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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
31/08/2022 |
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Data da última atualização: |
17/11/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
VIGNATO, B. S.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; MOREIRA, G. C. M.; POLETI, M. D.; PETRINI, J.; GARCIA, I. S.; CLEMENTE, L. G.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L. |
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Afiliação: |
BÁRBARA SILVA VIGNATO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ALINE SILVA MELLO CESAR, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JULIANA AFONSO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; GABRIEL COSTA MONTEIRO MOREIRA, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; MIRELE DAIANA POLETI, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JULIANA PETRINI, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; INGRID SOARES GARCIA, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUAN GASPAR CLEMENTE, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO. |
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Título: |
Integrative analysis between genome-wide association study and expression quantitative trait Loci reveals bovine muscle gene expression regulatory polymorphisms associated with intramuscular fat and backfat thickness. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Genetics, v. 13, 935238, aug. 2022. |
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Páginas: |
15 p. |
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DOI: |
10.3389/fgene.2022.935238 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Understanding the architecture of gene expression is fundamental to unravel the molecular mechanisms regulating complex traits in bovine, such as intramuscular fat content (IMF) and backfat thickness (BFT). These traits are economically important for the beef industry since they affect carcass and meat quality. Our main goal was to identify gene expression regulatory polymorphisms within genomic regions (QTL) associated with IMF and BFT in Nellore cattle. For that, we used RNA-Seq data from 193 Nellore steers to perform SNP calling analysis. Then, we combined the RNA-Seq SNP and a high-density SNP panel to obtain a new dataset for further genome-wide association analysis (GWAS), totaling 534,928 SNPs. GWAS was performed using the Bayes B model. Twenty-one relevant QTL were associated with our target traits. The expression quantitative trait loci (eQTL) analysis was performed using Matrix eQTL with the complete SNP dataset and 12,991 genes, revealing a total of 71,033 cis and 36,497 trans-eQTL (FDR < 0.05). Intersecting with QTL for IMF, we found 231 eQTL regulating the expression levels of 117 genes. Within those eQTL, three predicted deleterious SNPs were identified. We also identified 109 eQTL associated with BFT and affecting the expression of 54 genes. This study revealed genomic regions and regulatory SNPs associated with fat deposition in Nellore cattle. We highlight the transcription factors FOXP4, FOXO3, ZSCAN2, and EBF4, involved in lipid metabolism-related pathways. These results helped us to improve our knowledge about the genetic architecture behind important traits in cattle. MenosUnderstanding the architecture of gene expression is fundamental to unravel the molecular mechanisms regulating complex traits in bovine, such as intramuscular fat content (IMF) and backfat thickness (BFT). These traits are economically important for the beef industry since they affect carcass and meat quality. Our main goal was to identify gene expression regulatory polymorphisms within genomic regions (QTL) associated with IMF and BFT in Nellore cattle. For that, we used RNA-Seq data from 193 Nellore steers to perform SNP calling analysis. Then, we combined the RNA-Seq SNP and a high-density SNP panel to obtain a new dataset for further genome-wide association analysis (GWAS), totaling 534,928 SNPs. GWAS was performed using the Bayes B model. Twenty-one relevant QTL were associated with our target traits. The expression quantitative trait loci (eQTL) analysis was performed using Matrix eQTL with the complete SNP dataset and 12,991 genes, revealing a total of 71,033 cis and 36,497 trans-eQTL (FDR < 0.05). Intersecting with QTL for IMF, we found 231 eQTL regulating the expression levels of 117 genes. Within those eQTL, three predicted deleterious SNPs were identified. We also identified 109 eQTL associated with BFT and affecting the expression of 54 genes. This study revealed genomic regions and regulatory SNPs associated with fat deposition in Nellore cattle. We highlight the transcription factors FOXP4, FOXO3, ZSCAN2, and EBF4, involved in lipid metabolism-related pathways... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Backfat thickness; Carcass and meat quality; Expression quantitative trait loci; Intramuscular fat content; Nellore cattle; RNA Seq; SNP. |
