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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
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Data corrente: |
30/10/2019 |
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Data da última atualização: |
30/10/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
JOAQUIM, L. B.; CHUD, T. C. S.; MARCHESI, J. A. P.; SAVEGNAGO, R. P.; BUZANKAS, M. E.; ZANELLA, R.; CANTAO, M. E.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C.; IRGANG, R.; MUNARI, D. P. |
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Afiliação: |
LETÍCIA BORGES JOAQUIM, UNESP/Jaboticabal; TATIANE CRISTINA SELEGUIM CHUD, UNESP/Jaboticabal; JORGE AUGUSTO PETROLLI MARCHESI, UNESP/Jaboticabal; RODRIGO PELICIONI SAVEGNAGO, UNESP/Jaboticabal; MARCOS ELI BUZANSKAS, UFPB; RICARDO ZANELLA, UPF; MAURICIO EGIDIO CANTAO, CNPSA; JANE DE OLIVEIRA PEIXOTO, CNPSA; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA; RENATO IRGANG, UFSC; DANÍSIO PRADO MUNARI, UNESP/Jaboticabal. |
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Título: |
Genomic structure of a crossbred landrace pig population. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Plos One, v. 14, n.2, e0212266, 2019. |
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DOI: |
10.1371/journal.pone.0212266 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: Single nucleotide polymorphism (SNP) markers are used to study population structure and conservation genetics, which permits assessing similarities regarding the linkage disequilibrium and information about the relationship among individuals. To investigate the population genomic structure of 300 females and 25 males from a commercial maternal pig line we analyzed linkage disequilibrium extent, inbreeding coefficients using genomic and conventional pedigree data, and population stratification. The average linkage disequilibrium (r2 ) was 0.291 ± 0.312 for all adjacent SNPs, distancing less than 100 Kb (kilobase) between markers. The average inbreeding coefficients obtained from runs of homozygosity (ROH) and pedigree analyses were 0.119 and 0.0001, respectively. Low correlation was observed between the inbreeding coefficients possibly as a result of genetic recombination effect accounted for the ROH estimates or caused by pedigree identification errors. A large number of long ROHs might indicate recent inbreeding events in the studied population. A total of 36 homozygous segments were found in more than 30% of the population and these ROH harbor genes associated with reproductive traits. The population stratification analysis indicated that this population was possibly originated from two distinct populations, which is a result from crossings between the eastern and western breeds used in the formation of the line. Our findings provide support to understand the genetic structure of swine populations and may assist breeding companies to avoid a high level of inbreeding coefficients to maintain genetic diversity, showing the effectiveness of using genomewide SNP information for quantifying inbreeding when the pedigree was incomplete or incorrect. MenosAbstract: Single nucleotide polymorphism (SNP) markers are used to study population structure and conservation genetics, which permits assessing similarities regarding the linkage disequilibrium and information about the relationship among individuals. To investigate the population genomic structure of 300 females and 25 males from a commercial maternal pig line we analyzed linkage disequilibrium extent, inbreeding coefficients using genomic and conventional pedigree data, and population stratification. The average linkage disequilibrium (r2 ) was 0.291 ± 0.312 for all adjacent SNPs, distancing less than 100 Kb (kilobase) between markers. The average inbreeding coefficients obtained from runs of homozygosity (ROH) and pedigree analyses were 0.119 and 0.0001, respectively. Low correlation was observed between the inbreeding coefficients possibly as a result of genetic recombination effect accounted for the ROH estimates or caused by pedigree identification errors. A large number of long ROHs might indicate recent inbreeding events in the studied population. A total of 36 homozygous segments were found in more than 30% of the population and these ROH harbor genes associated with reproductive traits. The population stratification analysis indicated that this population was possibly originated from two distinct populations, which is a result from crossings between the eastern and western breeds used in the formation of the line. Our findings provide support to understand the gen... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
