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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
08/09/2020 |
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Data da última atualização: |
10/09/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
AFONSO, J.; FORTES, M. R. S.; REVERTER, A.; DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; LIMA, A. O. de; PETRINI, J.; SOUZA, M. de S.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. A.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JULIANA AFONSO, UFSCar; MARINA RUFINO SALINAS FORTES, The University of Queensland; ANTONIO REVERTER, Agriculture and Food, Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation, Brisbane; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, UFSCar; ALINE SILVA MELLO CESAR, Esalq/USP; ANDRESSA OLIVEIRA DE LIMA, UFSCar; JULIANA PETRINI, UNIFAL; MARCELA M. DE SOUZA, Iowa State University; LUIZ LEHMANN COUTINHO, Esalq/USP; GERSON BARRETO MOURÃO, Esalq/USP; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; CAIO FERNANDO GROMBONI, Bahia Federal Institute of Education, Science and Technology, Ilhéus; ANA RITA ARAÚJO NOGUEIRA; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Genetic regulators of mineral amount in Nelore cattle muscle predicted by a new co-expression and regulatory impact factor approach. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-16, 2020 |
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DOI: |
https://doi.org/10.1038/s41598-020-65454-7 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article: 8436. |
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Conteúdo: |
Mineral contents in bovine muscle can affect meat quality, growth, health, and reproductive traits. To better understand the genetic basis of this phenotype in Nelore (Bos indicus) cattle, we analysed genome-wide mRNA and miRNA expression data from 114 muscle samples. The analysis implemented a new application for two complementary algorithms: the partial correlation and information theory (PCIT) and the regulatory impact factor (RIF), in which we included the estimated genomic breeding values (GEBVs) for the phenotypes additionally to the expression levels, originally proposed for these methods. We used PCIT to determine putative regulatory relationships based on significant associations between gene expression and GEBVs for each mineral amount. Then, RIF was adopted to determine the regulatory impact of genes and miRNAs expression over the GEBVs for the mineral amounts. We also investigated over-represented pathways, as well as pieces of evidences from previous studies carried in the same population and in the literature, to determine regulatory genes for the mineral amounts. For example, NOX1 expression level was positively correlated to Zinc and has been described as Zinc-regulated in humans. Based on our approach, we were able to identify genes, miRNAs and pathways not yet described as underlying mineral amount. The results support the hypothesis that extracellular matrix interactions are the core regulator of mineral amount in muscle cells. Putative regulators described here add information to this hypothesis, expanding the knowledge on molecular relationships between gene expression and minerals. MenosMineral contents in bovine muscle can affect meat quality, growth, health, and reproductive traits. To better understand the genetic basis of this phenotype in Nelore (Bos indicus) cattle, we analysed genome-wide mRNA and miRNA expression data from 114 muscle samples. The analysis implemented a new application for two complementary algorithms: the partial correlation and information theory (PCIT) and the regulatory impact factor (RIF), in which we included the estimated genomic breeding values (GEBVs) for the phenotypes additionally to the expression levels, originally proposed for these methods. We used PCIT to determine putative regulatory relationships based on significant associations between gene expression and GEBVs for each mineral amount. Then, RIF was adopted to determine the regulatory impact of genes and miRNAs expression over the GEBVs for the mineral amounts. We also investigated over-represented pathways, as well as pieces of evidences from previous studies carried in the same population and in the literature, to determine regulatory genes for the mineral amounts. For example, NOX1 expression level was positively correlated to Zinc and has been described as Zinc-regulated in humans. Based on our approach, we were able to identify genes, miRNAs and pathways not yet described as underlying mineral amount. The results support the hypothesis that extracellular matrix interactions are the core regulator of mineral amount in muscle cells. Putative regulators describe... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Expressão gênica. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Gado Nelore. |
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Thesaurus Nal: |
Cattle; Gene expression. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/215819/1/AP-Genetic-regulators-2020.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 121 | |
| 81. |  | MATTOS, M. L. T.; MARTINS, J. F. de S.; MAGALHÃES JÚNIOR, A.; PETRINI, J. A.; SILVA, J. J. C. da; SCIVITTARO, W. B.; NUNES, C. D. M.; CUNHA, N. G. da; SANTOS, I. B. dos. Monitoramento físico-químico da qualidade da água em áreas piloto da produção integrada de arroz irrigado na planície costeria externa do Rio Grande do Sul. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2008. 5 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado técnico, 202).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 82. | | STEINMETZ, S.; PICADA, G. L. N.; GADEA, H. M.; KROEFF, R. M.; BORGES, V. M. P.; HERNANDES, G. C.; DEIBLER, A. N.; PILON, M.; PETRINI, J. A.; ALMEIDA, I. R. de; SILVA, M. F. da. Validação do método de graus-dia para estimar a data de diferenciação da panícula de cultivares de arroz irrigado em condições de lavoura no Rio Grande do Sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 8., 2013, Santa Maria. Avaliando cenários para a produção sustentável de arroz: anais. Santa Maria: UFSM; Porto Alegre: Sosbai, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 83. | | STEINMETZ, S.; PETRINI, J. A.; ALMEIDA, I. R. de; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; DEIBLER, A. N.; RADIN, B.; PRESTES, S. D.; SILVA, M. F. da; BERMUDEZ, D. A. Uso do método de graus-dia para estimar a data de ocorrência dos principais estádios de desenvolvimento de subgrupos de cultivares de arroz irrigado no Rio Grande do Sul: versão completa. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2013. 360 p. (Embrapa Clima Temperado. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 205).| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 84. | | STEINMETZ, S.; PETRINI, J. A.; ALMEIDA, I. R. de; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; DEIBLER, A. N.; RADIN, B.; PRESTES, S. D.; SILVA, M. F. da; BERMUDEZ, D. A. Uso do método de graus-dia para estimar a data de ocorrência dos principais estádios de desenvolvimento de subgrupos de cultivares de arroz irrigado no Rio Grande do Sul: Versão Resumida. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2015. p. 111 (Embrapa Clima Temperado. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 205).| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 85. | | STEINMETZ, S.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; PETRINI, J. A.; ALMEIDA, I. R. de; SCIVITTARO, W. B.; RANDIN, B.; PRESTES, S. D.; SILVA, M. F. da. Uso de graus-dia para estimar a data de ocorrência dos principais estádios de desenvolvimento de subgrupos de cultivares de arroz irrigado no Rio Grande do sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 8., 2013, Santa Maria. Avaliando cenários para a produção sustentável de arroz: anais. Santa Maria: UFSM; Porto Alegre: Sosbai, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 86. | | BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; SOUZA, M. M. de; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; SILVA, V. H. da; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Allele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine. Biochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms, v. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 87. | | FAGUNDES, P. R. R.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; MARTINS, J. F. da S.; NUNES, C. D. M.; ANDRES, A.; PETRINI, J. A.; FRANCO, D. F.; MOURA NETO, F. P.; MORAIS, O. P. de; SEVERO, A. C. M.; FONSECA, G. de M. da. Avaliação de cultivares de arroz irrigado da Embrapa no Rio Grande do Sul nas safras 2007/08 e 2008/09. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2011. 8 p. il. (Embrapa Clima Temperado. Circular Técnica, 117)| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 88. | | FAGUNDES, P. R. R.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; NUNES, C. D. M.; ANDRES, A.; PETRINI, J. A.; FRANCO, D. F.; MOURA NETO, F. P.; MORAIS, O. P. de; SEVERO, A. C. M.; TURATTI, M. da R.; FONSECA, G. de M. da; HAUSEN, L. J. de O. von. Avaliação de cultivares de arroz irrigado da Embrapa, no Rio Grande do Sul, nas safras 2007/08 e 2008/09. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 6., 2009, Porto Alegre. Estresses e sustentabilidade: desafios para a lavoura arrozeira: anais. Porto Alegre: Palotti, 2009. p. 123-126.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 89. | | FAGUNDES, P. R. R.; MAGALHÃES JUNIOR, A. M. de; NUNES, C. D. M.; ANDRES, A.; PETRINI, J. A.; FRANCO, D. F.; MOURA NETO, F. P.; PEIXOTO, O. de M.; SEVERO, A. C. M.; TURATTI, M. da R.; FONSECA, G. de M. da; HAUSEN, L. J. de O. von. Avaliação de cultivares de arroz irrigado da Embrapa, no Rio Grande do Sul, nas safras 2007/08 e 2008/09. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 6., 2009, Porto Alegre. Estresses e sustentabilidade: desafios para a lavoura arrozeira: anais. Porto Alegre: Palotti, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 90. | | FAGUNDES, P. R. R.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; NUNES, C. D. M.; FRANCO, D. F.; AZAMBUJA, I. H. V.; MARTINS, J. F. da S.; PETRINI, J. A.; FILIPPINI ALBA, J. M.; MATTOS, M. L. T.; BRITO, G. G. de; SCIVITTARO, W. B.; ANDRES, A. Arroz irrigado: tipos especiais de arroz e sua aplicação na agricultura familiar. In: WOLFF, L. F.; MEDEIROS, C. A. B. (Ed.). Alternativas para a diversificação da agricultura familiar de base ecológica. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2017. 145 p. (Embrapa Clima Temperado. Documentos, 443). 124-135| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 91. | | MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; RANGEL, P. H. N.; FAGUNDES, P. R. R.; COLOMBARI FILHO, J. M.; FRANCO, D. F.; CASTRO, A. P.; ANDRES, A.; NEVES, P. de C. F.; NUNES, C. D. M.; BRESEGHELLO, F.; PETRINI, J. A.; TORGA, P. P.; MARTINS, J. F. da S.; ABREU, A. G. de; FERREIRA, M. E.; MOURA NETO, F. de. 'BRS Pampa CL': Cultivar de Arroz Irrigado de Grãos Nobres para o Sistema Clearfield® no RS. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2018. 13 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado Técnico, 364).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado. |
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| 92. | | MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; RANGEL, P. H. N.; FAGUNDES, P. R. R.; MORAIS, O. P. de; FRANCO, D. F.; COLOMBARI FILHO, J. M.; CASTRO, A. P. de; ANDRES, A.; TORGA, P. P.; NUNES, C. D. M.; ABREU, A. G. de; PETRINI, J. A.; MOURA NETO, F. P.; FERREIRA, M. 'BRS A701 CL': Cultivar de arroz irrigado para o Sistema Clearfield no RS. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2017. 5 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado Técnico, 338).| Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado. |
