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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
26/02/2016 |
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Data da última atualização: |
21/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; SILVA, N. M. A. da; IANELLA, P.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. |
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Afiliação: |
FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; EDUARDO SOUSA VARELA, CNPASA; ANDERSON LUIS ALVES, CNPASA; NAIARA MILAGRES AUGUSTO DA SILVA, CENARGEN; PATRICIA IANELLA, CENARGEN; SAMUEL REZENDE PAIVA, SRI; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN. |
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Título: |
Genome Sequencing and de novo assembly of the South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer). |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
PAG 2016. Pôster P0481. |
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Conteúdo: |
The South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin with an important role in local community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate and raise the species in aquaculture systems has led to >10-fold production increases in the last decade. Current production levels are >15,000mt/year. Recently stablished initiatives to structure genetic improvement programs for increasing productivity-associated traits could greatly benefit from using genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Multiple shotgun libraries with two different insert sizes and multiple Nextera mate pair libraries with three different sizes were sequenced (2x160bps) with Illumina HiSeq2000 technology. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.12pg = 1.095Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 686.171 scaffolds spanning 1.41 Gbp (N50 scaffold length: 908Kbp, L50 scaffold count: 420). Gene model prediction is underway with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa. This represents the first report of a draft genome sequence for this species, which will be a valuable resource for basic biology studies, and marker detection/selection for use in genetic improvement and resource conservation activities. MenosThe South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin with an important role in local community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate and raise the species in aquaculture systems has led to >10-fold production increases in the last decade. Current production levels are >15,000mt/year. Recently stablished initiatives to structure genetic improvement programs for increasing productivity-associated traits could greatly benefit from using genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Multiple shotgun libraries with two different insert sizes and multiple Nextera mate pair libraries with three different sizes were sequenced (2x160bps) with Illumina HiSeq2000 technology. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.12pg = 1.095Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 686.171 scaffolds spanning 1.41 Gbp (N50 scaffold length: 908Kbp, L50 scaffold count: 420). Gene model prediction is underway with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa. This represents the first report of a draft genome sequence for this species, which will be a valuable resource for basic biology studies, and marker detection/selection for use in genetic improvement and resource ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Genômica; Sequenciamento de genoma. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Genome assembly; Genomics; Sequence analysis. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/140246/1/PAG-p0481.pdf
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Marc: |
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520 $aThe South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin with an important role in local community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate and raise the species in aquaculture systems has led to >10-fold production increases in the last decade. Current production levels are >15,000mt/year. Recently stablished initiatives to structure genetic improvement programs for increasing productivity-associated traits could greatly benefit from using genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Multiple shotgun libraries with two different insert sizes and multiple Nextera mate pair libraries with three different sizes were sequenced (2x160bps) with Illumina HiSeq2000 technology. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.12pg = 1.095Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 686.171 scaffolds spanning 1.41 Gbp (N50 scaffold length: 908Kbp, L50 scaffold count: 420). Gene model prediction is underway with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa. This represents the first report of a draft genome sequence for this species, which will be a valuable resource for basic biology studies, and marker detection/selection for use in genetic improvement and resource conservation activities.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| 162. |  | PAIXÃO. D. M.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S.; PEREIRA, M. S.; PAIVA, S. R.; FARIA, D. A. de; FONSECA, I. Análises de locos tipo microssatélite para prospecção de QTLS nos cromossomos 16, 17 e 18 de suínos. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 42., 2005, Goiânia, GO. A produção animal e o foco no agronegócio. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2005. Paginação irregular.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 163. | | IANELLA, P.; BIAZIO, G. R.; FACO, O.; SILVA, K. de M.; RAMOS, A. F.; MUNIZ, M. M. M.; CAETANO, A. R.; MARIANTE, A. da S.; PAIVA, S. R. Análise da variabilidade genética do banco de germoplasma da raça Morada Nova. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA E O CARIBE, 10., 2015, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: Aptor Software, 2015. p. 48.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 164. | | ALBUQUERQUE, M. S. M.; PAIVA, S. R.; EGITO, A. A.; MARQUES, J. R. F.; CASTRO, S. T. R.; MARIANTE, A. S. Alocação de indivíduos baseado em genótipos multilocus em grupos genéticos de búfalos criados no Brasil. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, SIRGEALC, 6., 2007, Chapingo, México. Por la valoración de los recursos genéticos para el desarrollo sustentable en América Latina y el Caribe: memoria. Chapingo: Universidad Autónoma Chapingo, 2007. p. 344| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 165. | | ALBUQUERQUE, M. S. M.; PAIVA, S. R.; EGITO, A. A.; MARQUES, J. R. F.; CASTRO, S. T. R.; MARIANTE, A. S. Alocação de indivíduos baseado em genótipos multilocus em grupos genéticos de búfalos criados no Brasil. In: SIMPOSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 6., 2007, Chapingo, México. Por la valoracion de los recursos genéticos para el desarrollo sustentable en América Latina y el Caribe: memória. Chapingo: Universidad Autónoma Chapingo, 2007. p. 344. SIRGEALC.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 166. | | RAMOS, A. F.; MARIANTE, A. da S.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; CASTRO, S. T. R. de; PAIVA, S. R.; PAIVA NETO, M. A.; NASCIMENTO, N. V. do. Banco Brasileiro de Germoplasma Animal: quantitativo do material estocado ate 2013. In. CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014. Resumo. 600. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 167. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; EGITO, A. A. do; PAIVA, S. R.; MARIANTE, A. da S.; CASTRO, S. T. R.; BIAZIO, G. R. de; RAMOS, A. F. Bancos de ADN como herramienta para programas de gestión y conservación ex situ e in situ de recursos zoogenéticos. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENETICOS PARA AMERICA LATINA Y EL CARIBE, 9., 2013, El Salvador. Memoria resúmenes. El Salvador, Centa, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 168. | | BARRETO, M. A.; CHAVES, M. S.; LUZ, V. B.; BARTOLOMEU, C. C.; OLIVEIRA, M. A. L. de; MELO, E. de O.; PAIVA, S. R.; AZEVEDO, H. C. Capacidade reprodutiva natural e potencial de olvelhas FecGe. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TABULEIROS COSTEIROS, 7., 2017, Aracaju. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2017. p. 39| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 169. | | BARRETO, M. A.; CHAVES, M. S.; LUZ, V. B.; BARTOLOMEU, C. C.; OLIVEIRA, M. A. L. de; MELO, E. de O.; PAIVA, S. R.; AZEVEDO, H. C. Capacidade reprodutiva natural e potencial de olvelhas FecGe. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TABULEIROS COSTEIROS, 7., 2017, Aracaju. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 170. | | SANTOS, J. R.; MEDRADO, A. S.; MALHADO, C. H. M.; AFFONSO, P. R. A. M.; CARNEIRO, P. L. S.; PAIVA, S. R. Citogenética de raças locais de ovinos (Ovis aries) e caprino (Capra hircus) do estado da Bahia. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 171. | | SILVÉRIO, V. C.; PAIVA, S. R.; EGITO, A. A.; McMANUS, C.; FARIA, D. A.; MARIANTE, A. S.; CASTRO, S. R.; ALBUQUERQUE, M. S. M.; DERGAM, J. A. Caracterização molecular das principais raças de ovinos deslanados do brasil a partir de marcadores moleculares RAPD-PCR. ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENETICOS E BIOTECNOLOGIA, 8., 2003, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2003. p. 65| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 172. | | FELIPE-SILVA, A.S; OLIVEIRA, D. A. A; CARVALHO, D. C. C.; PAIVA, S. R.; KUABARA, M. Y.; VALE FILHO, V. R. Caracterização genética do cão fila brasileiro por meio de marcadores micro-satélites. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. CD-ROM| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 173. | | EGITO, A. A. do; McMANUS, C.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; SERENO, F. T. P. de S.; SANTOS, S. A.; PAIVA, S. R.; MARIANTE, A. da S. Caracterização genética. In: SANTOS, S. A.; SALIS, S. M. de; COMASTRI FILHO, J. A. (Ed.). Cavalo pantaneiro: rústico por natureza. Brasília, DF: Embrapa, 2016. 603 p. p. 231-257| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pantanal; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 174. | | IBELLI, A. M. G.; PAIVA, S. R.; BOLATITO, O.; AKPERE, L.; CASTRO, S. T. R.; OMITOGUN, O. G.; LEDUR, M. C.; MARIANTE, A. da S. Caracterização molecular de galinhas da Nigéria e do Brasil utilizando uma região do D-Loop do DNA mitocondrial. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA E O CARIBE, 10., 2015, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: Aptor Software, 2015. p. 50.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 175. | | IBELLI, A. M. G.; PAIVA, S. R.; BOTATITO, O.; AKPERE, L.; CASTRO, S. T. R.; OMITOGUN, O. G.; LEDUR, M. C.; MARIANTE, A. da S. Caracterização molecular de galinhas da Nigéria e do Brasil utilizando uma região do D-LOOP do DNA mitocondrial. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA A AMÉRICA LATINA E CARIBE, 10., 2015, Bento Gonçalves. Recursos genéticos no século 21: de Vavilov a Svalbard: anais... [S.l.]: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2015. p. 50.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 176. | | CARVALHO, G. M. C.; PAIVA, S. R.; MARIANTE, A. da S.; LEAL, T. M.; LIMA NETO, A. F.; ALMEIDA, M. J. de O.; BALCKBURN, H. D. Características fenotípicas y productivas del ganado curraleiro Pé-Duro del Brasil. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. SIRGEALC.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 177. | | CARVALHO, G. M. C.; PAIVA, S. R.; MARIANTE, A. da S.; LEAL, T. M.; LIMA NETO, A. F.; ALMEIDA, M. J. de O.; BALCKBURN, H. D. Características fenotípicas y productivas del ganado curraleiro Pé-Duro del Brasil. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENETICOS PARA AMERICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito, Ecuador. Resumenes de los trabajos apresentados. Quito: Iniap, 2011. SIRGEALC.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 178. | | AVILA, F. F.; FRANCO, M. M.; PAIVA, S. R.; SOUZA, C. J. H.; MARTINS, N. F.; OLIVEIRA, A. A.; RUMPF, R.; MELO, E. O. Caracterização de SNPs no gene gdf9 em ovinos da raça Santa Inês e sua relação com o aumento de prolificidade. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 10., 2005, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2005. p. 92.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 179. | | LÔBO, A. M. B. O.; LÔBO, R. N. B.; PAIVA, S. R.; OLIVEIRA, S. M. P. de; CUNHA, R. M. S. da. Efeitos de variantes do gene da aromatase sobre caracteristicas de crescimento, reprodutivas e de habilidade materna em ovinos de uma população multirracial. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA. 45., 2008, Lavras, MG. Anais... Lavras: SBZ / UFLA, 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 180. | | LOBO, A. M. B. O.; LOBO, R. N. B.; PAIVA, S. R.; OLIVEIRA, S. M. P. de; CUNHA, R. M. S. da. Efeitos de variantes do gene da aromatase sobre caracteristicas de crescimento, reprotutivas e de habilidade materna em ovinos de uma população multirracial. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 45., 2008, Lavras, MG. Anais... Lavras: SBZ, 2008. 3 f. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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