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Biblioteca(s):  Embrapa Café.
Data corrente:  21/12/2017
Data da última atualização:  26/12/2017
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Autoria:  IVAMOTO, S. T.; REIS JÚNIOR, O.; DOMINGUES, D. S.; SANTOS, T. B. dos; OLIVEIRA, F. F. de; POT, D.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; PEREIRA, L. F. P.
Afiliação:  Suzana Tiemi Ivamoto, Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular/Centro de Ciências Bioloógicas/Universidade Estadual de Londrina - UEL; Osvaldo Reis Júnior, Laboratório de Genômica e Expressão/Departamento de Genética/Evolução e Bioagentes/Instituto de Biologia/Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP; Douglas Silva Domingues, Departamento de Botânica/Instituto de Biociências de Rio Claro, Universidade Estadual Paulista - UNESP; Tiago Benedito dos Santos, Laboratório de Biotecnologia Vegetal/Instituto Agronômico do Paraná -IAPAR; Fernanda Freitas de Oliveira, Laboratório de Biotecnologia Vegetal/Instituto Agronômico do Paraná -IAPAR; David Pot, CIRAD/UMR AGAP; Thierry Leroy, CIRAD/UMR AGAP; Luiz Gonzaga Esteves Vieira, Programa de Pós Graduação em Agronomia/Universidade do Oeste Paulista - UNOESTE; Marcelo Falsarella Carazzolle, Laboratório de Genômica e Expressão/Departamento de Genética/Evolução e Bioagentes/Instituto de Biologia/Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP; Gonçalo Amarante Guimarães Pereira, Laboratório de Genômica e Expressão/Departamento de Genética/Evolução e Bioagentes/Instituto de Biologia/Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC.
Título:  Transcriptome Analysis of Leaves, Flowers and Fruits Perisperm of Coffea arabica L. Reveals the Differential Expression of Genes Involved in Raffinose Biosynthesis.
Ano de publicação:  2017
Fonte/Imprenta:  PLOS ONE, January 2017.
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  Coffea arabica L. is an important crop in several developing countries. Despite its economic importance, minimal transcriptome data are available for fruit tissues, especially during fruit development where several compounds related to coffee quality are produced. To understand the molecular aspects related to coffee fruit and grain development, we report a largescale transcriptome analysis of leaf, flower and perisperm fruit tissue development. Illumina sequencing yielded 41,881,572 high-quality filtered reads. De novo assembly generated 65,364 unigenes with an average length of 1,264 bp. A total of 24,548 unigenes were annotated as protein coding genes, including 12,560 full-length sequences. In the annotation process, we identified nine candidate genes related to the biosynthesis of raffinose family oligossacarides (RFOs). These sugars confer osmoprotection and are accumulated during initial fruit development. Four genes from this pathway had their transcriptional pattern validated by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR). Furthermore, we identified ~24,000 putative target sites for microRNAs (miRNAs) and 134 putative transcriptionally active transposable elements (TE) sequences in our dataset. This C. arabica transcriptomic atlas provides an important step for identifying candidate genes related to several coffee metabolic pathways, especially those related to fruit chemical composition and therefore beverage quality. Our results are the ... Mostrar Tudo
Thesagro:  Coffea Arábica.
Thesaurus Nal:  Biosynthesis; Knowledge; Raffinose.
