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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
04/09/2015 |
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Data da última atualização: |
20/06/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FONSECA, F. C. de A.; FIRMINO, A. A. P.; MACEDO. L. L. P. de; COELHO, R. R.; SOUSA JÚNIOR, J. D. A. de; SILVA JUNIOR, O. B.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; GÓIS, L. A. B. de; SILVA, M. C. M. da; SA, M. F. G. de. |
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Afiliação: |
FERNANDO CAMPOS DE ASSIS FONSECA, UnB; ALEXANDRE AUGUSTO PEREIRA FIRMINO, UnB; LEONARDO LIMA PEPINO DE MACEDO, UnB; ROBERTA RAMOS COELHO; JOSÉ DIJAIR ANTONINO DE SOUSA JÚNIOR, UnB; ORZENIL BONFIM SILVA-JUNIOR, UnB; ROBERTO COITI TOGAWA, CENARGEN; GEORGIOS JOANNIS PAPPAS JUNIOR, Unb; LUIZ AVELAR BRANDÃO DE GÓIS, USINA TRUNFO, ALAGOAS; MARIA CRISTINA MATTAR DA SILVA, CENARGEN; MARIA FATIMA GROSSI DE SA, CENARGEN. |
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Título: |
Sugarcane giant borer transcriptome analysis and identification of genes related to digestion. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Plos One, fev., 2015. |
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DOI: |
10.1371/journal.pone.0118231 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Sugarcane is a widely cultivated plant that serves primarily as a source of sugar and ethanol. Its annual yield can be significantly reduced by the action of several insect pests including the sugarcane giant borer (Telchin licus licus), a lepidopteran that presents a long life cycle and which efforts to control it using pesticides have been inefficient. Although its economical relevance, only a few DNA sequences are available for this species in the Gen-Bank. Pyrosequencing technology was used to investigate the transcriptome of several developmental stages of the insect. To maximize transcript diversity, a pool of total RNA was extracted from whole body insects and used to construct a normalized cDNA database. Sequencing produced over 650,000 reads, which were de novo assembled to generate a reference library of 23,824 contigs. After quality score and annotation, 43% of the contigs had at least one BLAST hit against the NCBI non-redundant database, and 40% showed similarities with the lepidopteran Bombyx mori. In a further analysis, we conducted a comparison with Manduca sexta midgut sequences to identify transcripts of genes involved in digestion. Of these transcripts, many presented an expansion or depletion in gene number, compared to B. mori genome. From the sugarcane giant borer (SGB) transcriptome, a of aminopeptidase N (APN) cDNAs were characterized based on homology to those reported as Cry toxin receptors. This is the first report that provides a large-scale EST database for the species. Transcriptome analysis will certainly be useful to identify novel developmental genes, to better understand the insect?s biology and to guide the development of new strategies for insect-pest control. MenosSugarcane is a widely cultivated plant that serves primarily as a source of sugar and ethanol. Its annual yield can be significantly reduced by the action of several insect pests including the sugarcane giant borer (Telchin licus licus), a lepidopteran that presents a long life cycle and which efforts to control it using pesticides have been inefficient. Although its economical relevance, only a few DNA sequences are available for this species in the Gen-Bank. Pyrosequencing technology was used to investigate the transcriptome of several developmental stages of the insect. To maximize transcript diversity, a pool of total RNA was extracted from whole body insects and used to construct a normalized cDNA database. Sequencing produced over 650,000 reads, which were de novo assembled to generate a reference library of 23,824 contigs. After quality score and annotation, 43% of the contigs had at least one BLAST hit against the NCBI non-redundant database, and 40% showed similarities with the lepidopteran Bombyx mori. In a further analysis, we conducted a comparison with Manduca sexta midgut sequences to identify transcripts of genes involved in digestion. Of these transcripts, many presented an expansion or depletion in gene number, compared to B. mori genome. From the sugarcane giant borer (SGB) transcriptome, a of aminopeptidase N (APN) cDNAs were characterized based on homology to those reported as Cry toxin receptors. This is the first report that provides a large-scale EST d... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Broca Gigante; Controle Biológico; Praga. |
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Categoria do assunto: |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/129096/1/journal.pone.0118231.pdf
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Marc: |
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520 $aSugarcane is a widely cultivated plant that serves primarily as a source of sugar and ethanol. Its annual yield can be significantly reduced by the action of several insect pests including the sugarcane giant borer (Telchin licus licus), a lepidopteran that presents a long life cycle and which efforts to control it using pesticides have been inefficient. Although its economical relevance, only a few DNA sequences are available for this species in the Gen-Bank. Pyrosequencing technology was used to investigate the transcriptome of several developmental stages of the insect. To maximize transcript diversity, a pool of total RNA was extracted from whole body insects and used to construct a normalized cDNA database. Sequencing produced over 650,000 reads, which were de novo assembled to generate a reference library of 23,824 contigs. After quality score and annotation, 43% of the contigs had at least one BLAST hit against the NCBI non-redundant database, and 40% showed similarities with the lepidopteran Bombyx mori. In a further analysis, we conducted a comparison with Manduca sexta midgut sequences to identify transcripts of genes involved in digestion. Of these transcripts, many presented an expansion or depletion in gene number, compared to B. mori genome. From the sugarcane giant borer (SGB) transcriptome, a of aminopeptidase N (APN) cDNAs were characterized based on homology to those reported as Cry toxin receptors. This is the first report that provides a large-scale EST database for the species. Transcriptome analysis will certainly be useful to identify novel developmental genes, to better understand the insect?s biology and to guide the development of new strategies for insect-pest control.