SNP. |
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Thesagro: |
Genética; Marcador Genético; Polimorfismo Genético; Suíno. |
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Thesaurus Nal: |
Genetic markers; Genomics; Polymorphism; Swine. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
LEADER 02737naa a2200361 a 4500
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Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
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Biblioteca |
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Status |
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| Registros recuperados : 207 | |
| 62. |  | PEIXOTO, J. de O.; SAATKAMP, M. G.; TESSMANN, A. L.; FIGUEIREDO, E. A. P. de; MUNARI, D. P.; LEDUR, M. C. Avaliação genética de características de desempenho em população referência para validação de estudos genômicos em frangos de corte. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 8., 2010. Maringá, PR. Melhoramento animal no Brasil: uma visão crítica. Maringá: SBMA, 2010. 1 CD-ROM. Projeto/Plano de Ação: 01.06.10.602-03.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 63. | | SAVOLDI, I. R.; KOWACIC, R. da C.; IBELLI, A. M. G.; LOPES, L. dos S.; PALUDO, E.; ZANELLA, R.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C. Avaliação fenotípica do fêmur e da tíbia de frangos de corte afetados ou não com problemas locomotores. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA (JINC), 9., 2015, Concórdia. Anais... Brasília: Embrapa, 2015. p. 104-105.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 64. | | GRUPIONI, N. V.; STAFUZZA, N. B.; CARVAJAL, A. B.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Association of RUNX2 and TNFSF11 genes with production traits in a paternal broiler line. Genetics and Molecular Research, v. 16, n.1, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 65. | | GODOY, T. F.; SILVA, V. H.; TESSMANN, A. L.; PANDOLFI, J. R. C.; PEIXOTO, J. de O.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C. Adiponectin receptor 2 gene associated with bone traits in broiler chickens. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 60., 2014, Guarujá. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2014. p. 39.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 66. | | GRESSLER, V.; FEDDERN, V.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C.; DALLA COSTA, O. A.; LIMA, G. J. M. M. de. Application of enzyme digestion and deconjugation followed by quick, easy, cheap, effective, rugged, safe extraction and liquid chromatography?tandem mass spectrometry methodology to determine ractopamine residue in pork. Journal of Food Protection, v. 81, n.8, p. 1258-1263, 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 67. | | CANTAO, M. E.; ZANELLA, R.; PEIXOTO, J. de O.; IBELLI, A. M. G.; PANDOLFI, J. R. C.; SETTLES, M.; LEDUR, M. C. Age effects on gene expression related to the bacterial chondronecrosis with osteomyelitis in broiler. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 23., 2015, San Diego, CA. Abstracts? San Diego, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 68. | | NINOV, K.; LEDUR, M. C.; NONES, K.; COLDEBELLA, A.; BERTOL, T. M.; CAETANO, A. R.; BELICUAS, S. N. J.; PEIXOTO, J. de O.; COUTINHO, L. L. Análise de genes candidatos para características de produção e qualidade da carcaça em aves. In: COLDEBELLA, A.; SCHEUERMANN, G. N. (Ed.). Relatório dos projetos concluídos 2009. Concórdia: Embrapa Suínos e Aves, 2009. cap. 4.1, p. 57-63. (Embrapa Suínos e Aves. Documentos, 138).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 69. | | NINOV, K.; LEDUR, M. C.; NONES, K.; COLDEBELLA, A.; BERTOL, T. M.; CAETANO, A. R.; JARDIM, S. N.; PEIXOTO, J. de O.; COUTINHO, L. L. Análise de genes candidatos para características de produção e qualidade da carcaça em aves Concórdia: Embrapa Suínos e Aves, 2009. p. 55-63| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 70. | | CRUZ, V. A. R. da; IBELLI, A. M. G.; MARCHESI, J. A. P.; PANDOLFI, J. R. C.; PEIXOTO, J. de O.; MUNARI, D. P. Associação do receptor da adiponectina com cortes nobres e características relacionadas à deposição de gordura em uma linhagem paterna de frangos de corte. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 10., 2013, Uberaba. Anais... Belo Horizonte: SBMA, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 71. | | CARMO, K. B. do; IBELLI, A. M. G.; SAVOLDI, I. R.; ONO, R. K.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C. Associação de um SNP no gene da calmodulina com características de integridade da tíbia em frangos de corte. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 10., 2016, Concórdia. Anais... Concórdia: Embrapa Suínos e Aves: UNC, 2017. p. 69-70. JINC.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 72. | | FARIA, D. de A.; PEIXOTO, J. de O.; LOPES, P. S.; PAIVA, S. R.; SILVA, P. V.; GUIMARÃES, S. E. F. Association between insulin-like growth factor I (IGF-I) microsatellite polymorphisms and important economic traits in pigs. Revista Brasileira de Zootecnia, v. 38, n. 2, p. 265-270, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 73. | | IBELLI, A. M. G.; FONGARO, G.; TESSMANN, A. L.; RIBEIRO, J. B.; PEIXOTO, J. de O.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C. Association of an InDel in the ghrelin gene with performance traits in a paternal broiler line. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 58., 2012, Foz do Iguaçu. Resumos... Foz do Iguaçú: SBG, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 74. | | ROMANO, G. de S.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; CANTAO, M. E.; MORES, M. A. Z.; COUTINHO, L. L.; PEDROSA, V. B.; LEDUR, M. C. Análise integrada do transcriptoma e exoma revela novos genes relacionados ao acometimento de hérnia escrotal em suínos. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 13., 2019, Salvador. Anais... Salvador: SBMA, 2019. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 75. | | NAKAGAWA, M. da C.; CRUZ, V. A. R. da; GRUPIONI, N. V.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Correlações genéticas entre características de consumo alimentar residual, eficiência alimentar e composição da carcaça em frangos de corte. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 11., 2015, Santa Maria. Anais... Santa Maria: SBMA, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 76. | | FREITAS, M. S. de; FREITAS, L. S.; WEBER, T.; YAMAKI, M; CANTAO, M. E.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C. Comparison of iterated single-step and Bayesian regressions on genomic evaluations for age at 100 kg in swine. Journal of Animal Science, v. 93, n. 10, p. 4675-4683, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 77. | | FERNANDES, L. T.; GOLDONI, I.; HUL, L. M.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C. Comparação de transcriptomas evidencia vias de diferenciação de condrócitos e desenvolvimento da cartilagem envolvidas na manifestação da necrose da cabeça do fêmur em frangos de corte. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL ON-LINE, 14., 2021. Anais.... Chapecó: UDESC: Concórdia: Embrapa Suínos e Aves, 2022.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 78. | | PETRY, B.; ZANELLA, R.; IBELLI, A. M. G.; MARCHESI, J. A. P.; PANDOLFI, J. R. C.; LEDUR, M. C.; PEIXOTO, J. de O. Comparação de métodos de homogeneização celular e congelamento para extração de RNA. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA (JINC), 7., 2013, Concórdia. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2013. p. 13-14.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 79. | | GOLDONI, I.; IBELLI, A. M. G.; FERNANDES, L. T.; PEIXOTO, J. de O.; HUL, L. M.; CANTAO, M. E.; GOUVEIA, J. J. de S.; LEDUR, M. C. Comprehensive analyses of bone and cartilage transcriptomes evince ion transport, inflammation and cartilage development-related genes involved in chickens femoral head separation. Animals, v. 12, n. 788, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 80. | | SALMÓRIA, L. A.; IBELLI, A. M. G.; TAVERNARI, F. de C.; PEIXOTO, J. de O.; MARCELINO, D. E. P.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C. Duodenum transcriptome profile of laying hens submitted to different levels of calcium and phosphorus in the diet. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 66., 2021. E-Book. Ribeirão Preto: SBG, 2021. 66º Congresso Brasileiro de Genética. Genética On-line. p. 228.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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