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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
09/01/2020 |
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Data da última atualização: |
09/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
CAETANO, A. R.; IANELLA, P.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B. |
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Afiliação: |
ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, Cenargen; PATRICIA IANELLA, Cenargen; EDUARDO SOUSA VARELA, CNPASA; SAMUEL REZENDE PAIVA, Cenargen; FRANCISCO PEREIRA LOBO; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA. |
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Título: |
Genome sequencing and de novo assembly of tambaqui (Colossoma macropomum). |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
In: AQUACULTURE, 2019, New Orleans. Aquaculture: the big choice! abstracts. [S.l.: s.n.], 2019. |
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Páginas: |
p. 182. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most important native aquaculture species in Brazil. Current production levels are above 150,000 mt per year. Recent efforts to domesticate, breed and raise the species in aquaculture systems has led to significant increases in production (>10-fold) over the last decade, and development of new technologies based on genomic tools and information could help further increase productivity and production growth rates. A Tambaqui genome assembly was generated with data produced from shotgun libraries from two different insert sizes and matepair libraries with four different sizes sequenced (2x150bps) with a HiSeq2000 platform. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.5pg = 1.467Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 8.920 scaffolds spanning 1.54 Gbps (N50 scaffold length: 2,041kb, L50 scaffold count: 162). Gene model predictions with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa found 23,632 genes, ~20,000 shared with A. mexicanus. CEGMA analysis (prior to gap filling) detected 85% core genes completely assembled and 9% partially assembled. Tambaqui assembly scaffolds ordering and orientation was carried out using ALLMAPS software based on the available linkage map (LM) (Nunes et al. 2017). A total of 1440 scaffolds were placed in the map with 27 linkage groups (n=x=27), totaling 1,508,696,562bp and 94% (6,788) of all mapped markers, with an average of 4.7 markers per megabase. Of the 6,788 mapped markers, ~93% were anchored, 84.9% in concordance with marker orientation, and 7.1% markers were unplaced. Obtained results reveal a high-quality NGS de novo Tambaqui genome assemble, providing a valuable tool for future genomic studies and the use of genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. MenosThe South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most important native aquaculture species in Brazil. Current production levels are above 150,000 mt per year. Recent efforts to domesticate, breed and raise the species in aquaculture systems has led to significant increases in production (>10-fold) over the last decade, and development of new technologies based on genomic tools and information could help further increase productivity and production growth rates. A Tambaqui genome assembly was generated with data produced from shotgun libraries from two different insert sizes and matepair libraries with four different sizes sequenced (2x150bps) with a HiSeq2000 platform. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.5pg = 1.467Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 8.920 scaffolds spanning 1.54 Gbps (N50 scaffold length: 2,041kb, L50 scaffold count: 162). Gene model predictions with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa found 23,632 genes, ~20,000 shared with A. mexicanus. CEGMA analysis (prior to gap filling) detected 85% core genes completely assembled and 9% partially assembled. Tambaqui assembly scaffolds ordering and orientation was carried out using ALLMAPS software based on the available linkage map (LM) (Nunes et al. 2017). A total of 1440 ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática. |
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Thesagro: |
Colossoma Macropomum; Tambaqui. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Genome assembly. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| 162. |  | PAIXÃO. D. M.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S.; PEREIRA, M. S.; PAIVA, S. R.; FARIA, D. A. de; FONSECA, I. Análises de locos tipo microssatélite para prospecção de QTLS nos cromossomos 16, 17 e 18 de suínos. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 42., 2005, Goiânia, GO. A produção animal e o foco no agronegócio. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2005. Paginação irregular.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 163. | | IANELLA, P.; BIAZIO, G. R.; FACO, O.; SILVA, K. de M.; RAMOS, A. F.; MUNIZ, M. M. M.; CAETANO, A. R.; MARIANTE, A. da S.; PAIVA, S. R. Análise da variabilidade genética do banco de germoplasma da raça Morada Nova. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA E O CARIBE, 10., 2015, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: Aptor Software, 2015. p. 48.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 164. | | ALBUQUERQUE, M. S. M.; PAIVA, S. R.; EGITO, A. A.; MARQUES, J. R. F.; CASTRO, S. T. R.; MARIANTE, A. S. Alocação de indivíduos baseado em genótipos multilocus em grupos genéticos de búfalos criados no Brasil. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, SIRGEALC, 6., 2007, Chapingo, México. Por la valoración de los recursos genéticos para el desarrollo sustentable en América Latina y el Caribe: memoria. Chapingo: Universidad Autónoma Chapingo, 2007. p. 344| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 165. | | ALBUQUERQUE, M. S. M.; PAIVA, S. R.; EGITO, A. A.; MARQUES, J. R. F.; CASTRO, S. T. R.; MARIANTE, A. S. Alocação de indivíduos baseado em genótipos multilocus em grupos genéticos de búfalos criados no Brasil. In: SIMPOSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 6., 2007, Chapingo, México. Por la valoracion de los recursos genéticos para el desarrollo sustentable en América Latina y el Caribe: memória. Chapingo: Universidad Autónoma Chapingo, 2007. p. 344. SIRGEALC.