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| Registros recuperados : 33 | |
| 3. |  | OLIVEIRA, L. M. S. R. de; OLIVEIRA, L. S. de. Economia solidária: uma nova construção do fazer coletivo. In: MENEZES, A. H. N.; ARAÚJO, C. R. de; SOUZA, C. M. de; OLIVEIRA, L. M. S. R. de; OLIVEIRA, L. S. de; PIRAUX, M.; RAMOS, P. R.; AZEVEDO, S. G. de. Formação de agentes de desenvolvimento sustentàvel: diálogos entre o fazer técnico e o saber humanista. Juazeiro, BA: Franciscana; Petrolina: Embrapa Semi-Árido: CIRAD: UNIVASF, 2007. cap. 6, p. 166-204.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 6. | | OLIVEIRA, L. M. S. R. de; OLIVEIRA, L. S. de. Organização comunitária e participação coletiva no contexto da globalização. In: MENEZES, A. H. N.; ARAÚJO, C. R. de; SOUZA, C. M. de; OLIVEIRA, L. M. S. R. de; OLIVEIRA, L. S. de; PIRAUX, M.; RAMOS, P. R.; AZEVEDO, S. G. de. Formação de agentes de desenvolvimento sustentàvel: diálogos entre o fazer técnico e o saber humanista. Juazeiro, BA: Franciscana; Petrolina: Embrapa Semi-Árido: CIRAD: UNIVASF, 2007. cap. 5, p. 138-165.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 7. | | OLIVEIRA, L. M. S. R. de; OLIVEIRA, L. S. de. Reflexões sobre os agentes de desenvolvimento e a sua relação com a sustentabilidade do Alto Sertão Piauí e Pernambuco: uma abordagem teórico-metodológica. In: MENEZES, A. H. N.; ARAÚJO, C. R. de; SOUZA, C. M. de; OLIVEIRA, L. M. S. R. de; OLIVEIRA, L. S. de; PIRAUX, M.; RAMOS, P. R.; AZEVEDO, S. G. de. Formação de agentes de desenvolvimento sustentàvel: diálogos entre o fazer técnico e o saber humanista. Juazeiro, BA: Franciscana; Petrolina: Embrapa Semi-Árido: CIRAD: UNIVASF, 2007. cap. 2, p. 49-66.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 8. | | COUTINHO, A. C.; ESQUERDO, J. C. D. M.; OLIVEIRA, L. S. de; LANZA, D. A. Avaliação de metodologia para o mapeamento e monitoramento da agricultura brasileira. In: SIMPÓSIO DE GEOTECNOLOGIAS NO PANTANAL, 4., 2012, Bonito, MS. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2012. P. 364-372. 1 CD-ROM. Geopantanal 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 11. | | COUTINHO, A. C.; ESQUERDO, J. C. D. M.; OLIVEIRA, L. S. de; LANZA, D. A. Metodologia para o mapeamento sistemático da agricultura anual no Mato Grasso. Geografia, Rio Claro, SP, v. 38, p. 45-70, ago. 2013. Separata de Geografia, Rio Claro, SP, v. 38, ago. 2013.| Biblioteca(s): Embrapa Solos / UEP-Recife. |
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| 12. | | CORDEIRO, G. M.; BRONDANI, G. E.; OLIVEIRA, L. S. de; ALMEIDA, M. de. Meio de cultura, BAP e ANA na multiplicação in vitro de clones de Eucalyptus globulus Labill. Scientia Forestalis, Piracicaba, v. 42, n. 103, p. 337-344, set. 2014.| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 13. | | MAPELI, A. M.; FINGER, F. L.; OLIVEIRA, L. S. de; BARBOSA, J. G. Longevidade de inflorescências de Epidendrum ibaguense tratadas com aminoetoxivinilglicina. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 44, n. 3, p. 258-262, mar. 2009. Título em inglês: Extending vase life of cut Epidendrum ibaguense inflorescences with aminoethoxyvinylglycine.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 15. | | GALVÃO, H. L.; FINGER, F. L.; PULATTI, M.; CORRÊA, P. C.; OLIVEIRA, L. S. de. Efeito do pré-resfriamento e do filme de PVC sobre a conservação pós-colheita de brócolis. Revista Brasileira de Armazenamento, Viçosa, MG, v. 33, n. 2, p. 101-106, 2008| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 17. | | FONTANA, A.; OLIVEIRA, L. S. de; CHAGAS, C. da S.; PEREIRA, M. G. Avaliação de horizontes A húmico sob diferentes usos na região serrana do Rio de Janeiro. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 30.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 14.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 12.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 9.; SIMPÓSIO SOBRE SELÊNIO NO BRASIL, 1., 2012, Maceió. A responsabilidade socioambiental da pesquisa agrícola: anais. Viçosa, MG: SBCS, 2012. 1 CD-ROM. Fertbio 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 18. | | POSSA, A. D.; OLIVEIRA, L. S. de; HEBERLE, A. L. O. PNATER: avaliação de retorno na fruticultura de clima temperado do Sul do País. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 3., 2010, Pelotas. resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Anais: Carreira, ética e inovação: o que você está fazendo? Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Editado por Ivan Rodrigues de Almeida, Leonardo Ferreira Dutra e Jamir Luis Silva da Silva. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 19. | | DIAS, P. C.; XAVIER, A.; OLIVEIRA, L. S. de; FÉLIX, G. de A.; PIRES, I. E. Resgate vegetativo de árvores de Anadenanthera macrocarpa. Cerne, Lavras, v. 21, n. 1, p. 83-89, 2015.| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| Registros recuperados : 33 | |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Leite. Para informações adicionais entre em contato com cnpgl.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
25/04/2022 |
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Data da última atualização: |
25/04/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
B - 1 |
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Autoria: |
