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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
18/01/2023 |
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Data da última atualização: |
11/04/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GARCIA, A. O.; OTTO, P. I.; GLATZL JUNIOR, L. A.; ROCHA, R. de F. B.; SANTOS, M. G. dos; OLIVEIRA, D. A. de; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARÃES, S. E. F. |
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Afiliação: |
ARIELLY OLIVEIRA GARCIA, Universidade Federal de Viçosa; PAMELA ITAJARA OTTO, Universidade Federal de Santa Maria; LUIZ AFONSO GLATZL JUNIOR, Universidade Federal de Juiz de Fora; RENATA DE FÁTIMA BRETANHA ROCHA, Universidade Federal de Viçosa; MATEUS GUIMARÃES DOS SANTOS, Universidade Federal de Viçosa; DANIELE ALVES DE OLIVEIRA, Universidade Federal de Santa Maria; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; JOAO CLAUDIO DO CARMO PANETTO, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; RUI DA SILVA VERNEQUE, CNPGL; SIMONE ELIZA FACIONI GUIMARÃES, Universidade Federal de Viçosa. |
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Título: |
Pedigree reconstruction and population structure using SNP markers in Gir cattle. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Applied Genetics, v. 64, p. 329-340, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s13353-023-00747-x |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Our objective was to establish a SNPs panel for pedigree reconstruction using microarrays of different densities and evaluate the genomic relationship coefficient of the inferred pedigree, in addition to analyzing the population structure based on genomic analyses in Gir cattle. For parentage analysis and genomic relationship, 16,205 genotyped Gir animals (14,458 females and 1747 males) and 1810 common markers to the four SNP microarrays were used. For population structure analyses, including linkage disequilibrium, effective population size, and runs of homozygosity (ROH), genotypes from 21,656 animals were imputed. Likelihood ratio (LR) approach was used to reconstruct the pedigree, deepening the pedigree and showing it is well established in terms of recent information. Coefficients for each relationship category of the inferred pedigree were adequate. Linkage disequilibrium showed rapid decay. We detected a decrease in the effective population size over the last 50 generations, with the average generation interval around 9.08 years. Higher ROH-based inbreeding coefficient in a class of short ROH segments, with moderate to high values, was also detected, suggesting bottlenecks in the Gir genome. Breeding strategies to minimize inbreeding and avoid massive use of few proven sires with high genetic value are suggested to maintain genetic variability in future generations. In addition, we recommend reducing the generation interval to maximize genetic progress and increase effective population size. MenosOur objective was to establish a SNPs panel for pedigree reconstruction using microarrays of different densities and evaluate the genomic relationship coefficient of the inferred pedigree, in addition to analyzing the population structure based on genomic analyses in Gir cattle. For parentage analysis and genomic relationship, 16,205 genotyped Gir animals (14,458 females and 1747 males) and 1810 common markers to the four SNP microarrays were used. For population structure analyses, including linkage disequilibrium, effective population size, and runs of homozygosity (ROH), genotypes from 21,656 animals were imputed. Likelihood ratio (LR) approach was used to reconstruct the pedigree, deepening the pedigree and showing it is well established in terms of recent information. Coefficients for each relationship category of the inferred pedigree were adequate. Linkage disequilibrium showed rapid decay. We detected a decrease in the effective population size over the last 50 generations, with the average generation interval around 9.08 years. Higher ROH-based inbreeding coefficient in a class of short ROH segments, with moderate to high values, was also detected, suggesting bottlenecks in the Gir genome. Breeding strategies to minimize inbreeding and avoid massive use of few proven sires with high genetic value are suggested to maintain genetic variability in future generations. In addition, we recommend reducing the generation interval to maximize genetic progress and increase ef... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Bovino; DNA; Endogamia; Gado Gir; Marcador Genético. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/248991/1/Pedigree-reconstruction-and-population-structure-using-SNP-markers-in-Gir-cattle.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 32 | |