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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| Registros recuperados : 110 | |
| 81. |  | BRASILEIRO, A. C. M.; MORGANTE, C. V.; SILVA, A. K.; MARTINS, A. C. Q.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; SILVA JUNIOR, O. B. da; BERTIOLI, D. J.; BERTIOLI, S. C. de M. L.; GUIMARAES, P. M. Next Generation Sequencing (NGS) for discovery of droughtresponsive genes in wild Arachis. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 3., 2011, Ilhéus. Resumos... Ribeirão Preto: SBG, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 82. | | MÜLLER, B. S. F.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; ABREU, A. G.; BORBA, T. C. O.; SAKAMOTO, T.; BRONDANI, C.; BARROS, E. G.; VIANELLO, R. P. An operational SNP panel integrated to SSR marker for the assessment of genetic diversity and population structure of the common bean. Plant Molecular Biology Reporter, v. 33, n. 6, p. 1697-1711, Dec. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 83. | | PASQUALI, G.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; BASTOLLA, F. M.; VOM ENDT, D.; BRONDANI, R. V.; COELHO, A. S. G.; BROMMONSCHENKEL, S. H.; PEREIRA, G. A. G.; CASCARDO, J. C. M.; GRATTAPAGLIA, D. Microarray analysis of eucalyptus gene expression. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 35., 2006, Águas de Lindóia, SP. Programas e resumos... São Paulo: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2006. Não paginado.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 84. | | PETROLI, C. D.; SANSALONI, C. P; CARLING, J.; STEANE, D. A.; VAILLANCOURT, R. E.; MYBURG, A. M.; SILVA JUNIOR, O. B. da; PAPPAS JUNIOR, G. J.; KILIAN, A.; GRATTAPAGLIA, D. Genomic characterization of DArT markers based on high-density linkage analysis and physical mapping to the Eucalyptus genome. PLoS ONE, v. 7, n. 9, set. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 85. | | ARAÚJO, J. F.; CASTRO, A. R. de; COSTA, M. M. do C.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; QUIRINO, B. F.; BUSTAMANTE, M. M. C.; WILLIAMSON, L.; HANDELSMAN, J.; KRUGER, R. H. Characterization of soil bacterial assemblies in Brazilian Savanna-Like vegetation reveals acidobacteria dominance. Microbial Ecology, v. 64, p. 760-770, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 86. | | FARIA, B. M. S. de; MENEZES, I. P. P. de; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; COELHO, G. R. C.; BORBA, T. C. de O.; ABREU, A. G. de; BRONDANI, C.; BARROS, E. G. de; VIANELLO, R. P. Análise da diversidade genética e estruturação populacional entre marcadores SSRs e SNPs em germoplasma de feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 57-60.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 87. | | PASQUALI, G.; BASTOLLA, F. M.; KIRCH, R. P.; PIZZOLI, G.; ROESLER, G. A.; PAZZINI, F.; CARAZZOLLE, M. F.; BRONDANI, R. V.; COELHO, A. S. G.; BROMMONSCHENKEL, S. H.; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; PEREIRA, G. A. G.; CASCARDO, J. C. M.; GRATTAPAGLIA, D. Expressão gênica em Eucalyptus. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 51., 2005, Águas de Lindóia, SP. A era da genômica: da bioestatística à bioinformática: anais. Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2005. p. 508.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 88. | | RESENDE, M. D. V. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; SANSALONI, C. P.; PETROLI, C. D.; MISSIAGGIA, A. A.; AGUIAR, A. M.; ABAD, J. M.; TAKAHASHI, E. K.; ROSADO, A. M.; FARIA, D. A.