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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
21/10/2011 |
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Data da última atualização: |
21/10/2011 |
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Autoria: |
PENA, G. F.; CAIXETA, E. T.; FERREIRA, J. L.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. |
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Afiliação: |
Guilherme Ferreira Pena, Bolsista Embrapa Café/Universidade Federal de Viçosa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA, SAPC; Juliano Lino Ferreira, Bolsista Embrapa Café/Universidade Federal de Viçosa; Eunize Maciel Zambolim, Universidade Federal de Viçosa; Laércio Zambolim, Universidade Federal de Viçosa; NEY SUSSUMU SAKIYAMA, Universidade Federal de Viçosa. |
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Título: |
Identificação e caracterização de microssatélites provenientes de sequências expressas do projeto brasileiro de genoma café. |
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Ano de publicação: |
2009 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Dentre os marcadores genéticos disponíveis, os microssatélites ou SSRs (Simple Sequence Repeats) têm sido os escolhidos para diferentes estudos genéticos por apresentarem características que agregam simplicidade técnica, grande poder de resolução e alto nível de polimorfismo. Com a disponibilidade das seqüências ESTs (Expressed Sequence Tags), geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café, surgiu a oportunidade de desenvolver esses marcadores, de forma direta e eficiente, por meio de análise eletrônica. Visando o desenvolvimento futuro de marcadores SSRs para café, nesse trabalho foram identificados e caracterizados microssatélites nas seqüências expressas do genoma do cafeeiro. A mineração dos dados foi realizada utilizando-se todas as combinações de di-, tri- e tetranucleotídeos formadores dos microssatélites, perfazendo um total de 46 combinações (quatro de dinucleotídeos, 10 de trinucleotídeos e 32 de tetranucleotídeos). Foram considerados os microssatélites perfeitos e com tamanho mínimo de 12 pares de bases. Do total de 130.792 ESTs proveniente de C. arabica foram identificadas 37.826 contendo microssatélites, que após a clusterização resultou em 24.031 EST-SSR. Dentre estas, 45,11% apresentaram tetranucleotídeos, 36,67% trinucleotídeos e 18,23% dinucleotídeos. As unidades repetitivas mais abundantes dentro de cada categoria de EST-SSR foram (AG)n encontrada em 57,08% das sequências contendo dinucleotídeos, (AGG)n com 30,79% dos trinucleotídeos e (AGGG)n com 33,24% dos tetranucleotídeos. A grande quantidade de SSRs identificada nas seqüências transcritas do genoma do cafeeiro demonstra que essas são fontes valiosas para o desenvolvimento dos marcadores moleculares EST-SSRs. MenosDentre os marcadores genéticos disponíveis, os microssatélites ou SSRs (Simple Sequence Repeats) têm sido os escolhidos para diferentes estudos genéticos por apresentarem características que agregam simplicidade técnica, grande poder de resolução e alto nível de polimorfismo. Com a disponibilidade das seqüências ESTs (Expressed Sequence Tags), geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café, surgiu a oportunidade de desenvolver esses marcadores, de forma direta e eficiente, por meio de análise eletrônica. Visando o desenvolvimento futuro de marcadores SSRs para café, nesse trabalho foram identificados e caracterizados microssatélites nas seqüências expressas do genoma do cafeeiro. A mineração dos dados foi realizada utilizando-se todas as combinações de di-, tri- e tetranucleotídeos formadores dos microssatélites, perfazendo um total de 46 combinações (quatro de dinucleotídeos, 10 de trinucleotídeos e 32 de tetranucleotídeos). Foram considerados os microssatélites perfeitos e com tamanho mínimo de 12 pares de bases. Do total de 130.792 ESTs proveniente de C. arabica foram identificadas 37.826 contendo microssatélites, que após a clusterização resultou em 24.031 EST-SSR. Dentre estas, 45,11% apresentaram tetranucleotídeos, 36,67% trinucleotídeos e 18,23% dinucleotídeos. As unidades repetitivas mais abundantes dentro de cada categoria de EST-SSR foram (AG)n encontrada em 57,08% das sequências contendo dinucleotídeos, (AGG)n com 30,79% dos trinucleotídeos e (AGGG)n com 33,24% do... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
