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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
10/01/2023 |
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Data da última atualização: |
11/07/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ESTOPA, R. A.; PALUDETO, J. G. Z.; MÜLLER, B. S. F.; OLIVEIRA, R. A. de; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; TAMBARUSSI, E. V.; GRATTAPAGLIA, D. |
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Afiliação: |
REGIANE ABJAUD ESTOPA, FORESTRY R&D - KLABIN S.A; JOÃO GABRIEL ZANON PALUDETO, FORESTRY R&D - KLABIN S.A; BÁRBARA SALOMÃO FARIA MÜLLER, UNIVERSITY OF FLORIDA; RICARDO AUGUSTO DE OLIVEIRA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPCa; EVANDRO VAGNER TAMBARUSSI, UNIVERSIDADE ESTADUAL DO CENTRO-OESTE; DARIO GRATTAPAGLIA, Cenargen. |
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Título: |
Genomic prediction of growth and wood quality traits in Eucalyptus benthamii using different genomic models and variable SNP genotyping density. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
New Forests, 54, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11056-022-09924-y |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genomic selection (GS) is poised to revolutionize eucalypt tree improvement by shortening breeding cycles and increasing selection intensities. This could be particularly valuable for alternative, non-mainstream Eucalyptus species that are still in the initial stages of breeding. Eucalyptus benthamii is important for its adaptation to frost-prone subtropical regions. In this work, we compared seven genomic prediction models, six Bayesian and one frequentist GBLUP (Genomic Best Linear Unbiased Prediction) with the conventional pedigree-based ABLUP approach. Models were evaluated for their ability to estimate heritabilities and predict wood quality traits (wood density, extractives, lignin, and carbohydrates content) and volume growth in 77 open-pollinated families of Eucalyptus benthamii. We also evaluated predictive abilities and heritabilities using variable numbers of SNP in the models. Heritabilities ranged from 0.09 (extractives content) using Bayesian Lasso (BL) to 0.55 (wood density) using ABLUP. Predictive abilities (PA) ranged from 0.12 (for volume using ABLUP) to 0.44 (for wood density using three Bayesian models). All seven genomic models performed similarly well and better than the pedigree model for all traits, except extractives content. Subsets of 5000?7000 SNPs yielded heritabilities and PAs nearly as large as using all 15,293 SNPs. However, a low-density SNP panel might not be economically and technically advantageous compared to the current high-density multi-species Eucalyptus EUCHIP60k. Our results support a positive outlook to implement GS to accelerate Eucalyptus benthamii breeding for adaptation to frost-prone regions. MenosGenomic selection (GS) is poised to revolutionize eucalypt tree improvement by shortening breeding cycles and increasing selection intensities. This could be particularly valuable for alternative, non-mainstream Eucalyptus species that are still in the initial stages of breeding. Eucalyptus benthamii is important for its adaptation to frost-prone subtropical regions. In this work, we compared seven genomic prediction models, six Bayesian and one frequentist GBLUP (Genomic Best Linear Unbiased Prediction) with the conventional pedigree-based ABLUP approach. Models were evaluated for their ability to estimate heritabilities and predict wood quality traits (wood density, extractives, lignin, and carbohydrates content) and volume growth in 77 open-pollinated families of Eucalyptus benthamii. We also evaluated predictive abilities and heritabilities using variable numbers of SNP in the models. Heritabilities ranged from 0.09 (extractives content) using Bayesian Lasso (BL) to 0.55 (wood density) using ABLUP. Predictive abilities (PA) ranged from 0.12 (for volume using ABLUP) to 0.44 (for wood density using three Bayesian models). All seven genomic models performed similarly well and better than the pedigree model for all traits, except extractives content. Subsets of 5000?7000 SNPs yielded heritabilities and PAs nearly as large as using all 15,293 SNPs. However, a low-density SNP panel might not be economically and technically advantageous compared to the current high-density mult... Mostrar Tudo |
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Thesaurus Nal: |
Eucalyptus benthamii; Genomics; Genotyping; Wood quality. |
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Categoria do assunto: |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 124 | |
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| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 8. | | COSTA, N. de L.; GIOSTRI, A. F.; OLIVEIRA, R. A. de; MORAES, A. de. Estimativa do rendimento potencial de azevém anual (Lolium multiflorum Lam.) através de modelos matemáticos. PUBVET, Londrina, V. 5, N. 9, Ed. 156, Art. 1051, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 11. | | ANTONIO, G. C.; TAKEITI, C. Y.; OLIVEIRA, R. A. de; PARK, K. J. Sweet potato: production, morphological and physicochemical characteristics, and technological process. Fruit, Vegetable and Cereal Science and Biotechnology, Kagawa, v. 5, p. 1-18, 2011. Special issue 2.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 12. | | CUNHA, A. J. da; SANTOS, J. C. F.; OLIVEIRA, R. A. de; ROCHA, L. B.; MARTINS, N. S. Desenvolvimento inicial de cafeeiros provenientes de mudas formadas em diferentes recipientes. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 9., 2015, Curitiba. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 13. | | SILVA, S. D. dos A. e; VERISSIMO, M. A. A.; OLIVEIRA, R. A. de; DAROS, E.; PANZIERA, W. Curva de maturação de genótipos de cana-de-açúcar no estado do rio grande do sul. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA, 4.; REUNIÃO TÉCNICA DE AGROENERGIA, 4., 2012, Porto Alegre. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2012. Organizado por Sérgio Delmar dos Anjos e Silva, Ivan Rodrigues de Almeida.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 14. | | VIEIRA, G. S.; FIDELIS, A. A. G.; PALUDO, G. R.; PIVATO, I.; RAMOS, A. F.; OLIVEIRA, R. A. de. Determinação da idade gestacional de éguas campeiro e pantaneiro baseada na mensuração do diâmetro da órbita ocular fetal. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 15. | | OLIVEIRA, R. A. de; QUEIROZ, N. L.; SILVA, M. N. B. da; SILVA, G. dos S.; MANTOVANI, A. L. B. Conservação on farm de variedades de mandioca e macaxeira em Tururu-CE. In: CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE SISTEMAS DE PRODUÇÃO, 8, 2010, SÃO LUÍS. Agricultura familiar: Crise alimentar e mudanças climáticas globais : anais. São Luís, MA: UEMA: Embrapa, 2010. 5 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 17. | | COSTA, N. de L.; MORAES, A. de; CARVALHO, P. C. de F.; MONTEIRO, A. L. G.; OLIVEIRA, R. A. de. Características morfogênicas e estruturais de Trachypogon plumosus de acordo com a fertilidade do solo e o nível de desfolha. Pesquisa agropecuária brasileira, Brasília, v.48, n.3, p.320-328, mar., 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 18. | | OLIVEIRA, D. A. de; DUDA, G. P.; MENDES, A. M. S.; OLIVEIRA, R. A. de; FERNANDES, M. B. Caracterização química do solo em uma área de implantação do Projeto de recuperação de áreas degradadas da Jica no município de Pedro Avelino-RN. Caatinga, Mossoró, v. 21, n. 1, p. 179-188, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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