| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
|
Data corrente: |
27/12/2016 |
|
Data da última atualização: |
07/06/2019 |
|
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
PEZENTI, L. F.; GONÇALVES, K. B.; SOUZA, R. F.; VILAS-BOAS, L. A.; SOSA-GOMEZ, D. R.; ROSA, R. da. |
|
Afiliação: |
DANIEL RICARDO SOSA GOMEZ, CNPSO. |
|
Título: |
Montagem de novo do transcriptoma de Anticarsia gemmatalis. |
|
Ano de publicação: |
2016 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: ENCONTRO PARANAENSE DE GENÉTICA, 13., GENÉTICA NAS FÉRIAS, 10., 2016. Tempos modernos: anais. Londrina: UEL, 2016. |
|
Páginas: |
p. 43. |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
Anticarsia gemmatalis Hübner 1818 (Lepidoptera: Noctuidae), conhecida como lagarta-da-soja é a desfolhadora mais comum da soja no Brasil, ocasionando perdas consideráveis na produtividade da cultura. Informações relevantes têm sido obtidas a respeito das bases genéticas e fisiológicas associadas à resistência de insetos a vários tipos de inseticidas, através da aplicação de técnicas moleculares para determinar padrões de expressão gênica. Entre elas, destaca-se o RNA-seq que permite quantificar o nível de expressão gênica, além de analisar a estrutura do transcriptoma sem a necessidade de um conhecimento prévio do genoma estudado. Dessa maneira, neste trabalho foram obtidos os transcritos de diferentes populações de A. gemmatalis (resistentes e suscetíveis, tratadas e não-tratadas com a proteína bioinseticida de Bacillus thuringiensis - Cry1Ac), e analisados o seu perfil transcricional através do RNA-seq. Foram construídas doze bibliotecas de cDNA (protocolo Illumina TruSeq Stranded mRNA LS) a partir de doze amostras de RNA extraídas conforme protocolo adaptado utilizando TRIzol® Reagent e o SV Total RNA Isolation System Promega. O sequenciamento foi realizado na plataforma Illumina HiSeq 2500 V4 com leitura paired-end de 125pb. A qualidade dos reads obtidos foram verificados com FastQC v0.11.4, e trimados com Prinseq v0.20.4. A montagem do transcriptoma foi realizada na plataforma Trinity v2.2.0 com a estratégia de novo, pois não existe um genoma de referência para o mapeamento dos transcritos e construção de contigs. Os transcritos de uma das bibliotecas foram anotados e categorizados usando o software Blast2go v3.2.7, logo após a busca por similaridade dos transcritos contra banco de dados. O transcriptoma das doze bibliotecas de A. gemmatalis apresentou 754.280 transcritos, montados a partir de 503.590.692 reads, com uma média de 41.965.891 milhões de reads por biblioteca, e N50 variando de 1146 a 1520. Os dados apresentados são preliminares, porém este estudo nos permite reportar a montagem do transcriptoma de A. gemmatalis e apresentar dados preliminares de anotação funcional. Estes resultados abrem novas perspectivas para o estudo genômico de A. gemmatalis, e possibilitará a posterior identificação de genes candidatos relacionados aos mecanismos de resistência de importantes pragas agrícolas. MenosAnticarsia gemmatalis Hübner 1818 (Lepidoptera: Noctuidae), conhecida como lagarta-da-soja é a desfolhadora mais comum da soja no Brasil, ocasionando perdas consideráveis na produtividade da cultura. Informações relevantes têm sido obtidas a respeito das bases genéticas e fisiológicas associadas à resistência de insetos a vários tipos de inseticidas, através da aplicação de técnicas moleculares para determinar padrões de expressão gênica. Entre elas, destaca-se o RNA-seq que permite quantificar o nível de expressão gênica, além de analisar a estrutura do transcriptoma sem a necessidade de um conhecimento prévio do genoma estudado. Dessa maneira, neste trabalho foram obtidos os transcritos de diferentes populações de A. gemmatalis (resistentes e suscetíveis, tratadas e não-tratadas com a proteína bioinseticida de Bacillus thuringiensis - Cry1Ac), e analisados o seu perfil transcricional através do RNA-seq. Foram construídas doze bibliotecas de cDNA (protocolo Illumina TruSeq Stranded mRNA LS) a partir de doze amostras de RNA extraídas conforme protocolo adaptado utilizando TRIzol® Reagent e o SV Total RNA Isolation System Promega. O sequenciamento foi realizado na plataforma Illumina HiSeq 2500 V4 com leitura paired-end de 125pb. A qualidade dos reads obtidos foram verificados com FastQC v0.11.4, e trimados com Prinseq v0.20.4. A montagem do transcriptoma foi realizada na plataforma Trinity v2.2.0 com a estratégia de novo, pois não existe um genoma de referência para o mapeam... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Lagarta-da-soja; Transcriptoma. |
|
Thesagro: |
Genética; RNA. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/152327/1/Anais.2016.p.43.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 03086nam a2200229 a 4500
001 2059312
005 2019-06-07
008 2016 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aPEZENTI, L. F.
245 $aMontagem de novo do transcriptoma de Anticarsia gemmatalis.$h[electronic resource]
260 $aIn: ENCONTRO PARANAENSE DE GENÉTICA, 13., GENÉTICA NAS FÉRIAS, 10., 2016. Tempos modernos: anais. Londrina: UEL$c2016
300 $ap. 43.
