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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
Data corrente: |
02/12/2016 |
Data da última atualização: |
08/02/2017 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
COSTA, E. A.; ANONI, C. O.; MANCINI, M. C.; SANTOS, F. R. C.; MARCONI, T. G.; GAZAFFI, R.; PASTINA, M. M.; PERECIN, D.; MOLINARI, M.; XAVIER, M. A.; PINTO, L. R.; SOUZA, A. P.; GARCIA, A. A. F. |
Afiliação: |
UNICAMP; ESALQ; UNICAMP; Centro Avançado da Pesquisa Tecnológica do Agronegócio de Cana, IAC/Apta; ESALQ; Universidade Federal de São Carlos; MARIA MARTA PASTINA, CNPMS; UNESP; ESALQ; Centro Avançado da Pesquisa Tecnológica do Agronegócio de Cana, IAC/Apta; Centro Avançado da Pesquisa Tecnológica do Agronegócio de Cana, IAC/Apta; UNICAMP; ESALQ. |
Título: |
QTL mapping including codominant SNP markers with ploidy level information in a sugarcane progeny. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
Euphytica, Dordrecht, v. 211, n. 1, p. 1-16, 2016. |
DOI: |
10.1007/s10681-016-1746-7 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Quantitative trait locus (QTL) mapping contributes to sugarcane (Saccharum spp.) breeding programs by providing information about the genetic effects, positioning and number of QTLs. Combined with marker-assisted selection, it can help breeders reduce the time required to develop new sugarcane varieties. We performed a QTL mapping study for important agronomic traits in sugarcane using the composite interval mapping method for outcrossed species. A new approach allowing the 1:2:1 segregation ratio and different ploidy levels for SNP markers was used to construct an integrated genetic linkage map that also includes AFLP and SSR markers. Were used 688 molecular markers with 1:1, 3:1 and 1:2:1 segregation ratios. A total of 187 individuals from a biparental cross (IACSP95-3018 and IACSP93-3046) were assayed across multiple harvests from two locations. The evaluated yield components included stalk diameter (SD), stalk weight (SW), stalk height (SH), fiber percentage (Fiber), sucrose content (Pol) and soluble solid content (Brix). The genetic linkage map covered 4512.6 cM and had 118 linkage groups corresponding to 16 putative homology groups. A total of 25 QTL were detected for SD (six QTL), SW (five QTL), SH (four QTL), Fiber (five QTL), Pol (two QTL) and Brix (three QTL). The percentage of phenotypic variation explained by each QTL ranged from 0.069 to 3.87 %, with a low individual effect because of the high ploidy level. The mapping model provided estimates of the segregation ratio of each mapped QTL (1:2:1, 3:1 or 1:1). Our results provide information about the genetic organization of the sugarcane genome and constitute the first step toward a better dissection of complex traits. MenosQuantitative trait locus (QTL) mapping contributes to sugarcane (Saccharum spp.) breeding programs by providing information about the genetic effects, positioning and number of QTLs. Combined with marker-assisted selection, it can help breeders reduce the time required to develop new sugarcane varieties. We performed a QTL mapping study for important agronomic traits in sugarcane using the composite interval mapping method for outcrossed species. A new approach allowing the 1:2:1 segregation ratio and different ploidy levels for SNP markers was used to construct an integrated genetic linkage map that also includes AFLP and SSR markers. Were used 688 molecular markers with 1:1, 3:1 and 1:2:1 segregation ratios. A total of 187 individuals from a biparental cross (IACSP95-3018 and IACSP93-3046) were assayed across multiple harvests from two locations. The evaluated yield components included stalk diameter (SD), stalk weight (SW), stalk height (SH), fiber percentage (Fiber), sucrose content (Pol) and soluble solid content (Brix). The genetic linkage map covered 4512.6 cM and had 118 linkage groups corresponding to 16 putative homology groups. A total of 25 QTL were detected for SD (six QTL), SW (five QTL), SH (four QTL), Fiber (five QTL), Pol (two QTL) and Brix (three QTL). The percentage of phenotypic variation explained by each QTL ranged from 0.069 to 3.87 %, with a low individual effect because of the high ploidy level. The mapping model provided estimates of the segregation... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Melhroramento. |
