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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Café. Para informações adicionais entre em contato com biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
10/01/2023 |
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Data da última atualização: |
11/07/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ESTOPA, R. A.; PALUDETO, J. G. Z.; MÜLLER, B. S. F.; OLIVEIRA, R. A. de; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; TAMBARUSSI, E. V.; GRATTAPAGLIA, D. |
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Afiliação: |
REGIANE ABJAUD ESTOPA, FORESTRY R&D - KLABIN S.A; JOÃO GABRIEL ZANON PALUDETO, FORESTRY R&D - KLABIN S.A; BÁRBARA SALOMÃO FARIA MÜLLER, UNIVERSITY OF FLORIDA; RICARDO AUGUSTO DE OLIVEIRA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPCa; EVANDRO VAGNER TAMBARUSSI, UNIVERSIDADE ESTADUAL DO CENTRO-OESTE; DARIO GRATTAPAGLIA, Cenargen. |
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Título: |
Genomic prediction of growth and wood quality traits in Eucalyptus benthamii using different genomic models and variable SNP genotyping density. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
New Forests, 54, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11056-022-09924-y |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genomic selection (GS) is poised to revolutionize eucalypt tree improvement by shortening breeding cycles and increasing selection intensities. This could be particularly valuable for alternative, non-mainstream Eucalyptus species that are still in the initial stages of breeding. Eucalyptus benthamii is important for its adaptation to frost-prone subtropical regions. In this work, we compared seven genomic prediction models, six Bayesian and one frequentist GBLUP (Genomic Best Linear Unbiased Prediction) with the conventional pedigree-based ABLUP approach. Models were evaluated for their ability to estimate heritabilities and predict wood quality traits (wood density, extractives, lignin, and carbohydrates content) and volume growth in 77 open-pollinated families of Eucalyptus benthamii. We also evaluated predictive abilities and heritabilities using variable numbers of SNP in the models. Heritabilities ranged from 0.09 (extractives content) using Bayesian Lasso (BL) to 0.55 (wood density) using ABLUP. Predictive abilities (PA) ranged from 0.12 (for volume using ABLUP) to 0.44 (for wood density using three Bayesian models). All seven genomic models performed similarly well and better than the pedigree model for all traits, except extractives content. Subsets of 5000?7000 SNPs yielded heritabilities and PAs nearly as large as using all 15,293 SNPs. However, a low-density SNP panel might not be economically and technically advantageous compared to the current high-density multi-species Eucalyptus EUCHIP60k. Our results support a positive outlook to implement GS to accelerate Eucalyptus benthamii breeding for adaptation to frost-prone regions. MenosGenomic selection (GS) is poised to revolutionize eucalypt tree improvement by shortening breeding cycles and increasing selection intensities. This could be particularly valuable for alternative, non-mainstream Eucalyptus species that are still in the initial stages of breeding. Eucalyptus benthamii is important for its adaptation to frost-prone subtropical regions. In this work, we compared seven genomic prediction models, six Bayesian and one frequentist GBLUP (Genomic Best Linear Unbiased Prediction) with the conventional pedigree-based ABLUP approach. Models were evaluated for their ability to estimate heritabilities and predict wood quality traits (wood density, extractives, lignin, and carbohydrates content) and volume growth in 77 open-pollinated families of Eucalyptus benthamii. We also evaluated predictive abilities and heritabilities using variable numbers of SNP in the models. Heritabilities ranged from 0.09 (extractives content) using Bayesian Lasso (BL) to 0.55 (wood density) using ABLUP. Predictive abilities (PA) ranged from 0.12 (for volume using ABLUP) to 0.44 (for wood density using three Bayesian models). All seven genomic models performed similarly well and better than the pedigree model for all traits, except extractives content. Subsets of 5000?7000 SNPs yielded heritabilities and PAs nearly as large as using all 15,293 SNPs. However, a low-density SNP panel might not be economically and technically advantageous compared to the current high-density mult... Mostrar Tudo |
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Thesaurus Nal: |
Eucalyptus benthamii; Genomics; Genotyping; Wood quality. |
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Categoria do assunto: |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 19 | |