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Thesaurus Nal: |
Nellore. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1145918/1/IntegrativeAnalysisGenome.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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| Registros recuperados : 121 | |
| 61. |  | FAGUNDES, P. R. R.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; BRITO, G. G. de; ANDRES, A.; NUNES, C. D. M.; MARTINS, J. F. da S.; PETRINI, J. A.; LORESON, E. V. S. Avaliação de cultivares de arroz irrigado da embrapa, no rio grande do sul. Safra 2014/15. CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 9., 2015, Pelotas. Ciência e tecnologia para otimização da orizicultura: anais. Brasília, DF: Embrapa; Pelotas: Sosbai, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 62. | | MAGALHÃES JÚNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; FRANCO, D. F.; NEVES, P. de C. F.; RANGEL, P. H. N.; PETRINI, J. A.; ANDRES, A.; SOARES, R. C. Cruzamentos controlados e condução de híbridos F1 de arroz irrigado (Oryza sativa L.) na Embrapa Clima Temperado. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 4.; REUNIÃO DA CULTURA DO ARROZ IRRIGADO, 26., 2005, Santa Maria, RS. Anais... Santa Maria, RS: Orium, 2005. v. 1. p. 108-110.| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 63. | | PETRINI, J. A.; FAGUNDES, P. R. R.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; AZAMBUJA, I. H. V.; FRANCO, D. F.; NUNES, C. D. M.; GRAMINHO, T. M.; RESCH, N. J. Caracterização do sistema de produção do arroz cachinho na Região de Sentinela do sul, RS. CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 9., 2015, Pelotas. Ciência e tecnologia para otimização da orizicultura: anais. Brasília, DF: Embrapa; Pelotas: Sosbai, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 64. | | FAGUNDES, P. R. R.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; NUNES, C. D. M.; MARTINS, J. F. da S.; FRANCO, D. F.; PETRINI, J. A.; AZAMBUJA, I. H. V.; SEVERO, A. C. M.; STRECK, E. A.; KNABAH, O. W. Ensaio avançado de linhagens na Embrapa Clima Temperado safra 2012-13. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 8., 2013, Santa Maria. Avaliando cenários para a produção sustentável de arroz: anais. Santa Maria: UFSM; Porto Alegre: Sosbai, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 65. | | GOMES, A. da S.; PETRINI, J. A.; SCIVITTARO, W. B.; FERREIRA, L. E. G.; KABKE, R.; CHIARELO, C.; SANTOS, L. O. dos; PIMENTA, R. P.; HANNEMANN, M. A.; OSSANES, L. da S. Estratégias para o aumento da eficiência do uso da água pelo arroz: efeito de sistemas alternativos de irrigação. In: CONGRESSO NACIONAL DE IRRIGAÇÃO E DRENAGEM, 18., 2008, São Mateus. O equilíbrio do fluxo hídrico para uma agricultura irrigada sustentável. São Mateus: ABID, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 66. | | VIGNATO, B. S.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; MOREIRA, G. C. M.; POLETI, M. D.; PETRINI, J.; GARCIA, I. S.; CLEMENTE, L. G.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L. Integrative analysis between genome-wide association study and expression quantitative trait Loci reveals bovine muscle gene expression regulatory polymorphisms associated with intramuscular fat and backfat thickness. Frontiers in Genetics, v. 13, 935238, aug. 2022. 15 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 67. | | BRITO, G. G. de; FAGUNDES, P. R. R.; TELÓ, G. M.; ABREU, A. G. de; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FRANCO, D. F.; ANDRES, A.; PARFITT, J. M. B.; KUHN, R. A.; PETRINI, J. A. Impact of Supra-Optimal Temperatures on Physiology and Yield in Rice Field. Journal of Agricultural Science, v. 8, n. 2, p. 27-37, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado. |
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| 68. | | RANGEL, P. H. N.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; MORAIS, O. P. de; FRANCO, D.; COLOMBARI FILHO, J. M.; TORGA, P. P.; NUNES, C. D.; ABREU, A. G. de; PETRINI, J. A.; FERREIRA, M. E. BRS A701 CL: a new irrigated rice cultivar adapted to the clearfield® production system. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 18, n. 2, p. 226-228, 2018. Cultivar release.| Tipo: Nota Técnica/Nota Científica |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 69. | | MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; FRANCO, D. F.; ANDRES, A.; NUNES, C. D. M.; PETRINI, J. A.; PEREIRA, J. F. M.; MORAES, O. P. de; MOURA NETO, F. dE. BRS AG: Cultivar de Arroz Irrigado Desenvolvida como Matéria-Prima para Produção de Álcool de Cereais e/ou Alimentação Animal. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2015. 4 p. (Embrapa Clima Temperado, Comunicado Técnico, 372).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