Thesagro: |
Cana de açúcar; Marcador genético. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
Marc: |
LEADER 02608naa a2200313 a 4500 001 2057827 005 2017-02-08 008 2016 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1007/s10681-016-1746-7$2DOI 100 1 $aCOSTA, E. A. 245 $aQTL mapping including codominant SNP markers with ploidy level information in a sugarcane progeny.$h[electronic resource] 260 $c2016 520 $aQuantitative trait locus (QTL) mapping contributes to sugarcane (Saccharum spp.) breeding programs by providing information about the genetic effects, positioning and number of QTLs. Combined with marker-assisted selection, it can help breeders reduce the time required to develop new sugarcane varieties. We performed a QTL mapping study for important agronomic traits in sugarcane using the composite interval mapping method for outcrossed species. A new approach allowing the 1:2:1 segregation ratio and different ploidy levels for SNP markers was used to construct an integrated genetic linkage map that also includes AFLP and SSR markers. Were used 688 molecular markers with 1:1, 3:1 and 1:2:1 segregation ratios. A total of 187 individuals from a biparental cross (IACSP95-3018 and IACSP93-3046) were assayed across multiple harvests from two locations. The evaluated yield components included stalk diameter (SD), stalk weight (SW), stalk height (SH), fiber percentage (Fiber), sucrose content (Pol) and soluble solid content (Brix). The genetic linkage map covered 4512.6 cM and had 118 linkage groups corresponding to 16 putative homology groups. A total of 25 QTL were detected for SD (six QTL), SW (five QTL), SH (four QTL), Fiber (five QTL), Pol (two QTL) and Brix (three QTL). The percentage of phenotypic variation explained by each QTL ranged from 0.069 to 3.87 %, with a low individual effect because of the high ploidy level. The mapping model provided estimates of the segregation ratio of each mapped QTL (1:2:1, 3:1 or 1:1). Our results provide information about the genetic organization of the sugarcane genome and constitute the first step toward a better dissection of complex traits. 650 $aCana de açúcar 650 $aMarcador genético 653 $aMelhroramento 700 1 $aANONI, C. O. 700 1 $aMANCINI, M. C. 700 1 $aSANTOS, F. R. C. 700 1 $aMARCONI, T. G. 700 1 $aGAZAFFI, R. 700 1 $aPASTINA, M. M. 700 1 $aPERECIN, D. 700 1 $aMOLINARI, M. 700 1 $aXAVIER, M. A. 700 1 $aPINTO, L. R. 700 1 $aSOUZA, A. P. 700 1 $aGARCIA, A. A. F. 773 $tEuphytica, Dordrecht$gv. 211, n. 1, p. 1-16, 2016.
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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Registros recuperados : 103 | |
81. | | SOUZA, I. R. P. de; MENDES, S. M.; RAFAEL, H. A.; BARROS, B. de A.; PINTO, M. de O.; CARNEIRO, N. P.; LANA, U. G. de P.; LANDAU, E. C.; RIBEIRO, C. A. G.; PASTINA, M. M. Population structure of Spodoptera frugiperda collected in maize from different Brazilian geographic regions. Revista Brasileira de Milho e Sorgo, Sete Lagoas, v. 14, n. 3, p. 300-315, 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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82. | | MAGALHAES, J. V.; MACIEL, B. H.; SOUSA, S. M. de; SILVA, L. A.; SCHAFFERT, R. E.; PASTINA, M. M.; BARROS, B. de A.; GUIMARAES, C. T.; NEGRI, B.; AZEVEDO, G.; VIANA, J. H. M. Validação de marcadores moleculares para eficiência na utilização de fósforo com base em genes SbPSTOL1 em sorgo. Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2016. 10 p. (Embrapa Milho e Sorgo. Circular Técnica, 219).Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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83. | | EVANGELISTA, J. S. P. C.; CHAVES, S. F. da S.; BHERING, E. L.; QUEIROZ, V. A. V.; SILVA, D. D. da; GUIMARAES, L. J. M.; DIAS, K. O. das G.; PASTINA, M. M. Seleção de genótipos de milho tropical com menor incidência de fumonisinas em grãos e alta produtividade via predição genômica. Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2023. 17 p. (Embrapa Milho e Sorgo. Circular Técnica, 284).Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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84. | | PEREIRA, G. da S.; LAPERUTA, L. D. C.; NUNES, E. S.; CHAVARRIA, L.; PASTINA, M. M.; GAZAFFI, R.; GERALDI, I. O.; GARCIA, A. A. F.; VIEIRA, M. L. C. The sweet passion fruit (Passiflora alata) crop: genetic and phenotypic parameter estimates and QTL mapping for fruit traits. Tropical Plant Biology, v. 10, n. 1, p. 18-29, 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
