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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Rondônia; Embrapa Roraima. |
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Data corrente: |
28/06/2021 |
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Data da última atualização: |
29/11/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BRESEGHELLO, F.; MELLO, R. N. de; PINHEIRO, P. V.; SOARES, D. M.; LOPES JUNIOR, S.; RANGEL, P. H. N.; GUIMARÃES, E. P.; CASTRO, A. P. de; COLOMBARI FILHO, J. M.; MAGALHÃES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; NEVES, P. de C. F.; FURTINI, I. V.; UTUMI, M. M.; PEREIRA, J. A.; CORDEIRO, A. C. C.; SILVEIRA FILHO, A.; ABREU, G. B.; MOURA NETO, F. P.; PIETRAGALLA, J.; VARGAS HERNÁNDEZ, M.; CROSSA, J. |
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Afiliação: |
FLAVIO BRESEGHELLO, CNPAF; RAQUEL NEVES DE MELLO, CNPAF; PATRICIA VALLE PINHEIRO, CNPAF; DINO MAGALHAES SOARES, CNPAF; SERGIO LOPES JUNIOR, CNPAF; PAULO HIDEO NAKANO RANGEL, CNPAF; ELCIO PERPETUO GUIMARAES, CNPAF; ADRIANO PEREIRA DE CASTRO, CNPAF; JOSE MANOEL COLOMBARI FILHO, CNPAF; ARIANO MARTINS DE MAGALHAES JUNIOR, CPACT; PAULO RICARDO REIS FAGUNDES, CPACT; PERICLES DE CARVALHO FERREIRA NEVES, CNPAF; ISABELA VOLPI FURTINI, CNPAF; MARLEY MARICO UTUMI, CPAF-RO; JOSE ALMEIDA PEREIRA, CPAMN; ANTONIO CARLOS CENTENO CORDEIRO, CPAF-RR; AUSTRELINO SILVEIRA FILHO, CPATU; GUILHERME BARBOSA ABREU, CPACP; FRANCISCO PEREIRA MOURA NETO, CNPAF; JULIAN PIETRAGALLA, INTEGRATED BREEDING PLATFORM, Texcoco, Mexico; MATEO VARGAS HERNÁNDEZ, CIMMYT, Texcoco-Mexico; JOSE CROSSA, CIMMYT, Texcoco-Mexico. |
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Título: |
Building the Embrapa rice breeding dataset for efficient data reuse. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Crop Science, v. 61, n. 5, p. 3445-3457, Sept./Oct. 2021. |
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ISSN: |
0011-183X |
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DOI: |
https://doi.org/10.1002/csc2.20550 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Embrapa has led breeding programs for irrigated and upland rice (Oryza sativa L.) since 1977, generating a large amount of pedigree and phenotypic data. However, there were no systematic standards for data recording nor long-term data preservation and reuse strategies. With the new aim of making data reuse practical, we recovered all data available and structured it into the Embrapa Rice Breeding Dataset (ERBD). In its current version, the ERBD includes 20,504 crosses involving 9,974 parents, the pedigrees of most of the 4,532 inbred lines that took part in advanced field trials, and phenotypic data from 2,711 field trials (1,118 irrigated, 1,593 upland trials), representing 226,458 field plots. Those trials were conducted over 38 years (1982-2019), in 247 locations, in latitudes ranging from 3°N to 33°S. Phenotypic traits included grain yield, days to flowering, plant height, canopy lodging, and five important fungal diseases: leaf blast, panicle blast, brown spot, leaf scald, and grain discoloration. The total number of data points surpasses 1.27 million. Descriptive statistics were computed over the dataset, split by cropping systems (irrigated or upland). The mean heritability of grain yield was high for both systems, at around .7, whereas the mean coefficient of variation was 13.9% for irrigated trials and 18.7% for upland trials. The ERBD offers the possibility of conducting studies on different aspects of rice breeding and genetics, including genetic gain, G×E analysis, genome-wide association studies and genomic prediction. MenosEmbrapa has led breeding programs for irrigated and upland rice (Oryza sativa L.) since 1977, generating a large amount of pedigree and phenotypic data. However, there were no systematic standards for data recording nor long-term data preservation and reuse strategies. With the new aim of making data reuse practical, we recovered all data available and structured it into the Embrapa Rice Breeding Dataset (ERBD). In its current version, the ERBD includes 20,504 crosses involving 9,974 parents, the pedigrees of most of the 4,532 inbred lines that took part in advanced field trials, and phenotypic data from 2,711 field trials (1,118 irrigated, 1,593 upland trials), representing 226,458 field plots. Those trials were conducted over 38 years (1982-2019), in 247 locations, in latitudes ranging from 3°N to 33°S. Phenotypic traits included grain yield, days to flowering, plant height, canopy lodging, and five important fungal diseases: leaf blast, panicle blast, brown spot, leaf scald, and grain discoloration. The total number of data points surpasses 1.27 million. Descriptive statistics were computed over the dataset, split by cropping systems (irrigated or upland). The mean heritability of grain yield was high for both systems, at around .7, whereas the mean coefficient of variation was 13.9% for irrigated trials and 18.7% for upland trials. The ERBD offers the possibility of conducting studies on different aspects of rice breeding and genetics, including genetic gain, G×E analysi... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Banco de dados. |
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Thesagro: |