EST-SSR; SSR. |
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Thesagro: |
Marcador Molecular. |
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Thesaurus Nal: |
Coffea. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/44115/1/Identificacao-e-caracterizacao-de-microssatelites.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 22 | |
| 2. |  | CAIXETA, E. T.; PENA, G. F.; MACIEL-ZAMBOLIM, E.; MISSIO, R. F.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Microsatellite markers from the brazilian coffee genome project. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 22. 2008, Campinas, São Paulo, Brazil.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 3. | | PENA, G. F.; CAIXETA, E. T.; FERREIRA, J. L.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Identificação e caracterização de microssatélites provenientes de sequências expressas do projeto brasileiro de genoma café. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 4. | | ANDRADE, D. C.; ROMEIRO, A. R.; PENA, G. S.; FASIABEN, M. do C. R.; TOSTO, S. G.; PAIVA SOBRINHO, R. Desafios teóricos e metodológicos para avaliação de políticas para a preservação da biodiversidade e serviços ecossistêmicos. In: ENCONTRO NACIONAL DA ANPPAS, 5., 2010, Florianópolis. Anppas 10 anos: avaliando os desafios teóricos e as novas agendas públicas. [S.l.]: ANPPAS, 2010. p. 1-17. ENANPPAS 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Territorial. |
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| 5. | | CORDEIRO, A. G. M.; LIMA, J. A.; PENA, G. F.; ROSSI, A. A. B.; GODINHO, V. de P. C.; GUIMARAES, P. E. de O. Análise da diversidade genética de genótipos de milho (Zea mays L.) a partir de caracteres morfoagronômicos. In: SEMANA DA BIOLOGIA, 12., 2019, Alta Floresta. Anais... Alta Floresta: SAMAF, 2019. p. 144-154.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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| 6. | | MISSIO, R. F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOIM, E. M.; PENA, G. F.; RIBEIRO, A. P.; ZAMBOLIM, L.; PEREIRA, A. A.; SAKIYAMA, N. S. Assessment of est-ssr markers for genetic analysis on coffee. In.: BRAGANTIA, Campinas, v.68, n.3, p. 573-581, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 7. | | TIAGO, A. V.; ROSSI, A. A. B.; HOOGERHEIDE, E. S. S.; PEDRI, E. C. M. de; ROSSI, F. S.; PENA, G. F. Etnovariedades de mandioca cultivadas em Alta floresta, MT: estudo de caso da comunidade vila rural. In: FARIAS NETO, A. L. de; NASCIMENTO, A. F. do; ROSSONI, A. L.; MAGALHÃES, C. A. de S.; ITUASSU, D. R.; HOOGERHEIDE, E. S. S.; IKEDA, F. S.; FERNANDES JUNIOR, F.; FARIA, G. R.; ISERNHAGEN, I.; VENDRUSCULO, L. G.; MORALES, M. M.; CARNEVALLI, R. A. (Ed.). Embrapa Agrossilvipastoril: primeiras contribuições para o desenvolvimento de uma agropecuária sustentável. Brasília, DF: Embrapa, 2019. pt. 8, cap. 4, p. 568-573.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 8. | | MISSIO, R. F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; PENA, G. F.; ZAMBOLIM, L.; DIAS, L. A. S.; SAKIYAMA, N. S. Genetic characterization of an elite coffee germplasm assessed by gSSR and EST-SSR markers. Genetics and Molecular Research, v. 10, n. 4, p 2366-2381, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 9. | | TIAGO, A. V.; HOOGERHEIDE, E. S. S.; PEDRI, E. C. M. de; CARDOSO, E. dos S.; PINTO, J. M. A.; PENA, G. F.; ROSSI, A. A. B. Genetic diversity and population structure of cassava ethno-varieties grown in six municipalities in the state of Mato Grosso, Brazil. Genetics and molecular research, v. 18, n. 4, gmr18357, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 10. | | PENA, G. C.; SANTOS, F. A. D.; SOUZA, I. R. P.; COSTA, R. V.; PARENTONI, S. N.; LANA, U. G. P.; JARDIM-BELICUAS, S. N. Identificação e mapeamento de QTL para a resistência ao míldio em milho. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... Ribeirão Preto: SBG, 2010. p. 199.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 11. | | SOUZA, F. de F.; CAIXETA, E. T.; FERRÃO, L. F. V.; PENA, G. F.; SAKIYAMA, N. S.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; CRUZ, C. D. Molecular diversity in Coffea canephora germplasm conserved and cultivated in Brazil. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 13, p. 221-227, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Semiárido. |
