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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
Data corrente: |
14/03/2016 |
Data da última atualização: |
22/03/2016 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; PENA, G.; ZAMBOLIM, E. M.; CRUZ, C. D.; ZAMBOLIM, L.; FERRAO, M. A. G.; SAKIYAMA, N. S. |
Afiliação: |
LUÍS FELIPE V. FERRÃO, UFV; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA, SAPC; GUILHERME PENA, UFV; EUNICE M. ZAMBOLIM, UFV; COMES D. CRUZ, UFV; LAÉRCIO ZAMBOLIM, UFV; MARIA AMELIA GAVA FERRAO, SAPC; NEY S. SAKIYAMA, UFV. |
Título: |
New EST-SSR markers of Coffea arabica: transferability and application to studies of molecular characterization and genetic mapping. |
Ano de publicação: |
2015 |
Fonte/Imprenta: |
Molecular Breeding, v. 35, n. 1, p. 2-5, jan. 2015. |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Microsatellite markers (SSR) have broad utility in genetic studies due to a high rate of polymor-phisms, a codominant nature and multiallelism. EST?SSRs are markers derived from the expressed sequences of a genome and represent transcribed genes. Despite the importance of the genus Coffea , only a small number of EST?SSR markers are currently available. Thus, this study was designed to mine and develop a new set of EST?SSR markers from the Brazilian Coffee Genome Project. We investigated 130,792 expressed sequence tags (ESTs), from which 24,031 DNA sequences with microsatellites were identified. After stability and amplification testing, 101 new EST?SSR markers were developed and analyzed in different coffee species. The average rate of transferability was 88 %, showing that these markers are useful in genetic studies across the genus Coffea. Polymorphism levels and the degree of diversity were consistent with the evolutionary history of the species. All coffee genotypes were discriminated, even the C. arabica genotypes that have known narrow genetic basis. It was also possible to locate 14 EST? SSRs into different linkage groups of the C. arabica genetic map, which demonstrate that these markers can be useful in QTL mapping studies and in molecular-assisted selection. |
Palavras-Chave: |
Brazilian Coffee Genome Project; Microsatellites. |
Thesagro: |
Coffea Arábica. |
Thesaurus Nal: |
Coffea; Genetic markers. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/141110/1/New-EST-SSR-markers.pdf
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Marc: |
LEADER 02100naa a2200265 a 4500 001 2040767 005 2016-03-22 008 2015 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aFERRÃO, L. F. V. 245 $aNew EST-SSR markers of Coffea arabica$btransferability and application to studies of molecular characterization and genetic mapping.$h[electronic resource] 260 $c2015 520 $aMicrosatellite markers (SSR) have broad utility in genetic studies due to a high rate of polymor-phisms, a codominant nature and multiallelism. EST?SSRs are markers derived from the expressed sequences of a genome and represent transcribed genes. Despite the importance of the genus Coffea , only a small number of EST?SSR markers are currently available. Thus, this study was designed to mine and develop a new set of EST?SSR markers from the Brazilian Coffee Genome Project. We investigated 130,792 expressed sequence tags (ESTs), from which 24,031 DNA sequences with microsatellites were identified. After stability and amplification testing, 101 new EST?SSR markers were developed and analyzed in different coffee species. The average rate of transferability was 88 %, showing that these markers are useful in genetic studies across the genus Coffea. Polymorphism levels and the degree of diversity were consistent with the evolutionary history of the species. All coffee genotypes were discriminated, even the C. arabica genotypes that have known narrow genetic basis. It was also possible to locate 14 EST? SSRs into different linkage groups of the C. arabica genetic map, which demonstrate that these markers can be useful in QTL mapping studies and in molecular-assisted selection. 650 $aCoffea 650 $aGenetic markers 650 $aCoffea Arábica 653 $aBrazilian Coffee Genome Project 653 $aMicrosatellites 700 1 $aCAIXETA, E. T. 700 1 $aPENA, G. 700 1 $aZAMBOLIM, E. M. 700 1 $aCRUZ, C. D. 700 1 $aZAMBOLIM, L. 700 1 $aFERRAO, M. A. G. 700 1 $aSAKIYAMA, N. S. 773 $tMolecular Breeding$gv. 35, n. 1, p. 2-5, jan. 2015.