Categoria do assunto:  --
URL:  https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/169661/1/Transcriptome-analysis-of-leaves-flowers.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Café (CNPCa)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPCa - SAPC1244 - 1UPCAP - DD
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161.Imagem marcado/desmarcadoALMEIDA, J. D. de; BARROS, L. M. G.; SANTOS, D. B. M.; COTTA, M. G.; BARBOSA, E. A.; CAÇÃO, S. B.; EIRA, M. T. S. da; ALVES, G. S. C.; VINECKY, F.; PEREIRA, L. F. P.; SILVA, F. R. da; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P.; CARNEIRO, M. Prospection of tissue specific promoters in coffee. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 22. 2008, Campinas, São Paulo, Brazil.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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162.Imagem marcado/desmarcadoDE ALMEIDA, J. D.; BARROS, L. M. G.; SANTOS, D. B. M.; COTTA, M. G.; BARBOSA, E. D.; CAÇÃO, S. B.; EIRA, M. T. S.; ALVES, G. S. C.; VINECKY, F.; PEREIRA, L. F. P.; DA SILVA, F. R.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P.; CARNEIRO, M. Prospection of tissue specific promoters in coffee. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 22., 2008, Campinas, Brazil. Programme abstracts. Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2008. PB620. Também publicado como resumo.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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163.Imagem marcado/desmarcadoALMEIDA, J. D. de; BARROS, L. M. G.; SANTOS, D. B. M.; COTTA, M. G.; BARBOSA, E. A.; CAÇÃO, S. B.; EIRA, M. T. S.; ALVES, G. S. C.; VINECKY, F.; PEREIRA, L. F. P.; DA SILVA, F. R.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P.; CARNEIRO, M. Prospecção de promotores tecido-específico em Café. Brasília: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. 5 p. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Comunicado Técnico, 187).
Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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164.Imagem marcado/desmarcadoLOPES, F. R.; JJINGO, D.; SILVA C. R. M. da; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P.; TEIXEIRA, J. B.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; PEREIRA, L. F. P.; VANZELA, A. L. L.; WANG, L.; JORDAN, I. K.; CARARETO, C. M. A. Transcriptional activity, chromosomal distribution and expression effects of transposable elements in Coffea genomes. Plos One, v, 8, n. 11, e78931, 2013.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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165.Imagem marcado/desmarcadoKOCHKO, A. de; CROUZILLAT, D.; RIGOREAU, M.; LEPELLEY, M.; BELLANGER, L.; L'ANTHOENE, V. M.; VANDECASTEELE, C.; GUYOT, R.; PONCET, V.; TRANCHANT, C.; HAMON, P.; HAMON, S.; COUTURON, E.; DESCOMBES, P.; MOINE, D.; MUELLER, L.; STRICKLER, S. R.; ANDRADE, A.; PEREIRA, L. F. P.; MARRACCINI, P.; GIULIANO, G.; FIORE, A.; PIETRELLA, M.; APREA, G.; MING, R.; WAI, J.; DOMINGUES, D. S.; PASCHOAL, A.; KUHN, G.; KORLACH, J.; CHIN, J.; SANKOFF, D.; ZHENG, C.; ALBERT, V. A. Dihaploid Coffea arabica genome sequencing and assembly. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 23., 2015, San Diego, CA, USA. [Annals...]. [s.l], 2015.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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166.Imagem marcado/desmarcadoSANTOS, T. B. dos; SOARES, J. D. M.; LIMA, J. E.; SILVA, J. C.; IVAMOTO, S. T.; BABA, V. Y.; SOUZA, S. G. H.; LORENZETTI, A. P. R.; PASCHOAL, A. R.; MEDA, A. R.; NISHIYAMA JÚNIOR, M. Y.; OLIVEIRA, U. C. de; MOKOCHINSKI, J. B.; GUYOT, R.; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, I. L. M.; FIGUEIR, A. V. O.; MAZZAFERA, P.; R. JÚNIO, O.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P.; DOMINGUES, D. S. An integrated analysis of mRNA and sRNA transcriptional profiles in Coffea arabica L. roots: insights on nitrogen starvation responses. Functional & Integrative Genomics, v. 19, n. 1, p. 151-169, January, 2019
Tipo: Artigo em Periódico Indexado
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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167.Imagem marcado/desmarcadoSALOJÄRVI.; RAMBANI, A.; YU, Z.; GUYOT, R.; STRICKLER, S.; LEPELLEY, M.; WANG, C.; RAJARAMAN, S.; RASTAS, P.; ZHENG, C.; MUÑOZ, D. S.; MEIDANIS, J.; PASCHOAL, A. R.; BAWIN, Y.; KRABBENHOFT, T. J.; WANG, Z. Q.; FLECK, S. J.; AUSSEL, R.; BELLANGER, L.; CHARPAGNE, A.; FOURNIER, C.; KASSAM, M.; LEFEBVRE, G.; MÉTAIRON, S.; MOINE, D.; RIGOREAU, M.; STOLTE, J.; HAMON, P.; COUTURON, E.; TRANCHANT-DUBREUIL, C.; MUKHERJEE, M.; LAN, T.; ENGELHARDT, J.; STADLER, P.; LEMOS, S. M. C. de; SUZUKI, S. I.; SUMIRAT, U.; WAI, C. M.; DAUCHOT, N.; OROZCO-ARIAS, S.; GARAVITO, A.; KIWUKA, C.; MUSOLI, P.; NALUKENGE, A.; GUICHOUX, E.; REINOUT, H.; SMIT, M.; CARRETERO-PAULET, L.; GUERREIRO FILHO, O.; BRAGHINI, M. T.; PADILHA, L.; SERA, G. H.; RUTTINK, T.; HENRY, R.; MARRACCINI, P.; PEER, Y. V. de; ANDRADE, A. C.; DOMINGUES, D.; GIULIANO, G.; MUELLER, L.; PEREIRA, L. F. P.; PLAISANCE, S.; PONCET, V.; ROMBAUTS, S.; SANKOFF, D.; ALBERT, V. A.; CROUZILLAT, D.; KOCHKO, A. de; DESCOMBES, P. The genome and population genomics of allopolyploid Coffea arabica reveal the diversification history of modern coffee cultivars. Nature Genetics, v. 56, n. 4, p. 721-731, 2024.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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168.Imagem marcado/desmarcadoVIEIRA, L. G. E.