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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
10/02/2017 |
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Data da última atualização: |
14/06/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; SILVA, N. M. A. da; IANELLA, P.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. |
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Afiliação: |
FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; EDUARDO SOUSA VARELA, CNPASA; ANDERSON LUIS ALVES, CNPASA; NAIARA MILAGRES AUGUSTO DA SILVA, CENARGEN; PATRICIA IANELLA, CENARGEN; SAMUEL REZENDE PAIVA, SRI; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN. |
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Título: |
Genome Sequencing and de novo assembly of the South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer). |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
PAG 2016. Pôster P0481. |
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Conteúdo: |
The South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin with an important role in local community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate and raise the species in aquaculture systems has led to >10-fold production increases in the last decade. Current production levels are >15,000mt/year. Recently stablished initiatives to structure genetic improvement programs for increasing productivity-associated traits could greatly benefit from using genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Multiple shotgun libraries with two different insert sizes and multiple Nextera mate pair libraries with three different sizes were sequenced (2x160bps) with Illumina HiSeq2000 technology. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.12pg = 1.095Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 686.171 scaffolds spanning 1.41 Gbp (N50 scaffold length: 908Kbp, L50 scaffold count: 420). Gene model prediction is underway with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa. This represents the first report of a draft genome sequence for this species, which will be a valuable resource for basic biology studies, and marker detection/selection for use in genetic improvement and resource conservation activities. MenosThe South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin with an important role in local community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate and raise the species in aquaculture systems has led to >10-fold production increases in the last decade. Current production levels are >15,000mt/year. Recently stablished initiatives to structure genetic improvement programs for increasing productivity-associated traits could greatly benefit from using genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Multiple shotgun libraries with two different insert sizes and multiple Nextera mate pair libraries with three different sizes were sequenced (2x160bps) with Illumina HiSeq2000 technology. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.12pg = 1.095Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 686.171 scaffolds spanning 1.41 Gbp (N50 scaffold length: 908Kbp, L50 scaffold count: 420). Gene model prediction is underway with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa. This represents the first report of a draft genome sequence for this species, which will be a valuable resource for basic biology studies, and marker detection/selection for use in genetic improvement and resource ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Genômica; Sequenciamento de genoma. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Genome assembly; Genomics; Sequence analysis. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/140246/1/PAG-p0481.pdf
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Marc: |
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520 $aThe South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin with an important role in local community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate and raise the species in aquaculture systems has led to >10-fold production increases in the last decade. Current production levels are >15,000mt/year. Recently stablished initiatives to structure genetic improvement programs for increasing productivity-associated traits could greatly benefit from using genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Multiple shotgun libraries with two different insert sizes and multiple Nextera mate pair libraries with three different sizes were sequenced (2x160bps) with Illumina HiSeq2000 technology. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.12pg = 1.095Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 686.171 scaffolds spanning 1.41 Gbp (N50 scaffold length: 908Kbp, L50 scaffold count: 420). Gene model prediction is underway with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa. This represents the first report of a draft genome sequence for this species, which will be a valuable resource for basic biology studies, and marker detection/selection for use in genetic improvement and resource conservation activities.
