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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
Data corrente: |
26/09/2017 |
Data da última atualização: |
31/10/2017 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
VALDISSER, P. A. M. R.; PEREIRA, W. J.; ALMEIDA FILHO, J. E.; MÜLLER, B. S. F.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; VIANNA, J. P. G.; ZUCCHI, M. I.; LANNA, A. C.; COELHO, A. S. G.; OLIVEIRA, J. P. de; MORAES, A. da C.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. |
Afiliação: |
PAULA ARIELLE M RIBEIRO VALDISSER, CNPAF; WENDELL J. PEREIRA, UNB; JANEO E. ALMEIDA FILHO, Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, Rio de Janeiro-; BARBARA S. F. MULLER, UNB; GESIMARIA RIBEIRO COSTA COELHO, CNPAF; IVANDILSON P. P. DE MENEZES, INSTITUTO FEDERAL GOIANO, Urutaí-GO; JOÃO P. G. VIANNA, UNICAMP; MARIA I. ZUCCHI, UNICAMP; ANNA CRISTINA LANNA, CNPAF; ALEXANDRE S. G. COELHO, UFG; JAISON PEREIRA DE OLIVEIRA, CNPAF; ALESSANDRA DA CUNHA MORAES, CNPAF; CLAUDIO BRONDANI, CNPAF; ROSANA PEREIRA VIANELLO, CNPAF. |
Título: |
In-depth genome characterization of a Brazilian common bean core collection using DArTseq high-density SNP genotyping. |
Ano de publicação: |
2017 |
Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 18, Article 423, 30 mai. 2017. |
DOI: |
10.1186/s12864-017-3805-4 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Background: Common bean is a legume of social and nutritional importance as a food crop, cultivated worldwide especially in developing countries, accounting for an important source of income for small farmers. The availability of the complete sequences of the two common bean genomes has dramatically accelerated and has enabled new experimental strategies to be applied for genetic research. DArTseq has been widely used as a method of SNP genotyping allowing comprehensive genome coverage with genetic applications in common bean breeding programs. Results: Using this technology, 6286 SNPs (1 SNP/86.5 Kbp) were genotyped in genic (43.3%) and non-genic regions (56. 7%). Genetic subdivision associated to the common bean gene pools (K = 2) and related to grain types (K = 3 and K = 5) were reported. A total of 83% and 91% of all SNPs were polymorphic within the Andean and Mesoamerican gene pools, respectively, and 26% were able to differentiate the gene pools. Genetic diversity analysis revealed an average HE of 0.442 for the whole collection, 0.102 for Andean and 0.168 for Mesoamerican gene pools (FST = 0.747 between gene pools), 0. 440 for the group of cultivars and lines, and 0.448 for the group of landrace accessions (FST = 0.002 between cultivar/line and landrace groups). The SNP effects were predicted with predominance of impact on non-coding regions (77.8%). SNPs under selection were identified within gene pools comparing landrace and cultivar/line germplasm groups (Andean: 18; Mesoamerican: 69) and between the gene pools (59 SNPs), predominantly on chromosomes 1 and 9. The LD extension estimate corrected for population structure and relatedness (r2 SV) was~88 kbp, while for the Andean gene pool was~395 kbp, and for the Mesoamerican was ~ 130 kbp. Conclusions: For common bean, DArTseq provides an efficient and cost-effective strategy of generating SNPs for large-scale genome-wide studies. The DArTseq resulted in an operational panel of 560 polymorphic SNPs in linkage equilibrium, providing high genome coverage. This SNP set could be used in genotyping platforms with many applications, such as population genetics, phylogeny relation between common bean varieties and support to molecular breeding approaches. MenosBackground: Common bean is a legume of social and nutritional importance as a food crop, cultivated worldwide especially in developing countries, accounting for an important source of income for small farmers. The availability of the complete sequences of the two common bean genomes has dramatically accelerated and has enabled new experimental strategies to be applied for genetic research. DArTseq has been widely used as a method of SNP genotyping allowing comprehensive genome coverage with genetic applications in common bean breeding programs. Results: Using this technology, 6286 SNPs (1 SNP/86.5 Kbp) were genotyped in genic (43.3%) and non-genic regions (56. 