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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
08/12/2017 |
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Data da última atualização: |
15/12/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOUSA, T. V.; CAIXETA, E. T.; ALKIMIM, E. R.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; SAKIYAMA, N. S.; RESENDE JÚNIOR, M. F. R. de; ZAMBOLIM, L. |
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Afiliação: |
TIAGO VIEIRA SOUSA, BIOAGRO/Biocafé/UFV; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA, SAPC; EMILLY RUAS ALKIMIM, BIOAGRO/Biocafé/UFV; ANTONIO CARLOS BAIAO DE OLIVEIRA, SAPC; ANTONIO ALVES PEREIRA, EPAMIG; NEY SUSSUMU SAKIYAMA, UFV; MARCIO FERNANDO RIBEIRO DE RESENDE JÚNIOR, Horticultural Sciences Department/University of Florida; LAÉRCIO ZAMBOLIM, DF/UFV. |
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Título: |
Population structure and genetic diversity of coffee progenies derived from Catuaí and Híbrido de Timor revealed by genome-wide SNP marker. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Tree Genetics & Genomes, v. 13, n. 6, Dec. 2017. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The use of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers has provided advances in selection methodologies used in breeding programs of different crops, reducing cost and time of cultivar release. Despite the great economic and social importance of Coffea arabica, studies with SNP markers are scarce and a small number of SNP are available for this species, when compared with other crops of agronomic mportance. Thus, the objective of this study was to identify and validate SNP molecular markers for the species Coffea arabica and to introduce these markers to genetic breeding by means of an accurate analysis of the diversity and genetic structure of breeding populations of this species. After quality filtering, 11,187 SNP markers were selected from the coffee population obtained from crosses between the genotypes Catuaí and Híbrido de Timor. A great number of markers were distributed in the 11 chromosomes, within transcribed regions, and were used to estimate the genetic dissimilarity among the individuals of the breeding population. Dendrogram analysis and a Bayesian approach demonstrated the formation of two groups and the discrimination of all genotypes evaluated. The expressive number of SNP molecular markers distributed throughout C. arabica genome was efficient to discriminate all the accessions evaluated in the experiment, clustering them according to their genealogies. This work identified mixtures within the progenies. The genotyping data also provided detailed information about the parental genotypes and led to the identification of new candidate parents to be introduced to the breeding program. The study discussed population structure and its consequence in obtaining improved varieties of C. arabica. MenosThe use of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers has provided advances in selection methodologies used in breeding programs of different crops, reducing cost and time of cultivar release. Despite the great economic and social importance of Coffea arabica, studies with SNP markers are scarce and a small number of SNP are available for this species, when compared with other crops of agronomic mportance. Thus, the objective of this study was to identify and validate SNP molecular markers for the species Coffea arabica and to introduce these markers to genetic breeding by means of an accurate analysis of the diversity and genetic structure of breeding populations of this species. After quality filtering, 11,187 SNP markers were selected from the coffee population obtained from crosses between the genotypes Catuaí and Híbrido de Timor. A great number of markers were distributed in the 11 chromosomes, within transcribed regions, and were used to estimate the genetic dissimilarity among the individuals of the breeding population. Dendrogram analysis and a Bayesian approach demonstrated the formation of two groups and the discrimination of all genotypes evaluated. The expressive number of SNP molecular markers distributed throughout C. arabica genome was efficient to discriminate all the accessions evaluated in the experiment, clustering them according to their genealogies. This work identified mixtures within the progenies. The genotyping data also provided detaile... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Molecular breeding; Next-generation sequence. |
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Thesagro: |
Coffea arabica. |
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Thesaurus Nal: |
Genetic relationships; Introgression; Teachers. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/168492/1/Population-structure-and-genetic-diversity.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 172 | |