Arroz; Fenótipo; Melhoramento Genético Vegetal; Oryza Sativa. |
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Thesaurus Nal: |
Databases; Genetics; Plant breeding; Rice. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/224093/1/cropscience-2021.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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| Registros recuperados : 61 | |
| 25. |  | SANTOS, P. L. dos; HEINKE, T. I.; KUCIAK, C.; ROSSATO, M.; SANTOS, A. C. A. dos; LEITE, D. L. Avaliação da pungência em diferentes genótipos de Allium cepa L. pela determinação do ácido pirúvico. In: ENCONTRO DE QUÍMICA DA REGIÃO SUL, 15., 2007, Ponta Gossa. Química e a interdisciplinaridade: anais. Ponta Grossa: Universidade Estadual de Ponta Grossa: Sociedade Brasileira de Química, 2007. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 26. | | SANTOS, P. L. dos; VIEIRA, L. S.; VIEIRA, I. M. dos S.; DIAS, A. C. da C. P. Mapeamento do uso atual das terras da bacia do rio Candiru-Açu, utilizando imagens TM/Landsat-5. Boletim da Faculdade de Ciências Agrárias do Pará, Belém, PA, n. 23, p. 35-43, jan./jun. 1995.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 28. | | SANTOS, P. L. dos; SILVA, J. M. L. da; SILVA, B. N. R. da; SANTOS, R. D. dos. Levantamento semidetalhado dos solos e avaliação da aptidão agrícola das terras para as culturas de dendê e seringueira de uma área no município de Moju, Pará. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 20., 1985, Belém, PA. Saber usar o solo é conservar a terra: programa e resumos. Campinas: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 1985. p. 146.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 32. | | SANTOS, P. L. dos; OLIVEIRA JUNIOR, R. C. de; RODRIGUES, T. E.; SAMPAIO, S. M. N.; CAMPOS, A. G. S. Mapa de zoneamento agroecológico dos Municípios de Curuçá e Terra Alta - Estado do Pará. [Belém, PA]: Embrapa Amazônia Oriental, 2001. 1 mapa color. Escala 1:100.000. Colaborador: Franciney Carvalho da Ponte. Parte de: RODRIGUES, T. E.; OLIVEIRA JUNIOR, R. C. de; VALENTE, M. A.; CARDOSO JÚNIOR, E. Q. Zoneamento agroecológico do Município de Curuçá, Estado do Pará. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental,...| Tipo: Monitoramento/Zoneamento |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 34. | | SANTOS, P. L. dos; RODRIGUES, T. E.; SILVA, J. M. L. da; VALENTE, M. A.; SANTOS, E. da S.; ROLIM, P. A. M. Avaliação da aptidão agrícola das terras da área do Município de Santa Izabel do Pará, Estado do Pará. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2003. 20 p. (Embrapa Amazônia Oriental. Documentos, 157). Anexo mapas: Mapa de aptidão agrícola das terras do Município de Santa Izabel do Pará.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 35. | | RODRIGUES, T. E.; SANTOS, P. L. dos; ROLLIM, P. A. M.; SANTOS, E.; SILVA, J. M. L. da; VALENTE, M. A.; GAMA, J. R. N. F. Avaliação da aptidão agrícola das terras do município de Tomé-Açu, Estado do Pará. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2001. 23 p. il. (Embrapa Amazônia Oriental. Documentos, 116). Anexo mapa em CD-ROM: Mapa de aptidão agrícola das terras do Município de Tomé-Açu - Pará.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 37. | | RODRIGUES, T. E.; SANTOS, P. L. dos; OLIVEIRA JUNIOR, R. C. de; VALENTE, M. A.; SILVA, J. M. L. da; CARDOSO JUNIOR, E. Q. Caracterização dos solos da área do planalto de Belterra, município de Santarém, Estado do Pará. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2001. 54 p. (Embrapa Amazônia Oriental. Documentos, 115). Anexo mapa em CD-ROM: Mapa de reconhecimento dos solos do Planalto de Santarém, Estado do Pará.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 38. | | RODRIGUES, T. E.; SANTOS, P. L. dos; SILVA, J. M. L. da; VALENTE, M. A.; SANTOS, E. da S.; ROLIM, P. A. M. Caracterização e classificação dos solos do Município de Bujaru, Estado do Pará. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2003. 44 p. (Embrapa Amazônia Oriental. Documentos, 165). Anexo 2 mapas: Mapa de solos do Município de Bujaru - Pará; Mapa Mapa de cobertura vegetal e uso das terras do Município de Bujaru - Pará.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 39. | | RODRIGUES, T. E.; SANTOS, P. L. dos; VALENTE, M. A.; SILVA, J. M. L. da; ROLLIM, P. A. M.; SANTOS, E. S. Caracterização e classificação de solos do Município de Santo Antônio do Tauá, Estado do Pará. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2004. 49 p. (Embrapa Amazônia Oriental. Documentos, 181). Anexo 2 mapas: Mapa de cobertura vegetal e uso da terra do Município de Santo Antônio do Tauá ? Pará; Mapa de solos do Município de Santo Antonio do Tauá - Pará.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 40. | | RODRIGUES, T. E.; SANTOS, P. L. dos; ROLLIM, P. A. M.; SANTOS, E.; REGO, R. S.; SILVA, J. M. L. da; VALENTE, M. A.; GAMA, J. R. N. Caracterização e classificação dos solos do Município de Tomé-Açu, PA. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2001. 48 p. (Embrapa Amazônia Oriental. Documentos, 117). Anexo mapa em CD-ROM: Mapa de solos do Município de Tomé-Açu - Pará.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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