7%). Genetic subdivision associated to the common bean gene pools (K = 2) and related to grain types (K = 3 and K = 5) were reported. A total of 83% and 91% of all SNPs were polymorphic within the Andean and Mesoamerican gene pools, respectively, and 26% were able to differentiate the gene pools. Genetic diversity analysis revealed an average HE of 0.442 for the whole collection, 0.102 for Andean and 0.168 for Mesoamerican gene pools (FST = 0.747 between gene pools), 0. 440 for the group of cultivars and lines, and 0.448 for the group of landrace accessions (FST = 0.002 between cultivar/line and landrace groups). The SNP effects were predicted with predominance of impact on non-coding regions (77.8%). SNPs under selection were identified within gene pools comparing landrace and cultivar/line germplasm groups (Andean: 1... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Core collection; Diversity analysis; Diversity arrays technology; Loci under selection. |
Thesagro: |
Feijão; Genética vegetal; Phaseolus vulgaris. |
Thesaurus Nal: |
Genotyping; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism. |
Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/164318/1/CNPAF-2017-bmc.pdf
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Marc: |
LEADER 03492naa a2200409 a 4500 001 2076278 005 2017-10-31 008 2017 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1186/s12864-017-3805-4$2DOI 100 1 $aVALDISSER, P. A. M. R. 245 $aIn-depth genome characterization of a Brazilian common bean core collection using DArTseq high-density SNP genotyping.$h[electronic resource] 260 $c2017 520 $aBackground: Common bean is a legume of social and nutritional importance as a food crop, cultivated worldwide especially in developing countries, accounting for an important source of income for small farmers. The availability of the complete sequences of the two common bean genomes has dramatically accelerated and has enabled new experimental strategies to be applied for genetic research. DArTseq has been widely used as a method of SNP genotyping allowing comprehensive genome coverage with genetic applications in common bean breeding programs. Results: Using this technology, 6286 SNPs (1 SNP/86.5 Kbp) were genotyped in genic (43.3%) and non-genic regions (56. 7%). Genetic subdivision associated to the common bean gene pools (K = 2) and related to grain types (K = 3 and K = 5) were reported. A total of 83% and 91% of all SNPs were polymorphic within the Andean and Mesoamerican gene pools, respectively, and 26% were able to differentiate the gene pools. Genetic diversity analysis revealed an average HE of 0.442 for the whole collection, 0.102 for Andean and 0.168 for Mesoamerican gene pools (FST = 0.747 between gene pools), 0. 440 for the group of cultivars and lines, and 0.448 for the group of landrace accessions (FST = 0.002 between cultivar/line and landrace groups). The SNP effects were predicted with predominance of impact on non-coding regions (77.8%). SNPs under selection were identified within gene pools comparing landrace and cultivar/line germplasm groups (Andean: 18; Mesoamerican: 69) and between the gene pools (59 SNPs), predominantly on chromosomes 1 and 9. The LD extension estimate corrected for population structure and relatedness (r2 SV) was~88 kbp, while for the Andean gene pool was~395 kbp, and for the Mesoamerican was ~ 130 kbp. Conclusions: For common bean, DArTseq provides an efficient and cost-effective strategy of generating SNPs for large-scale genome-wide studies. The DArTseq resulted in an operational panel of 560 polymorphic SNPs in linkage equilibrium, providing high genome coverage. This SNP set could be used in genotyping platforms with many applications, such as population genetics, phylogeny relation between common bean varieties and support to molecular breeding approaches. 650 $aGenotyping 650 $aLinkage disequilibrium 650 $aSingle nucleotide polymorphism 650 $aFeijão 650 $aGenética vegetal 650 $aPhaseolus vulgaris 653 $aCore collection 653 $aDiversity analysis 653 $aDiversity arrays technology 653 $aLoci under selection 700 1 $aPEREIRA, W. J. 700 1 $aALMEIDA FILHO, J. E. 700 1 $aMÜLLER, B. S. F. 700 1 $aCOELHO, G. R. C. 700 1 $aMENEZES, I. P. P. de 700 1 $aVIANNA, J. P. G. 700 1 $aZUCCHI, M. I. 700 1 $aLANNA, A. C. 700 1 $aCOELHO, A. S. G. 700 1 $aOLIVEIRA, J. P. de 700 1 $aMORAES, A. da C. 700 1 $aBRONDANI, C. 700 1 $aVIANELLO, R. P. 773 $tBMC Genomics$gv. 18, Article 423, 30 mai. 2017.