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; KILIAN, A.; GRATTAPAGLIA, D. Genomic selection for growth and wood quality in Eucalyptus: capturing the missing heritability and accelerating breeding for complex traits in forest trees. New Phytologist, v. 194, p. 116-128, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 89. | | BASTOLLA, F. M.; VOM ENDT, D.; JAHNS, M.; PIZZOLI, G.; PAZZINI, F.; KIRCH, R. P.; CARAZZOLE, M. F.; BRONDANI, R. V.; COELHO, A. S. G.; BROMMONSCHENKEL, S. H.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D.; CASCARDO, J. C. M.; PASQUALI, G. Differential gene expression in two Eucalyptus species. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 52., 2006, Foz do Iguaçu, PR. Resumos... Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2006. p. 1123.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 90. | | HIPPOLYTE, I.; BAKRY, F.; SEGUIN, M.; GARDES, L.; RIVALLAN, R.; RISTERUCCI, A. M.; JENNY, C.; PERRIER, X.; CARREEL, F.; ARGOUT, X.; PIFFANELLI, P.; KHAN, I. A.; MILLER, R. N. G.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; MBÉGUIÉ-A-MBÉGUIÉ, D.; MATSUMOTO, T.; BERNARDINIS, V. de; HUTTNER, E.; KILIAN, A; BAURENS, F. C.; D'HONT, A.; COTE, F.; COURTOIS, B.; GLASZMANN, J. C. A saturated SSR/DArT linkage map of Musa acuminata addressing genome rearrangements among bananas. BMC Plant Biology, v. 10, n. 65, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 91. | | FONSECA, F. C. de A.; FIRMINO, A. A. P.; MACEDO. L. L. P. de; COELHO, R. R.; SOUSA JÚNIOR, J. D. A. de; SILVA JUNIOR, O. B.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; GÓIS, L. A. B. de; SILVA, M. C. M. da; SA, M. F. G. de. Sugarcane giant borer transcriptome analysis and identification of genes related to digestion. Plos One, fev., 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 92. | | MIOTTO, Y. E.; TESSELE, C.; CZERMAINSKI, A. B. C.; PORTO, D. D.; FALAVIGNA, V. da S.; SARTOR, T.; CATTANI, A. M.; DELATORRE, C. A.; ALENCAR, S. A. de; SILVA JUNIOR, O. B. da; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; GRYNBERG, P.; OLIVEIRA, P. R. D. de; KVITSCHAL, M. V.; DENARDI, F.; BUFFON, V.; REVERS, L. F. Spring is coming: genetic analyses of the bud break date locus reveal candidate genes from the cold perception pathway to dormancy release in apple (Malus x domestica Borkh.) Frontiers in Plant Science, v. 10, article 33, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido; Embrapa Uva e Vinho. |
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| 93. | | MILLER, R. N. G.; PASSOS, M. A. N.; IMEDIATO, F. L.; CRUZ, V. O.; TEIXEIRA, C. de C.; FIGUEIREDO, L. F. de A.; MARTINS, N. F.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; SILVA JUNIOR, O. B. da; PAPPAS JUNIOR, G. J. Keynote: understanding plant immunity: transcriptome profiling in Musa-pathogen interactions using next generation sequencing. In: PROMUSA SYMPOSIUM, 2011, Salvador. Bananas and plantains: toward sustainable global production and improved uses: abstracts. [Montepellier.]: [Bioversity International, 2011. p. 116-117.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 94. | | MARTINS, A. C. Q.; MORGANTE, C. V.; SILVA, A. K.; GALHARDO, I. C.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; SILVA JUNIOR, O. B. da; BERTIOLI, S. C. de M. L.; BERTIOLI, D. J.; MILLER, R. N. G.; BRASILEIRO, A. C. M.; GUIMARAES, P. M. Large scale transcriptome analysis of wild peanut (Arachis stenosperma) inoculated with Passalora personata, the causal agent of late leaf spot. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE PEANUT RESEARCH COMMUNITY ON ADVANCES IN ARACHIS THROUGH GENOMICS AND BIOTECNOLOGY, 5., 2011, Brasília, DF. Book of abstracts... Brasília, DF: Embrapa Genetic Researces and Biotecnology, 2011. p. 76.