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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura; Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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Data corrente: |
22/12/2022 |
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Data da última atualização: |
26/12/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
HOHENFELD, C. S.; PASSOS, A. R.; CARVALHO, H. W. L. de; OLIVEIRA, S. A. S. de; OLIVEIRA, E. J. de. |
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Afiliação: |
CAMILA SANTIAGO HOHENFELD; ADRIANA RODRIGUES PASSOS; HELIO WILSON LEMOS DE CARVALHO, CPATC; SAULO ALVES SANTOS DE OLIVEIRA, CNPMF; EDER JORGE DE OLIVEIRA, CNPMF. |
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Título: |
Genome-wide association study and selection for field resistance to cassava root rot disease and productive traits. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
PLos One, v. 17, n. 6, e0270020, June, 2022. |
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DOI: |
| https://doi.org/10.1371/journal.pone.0270020 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Cassava root rot disease is caused by a complex of soil-borne pathogens and has high economic impacts because it directly affects the tuberous roots, which are the main commercial product. This study aimed to evaluate cassava genotypes for resistance to root rot disease in a field with a previous history of high disease incidence. It also aimed to identify possible genomic regions associated with field resistance based on genome-wide association studies. A total of 148 genotypes from Embrapa Mandioca and Fruticultura were evaluated over two years, including improved materials and curated germplasms. Analysis of phenotypic data was conducted, as well as a genomic association analysis, based on the general linear model, mixed linear model, and fixed and random model circulating probability unification. The observed high disease index (ω) was directly correlated with genotype survival, affecting plant height, shoot yield, and fresh root yield. The genotypes were grouped into five clusters, which were classified according to level of root rot resistance (i.e., extremely susceptible, susceptible, moderately susceptible, moderately resistant, and resistant). The 10 genotypes with the best performance in the field were selected as potential progenitors for the development of segregating progenies. Estimates of genomic kinship between these genotypes ranged from -0.183 to 0.671. The genotypes BGM-1171 and BGM-1190 showed the lowest degree of kinship with the other selected sources of resistance. The genotypes BGM-0209, BGM-0398, and BGM-0659 showed negative kinship values with most elite varieties, while BGM-0659 presented negative kinship with all landraces. A genome-wide association analysis detected five significant single nucleotide polymorphisms related to defense mechanisms against biotic and abiotic stresses, with putative association with fresh root yield in soil infested with root rot pathogens. These findings can be utilized to develop molecular selection for root rot resistance in cassava. MenosCassava root rot disease is caused by a complex of soil-borne pathogens and has high economic impacts because it directly affects the tuberous roots, which are the main commercial product. This study aimed to evaluate cassava genotypes for resistance to root rot disease in a field with a previous history of high disease incidence. It also aimed to identify possible genomic regions associated with field resistance based on genome-wide association studies. A total of 148 genotypes from Embrapa Mandioca and Fruticultura were evaluated over two years, including improved materials and curated germplasms. Analysis of phenotypic data was conducted, as well as a genomic association analysis, based on the general linear model, mixed linear model, and fixed and random model circulating probability unification. The observed high disease index (ω) was directly correlated with genotype survival, affecting plant height, shoot yield, and fresh root yield. The genotypes were grouped into five clusters, which were classified according to level of root rot resistance (i.e., extremely susceptible, susceptible, moderately susceptible, moderately resistant, and resistant). The 10 genotypes with the best performance in the field were selected as potential progenitors for the development of segregating progenies. Estimates of genomic kinship between these genotypes ranged from -0.183 to 0.671. The genotypes BGM-1171 and BGM-1190 showed the lowest degree of kinship with the other selected sour... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Doença de Planta; Mandioca; Patógeno; Podridão Radicular; Raiz. |
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Thesaurus Nal: |
Cassava; Pathogens; Plant pathogens; Root diseases. |
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Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1150273/1/Genome-wide-association-study-and-selection....pdf
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Marc: |
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001 2150273
005 2022-12-26
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260 $c2022
520 $aCassava root rot disease is caused by a complex of soil-borne pathogens and has high economic impacts because it directly affects the tuberous roots, which are the main commercial product. This study aimed to evaluate cassava genotypes for resistance to root rot disease in a field with a previous history of high disease incidence. It also aimed to identify possible genomic regions associated with field resistance based on genome-wide association studies. A total of 148 genotypes from Embrapa Mandioca and Fruticultura were evaluated over two years, including improved materials and curated germplasms. Analysis of phenotypic data was conducted, as well as a genomic association analysis, based on the general linear model, mixed linear model, and fixed and random model circulating probability unification. The observed high disease index (ω) was directly correlated with genotype survival, affecting plant height, shoot yield, and fresh root yield. The genotypes were grouped into five clusters, which were classified according to level of root rot resistance (i.e., extremely susceptible, susceptible, moderately susceptible, moderately resistant, and resistant). The 10 genotypes with the best performance in the field were selected as potential progenitors for the development of segregating progenies. Estimates of genomic kinship between these genotypes ranged from -0.183 to 0.671. The genotypes BGM-1171 and BGM-1190 showed the lowest degree of kinship with the other selected sources of resistance. The genotypes BGM-0209, BGM-0398, and BGM-0659 showed negative kinship values with most elite varieties, while BGM-0659 presented negative kinship with all landraces. A genome-wide association analysis detected five significant single nucleotide polymorphisms related to defense mechanisms against biotic and abiotic stresses, with putative association with fresh root yield in soil infested with root rot pathogens. These findings can be utilized to develop molecular selection for root rot resistance in cassava.
