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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
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Data corrente: |
18/09/2020 |
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Data da última atualização: |
20/12/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, A. A. de; GUIMARAES, L. J. M.; GUIMARÃES, C. T.; GUIMARAES, P. E. de O.; PINTO, M. de O.; PASTINA, M. M.; MARGARIDO, G. R. A. |
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Afiliação: |
Amanda Avelar de Oliveira, Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz"; LAURO JOSE MOREIRA GUIMARAES, CNPMS; CLAUDIA TEIXEIRA GUIMARAES, CNPMS; PAULO EVARISTO DE O GUIMARAES, CNPMS; MARCOS DE OLIVEIRA PINTO, CNPMS; MARIA MARTA PASTINA, CNPMS; Gabriel Rodrigues Alves Margarido, Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz". |
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Título: |
Single nucleotide polymorphism calling and imputation strategies for cost-effective genotyping in a tropical maize breeding program. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Crop Science, v. 60, n. 6, p. 3066-3082, 2020. |
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DOI: |
10.1002/csc2.20255 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genotyping-by-sequencing (GBS) datasets typically feature high rates of missingness and heterozygote undercalling, prompting the use of data imputation. We compared the accuracy of four imputation methods?NPUTE, Beagle, knearest neighbors imputation (KNNI), and fast inbreed line library imputation (FILLIN)?using GBS data of maize (Zea mays L.) inbred lines, genotyped using different multiplexing levels. Two strategies for SNP-calling and genotype imputation were evaluated. First, only lines genotyped through 96-plex were used for single nucleotide polymorphism (SNP) discovery, whereas both 96- and 384-plex were simultaneously used in the second strategy. In the first genotype imputation strategy, only the 96-plex lines were imputed, then the remaining lines were appended (96-plex-imputed plus 384-plex) and then imputed. In the second imputation strategy, we jointly imputed both datasets. We also investigated the impacts of including heterozygous genotypes and distinct rates of missing genotypes per locus. The different SNP-calling strategies and percentage of missing data did not substantially affect the imputation accuracy. However, the different imputation strategies showed a substantial effect. Generally, imputations were less accurate for heterozygotes. The scenario 96-plex-imputed plus 384-plex showed accuracies similar to the 96-plex scenario. Beagle and NPUTE produced the highest accuracies. Our results indicate that combining SNP-calling and imputation strategies can enhance genotyping in a cost-effective manner, resulting in higher imputation accuracies. MenosGenotyping-by-sequencing (GBS) datasets typically feature high rates of missingness and heterozygote undercalling, prompting the use of data imputation. We compared the accuracy of four imputation methods?NPUTE, Beagle, knearest neighbors imputation (KNNI), and fast inbreed line library imputation (FILLIN)?using GBS data of maize (Zea mays L.) inbred lines, genotyped using different multiplexing levels. Two strategies for SNP-calling and genotype imputation were evaluated. First, only lines genotyped through 96-plex were used for single nucleotide polymorphism (SNP) discovery, whereas both 96- and 384-plex were simultaneously used in the second strategy. In the first genotype imputation strategy, only the 96-plex lines were imputed, then the remaining lines were appended (96-plex-imputed plus 384-plex) and then imputed. In the second imputation strategy, we jointly imputed both datasets. We also investigated the impacts of including heterozygous genotypes and distinct rates of missing genotypes per locus. The different SNP-calling strategies and percentage of missing data did not substantially affect the imputation accuracy. However, the different imputation strategies showed a substantial effect. Generally, imputations were less accurate for heterozygotes. The scenario 96-plex-imputed plus 384-plex showed accuracies similar to the 96-plex scenario. Beagle and NPUTE produced the highest accuracies. Our results indicate that combining SNP-calling and imputation strategies can... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genotipagem; Imputação. |
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Thesagro: |
Genética Vegetal; Genótipo; Melhoramento Genético Vegetal; Milho; Polimorfismo; Seleção Genótipa. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/217686/1/Single-nucleotide-polymorphism.pdf
