 2006. p. 111. 1CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 13. | | LEITE, F. L.; OLIVEIRA NETO, M. de; PATERNO, L. G.; BALLESTERO, M. R. M.; POLIKARPOV, I.; MASCARENHAS, Y. P.; HERRMANN, P. S. P.; MATTOSO, L. H. C.; OLIVEIRA JUNIOR, O. N. Nanoscale conformational ordering in polyanilines investigated by SAXS and AFM Journal of Colloid and Interface Science, New York, v. 316, p. 376-387, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
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| 14. | | ESPÍRITO SANTO, M. C. do; CARDOSO, E. B.; GUIMARAES, F. E. G.; AZEVEDO, E. R. de; CUNHA, G. P. da; NOVOTNY, E. H.; PELLEGRINI, V. de O. A.; CHANDEL, A. K.; SILVEIRA, M. H. L.; POLIKARPOV, I. Multifaceted characterization of sugarcane bagasse under different steam explosion severity conditions leading to distinct enzymatic hydrolysis yields. Industrial Crops & Products, v. 139, 111542, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 15. | | COLUSSI, F.; SERPA, V.; DELABONA, P. da S.; MANZINE, L. R.; VOLTATÓDIO, M. L.; ALVES, R.; MELLO, B. L.; PEREIRA JUNIOR, N.; FARINAS, C. S.; GOLUBEV, A. M.; SANTOS, M. A. M.; POLIKARPOV, I. Purification, and biochemical and biophysical characterization of cellobiohydrolase I from trichoderma harzianum IOC 3844. Journal of microbiology and biotechnology, Kangnam-Gu, v. 21, n. 8, p. 808-817, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 16. | | ESPIRITO SANTO, M. C. do; THEMA, F. T.; PELLEGRINI, V. de O. A.; KANE, A. O.; GUIMARAES, F. E. G.; FILGUEIRAS, J. G.; NOVOTNY, E. H.; AZEVEDO, E. R. de; POLIKARPOV, I. When the order matters: impacts of lignin removal and xylan conformation on the physical structure and enzymatic hydrolysis of sugarcane bagasse. Industrial Crops and Products, v. 180, 114708, Jun. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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