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| 12. | | SOUZA, F. de F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; FERRÃO, L. F. V.; PENA, G. F.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Diversidade genética de genótipos de café canéfora por meio de marcadores microssatélites. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009. Não paginado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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| 13. | | SOUZA, F. de F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; FERRÃO, L. F. V.; PENA, G. F.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Diversidade genética de genótipos de café canéfora por meio de marcadores microssatélites. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 14. | | RUFINO, R. J. N.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; PENA, G. F.; ALMEIDA, R. F. de; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Marcadores microssatélites para o cafeeiro. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 4., 2005, Londrina. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2005.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 15. | | FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; PENA, G.; ZAMBOLIM, E. M.; CRUZ, C. D.; ZAMBOLIM, L.; FERRAO, M. A. G.; SAKIYAMA, N. S. New EST-SSR markers of Coffea arabica: transferability and application to studies of molecular characterization and genetic mapping. Molecular Breeding, v. 35, n. 1, p. 2-5, jan. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 16. | | FREITAS, I. L. de J.; AMARAL JUNIOR, A. T. do; VIANA, A. P.; PENA, G. F.; CABRAL, P. da S.; VITTORAZZI, C.; SILVA, T. R. da C. Ganho genético avaliado com índices de seleção e com REML/Blup em milho-pipoca. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 48, n. 11, p. 1464-1471, nov. 2013. Título em inglês: Genetic gain evaluated with selection indices and with REML/Blup in popcorn.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 17. | | DARDENGO, J. de F. E.; ROSSI, A. A. B.; PEDRI, E. C. M. de; PENA, G. F.; SANTOS, J. de S.; TIAGO, A. V.; SANTOS, C. G. dos; HOOGERHEIDE, E. S. S. Agrobiodiversidade em quintais agroflorestais no norte de Mato Grosso. Brazilian Journal of Development, v. 8, n. 1, p. 2578-2593, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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| 18. | | GÓMEZ, I.; SÁNCHEZ, J.; LIMA, C.; MARTINS, E.; ROSALES-JUÁREZ, A.; AGUILAR-MEDEL, S.; ABAD, A.; DONG, H.; PONTES, R. G. M. S. de; PEÑA, G.; ZHANG, J.; NELSON, M.; WU, G.; BRAVO, A.; SOBERÓN, M. Enhancement of Bacillus thuringiensis Cry1Ab and Cry1Fa toxicity to Spodoptera frugiperda by domain III mutations indicates there are two limiting steps in toxicity as defined by receptor binding and protein stability Applied and Environmental Microbiology, v. 84, n. 20, article e01393-18, 2018. Na publicação: Rose Monnerat.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 19. | | GERHARDT, I. F. S.; AMARAL JÚNIOR, A. T. do; PENA, G. F.; GUIMARAES, L. J. M.; LIMA, V. J. de; VIVAS, M.; SANTOS, P. H. A. D.; FERREIRA, F. R. A.; FREITAS, M. S. M.; KAMPHORST, S. H. Genetic effects on the efficiency and responsiveness to phosphorus use in popcorn as estimated by diallel analysis. Plos ONE, v. 14, n. 5, e0216980, May 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 20. | | GERHARDT, I. F. S.; LEITE, J. T.; SANTOS, T. de O.; XAVIER, K. B.; PENA, G. F.; SILVA, R. M. da R.; GUIMARAES, L. J. M.; AMARAL JÚNIOR, A. T. do. Dissimilaridade genética entre linhagens de milho-pipoca para eficiência ao uso de fósforo. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 32., 2018, Lavras. Soluções integradas para os sistemas de produção de milho e sorgo no Brasil: resumos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2018. p. 270.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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