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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Cerrados; Embrapa Pecuária Sudeste. |
Data corrente: |
20/12/2023 |
Data da última atualização: |
21/12/2023 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
ARAKAKI, J. E.; VIGNA, B. B. Z.; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; MUDADU, M. de A.; RIOS, E.; FAVERO, A. P. |
Afiliação: |
JOYCE ETSUKO ARAKAKI; BIANCA BACCILI ZANOTTO VIGNA, CPPSE; MARCO AURÉLIO CALDAS DE PINHO PESSO, CPAC; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CNPTIA; ESTEBAN RIOS; ALESSANDRA PEREIRA FAVERO, CPPSE. |
Título: |
A chromosome scale genome assembly of pensacola bahiagrass (paspalum notatum cv. pensacola) |
Ano de publicação: |
2023 |
Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 12., 2023, Caxambu, MG. Anais. Piracicaba: Sociedade Brasileira de Melhoramento de Plantas, 2023. |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
The development of new, cost-effective sequencing technologies, along with user-friendly computational tools, facilitates genomic studies of non-model species. Paspalum notatum is an important forage and turfgrass worldwide. Pensacola is a diploid (2n=20) cultivar with haploid genome size of 600Mb, estimated by flow cytometry. Pensacola is native to Argentina and has long narrow leaves, early flowering and cold tolerance. It is related to five ('Tiphi1', 'Tiphi 2', 'UF-Riata', 'Tifton 9' and 'Tifquick') of the 17 released cultivars and the most adopted cultivar in Southeastern Florida and South of Brazil, indicating its agro-economic importance. Here, we present a chromosome-scale genome assembly of Paspalum notatum cv. Pensacola. To obtain the PacBio HiFi sequences, Pensacola seeds were germinated and grown in a greenhouse at the University of Florida, and high molecular weight DNA extraction was performed from leaf tissue. PacBio HiFi sequencing was performed in a Sequel II system at Maryland Genomics, using one SMRT cell 8M in Circular Consensus Sequencing mode (CCS) with 30h of sequencing time. |
Palavras-Chave: |
Genomic selection; Montagem de genoma; Pensacola. |
Thesagro: |
Capim Pensacola; Gramínea Forrageira; Paspalum Notatum. |
Thesaurus Nal: |
Genome; Genome assembly. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1160082/1/Resumo-Biotecnologia-e-genomica-2023.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
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Registro |
Volume |
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URL |
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Registros recuperados : 62 | |
4. | | PESSOA FILHO, M. A. C. P.; CATELAN, R. C.; RANGEL, P. H. N.; FERREIRA, M. E. Selection of parental lines for QTL mapping of drought and cold tolerance in rice (Oryza sativa L.) using fluorescently-based semi-automated SSR marker multiplex panels. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 51., 2005, Águas de Lindóia, SP. A era da genômica: da bioestatística à bioinformática: anais. Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2005. p. 673.Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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10. | | PESSOA-FILHO, M.; LINS, T. C. de L.; RABELLO, A. R.; MEHTA, A.; RANGEL, P. H. N.; FERREIRA, M. E. Genomic regions associated with drought tolerance in upland rice landraces: linking experimental data from QTL mapping and EST sequencing. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 3., 2011, Ilhéus. Anais... [S.l.]: SBG, 2011. p. 21Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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11. | | PESSOA-FILHO, M.; LINS, T. C. L.; RABELLO, A. R.; MEHTA, A.; RANGEL, P. H. N.; FERREIRA, M. E. Genomic regions associated with drought tolerance in upland rice landraces: linking experimental data from QTL mapping and EST sequencing. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 3., 2011, Ilhéus. Anais... [S.l.]: SBG, 2011. 1 CD-ROM.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Cerrados. |
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14. | | BRESEGHELLO, F.; SCHMIDT, A. B.; PESSOA FILHO, M. A. P. de C.; CATELAN, R. C.; FERREIRA, M. E. SSR marker polymorphism in recurrent selection populations CG3 and CNA6. In: CONGRESSO BRASILEIRO DA CADEIA PRODUTIVA DE ARROZ, 2.; REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE ARROZ, 8., 2006, Brasília, DF. Anais... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2006. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 196).Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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15. | | PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SILVA, P. I. T.; RESENDE, L. V.; VIEIRA, E. A.; FALEIRO, F. G.; GRATTAPAGLIA, D.; SILVA JUNIOR, O. B. da. Application of the Axiom 3K SNP genotyping array in cassava breeding and genetics. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 26., 2018, San Diego. Proceedings... Jersey City, NJ: Scherago International, 2018. PAG XXVITipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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16. | | PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SILVA, P. I. T.; RESENDE, L. V.; VIEIRA, E. A.; FALEIRO, F. G.; GRATTAPAGLIA, D.; SILVA JUNIOR, O. B. da. Application of the Axiom 3K SNP genotyping array in cassava breeding and genetics. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 26., 2018, San Diego. Proceedings... Jersey City, NJ: Scherago International, 2018. PAG XXVITipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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17. | | SILVA JUNIOR, O. B. da; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SA, M. E. L.; DEAL, R.; RAGOUSSIS, I.; GRATTAPAGLIA, D.; RECH FILHO, E. L. Coupling in-depth genome annotations with genome editing technology for harnessing genomic variation to promote precision breeding in tropical soybean. In: BRAZILIAN BIOTECHNOLOGY CONGRESS, 7.; BIOTECHNOLOGY IBERO-AMERICAN CONGRESS, 2., 2018, Brasília, DF. Proceedings... Brasília, DF: SBBiotec, 2018.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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18. | | SILVA JUNIOR, O. B. da; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SA, M. E. L.; DEAL, R.; RAGOUSSIS, I.; GRATTAPAGLIA, D.; RECH FILHO, E. L. Coupling in-depth genome annotations with genome editing technology for harnessing genomic variation to promote precision breeding in tropical soybean. In: BRAZILIAN BIOTECHNOLOGY CONGRESS, 7.; BIOTECHNOLOGY IBERO-AMERICAN CONGRESS, 2., 2018, Brasília, DF. Proceedings... Brasília, DF: SBBiotec, 2018.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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19. | | ARAKAKI, J. E.; VIGNA, B. B. Z.; PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; MUDADU, M. de A.; RIOS, E.; FAVERO, A. P. A chromosome scale genome assembly of pensacola bahiagrass (paspalum notatum cv. pensacola) In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 12., 2023, Caxambu, MG. Anais. Piracicaba: Sociedade Brasileira de Melhoramento de Plantas, 2023.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Cerrados; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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