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| 70. | | FAGUNDES, P. R. R.; MAGALHÃES JÚNIOR, A. M. de; FRANCO, D. F.; STEINMETZ, S.; SCIVITTARO, W. B.; PETRINI, J. A.; GOMES, A. da S.; MARTINS, J. F. da S.; NUNES, C. D.; ANDRES, A.; AZAMBUJA, I. H. V. BRS Atalanta: alternativa para o uso racional da água nas lavouras de arroz irrigado do RS. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2007. (Embrapa Clima Temperado. Circular técnica, 60).| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 71. | | MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; MORAIS, O. P. de; FAGUNDES, P. R. R.; MOURA NETO, F. P.; FRANCO, D. F.; NEVES, P. de C. F.; NUNES, C. D. M.; RANGEL, P. H. N.; PETRINI, J. A.; SEVERO, A. C. M. BRS Pampa: cultivar de arroz irrigado de alta produtividade e excelência na qualidade de grãos. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2012. 8 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado Técnico, 282).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
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| 72. | | PETRINI, J. A.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; AZAMBUJA, I. H. V.; NUNES, C. D. M.; MARTINS, J. F. da S.; PILON, M.; KUHN, R. A. Desempenho produtivo da cultivar de arroz irrigado BRS Pampa no Rio Grande do Sul safra 2012/2013. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 8., 2013, Santa Maria. Avaliando cenários para a produção sustentável de arroz: anais. Santa Maria: UFSM; Porto Alegre: Sosbai, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 74. | | DURLACHER, K. S.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; PETRINI, J. A.; PARFITT, J. M. B.; FAGUNDES, P. R. R.; SEVERO, A. C. M.; STRECK, E. A.; HAMM, A.; LOPES, J. L.; OLIVEIRA, F. A. Efeito da adubação de base e de cobertura na produtividade de cultivares de arroz irrigado da embrapa clima temperado. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 4., 2012, Pelotas. Ciência e inovação para 2050: qual o futuro que queremos? Resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 75. | | TREVISOLI, P. A.; MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; PETRINI, J.; MARGARIDO, G. R. A.; LEDUR, M. C.; MOURÃO, G. B.; GARRICK, D.; COUTINHO, L. L. A missense mutation in the MYBPH gene is associated with abdominal fat traits in meat-type chickens. Frontiers in Genetics, v. 12, n. 698163, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 77. | | MATTOS, M. L. T.; MARTINS, J. F. de S.; MAGALHÃES JÚNIOR, A.; PETRINI, J. A.; SILVA, J. J. C. da; SCIVITTARO, W. B.; NUNES, C. D. M.; CUNHA, N. G. da; SANTOS, I. B. dos. Monitoramento físico-químico da qualidade da água em áreas piloto da produção integrada de arroz irrigado na planície costeria externa do Rio Grande do Sul. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2008. 5 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado técnico, 202).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 78. | | FAGUNDES, P. R. R.; MATTOS, M. L. T.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; SCIVITTARO, W. B.; PETRINI, J. A.; AZAMBUJA, I. H. V.; SEVERO, A. C. M.; STRECK, E. A.; GARCIA, N. da S.; KNABAH, O. W. Resposta de genótipos de arroz irrigado à fixação biológica de nitrogênio. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 8., 2013, Santa Maria. Avaliando cenários para a produção sustentável de arroz: anais. Santa Maria: UFSM; Porto Alegre: Sosbai, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 79. | | FAGUNDES, P. R. R.; PARFITT, J. M. B.; BRITO, G. G. de; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; PETRINI, J. A.; SILVA, J. T. da S.; CAMPOS, A. D. S. de; TIMM, P. A.; AIRES, T. do A. Resposta agronômica e industrial de genótipos de arroz submetidos a irrigação por inundação intermitente. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2018. 21 p. (Embrapa Clima Temperado. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 307).| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 80. | | FAGUNDES, P. R. R.; PARFITT, J. M. B.; BRITO, G. G. de; SILVA, J. T. da; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; PETRINI, J. A.; CAMPOS, A. D. S. de. Resposta agronômica e industrial de genótipos de arroz submetidos a irrigação por inundação intermitente. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 11., 2019, Balneário Camboriú. Inovação e desenvolvimento na orizicultura: anais eletrônico. Itajaí: Epagri/Sosbai, 2019.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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