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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
31/08/2015 |
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Data da última atualização: |
16/03/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PAULA, D. P.; LINARD, B.; ANDOW, D. A.; SUJII, E. R.; PIRES, C. S. S.; VOGLER, A. P. |
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Afiliação: |
DEBORA PIRES PAULA, CENARGEN; BENJAMIN LINARD, Department of Life Sciences, Natural History Museum, Cromwell Rd, London; DAVID A. ANDOW, Department of Entomology, University of Minnesota; EDISON RYOITI SUJII, CENARGEN; CARMEN SILVIA SOARES PIRES, CENARGEN; ALFRIED P. VOGLER, Department of Life Sciences, Natural History Museum, Cromwell Rd, London. |
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Título: |
Detection and decay rates of prey and prey symbionts in the gut of a predator through metagenomics. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Ecology Resources, v. 15, n. 4, p. 880-892, 2015. |
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DOI: |
10.1111/1755-0998.12364 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
DNA methods are useful to identify ingested prey items from the gut of predators, but reliable detection is hampered by low amounts of degraded DNA. PCR-based methods can retrieve minute amounts of starting material but suffer from amplification biases and cross-reactions with the predator and related species genomes. Here, we use PCR-free direct shotgun sequencing of total DNA isolated from the gut of the harlequin ladybird Harmonia axyridis at five time points after feeding on a single pea aphid Acyrthosiphon pisum. Sequence reads were matched to three reference databases: Insecta mitogenomes of 587 species, including H. axyridis sequenced here; A. pisum nuclear genome scaffolds; and scaffolds and complete genomes of 13 potential bacterial symbionts. Immediately after feeding, multicopy mtDNA of A. pisum was detected in tens of reads, while hundreds of matches to nuclear scaffolds were detected. Aphid nuclear DNA and mtDNA decayed at similar rates (0.281 and 0.11 h1 respectively), and the detectability periods were 32.7 and 23.1 h. Metagenomic sequencing also revealed thousands of reads of the obligate Buchnera aphidicola and facultative Regiella insecticola aphid symbionts, which showed exponential decay rates significantly faster than aphid DNA (0.694 and 0.80 h 1, respectively). However, the facultative aphid symbionts Hamiltonella defensa, Arsenophonus spp. and Serratia symbiotica showed an unexpected temporary increase in population size by 1?2 orders of magnitude in the predator guts before declining. Metagenomics is a powerful tool that can reveal complex relationships and the dynamics of interactions among predators, prey and their symbionts. MenosDNA methods are useful to identify ingested prey items from the gut of predators, but reliable detection is hampered by low amounts of degraded DNA. PCR-based methods can retrieve minute amounts of starting material but suffer from amplification biases and cross-reactions with the predator and related species genomes. Here, we use PCR-free direct shotgun sequencing of total DNA isolated from the gut of the harlequin ladybird Harmonia axyridis at five time points after feeding on a single pea aphid Acyrthosiphon pisum. Sequence reads were matched to three reference databases: Insecta mitogenomes of 587 species, including H. axyridis sequenced here; A. pisum nuclear genome scaffolds; and scaffolds and complete genomes of 13 potential bacterial symbionts. Immediately after feeding, multicopy mtDNA of A. pisum was detected in tens of reads, while hundreds of matches to nuclear scaffolds were detected. Aphid nuclear DNA and mtDNA decayed at similar rates (0.281 and 0.11 h1 respectively), and the detectability periods were 32.7 and 23.1 h. Metagenomic sequencing also revealed thousands of reads of the obligate Buchnera aphidicola and facultative Regiella insecticola aphid symbionts, which showed exponential decay rates significantly faster than aphid DNA (0.694 and 0.80 h 1, respectively). However, the facultative aphid symbionts Hamiltonella defensa, Arsenophonus spp. and Serratia symbiotica showed an unexpected temporary increase in population size by 1?2 orders of magnitude in ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Analyte detectability half-life; Coccinellid. |
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Thesagro: |
