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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
10/02/2023 |
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Data da última atualização: |
14/06/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; EGITO, A. A. do; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B. |
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Afiliação: |
ELISA PERIPOLLI, Universidade Estadual Paulista; NEDENIA BONVINO STAFUZZA, Centro de Pesquisa em Bovinos de Corte; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; JOAO CLAUDIO DO CARMO PANETTO, CNPGL; ANDREA ALVES DO EGITO, CNPGC; FERNANDO BALDI, Universidade Estadual Paulista; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
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Título: |
Assessment of copy number variants in three Brazilian locally adapted cattle breeds using whole-genome re-sequencing data. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Animal Genetics, v. 54, n. 3, p. 254-270, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1111/age.13298 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Further characterization of genetic structural variations should strongly focus on small and endangered local breeds given their role in unraveling genes and structural variants underlying selective pressures and phenotype variation. A comprehensive genome-wide assessment of copy number variations (CNVs) based on whole-genome re-sequencing data was performed on three Brazilian locally adapted cattle breeds (Caracu Caldeano, Crioulo Lageano, and Pantaneiro) using the ARS-UCD1.2 genome assembly. Data from 36 individuals with an average coverage depth of 14.07× per individual was used. A total of 24?945 CNVs were identified distributed among the breeds (Caracu Caldeano = 7285, Crioulo Lageano = 7297, and Pantaneiro = 10 363). Deletion events were 1.75?2.07-fold higher than duplications, and the total length of CNVs is composed mostly of a high number of segments between 10 and 30?kb. CNV regions (CNVRs) are not uniformly scattered throughout the genomes (n = 463), and 105 CNVRs were found overlapping among the studied breeds. Functional annotation of the CNVRs revealed variants with high consequence on protein sequence harboring relevant genes, in which we highlighted the BOLA-DQB, BOLA-DQA5, CD1A, ?-defensins, PRG3, and ULBP21 genes. Enrichment analysis based on the gene list retrieved from the CNVRs disclosed over-represented terms (p?MenosFurther characterization of genetic structural variations should strongly focus on small and endangered local breeds given their role in unraveling genes and structural variants underlying selective pressures and phenotype variation. A comprehensive genome-wide assessment of copy number variations (CNVs) based on whole-genome re-sequencing data was performed on three Brazilian locally adapted cattle breeds (Caracu Caldeano, Crioulo Lageano, and Pantaneiro) using the ARS-UCD1.2 genome assembly. Data from 36 individuals with an average coverage depth of 14.07× per individual was used. A total of 24?945 CNVs were identified distributed among the breeds (Caracu Caldeano = 7285, Crioulo Lageano = 7297, and Pantaneiro = 10 363). Deletion events were 1.75?2.07-fold higher than duplications, and the total length of CNVs is composed mostly of a high number of segments between 10 and 30?kb. CNV regions (CNVRs) are not uniformly scattered throughout the genomes (n = 463), and 105 CNVRs were found overlapping among the studied breeds. Functional annotation of the CNVRs revealed variants with high consequence on protein sequence harboring relevant genes, in which we highlighted the BOLA-DQB, BOLA-DQA5, CD1A, ?-defensins, PRG3, and ULBP21 genes. Enrichment analysis based on the gene list retrieved from the CNVRs disclosed over-represented terms (p?Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Variação fenotípica. |
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Thesagro: |
Bovino; Gado Crioulo; Genoma; Raça. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1151656/1/Assessment-of-copy-number-variants-in-three-Brazilian.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 492 | |