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| 93. | | MAGALHÃES JUNIOR, A. M. de; RANGEL, P. H. N.; FAGUNDES, P.; MORAIS, O. P. de; FRANCO, D.; COLOMBARI FILHO, J. M.; CASTRO, A. P. de; ANDRES, A.; TORGA, P. P.; NUNES, C. D.; ABREU, A. G. de; PETRINI, J. A.; MOURA NETO, F. P.; FERREIRA, M. E.; STRECK, E. A.; AGUIAR, G. A.; FACCHINELLO, P. H. K.; GOVEIA, J. V. BRS A701 CL: nova cultivar de arroz irrigado para o sistema Clearfield no Rio Grande do Sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 10., 2017, Gramado. Intensificação sustentável: anais. Gramado: Sosbai, 2017.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 94. | | MAGALHÃES JUNIOR, A. M. de; RANGEL, P. H. N.; FAGUNDES, P.; MORAIS, O. P. de; FRANCO, D.; COLOMBARI FILHO, J. M.; CASTRO, A. P. de; ANDRES, A.; TORGA, P. P.; NUNES, C. D.; ABREU, A. G. de; PETRINI, J. A.; MOURA NETO, F. P.; FERREIRA, M. E.; STRECK, E. A.; AGUIAR, G. A.; FACCHINELLO, P. H. K.; GOVEIA, J. V. BRS A701 CL: nova cultivar de arroz irrigado para o sistema Clearfield no Rio Grande do Sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 10., 2017, Gramado. Intensificação sustentável: anais. Gramado: Sosbai, 2017.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado. |
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| 95. | | MAGALHÃES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P.; FRANCO, D. F.; ANDRES, A.; NUNES, C. D.; PETRINI, J. A.; MARTINS, J. F.; SEVERO, A.; MORAES, O. P. de; MOURA, F.; STRECK, E. A.; AGUIAR, G.; FACCHINELLO, P. H. K.; HUBER, M. P.; KRÜGER, T. K. BRS AG: cultivar de arroz irrigado desenvolvida para produção de álcool de cereais e/ou alimentação animal. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 9., 2015, Pelotas. Ciência e tecnologia para otimização da orizicultura: anais. Brasília, DF: Embrapa; Pelotas: Sosbai, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 96. | | MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P.; FRANCO, D. F.; ANDRES, A.; NUNES, C. D.; PETRINI, J. A.; MARTINS, J. F.; SEVERO, A.; MORAES, O. P. de; MOURA, F.; STRECK, E. A.; AGUIAR, G.; FACCHINELLO, P. H. K.; HUBER, M. P.; KRÜGER, T. K. BRS AG: cultivar de arroz irrigado desenvolvida para produção de álcool de cereais e/ou alimentação animal. CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 9., 2015, Pelotas. Ciência e tecnologia para otimização da orizicultura: anais. Brasília, DF: Embrapa; Pelotas: Sosbai, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 97. | | NEVES, P. de C. F.; TAILLEBOIS, J. E.; FAGUNDES, P. R. R.; JUNIOR, A. M. de M.; CARDOSO, E. T.; PETERS, V. J.; MORAIS, O. P. de; NETO, F. P. M.; PETRINI, J. A.; BASSINELLO, P. Z.; COUTINHO, A. R.; CHAVES, M. O. BRSCIRAD 302: cultivar de arroz híbrido para o Rio Grande do Sul. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., 2010, Brasília, DF. Posteres. Brasília, DF: Embrapa, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 98. | | BUSS, C. E.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N. DE; PETRINI, J.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; GUSTANI-BUSS, E. C.; CARDOSO, T. F.; ROVADOSKI, G. A.; DINIZ, W. J. DA S.; LIMA, A. O. DE; ROCHA, M. I. P.; ANDRADE, B. G. N.; WOLF, J. B.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Bivariate GWAS reveals pleiotropic regions among feed efficiency and beef quality-related traits in Nelore cattle. Mammalian Genome, v. 34, p. 90-103, dec. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 99. | | BUSS, C. E.; DINIZ, W. J. da S.; ANDRADE, B. G.; LIMA, A. O. de; GEISTLINGER, L.; AFONSO, J.; TULLIO, R. R.; TIZIOTO, P. C.; PETRINI, J.; COUTINHO, L. L.; WOLF, J. B.; MOURAO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Identification of pleiotropic loci for daily weight gain and intramuscular fat in cattle using bivariate genome-wide association analysis. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 36., 2017, Dublin. Proceedings... Dublin: University College Dublin, 2017. p. 161-162.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 100. | | BUSS, C. E.; PETRINI, J.; MOURAO, G. B.; GEISTLINGER, L.; WOLF, J. B.; DINIZ, W. J. da S.; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. de; TIZIOTO, P. C.; TULLIO, R. R.; ANDRADE, B. G.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Identification of a pleiotropic locus for beef quality and feed efficiency in cattle using bi-trait genome-wide association analysis. In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. p. 22. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125) Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti,...| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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