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85. | | SOUSA, S. M. de; OLIVEIRA-PAIVA, C. A.; ANDRADE, D. L.; CARVALHO, C. G. de; RIBEIRO, V. P.; PASTINA, M. M.; MARRIEL, I. E.; LANA, U. G. de P.; GOMES, E. A. Tropical Bacillus strains inoculation enhances maize root surface area, dry weight, nutrient uptake and grain yield. Journal of Plant Growth Regulation, v. 40, p. 867-877, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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86. | | VASCONCELLOS, R. C. C.; MENDES, F. F.; OLIVEIRA, A. C. de; GUIMARAES, L. J. M.; ALBUQUERQUE, P. E. P. de; PINTO, M. de O.; BARROS, B. de A.; PASTINA, M. M.; MAGALHAES, J. V. de; GUIMARÃES, C. T. ZmMATE1 improves grain yield and yield stability in maize cultivated on acid soil. Crop Science, v. 61. n. 5, p. 3497-3506, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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87. | | SILVA, K. J. da; GUIMARÃES, C. T.; SOUSA, S. M. de; BERNARDINO, K. da C.; TRINDADE, R. dos S.; QUEIROZ, V. A. V.; CONCEIÇÃO, R. R. P. da; GUILHEN, J. H. S.; OLIVEIRA, N. T. de; DAMASCENO, C. M. B.; NODA, R. W.; DIAS, L. A. dos S.; GUIMARAES, L. J. M.; MELO, J. de O.; PASTINA, M. M. A genome-wide association study investigating fumonisin contamination in a panel of tropical maize elite lines. Euphytica, v. 218, article 130, 2022.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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88. | | OLIVEIRA, I. C. M.; GUILHEN, J. H. S.; RIBEIRO, P. C. de O.; GEZAN, S. A.; SCHAFFERT, R. E.; SIMEONE, M. L. F.; DAMASCENO, C. M. B.; CARNEIRO, J. E. de S.; CARNEIRO, P. C. S.; PARRELLA, R. A. da C.; PASTINA, M. M. Genotype-by-environment interaction and yield stability analysis of biomass sorghum hybrids using factor analytic models and environmental covariates. Field Crops Research, v. 257, 107929, 2020.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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89. | | DIAS, K. O. das G.; GEZAN, S. A.; GUIMARÃES, C. T.; NAZARIAN, A.; SILVA, L. da C. e; PARENTONI, S. N.; GUIMARAES, P. E. de O.; ANONI, C. de O.; PÁDUA, J. M. V.; PINTO, M. de O.; NODA, R. W.; RIBEIRO, C. A. G.; MAGALHAES, J. V. de; GARCIA, A. A. F.; SOUZA, J. C. de; GUIMARAES, L. J. M.; PASTINA, M. M. Improving accuracies of genomic predictions for drought tolerance in maize by joint modeling of additive and dominance effects in multi-environment trials. Heredity, London, v. 121, n. 1, p. 24-37, 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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90. | | SILVA, K. J.; GUIMARÃES, C. T.; GUILHEN, J. H. S.; GUIMARAES, P. E. de O.; PARENTONI, S. N.; TRINDADE, R. dos S.; OLIVEIRA, A. A. de; BERNARDINO, K. da C.; PINTO, M. de O.; DIAS, K. O. das G.; BERNARDES, C. de O.; DIAS, L. A. dos S.; GUIMARAES, L. J. M.; PASTINA, M. M. High-density SNP-based genetic diversity and heterotic patterns of tropical maize breeding lines. Crop Science, v. 60, p. 779-787, 2020Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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91. | | BERNARDINO, K. C.; PASTINA, M. M.; MENEZES, C. B. de; SOUSA, S. M. de; MACIEL, L. S.; CARVALHO JÚNIOR, G.; GUIMARÃES, C. T.; BARROS, B. de A.; SILVA, L. da C. e; CARNEIRO, P. C. S.; SCHAFFERT, R. E.; KOCHIAN, L. V.; MAGALHAES, J. V. de. The genetic architecture of phosphorus efficiency in sorghum involves pleiotropic QTL for root morphology and grain yield under low phosphorus availability in the soil. BMC Plant Biology, v. 19, n. 87, p. 1-15, 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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92. | | GUIMARAES, C. T.; SIMOES, C. C.; PASTINA, M. M.; MARON, L. G.; MAGALHAES, J. V.; VASCONCELLOS, R. C. C.; GUIMARAES, L. J. M.; LANA, U. G. de P.; TINOCO, C. F. S.; NODA, R. W.; BELICUAS, S. N. J.; KOCHIAN, L. V.; ALVES, V. M. C.; PARENTONI, S. N. Genetic dissection of Al tolerance QTLs in the maize genome by high density SNP scan. BMC Genomics, v. 15, n. 153, p. 1-14, 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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93. | | SILVA, K. J. da; PASTINA, M. M.; GUIMARÃES, C. T.; MAGALHAES, J. V. de; PIMENTEL, L. D.; SCHAFFERT, R. E.; PINTO, M. de