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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Registros recuperados : 33 | |
21. | | ANDRADE, C. M. S. de; SALMAN, A. K. D.; PEREIRA, W. J. P.; PARMEJIANI, R. S.; ZAMORA LÓPEZ, G. F.; BENTES-GAMA, M. de M.; OLIVEIRA, L. C. de; ASSIS, G. M. L. de; LUZ, S. A. da. Caracterização de espécies arbóreas nativas em ecossistemas de pastagens cultivadas na Amazônia Ocidental Brasileira. 1. Leguminosas. In: WORKSHOP INTEGRAÇÃO LAVOURA-PECUÁRIA-FLORESTA NA EMBRAPA, 2009, Brasília, DF. Resumos e palestras apresentados. Brasília, DF: Embrapa, 2009. 4 p. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Acre; Embrapa Rondônia. |
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22. | | ANDRADE, C. M. S. de; SALMAN, A. K. D.; PEREIRA, W. J. P.; PARMEJIANI, R. S.; ZAMORA LÓPEZ, G. F.; BENTES-GAMA, M. de M.; OLIVEIRA, L. C. de; ASSIS, G. M. L. de; LUZ, S. A. da. Caracterização de espécies arbóreas nativas em ecossistemas de pastagens cultivadas na Amazônia Ocidental brasileira. 2. Palmeiras e não-leguminosas. In: WORKSHOP INTEGRAÇÃO LAVOURA-PECUÁRIA-FLORESTA NA EMBRAPA, 2009, Brasília, DF. Resumos e palestras apresentados. Brasília, DF: Embrapa, 2009. 4 p. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Acre; Embrapa Rondônia. |
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23. | | ANDRADE, C. M. S. de; SALMAN, A. K. D.; ASSIS, G. M. L. de; PEREIRA, W. J. P.; PARMEJENI, R. S.; LÓPEZ, G. F. Z.; BENTES-GAMA, M. de M.; OLIVEIRA, L. C. de; LUZ, S. A. da. Características silviculturais de espécies arbóreas nativas em ecossistemas de pastagens cultivadas na Amazônia Ocidental brasileira. 1. Leguminosas. In: WORKSHOP INTEGRAÇÃO LAVOURA-PECUÁRIA-FLORESTA NA EMBRAPA, 2009, Brasília, DF. Resumos e palestras apresentadas. Brasília, DF: Embrapa, 2009. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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24. | | ANDRADE, C. M. S. de; SALMAN, A. K. D.; ASSIS, G. M. L. de; PEREIRA, W. J. P.; PARMEJIANI, R. S.; LÓPEZ, G. F. Z.; BENTES-GAMA, M. de M.; OLIVEIRA, L. C. de; LUZ, S. A. da. Características silviculturais de espécies arbóreas nativas em ecossistemas de pastagens cultivadas na Amazônia Ocidental brasileira. 1. Leguminosas. In: WORKSHOP INTEGRAÇÃO LAVOURA-PECUÁRIA-FLORESTA NA EMBRAPA, 2009, Brasília, DF. Resumos e palestras apresentados. Brasília, DF: Embrapa, 2009. 4 p. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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25. | | ANDRADE, C. M. S. de; SALMAN, A. K. D.; ASSIS, G. M. L. de; PEREIRA, W. J. P.; PARMEJIANI, R. S.; ZAMORA LÓPEZ, G. F.; BENTES-GAMA, M. de M.; OLIVEIRA, L. C. de; LUZ, S. A. da. Características silviculturais de espécies arbóreas nativas em ecossistemas de pastagens cultivadas na Amazônia Ocidental brasileira. 1. Palmeiras e não-leguminosas. In: WORKSHOP INTEGRAÇÃO LAVOURA-PECUÁRIA-FLORESTA NA EMBRAPA, 2009, Brasília, DF. Resumos e palestras apresentados. Brasília, DF: Embrapa, 2009. 4 p. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Acre; Embrapa Rondônia. |
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26. | | SANTOS, L. P. dos; PEREIRA, W. J.; SILVA, D. Z. da; GONÇALVES, D. J.; ALVES, G. C. S.; PINHEIRO, J. B.; SILVA, G. O. da; MELO, R. A. de C. e; NASCIMENTO, W. M.; SILVA, P. P. da. Chickpea genotype resistance to Meloidogyne javanica and Pratylenchus brachyurus in field conditions. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 51, e02529, 2021. Título em português: Resistência de genótipos de grão-de-bico a Meloidogyne javanica e Pratylenchus brachyurus em condições de campo.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças; Embrapa Unidades Centrais. |