Pulgão. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/135237/1/Paula-et-al-2015-Molecular-Ecology-Resources.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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| 61. |  | FONTES, E. M. G.; PIRES, C. S. S.; FERREIRA, S. O.; SUJII, E. R.; LIMA, L. H. C. Estrategia de vida da cigarrinha-das-pastagens, Deois flavopicta: implicacoes para seu controle biologico com fungos entomopatogenicos. In: SIMPOSIO DE CONTROLE BIOLOGICO, 2., 1990, Brasilia. Resumos. Brasilia: EMBRAPA-CENARGEN, 1990. p.107. (EMBRAPA-CENARGEN. Documentos, 13). p.107 (EMBRAPA-CENARGEN. Documentos, 13) Resumo| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 62. | | MILANE, P.; HARTERREITEN SOUZA, E.; MENCARINI, L. G.; LAUMANN, R. A.; CARNEIRO, R.; SUJII, E. R.; PIRES, C. S. S. Estruturação da comunidade de insetos em áreas de produção de hortaliças em diferentes fases de transição agroecológica na região do Distrito Federal. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROECOLOGIA, 6.; CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE AGROECOLOGIA, 2., 2009, Curitiba. Anais: agricultura familiar e camponesa: experiências passadas e presentes construindo um futuro sustentável Curitiba: ABA: SOCLA, 2009. p. 1963-1967. 1 CD-ROM. Apresentado também no ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 14., 2009, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2009. Resumo 068, p. 109.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 63. | | SUJII, E. R.; PIRES, C. S. S.; HARTERREITEN-SOUZA, E. S.; SICSÚ, P. R.; TOGNI, P. H. B. Estruturação das comunidades de inimigos naturais: o papel das interações tritróficas em sistemas diversificados. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 13., 2013, Bonito, MS. Faça bonito: use controle biológico: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 65. | | TEIXEIRA, M. M.; LEÃO, D. S.; FONTES, E. M. G.; PIRES, C. S. S.; PAULA, D. P.; SUJII, E. R. Biologia da borboleta Chlosyne lacinia (Geyer) (Lepidoptera: Nymphalidae) e avaliação dos efeitos da toxina Cry1Ac. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 13., 2008, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. Resumo 075. p. 120.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 66. | | TEIXEIRA, M. M.; LEÃO, D. S.; PAULA, D. P.; PIRES, C. S. S.; FONTES, E. M. G.; SUJII, E. R. Biologia da borboleta Chlosyne lacinia (Geyer) [Lepidoptera:Nymphalidae]. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 22., 2008, Uberlândia. Ciência, tecnologia e inovação: anais. Viçosa, MG: UFV, 2008. 1 CD-ROM. ResumoID:1747-1.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 67. | | TOGNI, P. H. B.; LANGER, L. F.; CAVALCANTE, K. R.; LAUMANN, R. A.; PIRES, C. S. S.; SUJII, E. R. Bases ecológicas para o manejo da mosca-branca Bemisia tabaci em sistemas agroecológicos de produção de tomate. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 14., 2009, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2009. Resumo 057. p. 98| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 69. | | PAULA, D. P.; LINARD, B.; ANDOW, D. A.; SUJII, E. R.; PIRES, C. S. S.; VOGLER, A. P. Detection and decay rates of prey and prey symbionts in the gut of a predator through metagenomics. Molecular Ecology Resources, v. 15, n. 4, p. 880-892, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 70. | | BORGES, M.; MORAES, M. C. B.; PEIXOTO, M. F.; PIRES, C. S. S.; SUJII, E. R.; LAUMANN, R. A. Monitoring the Neotropical brown stink bug Euschistus heros (F.) (Hemiptera: Pentatomidae) with pheromone-baited traps in soybean fields. Journal of Applied Entomology, v. 135, n.1-2, p.68-80, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 75. | | PIRES, C. S. S.; FONTES, E. M. G.; SUJII, E. R.; FERNANDES, H. M. C.; GOMES, D. F. Ocorrencia de Anagrus sp. (Hymenoptera: Mymaridae) parasitando ovos de Deois flavopicta (Stal) (Homoptera: Cercopidae) em pastagens do Brasil Central. Anais da Sociedade Entomologica do Brasil, Vicosa, v.22, n.2, p.411-413, 1993. p.411-413| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 76. | | ROSA, A. S.; FERNANDES, M. Z.; FERREIRA, D. L.; BLOCHTEIN, B.; PIRES, C. S. S.; IMPERATRIZ-FONSECA, V. L. Quantification of larval food and its pollen content in the diet of stingless bees - subsidies for toxicity bioassays studies. Brazilian Journal of Biology, v. 75, n. 3, p. 771-772, 2015| Tipo: Nota Técnica/Nota Científica |
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| 77. | | TEIXEIRA, M. M.; BERNARDES, T. A.; PIRES, C. S. S.; PAULA, D. P.; FONTES, E. M. G.; SUJII, E. Protocolo de criação da borboleta Chlosyne lacinia (Geyer) (Lepidoptera: nymphalidae) para avaliação da toxicidade da proteína Cry1Ac. In : ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 12., 2007, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. p. 146.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 78. | | SUJII, E. R.; PIRES, C. S. S.; FONTES, E. M. G.; HARTERREITEN-SOUZA, E. S.; FARIA, M. R. de. Relaçõos ecológicas no controle biológico. In: FONTES, E. M. G.; VALADARES-INGLIS, M. C. (Ed.). Controle biológico de pragas da agricultura. Brasília, DF : Embrapa, 2020. cap. 2, p. 45-62.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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