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Registro original: |
Embrapa Tabuleiros Costeiros (CPATC) |
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Registro |
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Status |
URL |
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| Registros recuperados : 15 | |
| 1. |  | CRUZ NETO, A. J. da; JESUS, O. N. de; OLIVEIRA, E. J. de; ROSA, R. C. C.; PASSOS, A. R. Avaliação de híbridos de maracujazeiro em sistema orgânico de produção. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA, 8., 2014, Cruz das Almas, Ba. Pesquisa: despertando mentes para a inovação e transformando o futuro : [anais]. Cruz das Almas, BA, Embrapa Mandioca e Fruticultura, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 2. | | SILVA, S. A.; CRUZ, E. M. de O.; REIS, R. V. dos; FERREIRA, C. F.; PASSOS, A. R. Caracterização morfológica e molecular de genótipos de mangaba. Revista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal - SP, v. 35, n. 4, p. 1093-1100, dez. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 3. | | SILVEIRA, S. da; PEIXOTO, C. P.; LEDO, C. A. da S.; PASSOS, A. R.; BORGES, V. P.; BLOISI, L. M. Fenologia e produtividade do amendoim em diferentes épocas de semeadura no Recôncavo Sul Baiano. Phenology and yield of peanut in different sowing seasons in Southern Bahia Recôncavo. Bioscience Journal, Uberlândia, v. 29, n. 3, p. 553-561, May/June 2013| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 4. | | HOHENFELD, C. S.; PASSOS, A. R.; CARVALHO, H. W. L. de; OLIVEIRA, S. A. S. de; OLIVEIRA, E. J. de. Genome-wide association study and selection for field resistance to cassava root rot disease and productive traits. PLos One, v. 17, n. 6, e0270020, June, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura; Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 5. | | PASSOS, A. R.; SILVA, S. A.; SOUZA, C. da S.; SOUZA, C. M. M. de; FERNANDES, L. dos S. Parâmetros genéticos de caracteres agronômicos em genótipos de mamoneira. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 45, n. 7, p. 709-714, jul. 2010 Título em inglês: Genetic parameters of agronomic traits in castor bean genotypes.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 6. | | SILVEIRA, P. S. da; PEIXOTO, C. P.; LEDO, C. A. da S.; PASSOS, A. R.; BLOISI, A. M.; BORGES, V. P. Componentes de produção de amendoim em diferentes épocas de semeadura e densidades de plantas. Magistra, Cruz das Almas-BA, v. 25, n. 3/4, p.182-190, jul./dez., 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 7. | | JESUS, O. N. de; CRUZ NETO, A. J. da; SOARES, T. L.; LIMA, L. K. S.; GIRARDI, E. A.; PASSOS, A. R. Phenotypic and environmental correlations based on the physical and chemical fruit traits of Passiflora edulis Sims hybrids grown in different environments. Fruits, v. 77, n. 2, p.1-10, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 8. | | SOUSA, C. da S.; SILVA, S. A.; SOUZA, D. R. de; LEDO, C. A. da S.; PASSOS, A. R.; FERNANDES, L. dos S.; SANTOS, V. J. dos; OLIVEIRA, V. S. Componentes principais de caracteres silviculturais de jenipapeiros oriundos de quatro procedências do Recôncavo Baiano. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: Incaper, 2009. 1 CD-ROM. pdf 2818| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 9. | | CRUZ NETO, A. J. da; ROSA, R. C. C.; OLIVEIRA, E. J. de; SAMPAIO, S. R.; SANTOS, I. S. dos; SOUZA, P. U.; PASSOS, A. R.; JESUS, O. N. de. Genetic parameters, adaptability and stability to selection of yellow passion fruit hybrids. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 16, p.-321-329, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia; Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 10. | | PASSOS, A. R.; SILVA, S. A.; CRUZ, P. J.; ROCHA, M. de M.; CRUZ, E. M. de O.; ROCHA, M. A. C. da; BAHIA, H. F.; SALDANHA, R. B. Divergência genética em feijão-caupi. Bragantia, Campinas, v. 66, n. 4, p. 579-586, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - C |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 11. | | ROCHA, M. de M.; SILVA, K. J. D. e; MENEZES JUNIOR, J. A. de; CARVALHO, H. W. L. de; COSTA, A. F. da; LIMA, J. M. P. de; SANTOS, J. F. dos; BERTINI, C. H. C. de M.; PASSOS, A. R.; MORAIS, O. M. Adaptabilidade e estabilidade produtiva de genótipos de feijão-caupi semieretos na região Nordeste do Brasil via procedimento REML/BLUP. In: CONGRESSO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 4., 2016, Sorriso. Feijão-caupi: avanços e desafios tecnológicos e de mercado: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2016. p. 124. Na publicação: Kaesel Jackson Damasceno-Silva.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 12. | | SILVA, K. J. D. e; ROCHA, M. de M.; MENEZES JUNIOR, J. A. de; CARVALHO, H. W. L. de; COSTA, A. F. da; LIMA, J. M. P. de; SANTOS, J. F. dos; BERTINI, C. H. C. de M.; PASSOS, A. R.; MORAIS, O. M. Adaptabilidade e estabilidade produtiva de genótipos de feijão-caupi semiprostrados na região Nordeste do Brasil via procedimento REML/BLUP. In: CONGRESSO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 4., 2016, Sorriso, MT. Feijão-caupi: avanços e desafios tecnológicos e de mercado: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2016. p. 128.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 13. | | ROCHA, M. de M.; SILVA, K. J. D. e; MENEZES JUNIOR, J. A. de; COSTA, A. F. da; CARVALHO, H. W. L. de; SANTOS, J. F. dos; LIMA, J. M. P. de; BERTINI, C. H. C. de M.; PASSOS, A. R. Seleção simultânea para produtividade, adaptabilidade e estabilidade de linhagens elite de feijão-caupi no Nordeste brasileiro. In: CONGRESSO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 5., 2019, Fortaleza. Sustentabilidade e inovações tecnológicas para o feijão-caupi: desafios e perspectivas: anais. Fortaleza: Universidade Federal do Ceará: Embrapa Meio-Norte, 2019. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 14. | | ROCHA, M. de M.; SILVA, K. J. D. e; MENEZES JUNIOR, J. A. de; CARVALHO, H. W. L. de; COSTA, A. F. da; LIMA, J. M. P. de; SANTOS, J. F. dos; BERTINI, C. H. C. de M.; PASSOS, A. R.; MORAIS, O. M. Yield adaptability and stability of semi-erect cowpea genotypes in the Northeast region of Brazil by REML/BLUP. Revista Ciência Agronômica, v. 48, n. 5, Esp., p. 862-871, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 15. | | ROCHA, M. de M.; SILVA, K. J. D. e; MENEZES JUNIOR, J. A. de; CARVALHO, H. W. L. de; COSTA, A. F. da; LIMA, J. M. P. de; SANTOS, J. F. dos; BERTINI, C. H. C. de M.; PASSOS, A. R.; MORAIS, O. M. Yield adaptability and stability of semi-prostrate cowpea genotypes in the Northeast region of Brazil by REML/BLUP. Revista Ciência Agronômica, v. 48, n. 5, Esp., p. 879-888, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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