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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
03/05/2021 |
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Data da última atualização: |
12/08/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; SOUZA, M. M. DE; OLIVEIRA, K. S. DE; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UFSCAR; MARCELA MARIA DE SOUZA, Iowa State University; KARINA SANTOS DE OLIVEIRA, UFSCAR; MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCAR; JULIANA AFONSO, USP ESALQ; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO, FAPESP; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; LUIZ LEHMANN COUTINHO, USP ESALQ; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Muscle allele-specifc expression QTLs may afect meat quality traits in Bos indicus. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v.11, p.1-14, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1038/s41598-021-86782-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article number: 7321. |
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Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specifc expression (ASE SNPs) were previously identifed in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specifc expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specifc expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were overlapped with methylation data from reduced representation bisulfte sequencing (RRBS) obtained from 12 animals of the same population. We identifed 1134 aseQTLs associated with 126 diferent ASE SNPs. For 215 aseQTLs, one allele potentially afected the afnity of a muscle-expressed transcription factor to its binding site. 162 aseQTLs were predicted to afect 149 miRNA binding sites, from which 114 miRNAs were expressed in muscle. Also, 16 aseQTLs were methylated in our population. Integration of aseQTL with GWAS data revealed enrichment for traits such as meat tenderness, ribeye area, and intramuscular fat . To our knowledge, this is the frst report of aseQTLs identifcation in bovine muscle. Our fndings indicate that various cis-regulatory and epigenetic mechanisms can afect multiple variants to modulate the allelic expression. Some of the potential regulatory variants described here were associated with the expression pattern of genes related to interesting phenotypes for livestock. Thus, these variants might be useful for the comprehension of the genetic control of these phenotypes. MenosSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specifc expression (ASE SNPs) were previously identifed in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specifc expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specifc expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were overlapped with methylation data from reduced representation bisulfte sequencing (RRBS) obtained from 12 animals of the same population. We identifed 1134 aseQTLs associated with 126 diferent ASE SNPs. For 215 aseQTLs, one allele potentially afected the afnity of a muscle-expressed transcription factor to its binding site. 162 aseQTLs were predicted to afect 149 miRNA binding sites, from which 114 miRNAs were expressed in muscle. Also, 16 aseQTLs were methylated in our population. Integration of aseQTL with GWAS data revealed enrichment for traits such as meat tenderness, ribeye area, and intramuscular fat . To our knowledge, this is the frst report of aseQTLs identifcation in bovine muscle. Our fndings indicate that various cis-regulatory and ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Animal biotechnology; Functional genomics; Gene regulation. |
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Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Gene expression; Genetic markers; Genetics; Genome; Genomics; Genotype. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/225126/1/Muscle-Allele-Specifc.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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| Registros recuperados : 600 | |
| 481. |  | DAMACENA, I. de S.; QUEIROZ, P. R.; LIMA, L. H. C.; OLIVEIRA, M. R. V.; LOPES, D. L. de M.; SILVA, R. A. da. Identificação molecular de populações de Bactrocera carambolae no Brasil. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 8., 2003, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2003. p. 138.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amapá. |