650 $aBioinformatics
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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| Registros recuperados : 250 | |
| 141. |  | NAKASU, E. Y. T.; DIAS, S. C.; PIRES, C. S. S.; ANDOW, D. A.; PAULA, D. P.; TOGNI, P. H. B.; MACEDO, T. R.; SUJII, E. R.; SÁ, M. F. G. de; FONTES, E. M. G. Bitrophic toxicity of Cry1Ac to Cycloneda sanguinea, a predator in Brazilian cotton. Entomologia Experimentalis et Applicata, v. 148, p. 105-115, 2013| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 142. | | OLIVEIRA NETO, O. B.; FARIAS, D. F.; VASCONCELOS, I. M.; PAES, N. S.; MONTEIRO, A. C. S.; SILVA, M. C. M. da; GUIMARÃES, L. M.; CARVALHO, A. F. U.; SA, M. F. G. de. A brief report on some health aspects of rats fed with crescent levels of recombinant chagasin, a potential plant defense protein. Anais da Academia Brasileira de Ciências, v. 84, n. 1, p.185-190, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 143. | | NAKASU, E. Y. T.; FIRMINO, A. A. P.; DIAS, S. C.; ROCHA, T. L.; RAMOS, H. B.; OLIVEIRA, G. R.; LUCENA, W.; CARLINI, C. R.; SA, M. F. G. de. Analysis of Cry8Ka5-binding proteins from Anthonomus grandis (Coleoptera:Curculionidae) midgut. Journal of Invertebrate Pathology, v. 104, p. 227-230, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 144. | | VILLETH, G. R. C.; SANTANA, C. G.; DE SOUZA, E. M.; PEDROSA, F.; CARNEIRO, R. M. D. G.; OLIVEIRA, J. T. A.; SA, M. F. G. de; REIS, A. M. dos. Análise proteômica de raizes de feijão-de-corda infectadas com o nematóide Meloidogyne incognita. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008. p. 342. 1 CD-ROM. Apresentado também no: In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 13., 2008, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. Resumo 025.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 145. | | BARBOSA, A. E. A. D.; LIMA, L. M. de; FRAGOSO, R. da R.; GUIMARÃES, L. M.; SOUZA, D. S. L.; OLIVEIRA NETO, O. B.; PAES, N. CARNEIRO, R.; TOGAWA, R. C.; MARTINS, N. F.; SA, M. F. G. de. Análise de ESTs de raízes de genótipos de algodão contrastantes com resistência e susceptibilidade ao nematóide Meloidogyne incognita. In: WORKSHOP INTERAÇÃO MOLECULAR PLANTA-PRAGAS, 2., 2007, Brasília, DF. II Workshop Interação Molecular Planta-Praga. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. p. 140-143. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 229).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 146. | | OLIVEIRA NETO, O. B. de; BATISTA, J. A. N.; SILVA, R. O. da; FRAGOSO, R. da R.; RIGDEN, D. J.; RIGDEN, L. V. de M.; MONNERAT, R. G.; SA, M. F. G. de. Clonagem de um gene de alfa-amilase de bicudo-do-algodoeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ALGODAO, 3., 2001, Campo Grande. Produzir sempre, o grande desafio: anais. Campina Grande: Embrapa Algodao; Campo Grande: UFMS; Dourados: Embrapa Agropecuaria Oeste, 2001. v.1. p.1-3.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 147. | | PINHEIRO, M. P. N.; MIRANDA, V. DE J.; BATISTA, V. G. L.; PORTO, M. S.; OLIVEIRA NETO, O. B.; SÁ, M. F. G. DE; MELO FILHO, P. A.; SANTOS, R. C. dos; LIMA, L. M. de. Expressão relativa do gene ovu em vários estádios de desenvolvimento de botão floral de algodoeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 6.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 3., 2014, Fortaleza. Energia e segurança alimentar na agricultura familiar: anais. Campina Grande, PB: Embrapa Algodão, 2014. p. 16| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 148. | | GOMES JUNIOR, J. E.; MACEDO, L. L. P.; WERNECK, J. O. S.; SOUZA JUNIOR, J. D. A. de; CRAVEIRO, K. I. C.; SILVA, M. C. M. da; SA, M. F. G. de. Expression of variant CRY1lA12 toxins in Bacillus thuringiensis aiming to control the sugarcane giant borer (Telchin licus licus). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Fortaleza. Programa e resumos. Brasília, DF: SBBiotec, 2010. p. 234.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 149. | | FITZPATRICK, J.; CHEAVEGATTI-GIANOTTO, A.; FERRO, J. A.; SA, M. F. G. de; KEESE. P.; LAYTON, R.; LIMA, D.; NICKSON, T.; RAYBOULD, A.; PINTO, E. R. de C.; ROMEIS, J.; ULIAN, E.; BEREZOVSKY, M. Formulação de problema em análise de risco ambiental de cultivos geneticamente modificados: workshop no Brasil. Bioassay, v. 4, n. 5, 2009. 