| 5. |  | VIEIRA, A. F.; VALDISSER, P. A. M. R.; LANNA, A. C.; VIANELLO, R. P.; NEVES, L. G.; BRONDANI, C. Análise preliminar de dados de sequenciamento por captura (Capture-seq na identificação de marcadores SNPs associados a tolerância à seca em arroz. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 10., 2016, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2016. p. 80. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 311).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 6. | | VIEIRA, A. F.; LANNA, A. C.; VIANELLO, R. P.; CASTRO, A. P. de; NEVES, L. G.; BRONDANI, C. Marcadores SNPs relacionados a tolerância à seca em arroz a partir do sequenciamento de 2500 genes candidatos. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 12., 2018, Santo Antônio de Goiás. Resumos. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2018. p. 65. (Embrapa Arroz e Feijão. Eventos técnicos & científicos, 2)| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 7. | | VIEIRA, A. F.; VALDISSER, P. A. M. R.; GUIMARÃES, C. M.; VIANELLO, R. P.; NEVES, L. G.; BRONDANI, C. Mapeamento associativo para identificação de marcadores SNPs associados à tolerância à seca em arroz de terras altas. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 13., 2019, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2019. p. 63.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 8. | | VIEIRA, A. F.; SANGLARD, D. A.; RODRIGUES, L. A.; WENDLAND, A.; PEREIRA, H. S.; FARIA, L. C.; MELO, L. C.; SOUZA, T. L. P. O. Caracterização molecular de genótipos de feijoeiro-comum quanto à resistência à antracnose. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 11., 2014, Londrina. Tecnologias para a sustentabilidade da cultura do feijão: anais. Londrina: IAPAR, 2014. CONAFE| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 9. | | MORAIS, S. R. P. de; VIEIRA, A. F.; RODRIGUES, L. A.; VIANELLO, R. P.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; SOUZA, T. L. P. O. de. Mapeamento da resistência à antracnose na cultivar de feijão carioca BRS Cometa. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 12., 2018, Santo Antônio de Goiás. Resumos. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2018. p. 57. (Embrapa Arroz e Feijão. Eventos técnicos & científicos, 2)| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 10. | | VIEIRA, A. F.; ALMEIDA, L. C. S.; RODRIGUES, L. A.; COSTA, J. G. C.; MELO, L. C.; PEREIRA, H. S.; SANGLARD, D. A.; SOUZA, T. L. P. O. Selection of resistance sources to common bean anthracnose by field phenotyping and DNA marker-assisted screening. Genetics and Molecular Research, v. 17, gmr18066, Mar. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 11. | | VIEIRA, A. F.; VALDISSER, P. A. M. R.; BORBA, T. C. de O.; LANNA, A. C.; VIANELLO, R. P.; NEVES, L. G.; BRONDANI, C. Identificação de marcadores SNPs associados à tolerância à deficiência hídrica em arroz por meio de sequenciamento de DNA por captura (CaptureSeq). In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 11., 2017, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2017. p. 77. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 316).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 12. | | BENIGNO NETO, J.; ANGELIS, S. de; ALVES, C. C. C.; RIBEIRO, L. P.; VIEIRA, A. F. G.; SILVEIRA, J. M.; OLIVEIRA, M. C. N. de. Monitoramento da colheita de soja realizado pela APDVP na região do Vale do Paranapanema (SP) na safra 2017/2018. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 8., 2018, Goiânia. Inovação, tecnologias digitais e sustentabilidade da soja: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2018. p. 426-428.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 13. | | VIEIRA, A. F.; VALDISSER, P. A. M. R.; BORBA, T. C. de O.; LANNA, A. C.; VIANELLO, R. P.; NEVES, L. G.; BRONDANI, C. Marcadores SNPs derivados de captureseq associados a tolerância à seca em arroz. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz do Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro. Foz do Iguaçu: SBMP, 2017. p. 86.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 14. | | VIEIRA, A. F.; PANTALIÃO, G. F.; ABREU, F. M.; SILVEIRA, R. D.; GARCIA, A. L. B.; NEVES, L. G.; VIANELLO, R. P.; CASTRO, A. P. de; BRONDANI, C. Marker-assisted elimination of drought-susceptible accessions in upland rice breeding. Genetics and Molecular Research, v. 17, n. 1, gmr16039886, Feb. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 15. | | ABREU, F. R. M.; DEDICOVA, B.; VIANELLO, R. P.; LANNA, A. C.; OLIVEIRA, J. A. V. de; VIEIRA, A. F.; MORAIS, O. P.; MENDONÇA, J. A.; BRONDANI, C. Overexpression of a phospholipase (OsPLDa1) for drought tolerance in upland rice (Oryza sativa L.). Protoplasma, v. 255, n. 6, p. 1751-1761, Nov. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 16. | | VASCONCELOS, A. A.; ALVES FILHO, E. G.; RODRIGUES, T. H. S.; VIEIRA, A. F.; INNECCO, R.; SILVA, G. S.; ZOCOLO, G. J. Variability of the volatile organic compounds of Achillea millefolium L. according to the collection time, type of polyethylene packaging and storage period. Journal of the Brazilian Chemical Society, v. 31, n. 5, p.1021-1029, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical. |
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| 17. | | MORAIS, S. R. P. de; VIEIRA, A. F.; ALMEIDA, L. C. da S.; RODRIGUES, L. A.; MELO, P. G. S.; FARIA, L. C. de; MELO, L. C.; PEREIRA, H. S.; SOUZA, T. L. P. O. de. Application of microsatellite markers to confirm controlled crosses and assess genetic identity in common bean. Crop Breeding and Applied Biotechnology, Viçosa, MG, v. 16, p. 234-239, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 18. | | PANTALIÃO, G. F.; VIANELLO, R. P.; BUENO, L. G.; MENDONÇA, J. A.; COELHO, A. S. G.; CORDEIRO, A. C. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; VIEIRA, A. F.; BRONDANI, C. Development of SNP markers for grain yield screening of Brazilian rice cultivars. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 55, e01643, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Roraima; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 19. | | VIEIRA, A. F.; SANGLARD, D. A.; ALMEIDA, L. C. da S.; WENDLAND, A.; PEREIRA, H. S.; FARIA, L. C. de; MELO, L. C.; SOUZA, T. L. P. O. de. Herança da resistência à antracnose na cultivar de feijoeiro-comum 'BRS Cometa'. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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