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, C. A.; MORAES, A. H. de A.; METHA, A.; OLIVEIRA, A. C. de; LABATE, C. A.; MARINO, C. L.; MONTEIRO-VITORELLO, C. de B.; MONTE, D. C.; GIGLIOTI, E.; KIMURA, E. T.; ROMANO, E.; KURAMAE, E. E.; LEMOS, E. G. M.; ALMEIDA, E. R. P. de; JORGE, E. C.; ALBUQUERQUE, E. V. S.; SILVA, F. R. da; VINECKY, F.; SAWAZAKI, H. E.; DORRY, H. F. A.; CARRER, H.; ABREU, I. N.; BATISTA, J. A. N.; TEIXEIRA, J. B.; KITAJIMA, J. P.; XAVIER, K. G.; LIMA, L. M. de; CAMARGO, L. E. A. de; PEREIRA, L. F. P.; COUTINHO, L. L.; LEMOS, M. V. F.; ROMANO, M. R.; MACHADO, M. A.; COSTA, M. M. do C.; SÁ, M. F. G. de; GOLDMAN, M. H. S.; FERRO, M. I. T.; TINOCO, M. L. P.; OLIVEIRA, M. C.; VAN SLUYS, M-A.; SHIMIZU, M. M.; MALUF, M. P.; EIRA, M. T. S. da; GUERREIRO FILHO, O.; ARRUDA, P.; MAZZAFERA, P.; MARIANI, P. D. S. C.; OLIVEIRA, R. L. B. C. de; HARAKAVA, R.; BALBAO, S. F.; TSAI, S. M.; MAURO, S. M. Z. di; SANTOS, S. N.; SIQUEIRA, W. J.; COSTA, G. G. L.; FORMIGHIERI, E. F.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G. Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource. Brazilian Journal of Plant Physiology, v. 18, n. 1, p. 95-108, 2006.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: -- - A
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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169.Imagem marcado/desmarcadoPEDROSA, F. O.; MONTEIRO, R. A.; WASSEM, R.; CRUZ, L. M.; AYUB, R. A.; COLAUTO, N. B.; FERNANDEZ, M. A.; FUNGARO, M. H. P; GRISARD, E. C.; CUNHA, M. H. da; MADEIRA, H. M. F.; NODARI, R. O.; OSAKU, C. A.; PETZLERLER, M. L.; TERENZI, H.; VIEIRA, L G. E.; STEFFENS, M. B. R.; WEISS, V. A.; PEREIRA, L. F. P.; ALMEIDA, M. I. M.; ALVEZ, L. R.; MARIN, A.; ARAUJO, L. M.; BALSANELLI, E.; BAURA, V. A.; CHUBATSU, L. S.; FAORO, H.; FAVETTI, A.; FRIEDERMANN, G.; GLIENKE, C.; KARP, S.; KAVA-CORDEIRO, V.; RAITTZ R, T.; RAMOS, H. J. O.; RIBEIRO, E. M. S. F.; RIGO, L. U.; ROCHA, S. N.; SCHWAB, S.; SILVA, A. G.; SOUZA, E. M.; TANDRA-SFEIR, M. Z.; TORRES, R. A.; DABUL, A. N. G.; SOARES, M. A. M.; GASQUES, L. S.; GIMENES, C. C. T.; VALLE, J. S.; CIFERRI, R. R.; CORREA, L. C.; MURACE, N. K.; PAMPHILE, J. A.; PATUSSI, E. V.; PRIOLI, A. J.; PRIOLI, S. M. A.; ROCHA, C. L. M. S. C.; ARANTES, O. M. N.; FURLANETO, M. C.; GODOY, L. P.; OLIVEIRA, C. E. C.; SATORI, D.; VILAS-BOAS, L. A.; WARANABE, M. A. E.; DAMBROS, B. P.; GUERRA, M. P.; MATHIONI, S. M.; SANTOS, K. L.; STEINDEL, M.; VERNAL, J.; CHUEIRE, L. M. de O.; BARCELLOS, F. G.; CAMPO, R. J.; NICOLÁS, M. F.; PEREIRA-FERRARI, L.; SILVA, J. L. C.; GIOPPO, N. M. R.; MARGARIDO, V. P.; MENCK-SOARES, M. A.; PINTO, F. G. S.; SIMÃO R. C. G.; TAKAHASHI, E. K.; YATES, M. G.; SOUZA, E. M. Genome of herbaspirillum seropedicae strain SmR1, a specialized diazotrophic endophyte of tropical grasses. PLoS Genetics, v. 7, n. 5, p. 1-10, may 2011.