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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Uva e Vinho. |
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Data corrente: |
29/11/2017 |
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Data da última atualização: |
06/05/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
NICKEL, O.; SILVA, F. N; FAJARDO, T. V. M.; GORAYEB, E. S. |
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Afiliação: |
OSMAR NICKEL, CNPUV; Fabio N. Silva, Programa de Pós-graduação em Produção Vegetal, Centro de Ciências Agroveterinárias, Universidade do Estado de Santa Catarina, Lages, SC 88520-000, Brazil; THOR VINICIUS MARTINS FAJARDO, CNPUV; Eduardo E. Gorayeb, Programa de Pós-graduação em Produção Vegetal, Centro de Ciências Agroveterinárias, Universidade do Estado de Santa Catarina, Lages, SC 88520-000, Brazil. |
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Título: |
Characterization and genetic variability of coat protein genes of Apple chlorotic leaf spot virus isolates from southern Brazil. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Tropical Plant Pathology, v. 43, n. 2, p.109-116, 2018. |
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Páginas: |
8 |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s40858-017-0197-6 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
https://doi.org/10.1007/s40858-017-0197-6 |
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Conteúdo: |
Apple chlorotic leaf spot virus(ACLSV) infects temperate rosaceous fruit trees worldwide and causes a wide range of diseases that are economically highly damaging. This study was carried out to analyze genetic variability of regional ACLSV isolates and compare it with ACLSV isolates from other parts of the world. Nineteen amplicons of ACLSV, corresponding to the coat protein (CP) gene of isolates from apple, plum, and nectarine, from two states in southern Brazil, have been analyzed for genetic variation and compared phylogenetically among themselves and with other sequences available in GenBank. Sequences identities among complete CP genes of these isolates ranged from 87.5 to 100% and 92.2 to 100% at the nucleotide (nt) and the deduced amino acid (daa) levels, respectively. In the comparison with isolates from Asia, Europe and North America, identities were 68.4 to 100% and 72.5 to 100% at nt and daa levels, respectively. Phylogenetic trees based on nucleotide sequences showed that these isolates grouped into two clusters, cluster 1 containing apple isolates and cluster 2 comprising apple, plum and nec- tarine isolates. Most Brazilian isolates showed conserved signatures (Ser 40 ,Leu 59 ,Tyr 75 ,Thr 130 and Leu 184 )intheirCPs, which place them with type B6 isolates. However, some Brazilian isolates were found to be variants of type B6. These analyzes indicated that Brazilian isolates had lower genetic variability compared to isolates from China, India and Japan and that the CP genes were under negative selection. The greatest diversity of nucleotides was observed in the central portion of the CP gene, represented predominantly by synonymous substitutions. One natural recombinant was detected among ACLSV isolates from Brazil. Keywords ACLSV . Molecular characterization. Variability. Phylogeny. Recombination. Selection. MenosApple chlorotic leaf spot virus(ACLSV) infects temperate rosaceous fruit trees worldwide and causes a wide range of diseases that are economically highly damaging. This study was carried out to analyze genetic variability of regional ACLSV isolates and compare it with ACLSV isolates from other parts of the world. Nineteen amplicons of ACLSV, corresponding to the coat protein (CP) gene of isolates from apple, plum, and nectarine, from two states in southern Brazil, have been analyzed for genetic variation and compared phylogenetically among themselves and with other sequences available in GenBank. Sequences identities among complete CP genes of these isolates ranged from 87.5 to 100% and 92.2 to 100% at the nucleotide (nt) and the deduced amino acid (daa) levels, respectively. In the comparison with isolates from Asia, Europe and North America, identities were 68.4 to 100% and 72.5 to 100% at nt and daa levels, respectively. Phylogenetic trees based on nucleotide sequences showed that these isolates grouped into two clusters, cluster 1 containing apple isolates and cluster 2 comprising apple, plum and nec- tarine isolates. Most Brazilian isolates showed conserved signatures (Ser 40 ,Leu 59 ,Tyr 75 ,Thr 130 and Leu 184 )intheirCPs, which place them with type B6 isolates. However, some Brazilian isolates were found to be variants of type B6. These analyzes indicated that Brazilian isolates had lower genetic variability compared to isolates from China, India and Japan and that t... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
ACLSV (Apple chlorotic leaf spot virus); Apple; Molecular characterization; Recombination; Selection; Temperate rosaceous fruit trees. |
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Thesaurus Nal: |
Genetic recombination; Phylogeny; Variability. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/190140/1/Nickel2018-Article-CharacterizationAndGeneticVari.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Uva e Vinho (CNPUV) |