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Registros recuperados : 22 | |
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Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Territorial. |
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Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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6. | | MISSIO, R. F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOIM, E. M.; PENA, G. F.; RIBEIRO, A. P.; ZAMBOLIM, L.; PEREIRA, A. A.; SAKIYAMA, N. S. Assessment of est-ssr markers for genetic analysis on coffee. In.: BRAGANTIA, Campinas, v.68, n.3, p. 573-581, 2009.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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8. | | SOUZA, F. de F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; FERRÃO, L. F. V.; PENA, G. F.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Diversidade genética de genótipos de café canéfora por meio de marcadores microssatélites. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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9. | | TIAGO, A. V.; ROSSI, A. A. B.; HOOGERHEIDE, E. S. S.; PEDRI, E. C. M. de; ROSSI, F. S.; PENA, G. F. Etnovariedades de mandioca cultivadas em Alta floresta, MT: estudo de caso da comunidade vila rural. In: FARIAS NETO, A. L. de; NASCIMENTO, A. F. do; ROSSONI, A. L.; MAGALHÃES, C. A. de S.; ITUASSU, D. R.; HOOGERHEIDE, E. S. S.; IKEDA, F. S.; FERNANDES JUNIOR, F.; FARIA, G. R.; ISERNHAGEN, I.; VENDRUSCULO, L. G.; MORALES, M. M.; CARNEVALLI, R. A. (Ed.). Embrapa Agrossilvipastoril: primeiras contribuições para o desenvolvimento de uma agropecuária sustentável. Brasília, DF: Embrapa, 2019. pt. 8, cap. 4, p. 568-573.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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10. | | MISSIO, R. F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; PENA, G. F.; ZAMBOLIM, L.; DIAS, L. A. S.; SAKIYAMA, N. S. Genetic characterization of an elite coffee germplasm assessed by gSSR and EST-SSR markers. Genetics and Molecular Research, v. 10, n. 4, p 2366-2381, 2011.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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11. | | TIAGO, A. V.; HOOGERHEIDE, E. S. S.; PEDRI, E. C. M. de; CARDOSO, E. dos S.; PINTO, J. M. A.; PENA, G. F.; ROSSI, A. A. B. Genetic diversity and population structure of cassava ethno-varieties grown in six municipalities in the state of Mato Grosso, Brazil. Genetics and molecular research, v. 18, n. 4, gmr18357, 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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12. | | FREITAS, I. L. de J.; AMARAL JUNIOR, A. T. do; VIANA, A. P.; PENA, G. F.; CABRAL, P. da S.; VITTORAZZI, C.; SILVA, T. R. da C. Ganho genético avaliado com índices de seleção e com REML/Blup em milho-pipoca. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 48, n. 11, p. 1464-1471, nov. 2013. Título em inglês: Genetic gain evaluated with selection indices and with REML/Blup in popcorn.Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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13. | | RUFINO, R. J. N.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; PENA, G. F.; ALMEIDA, R. F. de; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Marcadores microssatélites para o cafeeiro. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 4., 2005, Londrina. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2005.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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14. | | SOUZA, F. de F.; CAIXETA, E. T.; FERRÃO, L. F. V.; PENA, G. F.; SAKIYAMA, N. S.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; CRUZ, C. D. Molecular diversity in Coffea canephora germplasm conserved and cultivated in Brazil. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 13, p. 221-227, 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Semiárido. |
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15. | | PENA, G. C.; SANTOS, F. A. D.; SOUZA, I. R. P.; COSTA, R. V.; PARENTONI, S. N.; LANA, U. G. P.; JARDIM-BELICUAS, S. N. Identificação e mapeamento de QTL para a resistência ao míldio em milho. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... Ribeirão Preto: SBG, 2010. p. 199.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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16. | | FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; PENA, G.; ZAMBOLIM, E. M.; CRUZ, C. D.; ZAMBOLIM, L.; FERRAO, M. A. G.; SAKIYAMA, N. S. New EST-SSR markers of Coffea arabica: transferability and application to studies of molecular characterization and genetic mapping. Molecular Breeding, v. 35, n. 1, p. 2-5, jan. 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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17. | | DARDENGO, J. de F. E.; ROSSI, A. A. B.; PEDRI, E. C. M. de; PENA, G. F.; SANTOS, J. de S.; TIAGO, A. V.; SANTOS, C. G. dos; HOOGERHEIDE, E. S. S. Agrobiodiversidade em quintais agroflorestais no norte de Mato Grosso. Brazilian Journal of Development, v. 8, n. 1, p. 2578-2593, 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
Biblioteca(s): Embrapa Agrossilvipastoril. |
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18. | | GERHARDT, I. F. S.; LEITE, J. T.; SANTOS, T. de O.; XAVIER, K. B.; PENA, G. F.; SILVA, R. M. da R.; GUIMARAES, L. J. M.; AMARAL JÚNIOR, A. T. do. Dissimilaridade genética entre linhagens de milho-pipoca para eficiência ao uso de fósforo. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 32., 2018, Lavras. Soluções integradas para os sistemas de produção de milho e sorgo no Brasil: resumos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2018. p. 270.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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19. | | GÓMEZ, I.; SÁNCHEZ, J.; LIMA, C.; MARTINS, E.; ROSALES-JUÁREZ, A.; AGUILAR-MEDEL, S.; ABAD, A.; DONG, H.; PONTES, R. G. M. S. de; PEÑA, G.; ZHANG, J.; NELSON, M.; WU, G.; BRAVO, A.; SOBERÓN, M. Enhancement of Bacillus thuringiensis Cry1Ab and Cry1Fa toxicity to Spodoptera frugiperda by domain III mutations indicates there are two limiting steps in toxicity as defined by receptor binding and protein stability Applied and Environmental Microbiology, v. 84, n. 20, article e01393-18, 2018. Na publicação: Rose Monnerat.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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20. | | GERHARDT, I. F. S.; AMARAL JÚNIOR, A. T. do; PENA, G. F.; GUIMARAES, L. J. M.; LIMA, V. J. de; VIVAS, M.; SANTOS, P. H. A. D.; FERREIRA, F. R. A.; FREITAS, M. S. M.; KAMPHORST, S. H. Genetic effects on the efficiency and responsiveness to phosphorus use in popcorn as estimated by diallel analysis. Plos ONE, v. 14, n. 5, e0216980, May 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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