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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170.Imagem marcado/desmarcadoPEDROSA, F. O.; MONTEIRO, R. A.; WASSEM, R.; CRUZ, L. M.; AYUB, R. A.; COLAUTO, N. B.; FERNANDEZ, M. A.; FUNGARO, M. H. P.; GRISARD, E. C.; HUNGRIA, M.; MADEIRA, H. M. F.; NODARI, R. O.; OSAKU, C. A.; PETZL-ELER, M. L.; TERENZI, H.; VIEIRA, L. G. E.; STEFFENS, M. B. R.; WEISS, V. A.; PEREIRA, L. F. P.; ALMEIDA, M. I. M.; ALVES, L. R.; MARIN, A.; ARAUJO, L. M.; BALSANELLI, E.; BAURA, V. A.; CHUBATSU, L. S.; FAORO, H.; FAVETTI, A.; FRIEDERMANN, G.; GLIENKE, C.; KARP, S.; KAVA-CORDEIRO, V.; RAITTZ, R. T.; RAMOS, H. J. O.; RIBEIRO, E. M. S. F.; RIGO, L. U.; ROCHA, S. N.; SCHWAB, S.; SILVA, A. G.; TADRA-SFEIR, M. Z.; TORRES, R. A.; DABUL, A. N. G.; SOARES, M. A. M.; GASQUES, L. S.; GIMENES, C. C. T.; VALLE, J. S.; CIFERRI, R. R.; CORREA, L. C.; MURACE, N. K.; PAMPHILE, J. A.; PATUSSI, E. V.; PRIOLI, A. J.; PRIOLI, S. M. A.; ROCHA, C. L. M. S. C.; ARANTES, O. M. N.; FURLANETO, M. C.; GODOY, L. P.; OLIVEIRA, C. E. C.; SATORI, D.; VILAS-BOAS, L. A.; WATANABE, M. A. E.; DAMBROS, B. P.; GUERRA, M. P.; MATHIONI, S. M.; SANTOS, K. L.; STEINDEL, M.; VERNAL, J.; BARCELLOS, F. G.; CAMPO, R. J.; CHUEIRE, L. M. O.; NICOLÁS, M. F.; PEREIRA-FERRARI, L.; SILVA, J. L. da C.; GIOPPO, N. M. R.; MARGARIDO, V. P.; MENCK-SOARES, M. A.; PINTO, F. G. S.; SIMÃO, R. de C. G.; TAKAHASHI, E. K.; YATES, M. G.; SOUZA, E. M. Genome of Herbaspirillum seropedicae Strain SmR1, a Specialized Diazotrophic Endophyte of Tropical Grasses. Plos Genetics, v. 7, n. 5, 2011.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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171.Imagem marcado/desmarcadoPEDROSA, F. O.; MONTEIRO, R. A.; WASSEM, R.; CRUZ, L. M.; AYUB, R. A.; COLAUTO, N. B.; FERNANDEZ, M. A.; FUNGARO, M. H. P.; GRISARD, E. C.; HUNGRIA, M.; MADEIRA, H. M. F.; NODARI, R. O.; OSAKU, C. A.; PETZL-ERLER, M. L.; TERENZI, H.; VIEIRA, L. G. E.; STEFFENS, M. B. R.; WEISS, V. A.; PEREIRA, L. F. P.; ALMEIDA, M. I. M.; ALVES, L. R.; MARIN, A.; ARAUJO, L. M.; BALSANELLI, E.; BAURA, V. A.; CHUBATSU, L. S.; FAORO, H.; FAVETTI, A.; FRIEDERMANN, G.; GLIENKE, C.; KARP, S.; KAVA-CORDEIRO, V.; RAITTZ, R. T.; RAMOS, H. J. O.; RIBEIRO, E. M. S. F.; RIGO, L. U.; ROCHA, S. N.; SCHWAB, S.; SILVA, A. G.; SOUZA, E. M.; MICHELLE Z. TADRA-SFEIR; TORRES, R. A.; DABUL, A. N. G.; SOARES, M. A. M.; GASQUES, L. S.; GIMENES, C. C. T.; VALLE, J. S.; CIFERRI, R. R.; CORREA, L. C.; MURACE, N. K.; PAMPHILE, J. A.; PATUSSI, E. V.; PRIOLI, A. J.; PRIOLI, S. M. A.; ROCHA, C. L. M. S. C.; ARANTES, O. M. N.; FURLANETO, M. C.; GODOY, L. P.; OLIVEIRA, C. E. C.; SATORI, D.; VILAS-BOAS, L. A.; WATANABE, M. A. E.; DAMBROS, B. P.; GUERRA, M. P.; MATHIONI, S. M.; SANTOS, K. L.; STEINDEL, M.; VERNAL, J.; BARCELLOS, F. G.; CAMPO, R. J.; CHUEIRE, L. M. O.; NICOLÁS, M. F.; PEREIRA-FERRARI, L.; SILVA, J. L. da C.; GIOPPO, N. M. R.; MARGARIDO, V. P.; MENCK-SOARES, M. A.; PINTO, F. G. S.; SIMÃO, R. de C. G.; TAKAHASHI, E. K.; YATES, M. G.; SOUZA, E. M. Genome of Herbaspirillum seropedicae Strain SmR1, a specialized diazotrophic endophyte of tropical grasses. PLoS Genetics, v. 7, n. 5, p. 1-10, may 2011.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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