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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agroenergia. |
Data corrente: |
19/10/2023 |
Data da última atualização: |
26/02/2024 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
OLIVEIRA, J. C. de; SILVA, A. L. D. da; SILVA, L. M. da; FORMIGHIERI, E. F.; PETERS, L. P.; ASSIS, G. M. L. de; SILVA, C. C. da; SOUZA, A. P. DE; CAMPOS, T. de. |
Afiliação: |
JÔNATAS CHAGAS DE OLIVEIRA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE; ANDRÉ LUCAS DOMINGOS DA SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE; LUCIELIO MANOEL DA SILVA, CPATC; EDUARDO FERNANDES FORMIGHIERI, CNPAE; LEILA PRISCILA PETERS, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE; GISELLE MARIANO LESSA DE ASSIS, CPAF-AC; CARLA CRISTINA DA SILVA, UNIVERSIDADE DE CAMPINAS; ANETE PEREIRA DE SOUZA, UNIVERSITY OF CAMPINAS; TATIANA DE CAMPOS, CPAF-AC. |
Título: |
Novel microsatellite markers derived from Arachis pintoi transcriptome sequencing for cross?species transferability and varietal identification. |
Ano de publicação: |
2023 |
Fonte/Imprenta: |
Plant Molecular Biology Reporter, v. 41, n. 4, 2023. |
DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11105-023-01402-9 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Forage peanut (Arachis pintoi) is an important leguminous forage that has gained popularity due to increased livestock productivity. Furthermore, the species helps with soil fertility and the restoration of degraded areas. However, A. pintoi has a limited number of molecular markers. The objective of this study was to create and characterize gene-derived microsatellite markers as well as to test their transferability to the peanut (Arachis hypogaea) and other six wild Arachis species. A total of 4461 putative simple sequence repeats (SSR) were identified, and PCR primer pairs were designed for 999 SSR regions after filtering out primers with the same annealing site and searching for sequences related to open reading frames (ORFs). The dinucleotide motif was the most common (628; 62.86%). For validation, 186 primer pairs were chosen at random, of which 63 (33.87%) were polymorphic, with an average of 7.37 alleles per locus. Polymorphic information content (PIC = 0.70) and discriminatory power (D = 0.80) were both high on average. The functional annotation discovered 120 sequences that were assigned to 87 gene ontology functional groups divided into three main categories: molecular function (27 sub-categories), cellular components (21 sub-categories), and biological process (39 sub-categories). Thirty-three SSRs were tested for transferability to peanut and six other wild Arachis species, resulting in variable cross-species amplification (63.64 to 100%). Here, we present the first gene-derived SSR for A. pintoi. These new informative microsatellites may be linked to agronomically important genes to be used in genetic studies. MenosForage peanut (Arachis pintoi) is an important leguminous forage that has gained popularity due to increased livestock productivity. Furthermore, the species helps with soil fertility and the restoration of degraded areas. However, A. pintoi has a limited number of molecular markers. The objective of this study was to create and characterize gene-derived microsatellite markers as well as to test their transferability to the peanut (Arachis hypogaea) and other six wild Arachis species. A total of 4461 putative simple sequence repeats (SSR) were identified, and PCR primer pairs were designed for 999 SSR regions after filtering out primers with the same annealing site and searching for sequences related to open reading frames (ORFs). The dinucleotide motif was the most common (628; 62.86%). For validation, 186 primer pairs were chosen at random, of which 63 (33.87%) were polymorphic, with an average of 7.37 alleles per locus. Polymorphic information content (PIC = 0.70) and discriminatory power (D = 0.80) were both high on average. The functional annotation discovered 120 sequences that were assigned to 87 gene ontology functional groups divided into three main categories: molecular function (27 sub-categories), cellular components (21 sub-categories), and biological process (39 sub-categories). Thirty-three SSRs were tested for transferability to peanut and six other wild Arachis species, resulting in variable cross-species amplification (63.64 to 100%). Here, we present the f... Mostrar Tudo |
Thesaurus Nal: |
Arachis; Forage; Peanuts. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agroenergia (CNPAE) |
