|
|
Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
Data corrente: |
26/11/2015 |
Data da última atualização: |
29/03/2016 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. |
Afiliação: |
JOAQUIM MANOEL DA SILVA, Faculdade de Ciências Agrárias, Biológicas e Sociais Aplicadas, Universidade do Estado de Mato Grosso (UNEMAT), Nova Xavantina, Mato Grosso, Bra; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; LUIZ OTAVIO CAMPOS DA SILVA, CNPGC; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; SAMUEL REZENDE PAIVA, SRI; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA. |
Título: |
Genomic Variants Revealed by Invariably Missing Genotypes in Nelore Cattle. |
Ano de publicação: |
2015 |
Fonte/Imprenta: |
PLoS ONE, v. 10, n. 8, p. 1-18, 2015 |
Idioma: |
Inglês Português |
Conteúdo: |
High density genotyping panels have been used in a wide range of applications. From population genetics to genome-wide association studies, this technology still offers the lowest cost and the most consistent solution for generating SNP data. However, in spite of the application, part of the generated data is always discarded from final datasets based on quality control criteria used to remove unreliable markers. Some discarded data consists of markers that failed to generate genotypes, labeled as missing genotypes. A subset of missing genotypes that occur in the whole population under study may be caused by technical issues but can also be explained by the presence of genomic variations that are in the vicinity of the assayed SNP and that prevent genotyping probes from annealing. The latter case may contain relevant information because these missing genotypes might be used to identify population-specific genomic variants. In order to assess which case is more prevalent, we used Illumina HD Bovine chip genotypes from 1,709 Nelore (Bos indicus) samples. We found 3,200 missing genotypes among the whole population. NGS re-sequencing data from 8 sires were used to verify the presence of genomic variations within their flanking regions in 81.56% of these missing genotypes. Furthermore, we discovered 3,300 novel SNPs/Indels, 31% of which are located in genes that may affect traits of importance for the genetic improvement of cattle production. |
Palavras-Chave: |
Genotypes; Nelore; Polimorfismo de nucleotídeo único; Sequenciamento de DNA. |
Thesagro: |
Bos Indicus; Gado de corte. |
Thesaurus Nal: |
Cattle; Sequence analysis; Single nucleotide polymorphism. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/134042/1/journal.pone.0136035.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/137040/1/Genomic-variants-Silva.pdf
|
Marc: |
LEADER 02316naa a2200301 a 4500 001 2029638 005 2016-03-29 008 2015 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aSILVA, J. M. da 245 $aGenomic Variants Revealed by Invariably Missing Genotypes in Nelore Cattle.$h[electronic resource] 260 $c2015 520 $aHigh density genotyping panels have been used in a wide range of applications. From population genetics to genome-wide association studies, this technology still offers the lowest cost and the most consistent solution for generating SNP data. However, in spite of the application, part of the generated data is always discarded from final datasets based on quality control criteria used to remove unreliable markers. Some discarded data consists of markers that failed to generate genotypes, labeled as missing genotypes. A subset of missing genotypes that occur in the whole population under study may be caused by technical issues but can also be explained by the presence of genomic variations that are in the vicinity of the assayed SNP and that prevent genotyping probes from annealing. The latter case may contain relevant information because these missing genotypes might be used to identify population-specific genomic variants. In order to assess which case is more prevalent, we used Illumina HD Bovine chip genotypes from 1,709 Nelore (Bos indicus) samples. We found 3,200 missing genotypes among the whole population. NGS re-sequencing data from 8 sires were used to verify the presence of genomic variations within their flanking regions in 81.56% of these missing genotypes. Furthermore, we discovered 3,300 novel SNPs/Indels, 31% of which are located in genes that may affect traits of importance for the genetic improvement of cattle production. 650 $aCattle 650 $aSequence analysis 650 $aSingle nucleotide polymorphism 650 $aBos Indicus 650 $aGado de corte 653 $aGenotypes 653 $aNelore 653 $aPolimorfismo de nucleotídeo único 653 $aSequenciamento de DNA 700 1 $aGIACHETTO, P. F. 700 1 $aSILVA, L. O. C. da 700 1 $aCINTRA, L. C. 700 1 $aPAIVA, S. R. 700 1 $aCAETANO, A. R. 700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B. 773 $tPLoS ONE$gv. 10, n. 8, p. 1-18, 2015