11 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 150. | | FARIAS, D. F.; VIANA, M. P.; OLIVEIRA, G. R.; SANTOS, V. O.; PINTO, C. E. M.; VIANA, D. A.; VASCONCELOS, I. M.; SA, M. F. G. de; CARVALHO, A. F. U. Food safety assessment of Cry8Ka5 mutant protein using Cry1Ac as a control Bt protein. Food and Chemical Toxicology, v. 81, p. 81-91, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 151. | | GROSSI de SÁ, M.; SOUZA, D. S. L.; FRAGOSO, R. da R.; PINTO, E. R. de C.; ROCHA, T. L.; BARBOSA, A. E. A. D.; SA, M. F. G. de. Functional analysis of genes involved with phytoparasitism of meloidogyne incognita. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Fortaleza. Programas e resumos... [Brasília, DF]: Sociedade Brasileira de Biotecnologia, 2010. p. 271. p. 271| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 152. | | NARDELI, S. M.; ARGE, L. W. P.; ARTICO, S.; MOURA, S. M. de; TSCHOEKE, D. A.; GUEDES, F. A. de F.; SA, M. F. G. de; MARTINELLI, A. P.; ALVES‑FERREIRA, M. Global gene expression profile and functional analysis reveal the conservation of reproduction‑associated gene networks in Gossypium hirsutum. Plant Reproduction, 2024 On-line first. Na publicação: Maria Fatima Grossi‑de‑Sa.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 153. | | SANTANA, C. G.; ANDRADE, A. E.; GUIMARÃES, L. M.; PAES, N. S.; FRAGOSO, R. R.; da SILVA, F. R.; de OLIVEIRA, J. T. A.; CARNEIRO, R. M. D. G.; SA, M. F. G. de; REIS, A. M. dos. Identificação de genes potencialmente envolvidos na resistência a Meloidogyne incógnita em feijão e algodão. In: WORKSHOP INTERAÇÃO MOLECULAR PLANTA-PRAGAS, 2., 2007, Brasília, DF. II Workshop Interação Molecular Planta-Praga. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. p. 123-126. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 229).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 154. | | PEREIRA, R. de A.; JIMÉNEZ, A. V.; MAGALHÁES, C. P.; PRATES, M. V.; MELO, J. A. T.; LIMA, L. M. de; SALES, M. P. de; NAKASU, E. Y. T.; SILVA, M. C. M. da; SA, M. F. G. de. Effect of a Bowman-Birk proteinase inhibitor from Phaseolus coccineus on Hypotenemus hampei gut proteinases in vitro. Journal Agricultural and Food Chemistry, v. 55, p. 10714-10719, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
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| 155. | | ALBUQUERQUE, E. V. S.; COSTA, P. M.; GOMES, A. C. M.; FALCÃO, R.; RIBEIRO, V. F.; EIRA, M. T. S. da; PEREIRA, A. A.; NICOLE, M.; CARNEIRO, R. M. D. G.; SA, M. F. G. de. Histopatologia comparada de genótipos de Coffea arabica resistente e suscetível infectados por Meloidogyne incognita. Nematologia Brasileira, Brasília, v. 31, n. 2, p. 153, 2007. Edição dos resumos do XXVII Congresso Brasileiro de Nematologia, Goiânia, GO, maio 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 156. | | VALENCIA, J. W. A.; JIMÉNEZ, A. V.; SIQUEIRA, F. G. de; MEDINA, K. K.; FRANCO, G. M. R.; FERREIRA FILHO, E. X.; SIEGFRIED, B. D.; SA, M. F. G. de. Holocellulase activity from Schizophyllum commune grown on bamboo: a comparison with different substrates. Current Microbiology, v. 63, p. 581-587, 2011| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 157. | | HABIB, P.; SOCCOL, C. R.; O'KEEFE, B. R.; KRUMPE, L. R. H.; WILSON, J.; MACEDO, L. L. P. de; FAHEEM, M.; SANTOS, V. O. dos; PRADO, G. S.; BOTELHO, M. A.; LACOMBE, S.; SA, M. F. G. de. Gene-silencing suppressors for high-level production of the HIV-1 entry inhibitor griffithsin in Nicotiana benthamiana. Process Biochemistry, v. 70, p. 45-54, 2018. Na publicação: Maria Fatima Grossi-de-Sa.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 158. | | FIRMINO, A. A. P.; FONSECA, F. C. A.; MACEDO, L. L. P.; TOGAWA, R. C.; SILVA JUNIOR, O. B. da; PAPPAS JUNIOR, G. J.; SA, M. F. G. de. Cotton boll weevil (Anthonomus Grandis) transcriptome pyrosequencing and insect-pest control by RNAI gene silencing. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Fortaleza. Programa e resumos. Brasília, DF: SBBiotec, 2010. p. 279.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 159. | | COSTA, P. H. A.; BASSO, A. M. M.; OLIVEIRA, R. S.; OLIVEIRA NETO, O. B.; EVANGELISTA, I. S.; MIRANDA, V. J.; LOURENCO, I. T.; SA, M. F. G. de. Cotton transformation via pollen-tube pathway with the CRY1/a12 gene aiming plant resistance against Lepidoptera. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PABMB, 11., 2008, Águas de Lindóia, SP. Abstracts... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 160. | | SANTOS, C.; NOGUEIRA, F. C. S.; DOMONT, G. B.; FONTES, W.; PRADO, G. S.; HABIBI, P.; SANTOS, V. O.; OLIVEIRA-NETO, O. B.; SA, M. F. G. de; JORRÍN-NOVO, J. V.; FRANCO, O. L.; REIS, A. M. dos. Corrigendum: proteomic analysis and functional validation of a Brassica oleracea Endochitinase involved in resistance to Xanthomonas campestris. Frontiers in Plant Science, v. 11, article 201, 2020. Na publicação: Maria Fatima Grossi-de-Sá, Angela Mehta.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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