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 166. | | RAMOS, A. F.; MARIANTE, A. da S.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; CASTRO, S. T. R. de; PAIVA, S. R.; PAIVA NETO, M. A.; NASCIMENTO, N. V. do. Banco Brasileiro de Germoplasma Animal: quantitativo do material estocado ate 2013. In. CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014. Resumo. 600. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 167. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; EGITO, A. A. do; PAIVA, S. R.; MARIANTE, A. da S.; CASTRO, S. T. R.; BIAZIO, G. R. de; RAMOS, A. F. Bancos de ADN como herramienta para programas de gestión y conservación ex situ e in situ de recursos zoogenéticos. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENETICOS PARA AMERICA LATINA Y EL CARIBE, 9., 2013, El Salvador. Memoria resúmenes. El Salvador, Centa, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 169. | | BARRETO, M. A.; CHAVES, M. S.; LUZ, V. B.; BARTOLOMEU, C. C.; OLIVEIRA, M. A. L. de; MELO, E. de O.; PAIVA, S. R.; AZEVEDO, H. C. Capacidade reprodutiva natural e potencial de olvelhas FecGe. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TABULEIROS COSTEIROS, 7., 2017, Aracaju. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 170. | | SANTOS, J. R.; MEDRADO, A. S.; MALHADO, C. H. M.; AFFONSO, P. R. A. M.; CARNEIRO, P. L. S.; PAIVA, S. R. Citogenética de raças locais de ovinos (Ovis aries) e caprino (Capra hircus) do estado da Bahia. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 171. | | SILVÉRIO, V. C.; PAIVA, S. R.; EGITO, A. A.; McMANUS, C.; FARIA, D. A.; MARIANTE, A. S.; CASTRO, S. R.; ALBUQUERQUE, M. S. M.; DERGAM, J. A. Caracterização molecular das principais raças de ovinos deslanados do brasil a partir de marcadores moleculares RAPD-PCR. ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENETICOS E BIOTECNOLOGIA, 8., 2003, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2003. p. 65| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 172. | | FELIPE-SILVA, A.S; OLIVEIRA, D. A. A; CARVALHO, D. C. C.; PAIVA, S. R.; KUABARA, M. Y.; VALE FILHO, V. R. Caracterização genética do cão fila brasileiro por meio de marcadores micro-satélites. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. CD-ROM| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 173. | | EGITO, A. A. do; McMANUS, C.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; SERENO, F. T. P. de S.; SANTOS, S. A.; PAIVA, S. R.; MARIANTE, A. da S. Caracterização genética. In: SANTOS, S. A.; SALIS, S. M. de; COMASTRI FILHO, J. A. (Ed.). Cavalo pantaneiro: rústico por natureza. Brasília, DF: Embrapa, 2016. 603 p. p. 231-257| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pantanal; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 174. | | IBELLI, A. M. G.; PAIVA, S. R.; BOLATITO, O.; AKPERE, L.; CASTRO, S. T. R.; OMITOGUN, O. G.; LEDUR, M. C.; MARIANTE, A. da S. Caracterização molecular de galinhas da Nigéria e do Brasil utilizando uma região do D-Loop do DNA mitocondrial. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA E O CARIBE, 10., 2015, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: Aptor Software, 2015. p. 50.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 175. | | IBELLI, A. M. G.; PAIVA, S. R.; BOTATITO, O.; AKPERE, L.; CASTRO, S. T. R.; OMITOGUN, O. G.; LEDUR, M. C.; MARIANTE, A. da S. Caracterização molecular de galinhas da Nigéria e do Brasil utilizando uma região do D-LOOP do DNA mitocondrial. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA A AMÉRICA LATINA E CARIBE, 10., 2015, Bento Gonçalves. Recursos genéticos no século 21: de Vavilov a Svalbard: anais... [S.l.]: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2015. p. 50.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 176. | | CARVALHO, G. M. C.; PAIVA, S. R.; MARIANTE, A. da S.; LEAL, T. M.; LIMA NETO, A. F.; ALMEIDA, M. J. de O.; BALCKBURN, H. D. Características fenotípicas y productivas del ganado curraleiro Pé-Duro del Brasil. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. SIRGEALC.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 177. | | CARVALHO, G. M. C.; PAIVA, S. R.; MARIANTE, A. da S.; LEAL, T. M.; LIMA NETO, A. F.; ALMEIDA, M. J. de O.; BALCKBURN, H. D. Características fenotípicas y productivas del ganado curraleiro Pé-Duro del Brasil. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENETICOS PARA AMERICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito, Ecuador. Resumenes de los trabajos apresentados. Quito: Iniap, 2011. SIRGEALC.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 178. | | AVILA, F. F.; FRANCO, M. M.; PAIVA, S. R.; SOUZA, C. J. H.; MARTINS, N. F.; OLIVEIRA, A. A.; RUMPF, R.; MELO, E. O. Caracterização de SNPs no gene gdf9 em ovinos da raça Santa Inês e sua relação com o aumento de prolificidade. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 10., 2005, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2005. p. 92.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 179. | | LÔBO, A. M. B. O.; LÔBO, R. N. B.; PAIVA, S. R.; OLIVEIRA, S. M. P. de; CUNHA, R. M. S. da. Efeitos de variantes do gene da aromatase sobre caracteristicas de crescimento, reprodutivas e de habilidade materna em ovinos de uma população multirracial. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA. 45., 2008, Lavras, MG. Anais... Lavras: SBZ / UFLA, 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 180. | | LOBO, A. M. B. O.; LOBO, R. N. B.; PAIVA, S. R.; OLIVEIRA, S. M. P. de; CUNHA, R. M. S. da. Efeitos de variantes do gene da aromatase sobre caracteristicas de crescimento, reprotutivas e de habilidade materna em ovinos de uma população multirracial. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 45., 2008, Lavras, MG. Anais... Lavras: SBZ, 2008. 3 f. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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