| 105. |  | SEGNINI, A.; POSADAS, A.; MILORI, D. M. B. P.; VAZ, C. M. P.; MARTIN NETO, L. Aplicação da instrumentação espectroscópica para avaliação da humificação da matéria orgânica em solos dos Andes peruanos. In: JORNADA CIENTÍFICA-EMBRAPA SÃO CARLOS, 2009, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Pecuária Sudeste: Embrapa Instrumentação Agropecuária, 2009. p. 84 (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 90)| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 108. | | TSENG, C. L.; POSADAS, A. N. D.; VAZ, C. M. P.; COOPER, M.; CRESTANA, S. Abordagem multifractal 3D e microtomografia computadorizada de raios-x na avaliação de um solo submetido a diferentes tipos de manejo. In: SIMPÓSIO NACIONAL DE INSTRUMENTAÇÃO AGROPECUÁRIA, 4., 2019, São Carlos, SP. Ciência, inovação e mercado: anais. São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação, 2019. Editores: Paulino Ribeiro Villas-Boas, Maria Alice Martins, Débora Marcondes Bastos Pereira Milori, Ladislau Martin Neto. SIAGRO 2019. 195-199| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 109. | | VAZ, C. M. P.; MACHADO, S. A. S.; MAZO, L. H.; AVACA, L. A.; CRESTANA, S. Adsorção do herbicida atrazina em diferentes solos. In: REUNIAO BRASILEIRA DE MANEJO E CONSERVACAO DO SOLO E DA AGUA: PEQUENA PROPRIEDADE X DESENVOLVIMENTO SUSTENTAVEL, 10., jul. 1994, Florianopolis, SC. Resumos... Florianopolis: Sociedade Brasileira de Ciencia do Solo, 1994. p.356-357. Ref.122.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 111. | | VAZ, C. M. P.; CRESTANA, S.; MACHADO, S. A. S.; MAZO, L. H.; AVACA, L. A. Adsorption isotherms for atrazine on soils measured by differential pulse polarography. Electroanalysis, Weinheim, v. 9, n. 12, p. 956-958, 1997.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 112. | | SAIDEL, M. E.; OLIVEIRA, A. C. de; VAZ, C. M. P.; SILVA, W. T. L. da. Aplicações eletroanalíticas com eletrodo GPU para determinação do flavonóide daidzina. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 2., 2010, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação Agropecuária: Embrapa Pecuária Sudeste, 2010. p. 28. (Embrapa Instrumentação Agropecuária. Documentos, 50).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 115. | | BEMTES, V. de M.; SIMÕES, M. L.; NEVES, D.; DOMINGUEZ, D. X.; VAZ, C. M. P. Análise termogravimétrica aplicada à caracterização de fertilizantes orgânicos líquidos. In: ENCONTRO BRASILEIRO DE SUBSTÂNCIAS HÚMICAS - EBSH, 7., 2007, Florianópolis, SC. As substâncias húmicas podem ajudar a salvar o planeta terra? Livro de resumos... Florianópolis: EBSH, 2007. p. 48| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 117. | | VAZ, C. M. P.; MACHADO, S. A. S.; MAZO, L. H.; AVACA, L. A.; CRESTANA, S. Analise de pesticidas por polarografia: determinacao de isotermas de adsorcao em solos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIENCIA DO SOLO: O SOLO NOS GRANDES DOMINIOS MORFOCLIMATICOS DO BRASIL E O DESENVOLVIMENTO SUSTENTADO, 25., jul. 1995, Vicosa, MG. Resumos expandidos... Vicosa: Universidade Federal de Vicosa, 1995. v.4 p.2393-2395. Ref.IX.39.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 119. | | MACEDO, A.; VAZ, C. M. P.; NAIME, J. M.; CRUVINEL, P. E.; CRESTANA, S. Análise de poros e grãos de solos utilizando a tomografia computadorizada, em nível micrométrico. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SISTEMAS PARTICULADOS, 24., out. 1996, Uberlandia, MG. Programação e resumos... [S. l.: s. n.], 1996. p. PIII-23| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 120. | | NAIME, J. de M.; CAMARGO NETO, J.; VAZ, C. M. P. Avaliação geral, resultados, perspectivas e uso de ferramentas de agricultura de precisão. In: INAMASU, R. Y.; NAIME, J. de M.; RESENDE, Á. V. de; BASSOI, L. H.; BERNARDI, A. C. de C. (Ed.). Agricultura de precisão: um novo olhar. São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação, 2011. p. 69-72.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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