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27. | | VALDISSER, P. A. M. R.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; MENEZES, I. P. P. de; MÜLLER, B. S. F.; PEREIRA, W. J.; NARCISO, M. G.; BRONDANI, C.; SOUZA, T. L. P. O.; BORBA, T. C. O.; VIANELLO, R. P. SNP discovery in common bean by restriction-associated DNA (RAD) sequencing for genetic diversity and population structure analysis. Molecular Genetics and Genomics, v. 291, n. 3, p. 1277-1291, June 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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28. | | OLIVEIRA, L. C. de; ANDRADE, C. M. S. de; ASSIS, G. M. L. de; MARTINS-DA-SILVA, R. C.; RODRIGUES, S. T.; BENTES-GAMA, M. de M.; SALMAN, A. K. D.; PEREIRA, W. J. P.; LUZ, S. A. da. Diversidade de espécies arbóreas em pastagens no Estado do Acre. In: WORKSHOP INTEGRAÇÃO LAVOURA-PECUÁRIA-FLORESTA NA EMBRAPA, 2009, Brasília, DF. Resumos e palestras apresentados. Brasília, DF: Embrapa, 2009. 4 p. 1 CD-ROM. Nome do quarto autor: Regina Célia Viana Martins-da-Silva.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Acre; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Rondônia. |
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29. | | MÜLLER, B. S. de F.; SAKAMOTO, T.; SILVEIRA, R. D. D.; ZAMBUSSI-CARVALHO, P. F.; PEREIRA, M.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; COSTA, M. M. do C.; GUIMARÃES, C. M.; PEREIRA, W. J.; BRONDANI, C.; VIANELLO-BRONDANI, R. P. Differentially expressed genes during flowering and grain filling in common bean (Phaseolus vulgaris) grown under drought stress conditions. Plant Molecular Biology Reporter, Athens, v. 32, p. 438-451, 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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30. | | PEREIRA, W. J.; ABREU, F. R. M.; MELO, A. T. de O.; COELHO, A. S. G.; RODRIGUES, F. A.; MAMIDI, S.; ALENCAR, S. A. de; LANNA, A. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; NASCIMENTO JUNIOR, I. R. do; BORBA, T. C. de O.; VIANELLO, R. P. Transcriptoma para seca revela novos genes para o germoplasma do feijão comum mesoamericano. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 12., 2017, Piracicaba. Produtividade e sustentabilidade da cultura do feijão: do campo para a mesa: resumos. Piracicaba: CENA: IAC, 2017. p. 32. CONAFETipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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31. | | PEREIRA, W. J.; MELO, A. T. de O.; COELHO, A. S. G.; RODRIGUES, F. A.; MAMIDI, S.; ALENCAR, S. A. de; LANNA, A. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; NASCIMENTO JUNIOR, I. R. do; BORBA, T. C. de O.; VIANELLO, R. P. Genome-wide analysis of the transcriptional response to drought stress in root and leaf of common bean. Genetics and Molecular Biology, v. 43, n. 1, e20180259, 2020.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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32. | | ANDRADE, C. M. S. de; SALMAN, A. K. D.; GAMA, M. de M. B.; PARMEJIANI, R. S.; OLIVEIRA, L. C. de; OLIVEIRA, T. K. de; MOURA, D. C. de S.; LÓPEZ, G. F. Z.; AZEVEDO, J. M. A. de; ZANINETTI, R. A.; PEREIRA, W. J. P. Guia de espécies. In: ANDRADE, C. M. S. de; SALMAN, A. K.; OLIVEIRA, T. K. de (ed.). Guia ARBOPASTO: manual de identificação e seleção de espécies arbóreas para sistemas silvipastoris. Brasília, DF: Embrapa, 2012. cap. 4, p. 91-338.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Acre; Embrapa Rondônia. |
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33. | | VALDISSER, P. A. M. R.; PEREIRA, W. J.; ALMEIDA FILHO, J. E.; MÜLLER, B. S. F.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; VIANNA, J. P. G.; ZUCCHI, M. I.; LANNA, A. C.; COELHO, A. S. G.; OLIVEIRA, J. P. de; MORAES, A. da C.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P. In-depth genome characterization of a Brazilian common bean core collection using DArTseq high-density SNP genotyping. BMC Genomics, v. 18, Article 423, 30 mai. 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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