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 95. | | MARTINS, A. C. Q.; MORGANTE, C. V.; SILVA, A. K.; GALHARDO, I. C.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; SILVA JUNIOR, O. B. da; BERTIOLI, S. C. de M. L.; BERTIOLI, D. J.; MILLER, R. N. G.; BRASILEIRO, A. C. M.; GUIMARAES, P. M. Large scale transcriptome analysis of wild peanut (Arachis stenosperma) inoculated with Passalora personata, the causal agent of late leaf spot. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE PEANUT RESEARCH COMMUNITY ON ADVANCES IN ARACHIS THROUGH GENOMICS AND BIOTECNOLOGY, 5., 2011, Brasília, DF. Book of abstracts... Brasília, DF: Embrapa Genetic Researces and Biotecnology, 2011. p. 76.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 96. | | REVERS, L. F.; PORTO, D. D.; FALAVIGNA, V. da S.; BRUNEAU, M.; ANZANELLO, R.; TESSELE, C.; ALENCAR, S. A. de; CZERMAINSKI, A. B. C.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; RENOU, J.-P.; FIALHO, F. B.; SANTOS, H. P. dos; DENARDI, F.; KVITSCHAL, M. V.; PASQUALI, G.; MARGIS, M. M. A. N. P.; DELATORRE, C. A.; OLIVEIRA, P. R. D. de. Integrating genetics, genomics and modeling of bud dormancy to improve apple adaptation to climatic changes. In: INTERNATIONAL PLANT DORMANCY SYMPOSIUM, 5., Auckland, 2013. [Abstract and programme book]. [S.l.: ISSS: Plant & Food Research, 2013]. p. 77. Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 97. | | KIRCH, R. P.; SCHWAMBACH, J.; BASTOLLA, F. M.; PAZZINI, F.; PIZZOLI, G.; ROESLER, G. A.; MIRANDA, R. P.; CARAZZOLLE, M. F.; BRONDANI, R. V.; COELHO, A. S. G.; GRATTAPAGLIA, D.; BROMMONSCHENKEL, S. H.; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; PEREIRA, G. A. G.; FETT-NETO, A. G.; CASCARDO, J. C. M.; PASQUALI, G. Projeto Genolyptus: seqüenciamento e análise de transcritos de plântulas de Eucalyptus grandis submetidos a diferentes estímulos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 51., 2005, Águas de Lindóia, SP. A era da genômica: da bioestatística à bioinformática: anais. Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2005. p. 528.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 98. | | FERREIRA, C. F.; AMORIM, E. P.; SILVA, P. H.; SANTOS, V. J.; VILARINHOS, A. D.; CIAMPI, A. Y.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; PAPPAS, M. de C. R.; SOUZA JUNIOR, M. T.; SANTOS, V. J. dos; MILLER, R. N. G; AZEVEDO, V. C. R. Optimization and validation of SSR Markers in banana. In: INTERNATIONAL HORTICULTURAL CONGRESS, 28., 2010, Lisboa. Science and horticulture for people: programme & book of abstracts. Lisboa: ISHS, 2010. 1 CD-ROM. 2 p.759. PDF. S18.208.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 99. | | FIRMINO, A. A. P.; FONSECA, F. C. de A.; MACEDO, L. L. P. de; COELHO, R. R.; SOUZA JÚNIOR, J. D. A. de; TOGAWA, R. C.; SILVA JUNIOR, O. B. da; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; SILVA, M. C. M. da; ENGLER, G.; GROSI DE SÁ, M. F. Transcriptome analysis in cotton Boll Weevil (Anthonomus grandis) and RNA interference in insect pests. Plos One, v. 8, n. 12, e85079, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 100. | | BENEVENTI, M. A.; SILVA JUNIOR, O. B. da; SÁ, M. E. L. de; FIRMINO, A. A. P.; AMORIM, R. M. S. de; ALBUQUERQUE, E. V. S.; SILVA, M. C. M. da; SILVA, J. P. da; CAMPOS, M. de A.; LOPES, M. J. C.; TOGAWA, R. C.; PAPPAS JÚNIOR, G. J.; GROSSI DE SÁ, M. F. Transcription profile of soybean-root-knot nematode interaction reveals a key role of phythormones in the resistance reaction. BMC Genomics, v. 14: 322, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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