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
Registros recuperados : 475 | |
161. | | IANELLA, P.; MCMANUS, C. P.; CAETANO, A. R.; MARTINS, C. F.; SOUZA, C. J. H. de; FACÓ, O.; AZEVEDO, H. C.; CARNEIRO, P. S.; PAIVA, S. R. Avaliação dos polimorfismos do gene PRNP ligados à Scrapie clássica em núcleos de conservação de ovinos no Brasil. In: SIMPOSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 7., 2009, Pucón. Proceeding... Santiago: INIA, 2009. p. 265-266. VII SIRGEALC.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
162. | | AVILA, F. F.; FRANCO, M. M.; PAIVA, S. R.; SOUZA, C. J. H.; MARTINS, N. F.; OLIVEIRA, A. A.; RUMPF, R.; MELO, E. O. Caracterização de SNPs no gene gdf9 em ovinos da raça Santa Inês e sua relação com o aumento de prolificidade. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 10., 2005, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2005. p. 92.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
163. | | RAMOS, A. F.; MARIANTE, A. da S.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; CASTRO, S. T. R. de; PAIVA, S. R.; PAIVA NETO, M. A.; NASCIMENTO, N. V. do. Banco Brasileiro de Germoplasma Animal: quantitativo do material estocado ate 2013. In. CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014. Resumo. 600. 1 CD-ROM.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
164. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; EGITO, A. A. do; PAIVA, S. R.; MARIANTE, A. da S.; CASTRO, S. T. R.; BIAZIO, G. R. de; RAMOS, A. F. Bancos de ADN como herramienta para programas de gestión y conservación ex situ e in situ de recursos zoogenéticos. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENETICOS PARA AMERICA LATINA Y EL CARIBE, 9., 2013, El Salvador. Memoria resúmenes. El Salvador, Centa, 2013.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
| |
165. | | SILVÉRIO, V. C.; PAIVA, S. R.; EGITO, A. A.; McMANUS, C.; FARIA, D. A.; MARIANTE, A. S.; CASTRO, S. R.; ALBUQUERQUE, M. S. M.; DERGAM, J. A. Caracterização molecular das principais raças de ovinos deslanados do brasil a partir de marcadores moleculares RAPD-PCR. ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENETICOS E BIOTECNOLOGIA, 8., 2003, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2003. p. 65Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
166. | | FELIPE-SILVA, A.S; OLIVEIRA, D. A. A; CARVALHO, D. C. C.; PAIVA, S. R.; KUABARA, M. Y.; VALE FILHO, V. R. Caracterização genética do cão fila brasileiro por meio de marcadores micro-satélites. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. CD-ROMTipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
167. | | EGITO, A. A. do; McMANUS, C.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; SERENO, F. T. P. de S.; SANTOS, S. A.; PAIVA, S. R.; MARIANTE, A. da S. Caracterização genética. In: SANTOS, S. A.; SALIS, S. M. de; COMASTRI FILHO, J. A. (Ed.). Cavalo pantaneiro: rústico por natureza. Brasília, DF: Embrapa, 2016. 603 p. p. 231-257Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pantanal; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
168. | | IBELLI, A. M. G.; PAIVA, S. R.; BOLATITO, O.; AKPERE, L.; CASTRO, S. T. R.; OMITOGUN, O. G.; LEDUR, M. C.; MARIANTE, A. da S. Caracterização molecular de galinhas da Nigéria e do Brasil utilizando uma região do D-Loop do DNA mitocondrial. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA E O CARIBE, 10., 2015, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: Aptor Software, 2015. p. 50.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
169. | | IBELLI, A. M. G.; PAIVA, S. R.; BOTATITO, O.; AKPERE, L.; CASTRO, S. T. R.; OMITOGUN, O. G.; LEDUR, M. C.; MARIANTE, A. da S. Caracterização molecular de galinhas da Nigéria e do Brasil utilizando uma região do D-LOOP do DNA mitocondrial. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA A AMÉRICA LATINA E CARIBE, 10., 2015, Bento Gonçalves. Recursos genéticos no século 21: de Vavilov a Svalbard: anais... [S.l.]: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2015. p. 50.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
170. | | SANTOS, J. R.; MEDRADO, A. S.; MALHADO, C. H. M.; AFFONSO, P. R. A. M.; CARNEIRO, P. L. S.; PAIVA, S. R. Citogenética de raças locais de ovinos (Ovis aries) e caprino (Capra hircus) do estado da Bahia. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008. 1 CD-ROM.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