| 121. |  | ALKIMIM, E. R.; CAIXETA, E. T.; SOUSA, T. V.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Seleção assistida por marcadores moleculares para resistência à ferrugem do cafeeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 122. | | OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; SILVA, F. L. da; PEREIRA, H. de A.; BONOMO, V. S.; BOTELHO, C. E.; REZENDE, J. C. de. Seleção de cafeeiros arábicas portadores do gene SH3 de resistência à ferrugem. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 123. | | CRUZ, M. R. da; WAISMANN, M.; PEREIRA, A. A.; CAMARGO, M. E.; MALAFAIA, G. C.; MUNHOZ, P. O.; MENEGOTTO, M. L. A. Relationship upstream and downstream existing links in the chain of serra gaúcha automotive according rasmussen-hirschman index. Asian Journal of Business and Management Sciences, v. 1, n. 7, 2011, p. 01-08,| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 124. | | BOTELHO, C. E.; CARVALHO, G. R.; REZENDE, J. C.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de; MEDEIROS, R. N. de. Produtividade e estabilidade fenotípica da produção de progênies de cafeeiro 'Mundo Novo' em três Regiões do Estado de Minas Gerais. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas : anais. Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 125. | | MORALES, A.; PEREIRA, A. A.; CATELLI, L.; BORÉM, A.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; OLIVEIRA, M. C. N. de; MICHELLE A. GRAHAM; HOFFMANN-CAMPO, C. B.; ABDELNOOR, R. V. Phenolic compounds accumulation in soybean plants in response to Phakopsora pachyrhizi. In: MOLECULAR & CELLULAR BIOLOGY OF TE SOYBEAN, 14., Des Moines, 2012. [Proceedings...]. Des Moines: Iowa State University, 2012. p. 136.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 127. | | BRITO, G. G. de; ALMEIDA, R. F. de; CAIXETA, E. T.; LOUREIRO, M. E.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; PEREIRA, A. A. Padrão de herança de fonte de resistência do cafeeiro à ferrugem (Hemileia vastatrix Berk. & Br.). In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 4., 2005, Londrina. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2005.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 128. | | SOUSA, T. V.; CAIXETA, E. T.; ALKIMIM, E. R.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Molecular markers useful to discriminate Coffea arabica cultivars with high genetic similarity. Euphytica, v. 213, n. 3, March, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 129. | | SOUSA, T. V.; CAIXETA, E. T.; ALKIMIM, E. R.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; SAKIYAMA, N. S.; RESENDE JÚNIOR, M. F. R. de; ZAMBOLIM, L. Population structure and genetic diversity of coffee progenies derived from Catuaí and Híbrido de Timor revealed by genome-wide SNP marker. Tree Genetics & Genomes, v. 13, n. 6, Dec. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 130. | | PEREIRA, A. A. G.; OLIVEIRA, C. J. B.; MEDEIROS, A. N.; COSTA, R. G.; BOMFIM, M. A. D.; QUEIROGA, R. C. R. E. Physicochemical and sensory characteristics of milk from goats supplemented with castor or licuri oil. Journal of Dairy Science, v. 93, n. 2, p. 456-62, Feb. 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 131. | | FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da; FERRÃO, R. G.; RIVA-SOUZA, E. M.; POLONINI, A. M.; FAZUOLI, L. C.; PEREIRA, A. A. 'Obatã IAC 1669-20', 'Tupi IAC 1669-33', 'Paraíso MG H419-1: novas cultivares de café arábica recomendadas para o Estado do Espírito Santo. Vitória: INCAPER; Embrapa Café, 2008. (INCAPER. Documento, 166).| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 132. | | OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; SILVA, F. L. da; REZENDE, J. C. de; BOTELHO, C. E.; CARVALHO, G. R. Prediction of genetic gains from selection in Arabica coffee progenies. Crop Breeding and Applied Biotechnology, Viçosa, v. 11, n. 2, p.106-113, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 133. | | LANA, M. E. G.; BARBOSA, I. de P.; PEREIRA, V. V.; SUDÁRIO, A. F.; CHAGAS, F. E. de O.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de. Qualidade de bebida de cultivares de Coffeea arabica em função do processamento pós-colheita. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz de Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro. Maringá, PR: SBMP, 2017. p. 570| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 138. | | BARROS, É. V. S. A.; COSTA, P. M.; GOMES, A. C. M. M.; FALCÃO, R.; RIBEIRO, V. F.; EIRA, M. T. S.; PEREIRA, A. A.; NICOLE, M.; DE SÁ, D.; FERNANDEZ, M. F. G.; CARNEIRO, R. M. D. G. Characterization of histological effects of Meloidogyne incognita infection in resistant and susceptible Coffea arabica genotypes. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 21., 2006, Montpellier, France. Table of contents... Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2006.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 139. | | PEREIRA, A. A.; SILVA, F. L. da; OLIVEIRA, A. C. B. de; OLIVEIRA, A. L. de; SAKIYAMA, N. S.; REZENDE, J. C. de; BOTELHO, C. E.; CARVALHO, G. R.; BONOMO, V. S. Caracterização da qualidade de bebida e outras características de acessos do banco de germoplasma de café de Minas Gerais. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 7., 2011, Araxá. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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