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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Leite. Para informações adicionais entre em contato com cnpgl.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
17/07/2023 |
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Data da última atualização: |
22/08/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ROCHA, R. de F. B.; GARCIA, A. O.; OTTO, P. I.; SANTOS, M. G. dos; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; GUIMARÃES, S. E. F. |
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Afiliação: |
RENATA DE FÁTIMA BRETANHA ROCHA, Universidade Federal de Viçosa; ARIELLY OLIVEIRA GARCIA, Universidade Federal de Viçosa; PAMELA ITAJARA OTTO, Universidade Federal de Santa Maria; MATEUS GUIMARÃES DOS SANTOS, Universidade Federal de Viçosa; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; MARTA FONSECA MARTINS, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; JOAO CLAUDIO DO CARMO PANETTO, CNPGL; SIMONE ELIZA FACIONI GUIMARÃES, Universidade Federal de Viçosa. |
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Título: |
Single-step genome-wide association studies and post-GWAS analyses for the number of oocytes and embryos in Gir cattle. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Mammalian Genome, v. 34, p. 497-508, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s00335-023-10009-0 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genome-Wide Association Studies (GWAS) are used for identifcation of quantitate trait loci (QTL) and genes associated with several traits. We aimed to identify genomic regions, genes, and biological processes associated with number of total and viable oocytes, and number of embryos in Gir dairy cattle. A dataset with 17,526 follicular aspirations, including the following traits: number of viable oocytes (VO), number of total oocytes (TO), and number of embryos (EMBR) from 1641 Gir donors was provided by fve diferent stock farms. A genotype fle with 2093 animals and 395,524 SNP markers was used to perform a single-step GWAS analysis for each trait. The top 10 windows with the highest percentage of additive genetic variance explained by 100 adjacent SNPs were selected. The genomic regions identifed in our work were overlapped with QTLs from QTL database on chromosomes 1, 2, 5, 6, 7, 8, 9, 13, 17, 18, 20, 21, 22, 24, and 29. These QTLs were classifed as External, Health, Meat and carcass, Production or Reproduction traits, and about 38% were related to Reproduction. In total, 117 genes were identifed, of which 111 were protein-coding genes. Exclusively associations were observed for 42 genes with EMBR, and 1 with TO. Also, 42 genes were in common between VO and TO, 28 between VO and EMBR, and four genes were in common among all traits. In conclusion, great part of the identifed genes plays a functional role in initial embryo development or general cell functions. The protein-coding genes ARNT, EGR1, HIF1A, AHR, and PAX2 are good markers for the production of oocytes and embryos in Gir cattle. MenosGenome-Wide Association Studies (GWAS) are used for identifcation of quantitate trait loci (QTL) and genes associated with several traits. We aimed to identify genomic regions, genes, and biological processes associated with number of total and viable oocytes, and number of embryos in Gir dairy cattle. A dataset with 17,526 follicular aspirations, including the following traits: number of viable oocytes (VO), number of total oocytes (TO), and number of embryos (EMBR) from 1641 Gir donors was provided by fve diferent stock farms. A genotype fle with 2093 animals and 395,524 SNP markers was used to perform a single-step GWAS analysis for each trait. The top 10 windows with the highest percentage of additive genetic variance explained by 100 adjacent SNPs were selected. The genomic regions identifed in our work were overlapped with QTLs from QTL database on chromosomes 1, 2, 5, 6, 7, 8, 9, 13, 17, 18, 20, 21, 22, 24, and 29. These QTLs were classifed as External, Health, Meat and carcass, Production or Reproduction traits, and about 38% were related to Reproduction. In total, 117 genes were identifed, of which 111 were protein-coding genes. Exclusively associations were observed for 42 genes with EMBR, and 1 with TO. Also, 42 genes were in common between VO and TO, 28 between VO and EMBR, and four genes were in common among all traits. In conclusion, great part of the identifed genes plays a functional role in initial embryo development or general cell functions. The protein-co... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Associação genômica. |