171. | | CARVALHO, G. M. C.; PAIVA, S. R.; MARIANTE, A. da S.; LEAL, T. M.; LIMA NETO, A. F.; ALMEIDA, M. J. de O.; BALCKBURN, H. D. Características fenotípicas y productivas del ganado curraleiro Pé-Duro del Brasil. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. SIRGEALC.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
172. | | CARVALHO, G. M. C.; PAIVA, S. R.; MARIANTE, A. da S.; LEAL, T. M.; LIMA NETO, A. F.; ALMEIDA, M. J. de O.; BALCKBURN, H. D. Características fenotípicas y productivas del ganado curraleiro Pé-Duro del Brasil. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENETICOS PARA AMERICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito, Ecuador. Resumenes de los trabajos apresentados. Quito: Iniap, 2011. SIRGEALC.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
| |
173. | | BARRETO, M. A.; CHAVES, M. S.; LUZ, V. B.; BARTOLOMEU, C. C.; OLIVEIRA, M. A. L. de; MELO, E. de O.; PAIVA, S. R.; AZEVEDO, H. C. Capacidade reprodutiva natural e potencial de olvelhas FecGe. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TABULEIROS COSTEIROS, 7., 2017, Aracaju. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2017. p. 39Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
174. | | BARRETO, M. A.; CHAVES, M. S.; LUZ, V. B.; BARTOLOMEU, C. C.; OLIVEIRA, M. A. L. de; MELO, E. de O.; PAIVA, S. R.; AZEVEDO, H. C. Capacidade reprodutiva natural e potencial de olvelhas FecGe. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TABULEIROS COSTEIROS, 7., 2017, Aracaju. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2017.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
| |
175. | | PAIXÃO. D. M.; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S.; PEREIRA, M. S.; PAIVA, S. R.; FARIA, D. A. de; FONSECA, I. Análises de locos tipo microssatélite para prospecção de QTLS nos cromossomos 16, 17 e 18 de suínos. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 42., 2005, Goiânia, GO. A produção animal e o foco no agronegócio. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2005. Paginação irregular.Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
176. | | IANELLA, P.; BIAZIO, G. R.; FACO, O.; SILVA, K. de M.; RAMOS, A. F.; MUNIZ, M. M. M.; CAETANO, A. R.; MARIANTE, A. da S.; PAIVA, S. R. Análise da variabilidade genética do banco de germoplasma da raça Morada Nova. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA E O CARIBE, 10., 2015, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: Aptor Software, 2015. p. 48.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
177. | | VASCONCELOS, C. C. M. P. de; MCMANUS, C. M.; SOUZA, C. J. H. de; SILVA, M. V. G. B.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R. Análise de paternidade com marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) em ovinos da raça Crioula Lanada. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., 2012, Brasília. A produção animal no mundo em transformação: anais. Brasília, DF: SBZ, 2012. 3 P.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
178. | | XAVIER SILVA, J.; ARAUJO, A. C.; BRITO, L.; LEDUR, M. C.; PAIVA, S. R.; ABREU JÚNIOR, P. B. de; IBELLI, A. M. G.; CARNEIRO, P. L. S. Análise preliminar da estrutura genética populacional de galinhas nigerianas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 6., 2020. Recursos genéticos e bioeconomia: inovação para um futuro sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2020. Trabalho 678. Evento online.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
179. | | CHACÓN, E. M.; FARIA, A. D.; MCMANUS, C. M.; VELÁZQUEZ, R. F.; LAO, A. M.; PÉREZ, P. E.; MARIANTE, A. S.; PAIVA, S. R. Filogeografia das cabras da América do Sul e Caribe. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 13., 2008, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. Resumo 138. p. 188.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
180. | | MARCHECO, E. C.; PAIVA, S. R.; FARIA, D.; PIMENTEL, C. M.; RODRÍGUEZ, F. J. V.; ARIAS, M. L.; PINEDA, E. P. Filogeografia das cabras da América do Sul e Caribe. SIMPÓSIO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2008, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia: Fundação de Apoio à Pesquisa Científica e Tecnológica - FUNCREDI, 2008. p.493.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
Registros recuperados : 475 | |
|
Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|