520 $aAnticarsia gemmatalis Hübner 1818 (Lepidoptera: Noctuidae), conhecida como lagarta-da-soja é a desfolhadora mais comum da soja no Brasil, ocasionando perdas consideráveis na produtividade da cultura. Informações relevantes têm sido obtidas a respeito das bases genéticas e fisiológicas associadas à resistência de insetos a vários tipos de inseticidas, através da aplicação de técnicas moleculares para determinar padrões de expressão gênica. Entre elas, destaca-se o RNA-seq que permite quantificar o nível de expressão gênica, além de analisar a estrutura do transcriptoma sem a necessidade de um conhecimento prévio do genoma estudado. Dessa maneira, neste trabalho foram obtidos os transcritos de diferentes populações de A. gemmatalis (resistentes e suscetíveis, tratadas e não-tratadas com a proteína bioinseticida de Bacillus thuringiensis - Cry1Ac), e analisados o seu perfil transcricional através do RNA-seq. Foram construídas doze bibliotecas de cDNA (protocolo Illumina TruSeq Stranded mRNA LS) a partir de doze amostras de RNA extraídas conforme protocolo adaptado utilizando TRIzol® Reagent e o SV Total RNA Isolation System Promega. O sequenciamento foi realizado na plataforma Illumina HiSeq 2500 V4 com leitura paired-end de 125pb. A qualidade dos reads obtidos foram verificados com FastQC v0.11.4, e trimados com Prinseq v0.20.4. A montagem do transcriptoma foi realizada na plataforma Trinity v2.2.0 com a estratégia de novo, pois não existe um genoma de referência para o mapeamento dos transcritos e construção de contigs. Os transcritos de uma das bibliotecas foram anotados e categorizados usando o software Blast2go v3.2.7, logo após a busca por similaridade dos transcritos contra banco de dados. O transcriptoma das doze bibliotecas de A. gemmatalis apresentou 754.280 transcritos, montados a partir de 503.590.692 reads, com uma média de 41.965.891 milhões de reads por biblioteca, e N50 variando de 1146 a 1520. Os dados apresentados são preliminares, porém este estudo nos permite reportar a montagem do transcriptoma de A. gemmatalis e apresentar dados preliminares de anotação funcional. Estes resultados abrem novas perspectivas para o estudo genômico de A. gemmatalis, e possibilitará a posterior identificação de genes candidatos relacionados aos mecanismos de resistência de importantes pragas agrícolas.
650 $aGenética
650 $aRNA
653 $aLagarta-da-soja
653 $aTranscriptoma
700 1 $aGONÇALVES, K. B.
700 1 $aSOUZA, R. F.
700 1 $aVILAS-BOAS, L. A.
700 1 $aSOSA-GOMEZ, D. R.
700 1 $aROSA, R. da
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 7 | |
| 2. |  | PEZENTI, L. F.; GONÇALVES, K. B.; SOUZA, R. F.; VILAS-BOAS, L. A.; SOSA-GOMEZ, D. R.; ROSA, R. da. Montagem de novo do transcriptoma de Anticarsia gemmatalis. In: ENCONTRO PARANAENSE DE GENÉTICA, 13., GENÉTICA NAS FÉRIAS, 10., 2016. Tempos modernos: anais. Londrina: UEL, 2016. p. 43.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
|    |
| 4. | | PEZENTI, L. F.; SOSA-GOMEZ, D. R.; SOUZA, R. F. de; VILAS-BOAS, L. A.; GONÇALVES, K. C. B.; ROSA. R. da. Análise do transcriptoma revela múltiplos mecanismos moleculares da resistência de Anticarsia gemmatalis à toxina Cry1Ac de Bacillus thuringiensis. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 15., 2017, Ribeirão Preto, SP. Os novos desafios do controle: resumos. [Ribeirão Preto]: SEB; Unesp, 2017. Poster. p. 102 SICONBIOL.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
|  |
| 5. | | DIONISIO, J. F.; PEZENTI, L. F.; BRANCO, K. S.; SOUZA, R. F. de; MANTOVANI, M. S.; SÓSA-GOMEZ, D. R.; ROSA, R. da. Differential expression in Euschistus heros (Fabricius, 1798) resistant and susceptible to organophosphate. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 66.; SIMPÓSIO DE CITOGENÉTICA E GENÉTICA DE PEIXES, 19.; REUNIÃO DE GENÉTICA DE MICRORGANISMOS, 32.; CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE GENÉTICA PARA CONSERVAÇÃO, 2., 2021, online. Abstracts... Ribeirão Preto: SBG, 2021. e-book. p. 534.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 6. | | DIAS, F. C.; SOUZA, R. F. de; PEZENTI, L. F.; DIONISIO, J. F.; PAULINO, J. A. M.; SILVA, C. R. M. da; SÓSA-GOMEZ, D. R.; ROSA, R. da. Transcriptional analysis of microsatellites in velvetbean caterpillar Anticarsia gemmatalis Hübner, 1818. Cytogenet and Genome Research, v. 162, n. 5, p. 273–281, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| 7. | | PEZENTI, L. F.; SÓSA-GOMEZ, D. R.; SOUZA, R. F. de; VILAS-BOAS, L. A.; GONÇALVES, K. B.; SILVA, C. R. M. da; VILAS-BOAS, G. T.; BARANOSKI, A.; MANTOVANI, M. S.; ROSA, R. da. Transcriptional profiling analysis of susceptible and resistant strains of Anticarsia gemmatalis and their response to Bacillus thuringiensis. Genomics, v. 113, p. 2264-2275, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
| |
| Registros recuperados : 7 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