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Registros recuperados : 95 | |
6. | | OLIVEIRA, M. D. de; OLIVEIRA, J. C. de; FEIDEN, A. Características da água disponível para uso doméstico nos Assentamento 72, Ladário, Mato Grosso do Sul. In: SEMINÁRIO INTERNACIONAL DE AGROECOLOGIA DA AMÉRICA DO SUL, 2.; JORNADA INTERNACIONAL DE EDUCAÇÃO DO CAMPO, 1.; SEMINÁRIO DE AGROECOLOGIA DE MATO GROSSO DO SUL, 6; ENCONTRO DE PRODUTORES AGROECOLÓGICOS DE MATO GROSSO DO SUL, 5.; SEMINÁRIO DE SISTEMAS AGROFLORESTAIS EM BASES AGROECOLÓGICAS DE MATO GROSSO DO SUL, 2., 2016, Dourados. Agroecologia e soberania alimentar: saberes em busca do bem viver: anais. Dourados: UFGD, 2016. Não paginado. Agroecol 2016. 1 CD-ROM. Cadernos de Agroecologia, v. 11, n. 2, 2016.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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8. | | MACEDO, M. A. de; ASSAD, E. D.; CÂMARA, G.; OLIVEIRA, J. C. de; BARBOSA, A. M. Avaliação de métodos para espacialização de índices de necessidade hídrica das culturas e sua aplicação em zoneamento agrícola. Revista Brasileira de Agrometeorologia, Passo Fundo, v. 9, n. 3, p. 581-587, 2001.Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Cerrados. |
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10. | | RONCATTO, G.; NOGUEIRA FILHO, G. C.; RUGGIERO, C.; OLIVEIRA, J. C. de; MARTINS, A. B. G. Avaliação do desenvolvimento de maracujá-doce (Passiflora alata Dryander) propagado por estaquia e por semente em condições de pomar comercial. Revista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal, v. 30, n. 3, p. 754-758, set. 2008.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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11. | | MACEDO, M. A. de; OLIVEIRA, J. C. de; BARBOSA, A. M.; CAMARA, G.; ASSAD, E. D. Analise comparativa da espacializacao do risco climatico pela media ponderada, krigeagem ordinaria e krigeagem por indicacao. In: SIMPOSIO BRASILEIRO DE SENSORIAMENTO REMOTO- SBSR, 10., 2001, Foz do Iguacu. [Anais...]. [S.l.]: SELPER: INPE, 2001?Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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12. | | OLIVEIRA, J. C. de; NASCIMENTO, W. M. O. do; RIBEIRO, O. D.; ALMEIDA, G. L. de. Características físicas de fruto de acessos do banco de germoplasma de camucamuzeiro da Embrapa Amazônia Oriental. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA, 14., 2010, Belém, PA. Bolsista de iniciação científica: um aporte ao desenvolvimento da pesquisa agropecuária: anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2010. 1 CD-ROM. PIBIC 2010.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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14. | | RONCATTO, G.; NOGUEIRA FILHO, G. C.; RUGGIERO, C.; OLIVEIRA, J. C. de; MARTINS, A. B. G. Enraizamento de estacas de espécies de maracujazeiro (Passiflora spp.) no inverno e no verão. Revista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal, v. 30, n. 4, p. 1089-1093, dez. 2008.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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15. | | RONCATTO, G.; NOGUEIRA FILHO, G. C.; RUGGIERO, C.; OLIVEIRA, J. C. de; MARTINS, A. B. G. Enraizamento de estacas herbáceas de diferentes espécies de maracujazeiro. Revista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal, v. 30, n. 4, p. 1094-1099, dez. 2008.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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17. | | SILVA, A. L. D. da; OLIVEIRA, J. C. de; CAMPOS, T. de. Identificação molecular de clones de seringueira com marcadores microssatélites. In: SEMINÁRIO DA EMBRAPA ACRE DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO, 2., 2019, Rio Branco, AC. A Contribuição da ciência para a agropecuária no Acre: anais. Rio Branco, AC: Embrapa Acre, 2020. p. 111-116. Banner. (Embrapa Acre. Eventos técnicos & científicos, 2). Editores técnicos: Virgínia de Souza Álvares; Fabiano Marçal Estanislau.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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18. | | OLIVEIRA, M. D. de; NASCIMENTO, F. L.; CALHEIROS, D. F.; OLIVEIRA, J. C. de. Monitoramento da qualidade da água em cultivos de tanque-rede em área de inundação do rio Paraguai, Pantanal Sul, Corumba, MS. SIMPÓSIO SOBRE RECURSOS NATURAIS E SOCIOECONÔMICOS DO PANTANAL, 5., 2010, Corumbá, MS. Anais... Corumbá: Embrapa Pantanal: UFMS; Campinas: ICS do Brasil, 2010. 1 CD-ROM SIMPAN 2010. Não PaginadoTipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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