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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
Data corrente: |
12/02/2015 |
Data da última atualização: |
20/06/2024 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
Autoria: |
SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. |
Afiliação: |
JOAQUIM MANOEL DA SILVA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; LUIZ OTAVIO CAMPOS DA SILVA, CNPGC; SAMUEL REZENDE PAIVA, SRI; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA. |
Título: |
Detection of copy number variations in nelore beef cattle with high-density SNP genotyping data. |
Ano de publicação: |
2014 |
Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts]. San Diego: [s.n.], 2014. |
Páginas: |
Não paginado. |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
P553. |
Conteúdo: |
Genome-wide single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping platforms have been widely used in studies in diverse areas, ranging from population genetics to applied genetic improvement and breeding. SNP genotyping data generated with these platforms can also be used for detecting and genotyping copy number variations (CNVs). CNVs are defined as a variable copy numbers of DNA segments ranging from 50bp to several megabases (Mbp), in comparison with a reference genome. Several studies have identified an abundance of CNVs in human and domestic animal genomes, where it has been shown that they are involved in phenotypic variability. This initial study reports a high resolution map of CNVs in Nelore beef cattle generated with the PennCNV software. CNVs were called in a dataset from 1709 animals of the Nelore breed genotyped with Illumina BovineHD BeadChip for a total of 735,242 markers. After non-restrictive quality filtering, a total of 246,290 CNVs were identified on autosomal chromosomes, representing 219,997 and 26,293 gain and loss events, respectively. CNVs lengths ranged from 20.02 Kb to 8.37 Mb with an average of 352 Kb and a median of 204.5 Kb. The number of SNPs in each detected CNV varied from 20 to 2,116 with an average of 104 and a median of 63. A total of 138,066 CNVs were present in regions with annotated genes. |
Palavras-Chave: |
Polimorfismo de nucleotídeo único. |
Thesagro: |
Gado de corte. |
Thesaurus Nal: |
Beef cattle; Nellore; Single nucleotide polymorphism. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/117503/1/Joaquim-Manoel-Silva-PAG-XXII-2014-ARC-CNVR.pdf
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Marc: |
LEADER 02172nam a2200253 a 4500 001 2008652 005 2024-06-20 008 2014 bl uuuu u01u1 u #d 100 1 $aSILVA, J. M. da 245 $aDetection of copy number variations in nelore beef cattle with high-density SNP genotyping data.$h[electronic resource] 260 $aIn: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts]. San Diego: [s.n.], 2014.$c2014 300 $aNão paginado. 500 $aP553. 520 $aGenome-wide single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping platforms have been widely used in studies in diverse areas, ranging from population genetics to applied genetic improvement and breeding. SNP genotyping data generated with these platforms can also be used for detecting and genotyping copy number variations (CNVs). CNVs are defined as a variable copy numbers of DNA segments ranging from 50bp to several megabases (Mbp), in comparison with a reference genome. Several studies have identified an abundance of CNVs in human and domestic animal genomes, where it has been shown that they are involved in phenotypic variability. This initial study reports a high resolution map of CNVs in Nelore beef cattle generated with the PennCNV software. CNVs were called in a dataset from 1709 animals of the Nelore breed genotyped with Illumina BovineHD BeadChip for a total of 735,242 markers. After non-restrictive quality filtering, a total of 246,290 CNVs were identified on autosomal chromosomes, representing 219,997 and 26,293 gain and loss events, respectively. CNVs lengths ranged from 20.02 Kb to 8.37 Mb with an average of 352 Kb and a median of 204.5 Kb. The number of SNPs in each detected CNV varied from 20 to 2,116 with an average of 104 and a median of 63. A total of 138,066 CNVs were present in regions with annotated genes. 650 $aBeef cattle 650 $aNellore 650 $aSingle nucleotide polymorphism 650 $aGado de corte 653 $aPolimorfismo de nucleotídeo único 700 1 $aGIACHETTO, P. F. 700 1 $aSILVA, L. O. C. da 700 1 $aPAIVA, S. R. 700 1 $aCAETANO, A. R. 700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B.
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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241. | | IANELLA, P.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. SNP discovery in three South American freshwater characiformes species by deep sequencing of Reduced Representation Libraries (RRL). In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Plant and animal genome abstracts. Livingston, NJ: Scherago, 2019. PE0268Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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242. | | GUEDES, E.; ANDRADE, L. G. D.; MUNIZ, M. N. M.; TAGLIATTI, R. F.; ARBEX, W. A.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B. Selection of single mucleotide polymorphisms for using in paternity analysis in zebu breeds. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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244. | | VILLELA, L. C. V.; SILVA, E. C. da; CAETANO, A. R.; ELOY, A. M. X.; VALLE, R. V. do; PAIVA, S. R. Seleção de caprinos Moxotó para Núcleo de Conservação a partir de marcadores microssatélites. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., 2012, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: SBZ, 2012. 3 f. 1 CD-ROM. 3 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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256. | | CAVALCANTI, L. C. G.; FARIA, D. A. de; MCMANUS, C.; SOUZA, C. J. H. de; MORAES, J. C. F.; PAIVA, S. R. Diversidade genética padrão da pelagem do núcleo de conservação de ovinos crioulos no Sul do Brasil. In. CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 3., 2014, Santos. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2014. Resumo. 663. 1 CD-ROM.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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258. | | PAIVA, S. R.; BELUCO, W. H. de O.; SOUZA, C. dos A.; LACERDA, V. A. M.; FRANCO, M. M.; LOPES, M. S.; GUIMARÃES, S. E. F. Diversidade genética de raças comerciais e locais de suínos no Brasil a partir de polimorfismos em genes candidatos. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 46., 2009, Maringá. Inovação científica e tecnológica em zootecnia: anais dos resumos. Maringá: SBZ: UEM, 2009.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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