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| 482. | | DAMACENA, I. de S.; QUEIROZ, P. R.; LIMA, L. H. C.; OLIVEIRA, M. R. V.; LOPES, D. L. de M.; SILVA, R. A. da. Identificação molecular de populações de Bactrocera carambolae no Brasil. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 8., 2003, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2003. p. 138.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 483. | | PEREIRA, D. S.; FREITAS, C. I. A.; FREITAS, M. O.; MARACAJÁ, P. B.; SILVA, J. B. A. da; SILVA, R. A. da; SILVEIRA, D. C. da. Histórico e principais usos da própolis apícola. Agropecuária Científica no Semiárido, v. 11, n. 2, p. 1-21, abr./jun. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 484. | | ROCHA, S. de F. R.; OHASHI, S. T.; LEÃO, N. V. M.; ROSA, L. dos S.; PANTOJA, K. de F. R.; SILVA, R. A. M. Influência do sombreamento e substrato na sobrevivência e crescimento de mudas de tatajuba (Bagassa guianensis Aubl.). In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA (AVALIAÇÃO 1997-1998), 8., 1998, Belém, PA. Resumos. Belém, PA: FCAP-Unidade de Apoio à Pesquisa e Pós-Graduação, 1998. p. 172.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 485. | | OLIVEIRA, A. C. L.; PIO, L. A. S.; PASQUAL, M.; SILVA, S. de O. e.; MADAIL, R. H.; SILVA, R. A. L. Influência do tempo, temperatura e umidade na qualidade das amostras de citometria de fluxo de bananeira. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 21., 2010, Natal. Frutas: saúde, inovação e responsabilidade: anais. Natal: Sociedade Brasileira de Fruticultura, 2010. pdf 1862| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 486. | | ANDRADE, E. N.; OJEDA FILHO, S. C. F.; SILVA, B. S. da; FARIA PALLA, M. H.; MIRANDA FILHO, P. SILVA, R. A. M. S. Influência do transporte fluvial no Pantanal Sul-Mato-Grossense na qualidade das carcaças. In: SIMPÓSIO SOBRE RECURSOS NATURAIS E SÓCIO-ECONÔMICOS DO PANTANAL, 4., 2004, Corumbá, MS. Sustentabilidade regional: anais. Corumbá: Embrapa Pantanal: UCDB: UFMS: SEBRAE-MS, 2004. (CD-ROM).| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 487. | | ANDRADE, E. N.; OJEDA FILHO, S. C. F.; SILVA, B. S. da; FARIA PALLA, M. H.; MIRANDA FILHO, P. SILVA, R. A. M. S. Influência do transporte rodoviário no Pantanal na qualidade de carcaças. In: SIMPÓSIO SOBRE RECURSOS NATURAIS E SÓCIO-ECONÔMICOS DO PANTANAL, 4., 2004, Corumbá, MS. Sustentabilidade regional: anais. Corumbá: Embrapa Pantanal: UCDB: UFMS: SEBRAE-MS, 2004. (CD-ROM).| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 488. | | RODRIGUES, J. S.; GARRIDO, M. da S.; SILVA, J. A. B. da; SIMOES, W. L.; SILVA, R. A.; AMORIM, M. do N. Growth and nutritional status of maize plants in response to different doses and application frequencies of biofertilizer. Científica, v. 47, n. 1, p. 123-131, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 489. | | SILVA, R. A. da; NASCIMENTO, D. B. do; DEUS, E. da G. de; SOUZA, G. D. de; OLIVEIRA, L. P. S. de. Hospedeiros e parasitóides de Anastrepha spp. (Diptera: Tephritidae) em Itaubal do Piririm, estado do Amapá, Brasil. Ciência Rural, Santa Maria, v. 37, n. 2, p. 557-560, mar./abr. 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Amapá. |
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| 490. | | OLIVEIRA, I. C. M.; SILVA, R. A. da; MOURA, M. M. de; SOUZA, L. F. de; PARRELLA, R. A. da C.; CARNEIRO, J. E. de S. Influência da correção de estande na seleção de genótipos de sorgo biomassa. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 491. | | ROCHA, D. D. D.; MOURA, S. M.; SILVA, R. A.; SANTOS, C. V. dos; SILVA, C. H. T. e; PARRELLA, R. A. da C. Influência da densidade de cultivo no perfilhamento de sorgo sacarino (Sorghum Bicolor (L.). In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 31., 2016, Bento Gonçalves. Milho e sorgo: inovações, mercados e segurança alimentar: anais. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2016.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 493. | | NASCIMENTO, J. B.; SILVA, R. A. da; PACHECO, M. A. C.; GONÇALVES, F. J.; QUINTELA, E. D.; FERNANDES, P. M.; LÔBO, A. P. Levantamento de inimigos naturais em lagartas da broca-da-cana Diatraea saccharalis em duas usinas goianas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 23., 2010, Natal. Anais... Natal: Sociedade Brasileira de Entomologia, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 496. | | ANDRADE, E. N. de; SILVA, R. A. M. S.; ROÇA, R. de O.; SILVA, L. A. C. da; GONÇALVES, H. C.; PINHEIRO, R. S. B. Ocorrência de lesões em carcaças de bovinos de corte no Pantanal em função do transporte. Ciência Rural, Santa Maria, v.38, n.7, p.1991-1996, out. 2008. Título em inglês: Occurrence of carcass bruising of beef cattle in the Pantanal related to time spent transport.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - C |
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