| 5. |  | OLIVEIRA, D. A. de; BASTOS, A. J. R.; LOBATO, A. T.; ALVES, R. M. Análise do crescimento e desenvolvimento de acessos de taperebazeiro (Spondias mombim L.), do banco ativo de germoplasma da Embrapa Amazônia Oriental, em Belém-PA. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 20.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 4., 2016, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2016. p. 205-209.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 7. | | BASTOS, A. J. R.; ALVES, R. M.; TEIXEIRA, A. L.; OLIVEIRA, D. A. de. Caracterização morfológica de frutos de acessos de cupuaçuzeiro procedentes do banco ativo de germoplasma Belém. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 20.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 4., 2016, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2016. p. 332-336.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 8. | | TEIXEIRA, A. L.; BASTOS, A. J. R.; OLIVEIRA, D. A. de; ALVES, R. M. Caracterização de frutos de Theobroma grandiflorum procedentes de Tomé-Açu, PA. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 9. | | BASTOS, A. J. R.; ALVES, R. M.; TEIXEIRA, A. L.; OLIVEIRA, D. A. de. Seleção preliminar de híbridos de cupuaçuzeiro em dois municípios do nordeste paraense. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 20.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 4., 2016, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2016. p. 190-194.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 11. | | OLIVEIRA, D. A. de; LOBATO, A. T.; BASTOS, A. J. R.; ALVES, R. M. Diversidade genética entre acessos de taperebazeiro (Spondias mombim L.) do banco ativo de germoplasma da Embrapa Amazônia Oriental com uso de marcadores ISSR. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 20.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 4., 2016, Belém, PA. Anais. Belém, PA: Embrapa Amazônia Oriental, 2016. p. 210-214.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 15. | | TEIXEIRA, A. L.; BASTOS, A. J. R.; OLIVEIRA, D. A. de; RODRIGUES, J. D. B.; ALVES, R. M. Avaliação de caracteres agronômicos em progênies de cupuaçuzeiro, resistentes à vassoura-de-bruxa, no município de Tomé-Açu. In: ENCONTRO AMAZÔNICO DE AGRÁRIAS, 8., 2016, Belém, PA. Anais... Belém, PA: [s.n.], 2016. p. 9-14. Livro VII - Melhoramento genético.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 16. | | BASTOS, A. J. R.; TEIXEIRA, A. L.; RODRIGUES, J. D. B.; OLIVEIRA, D. A. de; ALVES, R. M. Avaliação do desenvolvimento vegetativo e produção de frutos de híbridos de cupuaçuzeiro em dois ambientes. In: ENCONTRO AMAZÔNICO DE AGRÁRIAS, 8., 2016, Belém, PA. Anais... Belém, PA: [s.n.], 2016. p. 15-20. Livro VII - Melhoramento genético.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 18. | | OLIVEIRA, D. A. de; DUDA, G. P.; MENDES, A. M. S.; OLIVEIRA, R. A. de; FERNANDES, M. B. Caracterização química do solo em uma área de implantação do Projeto de recuperação de áreas degradadas da Jica no município de Pedro Avelino-RN. Caatinga, Mossoró, v. 21, n. 1, p. 179-188, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 19. | | SILVA, M. de O.; FREIRE, M. B. G. dos; MENDES, A. M. S.; FERNANDES, M. B.; OLIVEIRA, D. A. de. Composição do lixiviado em quatro solos do Rio Grande do Norte irrigados com águas salinas. Caatinga, Mossoró, v. 21, n. 1, p. 189-203, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 20. | | OLIVEIRA, D. A. de; TEIXEIRA, A. L.; BASTOS, A. J. R.; FERNANDES, J. R. Q.; ALVES, R. M. Estudo fenológico do taperebazeiro (Spondias mombim L.) no banco ativo de germoplasma quadra 2 UFRA, Belém-PA. In: ENCONTRO AMAZÔNICO DE AGRÁRIAS, 8., 2016, Belém, PA. Anais... Belém, PA: [s.n.], 2016. p. 230-236. Livro VI - Produção vegetal.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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