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Marc: |
LEADER 02517naa a2200301 a 4500
001 2125019
005 2020-12-20
008 2020 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1002/csc2.20255$2DOI
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260 $c2020
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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| Registros recuperados : 44 | |
| 2. |  | SILVA, D. A. da; MOREIRA, N. R. da S.; TEIXEIRA, R. B.; RAPOSO, A. Enraizamento in vitro das especies P. hispidinervum e P. aduncum utilizando diferentes concentrações de AIA. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. 4 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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| 4. | | SILVA, D. A. da; MOREIRA, N. R. da S.; MANFIO, C. E.; RAPOSO, A. Efeitos da citocinina 2IP na multiplicação in vitro das espécies Piper hispidinervum e P. aduncum. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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| 5. | | MOREIRA, N. R. da S.; SILVA, D. A. da S.; VASCONCELOS, J. M.; RAPOSO, A. Utilização do ácido girebélico (AG3) do desenvolvimento in vitro de embriões zigóticos de seringueira (Hevea spp.). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. 4 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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| 6. | | MOREIRA, N. H.; NASCIMENTO, N. V. do; BARBOSA, E. A.; JULIANO, R. S.; RAMOS, A. F. Sazonalidade reprodutiva em touros Pantaneiros. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 15., 2010, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. Resumo 101. p. 145| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 7. | | MOREIRA, N. H.; NASCIMENTO, N. V. do; BARBOSA, E. A.; JULIANO, R. S.; RAMOS, A. F. Sazonalidade reprodutiva em touros Pantaneiros. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 15., 2010, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. Resumo 101. p. 145 Título em inglês: Reproductive sazonality in Pantaneiro bulls.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 10. | | TORTORELLA, R. D.; SANTOS, R. dos; SILVA, P. C. P.; MOREIRA, N. H.; NEVES, J. P.; RAMOS, A. F. Caracterização do ciclo estral de vacas e novilhas curraleiras Pé-Duro. In. CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014. Resumo. 626. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 11. | | MOREIRA, N. H.; BRASIL, O. O.; SAAVEDRA, C. A. P. B.; SILVA, J. P. da; RAMOS, A. F. Efeito de diferentes tipos de estradiol sobre a dinâmica folicular, em ovelhas sincronizadas com cidr® In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 12. | | MOREIRA, N. H.; SANTOS, R. dos; SAAVEDRA, C. A. P. B.; SILVA, J. P. da; RAMOS, A. F. Efeito de diferentes tipos de estradiol sobre a liberação de fsh, em ovelhas sincronizadas com cidr® In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 13. | | BARROS, E. P.; MOREIRA, N.; PEREIRA, G. E.; LEITE, S. G. L.; REZENDE, C. M.; PINHO, P. G. de. Development and validation of automatic HS-SPME with a gas chromatography-ion trap/mass spectrometry method for analysis of volatiles in wines. Talanta, Oxford, v. 101, p. 177-186, nov. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido; Embrapa Uva e Vinho. |
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| 14. | | MOREIRA, N. H.; BRASIL, O. O.; SILVA, P. C. P.; SANTOS, R. dos S.; TORTORELLA, R. D.; RAMOS, A. F. Diferentes protocolos de indução do estro, durante as estações chuvosa e seca, em ovelhas Santa Inês. In. CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014. Resumo. 365. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 16. | | BRASIL, O. O.; MOREIRA, N. H.; CONCEIÇÃO, F. F. C. de B. da; NASCIMENTO, N. V. do; RAMOS, A. F. Relato da produção e sobrevivência embrionária de ovelhas bergamácias superovuladas apresentando regressão prematura de corpo lúteo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 17. | | BRASIL, O. O.; MOREIRA, N. H.; SANTOS, R. dos; SOUTO, P. L. G.; BARBOSA, E. A.; RAMOS, A. F. Produção embionária de ovelhas com diferentes condições corporais, submetidas ou não ao flushing energético. In. CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014. Resumo. 374. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 18. | | MOREIRA, N. H.; BRASIL, O. O.; SOUTO, P. L. G.; SILVA, P. C. P.; MODESTO, M. R.; RAMOS, A. F. Sincronização do estro em ovelhas Santa Inês utilizando FSF:LH. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., Brasília, DF. A produção animal no mundo em transformação: Anais. Brasília: SBZ, 2012. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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