O.; SOUZA, V. F. de; BERNARDINO, K. da C.; SILVA, M. J. da; BORÉM, A.; MENEZES, C. B. de. Genetic diversity and heterotic grouping of sorghum lines using SNP markers. Scientia Agricola, v. 78, n. 6, e20200039, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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94. | | SILVA. M. J. da; PARRELLA, R. A. da C.; PASTINA, M. M.; DAMASCENO, C. M. B.; CARNEIRO, J. E. de S.; CRESCÊNCIO, P. S.; SOUZA, V. F. de; BERNARDINO, K. da C.; SILVA, R. A. da; RIBEIRO, P. C. de O.; SILVA, K. J. da. Desempenho de cultivares de sorgo sacarino visando melhoramento para produção de bioetanol. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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95. | | PRIOLLI, R. H. G.; RAMOS, L. C. S.; POT, D.; MOLLER, M.; GALLO, P. B.; PASTINA, M. M.; GARCIA, A. A. F.; YAMAMOTO, P. Y.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; FERREIRA, L. P.; MAZZAFERA, P.; PEREIRA, L. F. P.; COLOMBO, C. A. Construção de um mapa genético a partir de uma população F2 derivada do cruzamento entre Coffea arabica e C. canephora e Sua utilidade para qualidade de bebida. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas : anais. Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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96. | | PRIOLLI, R. H. G.; RAMOS, L. C. S.; POT, D.; MOLLER, M.; GALLO, P. B.; PASTINA, M. M.; GARCIA, A. A. F.; YAMAMOTO, P. Y.; LANNES, S. D.; FERREIRA, L. P.; SCHOLZ, M. B. S.; MAZZAFERA, P.; PEREIRA, L. F. P.; COLOMBO, L. F. P. Construction of a genetic map based on an interspecific F2 population between Coffea arabica and Coffea canephora and its usefulness for quality related traits. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 22., 2008, Campinas.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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97. | | HUFNAGEL, B.; SOUSA, S. M. de; ASSIS, L.; GUIMARAES, C. T.; LEISER, W.; AZEVEDO, G. C.; NEGRI, B.; LARSON, B. G.; SHAFF, J. E.; PASTINA, M. M.; BARROS, B. A.; WELTZIEN, E.; RATTUNDE, H. F. W.; VIANA, J. H.; CLARK, R. T.; FALCÃO, A.; GAZAFFI, R.; GARCIA, A. A. F.; SCHAFFERT, R. E.; KOCHIAN, L. V.; MAGALHAES, J. V. Duplicate and conquer: multiple homologs of PHOSPHORUS-STARVATION TOLERANCE1 enhance phosphorus acquisition and sorghum performance on low-phosphorus soils. Plant Physiology, Bethesda, v. 166, p. 659-677, Oct. 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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98. | | DIAS, K. O. das G.; GEZAN, S. A.; GUIMARAES, C. T.; MAGALHAES, J. V. de; GUIMARAES, P. E. de O.; CARNEIRO, N. P.; PORTUGAL, A. F.; BASTOS, E. A.; CARDOSO, M. J.; ANONI, C. de O.; SOUZA, J. C. de; GUIMARAES, L. J. M.; PASTINA, M. M. Estimating genotype X environment interaction for and genetic correlations among drought tolerance traits in maize via factor analytic multiplicative mixed models. Crop Science, Madison, v. 58, p. 72-83, Jan. 2018. Publicado online em 30 out. 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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99. | | MAGALHAES, J. V. de; PASTINA, M. M.; GAZAFFI, R.; MENEZES, C. B. de; ROSA, J. R. B. F.; GUIMARAES, C. T.; TARDIN, F. D.; SCHAFFERT, R. E.; GOMIDE, R. L.; ANDRADE, C. de L. T. de; ALBUQUERQUE, P. E. P. de; BASTOS, E. A.; CARDOSO, M. J. Escaneamento genômico para tolerância à seca em sorgo. Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2016. 22 p. (Embrapa Milho e Sorgo. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 152).Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
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100. | | MELO, J. O.; MARTINS, L. G. C.; BARROS, B. de A.; PIMENTA, M. R.; LANA, U. G. de P.; DUARTE, C. E. M.; PASTINA, M. M.; GUIMARÃES, C. T.; SCHAFFERT, R. E.; KOCHIAN, L. V.; FONTES, E. P. B.; MAGALHAES, J. V. de. Repeat variants for the SbMATE transporter protect sorghum roots from aluminum toxicity by transcriptional interplay in cis and trans. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Washington, v. 116, n. 1, p. 313-318, 2019. Publicado online em 13 dez. 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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