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| Registros recuperados : 171 | |
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| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 85. | | NICKEL, O.; SOUZA, E. B. de; FAJARDO, T. V. M.; BARROS, D. R. de. Comparison of the nucleotide sequences of two isolates of apple stem grooving virus from apple plants. Virus Reviews and Research, Belo Horizonte, v. 20, p. 201, 2015. Suplemento. Abstract PIV 48. Edição dos Resumos do XXVI Brazilian Congress of Virology, X Mercour Meeting of Virology, 2015, Florianópolis.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 86. | | THOMAS, E. H.; NICKEL, O.; FAJARDO, T. V. M.; VARELA, A. P. M. Estabelecimento de protocolos para detecção molecular de vírus de morangos. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA UVA E VINHO, 5., ENCONTRO DE PÓS-GRADUANDOS DA EMBRAPA UVA E VINHO, 1., 2007, Bento Gonçalves. Resumos. Bento Gonçalves: Embrapa Uva e Vinho, 2007. p. 32. (Embrapa Uva e Vinho. Documentos, 63). Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 89. | | FAJARDO, T. V. M.; EIRAS, M.; SCHENETO, P. G.; NICKEL, O.; KUHN, G. B. Estudo da variabilidade do Grapevine leafroll-associated virus 1 e 3 por meio de análise de seqüências de nucleotídeos e da técnica SSCP. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE VITICULTURA E ENOLOGIA, 10., 2003, Bento Gonçalves. Anais...Bento Gonçalves, RS: Embrapa Uva e Vinho, 2003. (Embrapa Uva e Vinho. Documentos, 40). p. 206-207.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 91. | | CATARINO, A. D. M.; FAJARDO, T. V. M.; RIBEIRO, G. P.; NICKEL, O. Grapevine viruses survey in Pernambuco, Paraiba and Bahia states, Brazil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FITOPATOLOGIA, 46.; REUNIÃO BRASILEIRA DE CONTROLE BIOLÓGICO, 11., 2013, Ouro Preto. Ouro Preto: UFV, 2013. p. 1. Resumo apresentado de número 371-1.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 92. | | OLIVEIRA, P. R. D. de; RITSCHEL, P. S.; LEITE, G. B.; NICKEL, O.; DEGENHARDT, J. Com a genética vamos superar o desafio da produção de pêra? Jornal da Fruta, Lages, v. 14, n. 173, p. 2, 2006.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 94. | | RADAELLI, P.; NICKEL, O.; ARAGÃO, F. J. L.; FAJARDO, T. V. M.; SCHONS, J. Diagnóstico biológico e molecular e análise da sequência de nucleotídios do gene de capa protéica de um isolado de apple stem pitting virus. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 29, p. S239, ago. 2004. Edição dos Resumos do XXXVII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Gramado, RS, ago. 2004.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 95. | | FAJARDO, T. V. M.; EIRAS, M.; NICKEL, O.; KUHN, G. B. Determinação da provável origem de seis isolados virais de videiras no Brasil por meio da análise de seqüências de nucleotídeos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE VITICULTURA E ENOLOGIA, 10., 2003, Bento Gonçalves. Anais...Bento Gonçalves, RS: Embrapa Uva e Vinho, 2003. (Embrapa Uva e Vinho. Documentos, 40). p. 206| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 96. | | BUCKER, L.; VANNI, M. F.; JUNKES, C. F. O.; NICKEL, O.; FAJARDO, T. V. M. Detecção de Apple stem pitting virus de macieiras e pereiras por IC-RT-PCR. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 10.; ENCONTRO DE PÓS-GRADUANDOS DA EMBRAPA UVA E VINHO, 6., 2012, Bento Gonçalves. Resumos... Bento Gonçalves: Embrapa Uva e Vinho, 2012. p. 46.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 97. | | NICKEL, O.; SILVA, S. W.; FAJARDO, T. V. M.; GIACOMINI, R.; ARAGAO, F. J. L. Detecção e caracterização molecular do gene da proteína capsidial de apple mosaic virus em macieiras. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 34, p. S267, 2009. Edição dos Resumos do XLII do Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Rio de Janeiro, RJ, out. 2009. Resumo 900.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 98. | | NICKEL, O.; SILVA, S. W.; FAJARDO, T. V. M.; GIACOMINI, R.; ARAGAO, F. J. L. Detecção e caracterização molecular do gene da proteína capsidial de apple mosaic virus em macieiras. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 34, p. S267, 2009. Resumo 900.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 99. | | RADAELLI, P.; FAJARDO, T. V. M.; EIRAS, M.; KUHN, G. B.; PIO-RIBEIRO, G.; NICKEL, O. Detecção e caracterização molecular do gene da proteína capsidial do Rupestris stem ptting-associated virus. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 32, p. S 130 ago. 2007. 32 Suplemento. Edição dos resumos do XL Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Maringá, 13 a 17 de agosto de 2007. Resumo 98.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 100. | | FAJARDO, T. V. M.; EIRAS, M.; SCHENATO, P. G.; NICKEL, O.; KUHN, G. B. Detecção e caracterização molecular parcial do Grapevine fleck virus em videira. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 29, n. 4, p. 460, 2004.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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