LEAL, T. P.; FURLAN, V. C.; GOUVEIA, M. H.; DUARTE, J. M. S.; FONSECA, P. A. S.; TOU, R.; SCLIAR, M. de O.; ARAUJO, G. S. de; COSTA, L. F.; ZOLINI, C.; PEIXOTO, M. G. C. D.; CARVALHO, M. R. dos S.; LIMA-COSTA, M. F.; GILMAN, R. H.; TARAZONA-SANTOS, E.; RODRIGUES, M. R. |
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Afiliação: |
THIAGO PEIXOTO LEAL, Universidade Federal de Minas Gerais; VINICIUS C. FURLAN, Universidade Federal de Minas Gerais; MATEUS HENRIQUE GOUVEIA, Universidade Federal de Minas Gerais; JULIA MARIA SARAIVA DUARTE, Universidade Federal de Minas Gerais; PABLO A. S. FONSECA, Universidade Federal de Minas Gerais; RAFAEL TOU, Universidade Federal de Minas Gerais; MARILIA DE OLIVEIRA SCLIAR, Universidade de São Paulo; GILDERLANIO SANTANA DE ARAUJO, Universidade Federal do Pará; LUCAS F. COSTA, Universidade Federal de Minas Gerais; CAMILA ZOLINI, Universidade Federal de Minas Gerais; MARIA GABRIELA CAMPOLINA D PEIXOTO, CNPGL; MARIA RAQUEL SANTOS CARVALHO, Universidade Federal de Minas Gerais; MARIA FERNANDA LIMA-COSTA, Fundação Oswaldo Cruz; ROBERT H. GILMAN, Universidad Peruana Cayetano Heredia; EDUARDO TARAZONA-SANTOS, Universidade Federal de Minas Gerais; MAÍRA RIBEIRO RODRIGUES, Universidade Federal de Minas Gerais. |
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Título: |
NAToRA, a relatedness-pruning method to minimize the loss of dataset size in genetic and omics analyses. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Computational and Structural Biotechnology Journal, v. 20, p. 1821-1828, 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.04.009 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genetic and omics analyses frequently require independent observations, which is not guaranteed in real datasets. When relatedness cannot be accounted for, solutions involve removing related individuals (or observations) and, consequently, a reduction of available data. We developed a network-based relatedness-pruning method that minimizes dataset reduction while removing unwanted relationships in a dataset. It uses node degree centrality metric to identify highly connected nodes (or individuals) and implements heuristics that approximate the minimal reduction of a dataset to allow its application to complex datasets. When compared with two other popular population genetics methodologies (PLINK and KING), NAToRA shows the best combination of removing all relatives while keeping the largest possible number of individuals in all datasets tested and also, with similar effects on the allele frequency spectrum and Principal Component Analysis than PLINK and KING. NAToRA is freely available, both as a standalone tool that can be easily incorporated as part of a pipeline, and as a graphical web tool that allows visualization of the relatedness networks. NAToRA also accepts a variety of relationship metrics as input, which facilitates its use. We also release a genealogies simulator software used for different tests performed in this study. |
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Palavras-Chave: |
Complex network theory; Genealogies simulator; Genetic kinship; Genética de populações; Parentesco genético; Simulador de genealogias; Teoria de redes complexas. |
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Thesagro: |
Genética. |
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Thesaurus NAL: |
Population genetics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
LEADER 02661naa a2200421 a 4500
001 2142362
005 2022-04-25
008 2022 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.04.009$2DOI
100 1 $aLEAL, T. P.
245 $aNAToRA, a relatedness-pruning method to minimize the loss of dataset size in genetic and omics analyses.$h[electronic resource]
260 $c2022
520 $aGenetic and omics analyses frequently require independent observations, which is not guaranteed in real datasets. When relatedness cannot be accounted for, solutions involve removing related individuals (or observations) and, consequently, a reduction of available data. We developed a network-based relatedness-pruning method that minimizes dataset reduction while removing unwanted relationships in a dataset. It uses node degree centrality metric to identify highly connected nodes (or individuals) and implements heuristics that approximate the minimal reduction of a dataset to allow its application to complex datasets. When compared with two other popular population genetics methodologies (PLINK and KING), NAToRA shows the best combination of removing all relatives while keeping the largest possible number of individuals in all datasets tested and also, with similar effects on the allele frequency spectrum and Principal Component Analysis than PLINK and KING. NAToRA is freely available, both as a standalone tool that can be easily incorporated as part of a pipeline, and as a graphical web tool that allows visualization of the relatedness networks. NAToRA also accepts a variety of relationship metrics as input, which facilitates its use. We also release a genealogies simulator software used for different tests performed in this study.
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700 1 $aRODRIGUES, M. R.
773 $tComputational and Structural Biotechnology Journal$gv. 20, p. 1821-1828, 2022.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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