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Thesagro: |
Bovino; Embrião Animal; Gado Gir; Genética Animal. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
LEADER 02508naa a2200289 a 4500
001 2154972
005 2023-08-22
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 154 | |
| 81. |  | SEGNINI, A.; MILORI, D. M. B. P.; SIMÕES, M. L.; SILVA, W. T. L.; PRIMAVESI, O.; MARTIN-NETO, L. Potencial de seqüestro de carbono em área de pastagem de Brachiaria Decumbens. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 31., 2007, Gramado, RS. Conquistas e desafios da ciência do solo brasileira. Anais... Porto Alegre: SBCS, 2007. não paginado. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 82. | | SEGNINI, A.; MILORI, D. M. B. P.; SIMOES, M. L.; SILVA, W. T. L.; PRIMAVESI, O.; MARTIN-NETO, L. Potencial de seqüestro de carbono em área de pastagem de Brachiaria decumbes. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 31., 2007, Gramado, RS. Conquistas e desafios da ciência do solo brasileira. Livro de resumos... Porto Alegre: SBCS, 2007. p. 126| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 83. | | SEGNINI, A.; MILORI, D. M. B. P.; SIMÕES, M. L.; SILVA, W. T. L.; PRIMAVESI, O.; MARTIN-NETO, L. Potencial de seqüestro de carbono em áreas de pastagem de Brachiaria decumbes. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 31., 2007, Gramado. Conquistas e desafios da Ciência do Solo brasileira: anais. Gramado: SBCS, 2007. 1 CD-ROM. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 31., 2007, Gramado. Conquistas e desafios da Ciência do Solo brasileira: resumos. Gramado: SBCS, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 85. | | GARBIN, J. R.; MILORI, D. M. B. P.; SIMÕES, M. L.; SILVA, W. T. L. DA; MARTIN-NETO, L. Spectroscopical analysis of humic acids influence over the photolysis of aqueous pesticide residues. In: INTERNATIONAL MEETING OF INTERNATIONAL HUMIC SUBSTANCES SOCIETY. -- IHSS, 12, São Pedro, SP, 2004. Humic substances and soil and water environment. Abstracts...[São Carlos], SP: Embrapa Instrumentação Agropecuária, 2004. p. 78.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 87. | | FIALHO, L. L.; SIMÕES, M. L.; SILVA, W. T. L. da; MILORI, D. M. B. P.; MARTIN-NETO, L. Utilização da ressonância paramagnética eletrônica (RPE) no monitoramento do processo de compostagem de resíduos orgânicos. In: ENCONTRO NACIONAL DE QUIMICA ANALITICA, 14., 2007, João Pessoa, PB. Resumos... [Rio de Janeiro : ENQA, 2007]. Não paginado. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 88. | | SANTOS L. M. dos; NARIMOTO, K. M.; SILVA, W. T. L. da; SIMÕES, M. L.; MILORI, D. M. B. P.; MELO, W. J. de; MARTIN NETO, L. Avaliação das alterações químicas da matéria orgânica de solos tropicais submetidos à adição de lodo de esgoto em um experimento de longa duração. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 27.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 11.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 9.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 6., 2006, Bonito. Fertbio 2006: a busca das raízes. Anais... Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste, 2006. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 89. | | NARIMOTO, K. M.; SANTOS, L. M. dos; SIMÕES, M. L.; SILVA, W. T. L. da; MILORI, D. M. B. P.; MARTIN-NETO, L.; MELO, W. J. de. Avaliação da matéria orgânica de um argissolo submetido à adição de lodo de esgoto por técnicas químicas e espectroscópicas em um experimento de curta duração. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 27.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 11.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 9.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 6., 2006, Bonito. Fertbio 2006: a busca das raízes. Anais... Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste, 2006. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 90. | | CUNHA, T. J. F.; BASSOI, L. H.; SIMOES, M. L.; MARTIN NETO, L.; PETRERE, V. G.; RIBEIRO, P. R. de A. Ácidos húmicos em solo fertirrigado no Vale do São Francisco. Revista Brasileira de Ciência do Solo, Viçosa, MG, v. 33, p. 1583-1592, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 92. | | OLIVEIRA, L. C. de; SARGENTINI JUNIOR, E.; ROCHA, J. C.; SANTOS, A. dos; SIMÕES, M. L.; MARTIN-NETO, L.; ROSA, A. H. Correlação entre concentração de mercúrio e grau de humidificação de substâncias húmicas aquáticas extraídas do Rio Negro-AM. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE QUÍMICA, 29., 2006, Águas de Lindóia, SP. Anais... Águas de Lindóia: SBQ, 2006. não paginado. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 93. | | DICK, D. P.; GONÇALVES, C. N.; DALMOLIN, R. S. D.; KNICKER, H.; KLAMT, E.; KÖGEL-KNABNER, I.; SIMÕES, M. L.; MARTIN-NETO, L. Characteristics of soil organic matter of different Brazilian ferrasols under native vegetation as a function of soil depth. Geoderma: an international journal of soil science , Amsterdam, v. 124, n. 3-4, p. 319-333, Feb. 2005. Disponível em: . Acesso em: 10 jan. 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 94. | | SANTOS, L. M. dos; MILORI, D. M. B. P.; SIMOES, M. L.; SILVA, W. T. L. da; PEREIRA-FILHO, E. R.; MELO, W. J. de; MARTIN NETO, L. Characterization by fluorescence of organic matter from oxisols under sewage sludge applications. Soil Science Society of America Journal, Madison, v. 74, n. 1, p. 94-104, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 95. | | COGO, S. L.; BRINATTI, A. M.; SAAB, S. C.; SIMOES, M. L.; MARTIN-NETO, L.; ROSA, J. A.; MASCARENHAS, Y. P. Characterization of oil shale residue and rejects from irati formation by electron paramagnetic resonance. Brazilian Journal of physics, v. 39, n. 1, p. 31-34, 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 96. | | SANTOS, L. M.; SIMOES, M. L.; SILVA, W. T. L. da; MELO, W. J. de; MILORI, D. M. B. P.; MARTIN NETO, L.; FIALHO, L. L. Caracterização de lignina, resíduos, compostos e solos tratados com resíduos por ressonância paramagnética eletrônica. In: MILORI, D. M. B. P.; MARCONCINI, J. M.; MARTIN NETO, L.; BERTUCCI NETO, V.; SILVA, W. T. L. da (Ed.). Caracterização, Aproveitamento e Geração de Novos Produtos de Resíduos Agrícolas, Agroindustriais e Urbanos. São Carlos: Embrapa Instrumentação, 2010. p. 81-86.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 97. | | SANTOS, L. M. dos; SIMOES, M. L.; SILVA, W. T. L. da; MELO, W. J. de; MILORI, D. M. B. P. Caracterização de lodos de esgotos e de solos tratados com esse resíduo. In: MILORI, D. M. B. P.; MARCONCINI, J. M.; MARTIN NETO, L.; BERTUCCI NETO, V.; SILVA, W. T. L. da (Ed.). Caracterização, Aproveitamento e Geração de Novos Produtos de Resíduos Agrícolas, Agroindustriais e Urbanos. São Carlos: Embrapa Instrumentação, 2010. p. 87-92.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 98. | | FAUSTINO, A. S.; NARIMOTO, K. M.; SILVA, W. T. L. da; NOGUEIRA, A. R. A.; SIMÕES, M. L.; NOVAES, A. P.; M. NETO, L. Caracterização da matéria orgânica de efluente produzido por fossa séptica biodigestora utilizando espectroscopia de infravermelho. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE QUÍMICA, 29., 2006, Águas de Lindóia, SP. Anais... Águas de Lindóia: SBQ, 2006. não paginado. 1 CD-ROM. ENTRADA PADRONIZADA: MARTIN NETO, L.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 99. | | SILVA, W. T. L. da; NARIMOTO, K. M.; NOGUEIRA, A. R. de A.; SIMOES, M. L.; NOVAES, A. P. de; MARTINS NETO, L.; FAUSTINO, A. S. Caracterização da matéria orgânica de efluente produzido por fossa séptica biodigestora utilizando espectroscopia de infravermelho. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE QUÍMICA, 29., 2006, Águas de Lindóia, SP. Anais... Águas de Lindóia: SBQ, 2006. 1p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 100. | | FERREIRA, J. A.; SIMÕES, M. L.; MILORI, D. M. B. P.; MARTIN NETO, L.; HAYES, M. H. B.; MAO, J.; SCHMIDT-ROHR, K. Caracterização Espectroscópica da Matéria Orgânica do Solo. São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação Agropecuária, 2004. 3 p. (Embrapa Instrumentação Agropecuária. Circular Técnica, 24).| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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